GgaINT0023629 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004532 | ZNF507
Description
NA
Coordinates
chr11:10441537-10446631:+
Coord C1 exon
chr11:10441537-10441655
Coord A exon
chr11:10441656-10446496
Coord C2 exon
chr11:10446497-10446631
Length
4841 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TCTCCACTTCTTTTCCTTAGGTG
3' ss Score
11.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGGAAGTAAGTCTTCAGTTCAGAAACTGTACAGATGTGATGTATGTGACTACACCAGCACAACTTACGTTGGCGTACGAAATCACAGACGAATCCATAACTCTGATAAGCCATACAG
Seq A exon
GTAAGTGTCTCAGTTATTGCTAACTAATGCTAGGCTCGTAGACTGCTTGTTTTAACTAAAAAGAATGTGTTGCTTATGGAATTTTGAACATATTGTTAAAGAATGTCGATGCAGTAATTTTACTGCAGCTTTGAAGAAGCCACAGTTACTGTTTGACTCAAACTAGGTAATTAAATTTTGCTATCATCTCCAGGATGTTAGGTGAAAACAGCTTGTTTTCAGTTTGAAGCATCCAGATGTGCAAAGGGAAGCAAATACCTTATAATACTCAACTTTGCCCCCTAGTAATAATATATTTAGCAGACTCCTTTAACACTTTATTTTGGATTTGCCTTCTTGCAAAATGTTCTCCATTGCCATTAAGCTTTGTTTTAAAGCAGTAAAGCAAACAGCAAGATACACAGTTCTTTTTGAAGGAGGTTGGAGACAAGGTGTGTTCATAATGTATTGGCTTATTCAGTTGGGCAGAGTTCTGCCCATTGTCATGTTCCCAGCCCCCTTAGCTTTTATACAGGTTTCAAACAGTATTAATGCATTTGGGATCAGATACAGCTTTTCTATAAAGGATGTTACGTGGATATATGTAGAAACTTTGATATCTAAAATTGGCTGTAATACTGTATAGTTCAGTTCCTCAGCAGAAAAAATAAAGCATATTACATGAACTCCTGCAATTTAAATCAGCTTATTTGCTGTGGATCTCTGTCCCTCTCTAGTGGCTAGAAAATAGATGTAATACAATTTTTATCTTTTTAGCACAAATTCTGGAAACTCAACACCTGAAAATGCTGAGCTCAGTCTGGGCCTTTCTTTTTTGGCTAAATTGTAAAACAGAGGATGTTTTATTTTGATTTGTGCATTATAATGATATCCAGTATCACTGCCAAAAATTTGCAAGATGTTTGCTCAGAGAACAAGTGTGCAATATAAACAGATTTTTCTTTTTCTCAGAATCTTCCCTACTGCCATTATTTGTTACTTGATGGGGTTGGAACAGCAGACCTGTAGTGTCTTGCTAACCTCTGAGTTAGTGCTAGCTAGCCTGTTTGATATAGGAACCACTGAAATTTTTCCACTGGTGATATAGACTGATCCATACTGAATTTAAGCCTACTGATCCAGTTTGCTTTTCTTATCATTTTTGCACAAGCCCTTTAGATACATTTGCAGACCTGGCAGGATACTCAGGCCACAGCCTAAAAACAGTAAAGATCCAGTAGTCGTGGTATTTCTCATTTTGAAACATGTATTCCTCAAGCCATTCATAATGTCAGATAGCAACCTAACTACATTGCAGCTATTTTTATACCCACACAAATACTTTTTTACTTATTTAACAAAAATTGCTGGAAATGAAACTGTATATATAGCCTCTAATGATGCATTTTTGTAGATTTGATACCTCCTGGATTTTAATACTGTGCAATTAAATCCTTTCAATAATAAAGTGACTAATTTCAAGTTAAATGTCCTGCAGTCTCAATCTTTTTCACCCTGTAAACCAAATTTAGTAATGTTTGAACATTTTACCATTTGGAAATAGAAACAACTGAAATCCTGATAAATATGTGAAATTTTAGCTGATCCTGATGACTTCCATTAGATCTATTTTAATGTTATATATAGGAAGCTTATGTAGTAATATATTGATATTTATGCATAGCTTAGTACTTTGTGAAGGACTCTGGAATCCAAATCCAGGGATCCTGATTGAGATCAGAACTGTTTTATGTATTTTTGTGTAAAGATATCATGACAGCAGTCAAAAAAACCCAAAATCTGAGTGTGATGAGACACACTTGTCTTAGGGCACTTGAATCTAGATGTGTTGATCTAGTCCGTGACTTTTACTTCAGTTATAATGCTCTGAAACTTAGGTGTTTTATTACTTAATTGGCAGTTTGGCTTTTATAATGTCACGAGAAATGTGTATTATTTCATAAATTAGAACACGTTCTTAAGGAACAATACTCACTTCTAAGTGCATTGTCTTCCTATAGTTTTTATGGTCATATTCTGCTTTTGCACAGTATAGCCAAGCAACTTACATCATGACTGCTTCAAGAACATCACTTACAGATCATAATGCTTATCAGCTTCAGAAGAGGCCCATAAGGTGGACATGAGGACAGAACATGATCTGTATGCATAGTGATTCTAGCTCAAAGTTGGAGACTTTTTGGGATTGCAAAAGGTTCTCATGGTCCAAAAATTAAAGGTTAAATGTCATCACTTAGACTTCTGTTAATGTTGTTAGCCTTCAATTGCAGTCTTTCCAGTCTTTCCTTTGCTTTCTCATAGATTTTATTTCTGGAATAGTGCTAGCAGTTAATTGTCAGATTGTTGTTGTCTCTTTAGATGTCGAGTATGCGACTTCGCCACCACAAATATGAATAGTTTGAAATGCCATATGAGGCGTCACCCCCAGGAGCATCAGGCAGTGCAGCTAATGGAACAGTACAAGTATGTAACAGTTTGGATTTAGCAAAAAGATGTGATAGTAGTGATTTTGTATTCAAGATATAAGGCAGAGTTCAGATTATATTCTTTTCCCTCCTAGATGCATTCTTTGTTCTAGTGACTTTTTTTTTTGAAAGAGGTTTGATGGGGGATGTCTCTCTTTCTTTCCAAAATGGTGTAGTTGCATTTAAACTGCTTATTGCAAGAGGTTACTTGACTGTGTTAGTTACCAAAGCATGCTCAGAATTGTTTGGGAGAATGCATGTGCCAAAACCACTTCCAACAATTATAAATCATTACATTCCAGTGCCCAGGAATGTTTTCTGGCTTTGTTTAATATCCTACTCTGGGCACAGCCCTGGTAAGAATCCAGATTTGAATCACACTGCCCTAAATAAAAGTAATACGAGTGGTTATGTTACCCATAATATTTCATTTAATATACGTCATATTCTAGATAAAGATCATGAAGCGTATAGCATCAGACTAAAAGTTGAGTTTCTTCTTTGATGATGTATGCTAAAGCAGTCAACAGCATTTAGCTCATGCTCTCAGCAAAGTAAATCTGGTAGTAAATTAGCTGTTCAAATTAATGCATTTAAAAAAAAAGACTAATTAAGAGGGGTTAAAAACACTGAACTATTGCTTCATTCAGCATGTACCAACCCACTGAAGCCCAGTTGTATGAGTTGTGCAGAAAAAGTTACATAACATCACATAATAAAACACTAGTGGAATGCATATGCATATGGAATAGATTCAACATTATTTCTTTTAGTTTGTGTTTTGCAAAATCTTATTTTGGCCTAATTTTATCCGTAAGTGAACAGTGAGGTCTGCCTTTTATCTTACATTTAATGCTGGCATTGTTTTGAAAAAGCATTCTCAGAAATACTTAGAGTTTAGATCTGAGGGTGAAGTTATCTTTGAAAGCGTCTGTTTTATTTACAAGGCTTCAAATTAGAAGGAAAAGGGAAAAACTGAATGTGCGTAATCACGTAATAGAGATAAGTTGGGCTAGGACAGGCCTGTTGTTCTGCAGCAGGACAGAATTATGCTCCTACATAAAGGCAGCAGTGGAGTGATGTCATCTAGCATCACTTCTCTCCTTCACACTGCAAGGACTAATTTATCATCTCAGAAACACGTGCAAAAAATACTTCCTCTGCTGTATGCTCATGTATGGGAAAAGTCCTTTGGGATTTATTCGTAAGGTTTTTTGTGTCTGTAAGTATGCAATATATTGCTACACAAATATTATTTACTTTTCAAGGTTTTTCAGCTGTTCTGCACAGGAGGAGGAAACATTTGTTGTTCCATCCTGAATCCTGCTGTTTATTTATCTGAGTGTCAATAGTCTGAATTTGCAGCTGCTTTTAGAAAGAGAGATTGGATTATTGGGAAAAAGATAGAAAGATGTACCAATTATTACCTGCATTAAGCATTTGTAGTTCTGTTTAATTGATTGAAGTATATGTTGAATTCTTGTTCCTATACTAAGTAATTGGAATTGTATACATAAAAGCCTTGTATCCAAAAGTCTAAATTAAATTTAAAAGGACCAAAAAATACAGCTAAAATTTGAAAAGCATTTCTCAAACTGTTGTTCCTCAAAAGATAAATACAGTTTAATAAGTAGGATTATTTAGGATGTTATTTTTTTCTAAATTTTATGTATAAAATTCGAACTGAGTTGAAGAACAAGACAGCACACCTTACAGGACATTGTTCTAGAGATAGAAAATTTGTGGTGCCTCGACCCAATGGACCACTTTATGGACAAAACACTGTCATGTGTATGAGTTTCAGTCTGCATTATTCCATATTATATTCCAAAACTTGACTGGATGCTGCCTTGGGAACCTGCTCTAGTTTCTCCTGCATGAACAGCTGGATGGAGCAGGATATTCTCTAGGGGTGCCTTCCAACTTCTGCAATTCTGTGATCCTCAAATAAACTAATACATGCTGCACCAAGAAAGGCTTTATCAATTCTGTTTAAATTAGCAGTGCTAATTATTACAATTTCTGCTTGGTTCAGAGCAATGGCAGAGAAAACTCAGCCTGCCAGCTGCCATACAGATATACTCCATGTTTCTGCAGTCGTTAGAACTATTTCATTTTTGCAGTATTTAAACAGATTTAACAGGTCAAATAGATAAGATTTCAGTTAAGTCGTTTAAGGAGTTTAAAAAGCCGATCTTAAATTCTCATACTCTCTAAATTACATTGTAGAATGAAATTGTGCAAACTTATTTCACCTAGTTATGAGGATTGATGTGTATCTTACTGCTGAGTCATCCTTTTGGGAGAAAAAAATGCATTACCATTATAGTAAAACTTAACTCTTAAATGCATCTCTTCTCCACTTCTTTTCCTTAG
Seq C2 exon
GTGTTCTCTCTGTGGATATGTATGTAGCCATCCCCCTTCCCTGAAGTCCCACATGTGGAAACATGCAAGTGACCAAAATTATAACTACGAACAAGTCAACAAGGCTATTAACGATGCAATTTCACAAAGCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004532:ENSGALT00000007217:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.100 A=NA C2=0.054
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(57.7=37.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(38.5=21.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]