MmuINT0179345 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000044452 | Zfp507
Description
zinc finger protein 507 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1916378]
Coordinates
chr7:35776438-35787832:-
Coord C1 exon
chr7:35787718-35787832
Coord A exon
chr7:35776573-35787717
Coord C2 exon
chr7:35776438-35776572
Length
11145 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
CCCTGGTGCCTGTCTTCCAGGTG
3' ss Score
10.8
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAACAAGCCTTCAACCCAGAAACAGTATAGGTGTGATGTGTGTGATTACACAAGTACAACGTACGTCGGCGTCAGGAACCACAGACGAGTCCATAACTCAGATAAGCCATACAG
Seq A exon
GTAAGTGTGATTGACTCCAGCATTCTGAAGTTTATCTTGGAATAAAGTTTATGATAAAGGAATGCTTTAGAGATAGGTTGAAATATTTGGTTAAAACACATGTTAAAAACTAAGAAATGGTCACATGCTGGTTTCTTAAATCTCATTTAAGTTTGTTAAGAAACATTAAGCGTGAGTCTCAGTTCAGCAGACATTTTGAGACACTGGGAAAACTGGTAGATATCTATGTCCACCAGTTTTCTGCTCTGGTTTCTCTGGAGTATAAGTTATCAGAGCAGTTTCCGGTGCTGCAGACCTCATCACCGTGATGCAAAAGTTGTATGCTGCACATGCCAGCAAAGGCATGAAGGCCATAAACACACCTATGAAAAGTTTGTTTTCTATAGTTTGAAAGTATCATTTAATACAGTTTTGTCACAAAAGCAAATTCTGTCTCATTCGTATTTAGAGAAAATAAGGTGTATTCTTGGCCAGACAGAGTCAGCAGCTAAGCAGTGACTACTGTTTAATAAACTTTGCTACCCAAGGGTAAAACACTGCTTACAATAACAGTGTGAGCATTCTCAGAATTTGTCCATCCGTCATAAAAACATGCCAGGCACTGTCTATAAGGCCAGGGACATGAGCCCCTTAGCAAAACAGTTTCCCCCTGATTTAATCGCTTTACGTGTGCTGCACATGAGCCTGGACAAGTTGCTCCATTGATCCAAATCATGGCTTTAACTTTGTCTACTCGTTACCTCTTTTTATCTGAGACATTTTACACAGCTCCAGATATGTAGGCATATAAATAGGCATATAATCAAACATTTACTGATAGCACAAGGAAACTTACACTAAACATTATTTGGTATTTTTATATTTTGCCATTTTTAAAGACAGAAGCAATGTTATTGAGATATGTTTACTTATTTACTTTACATAAACAATTATACCTTCGTTGAGCAATTGAAACTGAAGAATATAGATCTCATCTTCAGCATTTTTCAGAGCTGATCAATATTTTGATTCTATAATCCTCAAAGCTGAGAACATCATTTCATATGAATACCTAGTACAAAATAGCGCAAGTAAGTTTGGGGCCATTTCAGGAACTTTGGGAAATTATGTCTATATTCCTAAGCCAAAATTCATTGAAGTTTTTTTTTGTTTTTATTTTTGTTTTTTTAATGTAATTCAAGTCAGTTTCTCAAGCAGCAATTTCTTTTAAGATTTTATTTATTTTATGTATGTGAGTACACTGTCACTGTTTTCAGACACACCAGAAGATGGCATCAGATCCCATTGCAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGCAAGAGCAGTCAGTGAACCCATCTCCAGCCCTCAAGCAGCAATTTTTAAAATCAAACCATGTAGCACAGCACAATCTAAAGATACAAGGATTTGATAATTATATGCTGGGACTGGGAATGTTGAGTGTGTTGTTTGATTGCCTTGCAACGTGAAGTCCTGTTGCCAATTCTCATTGTTATATAAACTAGGTGTGGTGGCATGGACAGAGCGGTGGCACTTGAAAGTTAGAGGCCAGTAGGTCAGAAGTCAAGGTCATCACGCTGGGCTTCATGTGGAGTTAGAGGCCAGCATGGACTACATGAAACCATGTCTCAAAAAATAAATTAAGTCTTTTTTTTCTGTAAGGAAGCTGTGTATGTCTGTCTATAAGAGCAGAAAGCTTTGCAGGTACAGAAAAGGCCACTGCAATTCATAACATCATGTAGTCTCAGGTCTCAGCTAGCATGCATCAGGCAGCATTCATTGGCACTTCCTGACTTCACCAGGGCAGGGTGTGCATGTGGTGTTTTGAGAGCGAAGGCTGCTCTGAAGCCTGCTAGAAACAGCTCAGGTTCTTAAGGCTCGAGTGACTGTTTCATTGTTGTATGCTCAGAAACCCTTGCTGCTGCCACAGTGTTTACATTGAGTAATCCAGCCGCATATGGGGTCAAGACCCACCTTAAGAGACTGAGATCAAAATGAAAACTTGACAGACTTGTTTCTTGGACTGGAGAATTGGCTCAGTGGTTAACACTAGCTGCTCTCCAGATGACCCAAGTTCAGTTCCCAGCATCCACATGACAGCGCAGAACTGTCAGTAACTCCAGTTCTGAGATCTAATCTAAAGCCCTTGTTGAGCAGCAAGCACACACATGGTGAGCAGACATACCTGAAGACAAAACACCATACGCATTTAAAGCATAGTTTTAATGTGGTTCTAAAAATGAAATGTGCTTGTACACTCATGCTCTCTTCTGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTCTGTGTGCGCACGCGCACATGTGTCTGTGCATAATCTGGGAGACACTTGGATTTGCCTTAATATCTATTTTTAAGGTAGAGAAGCCTTTTTACTAGAGCACGATGACCATTCATTACTGATAGTCTCAGTGCTGTACATTCTAAGTGTTTATATATATATATGGTACTCCAAAACACAGAGTCTGAGTCTCTTCTGCCTCACTCTAGAGAAGGCTTTATCCTGAGTAGATTAGGCTCACAGCTACTGCCGTTGGCATCTTCAGGATGCTGTTCTTGCTTAGAAGAGACACAGGAGAGTCACAGCTATCCTAGTGCCTTCTTGTGTCTCCTTAGTCTTGCTTTCTGGCCTTGCCACTGTCAGTTCTTTGTTTCAGTGTATGCCCTGTGCTGCCCCACGGGTTTTGCACGCGAATACTTTGTCTCCATTGGTATAGTCTGCAAATCTCTCGGCTGGTAAGCACTTTCTTGGTGTCTGGTTTTAGTGGGGATCACTGTAGTCCTTTCTGACTTATTTCATAAGCAATCTAGTTCCCTTTATTACAGTGTTTGGGCTTGTCCTCAGAGTCTACATTGTATACATTTCTGATTATTACTTTGTTTTCTCTTAAGAAAAATATAACAGATTCTGATAGAGCAAGAATGTCTTTTTGTCCTCTAGATGGTCTTTGTACAAATGCACAGGAGGCTCTTGATATGTTTGAACAGCCTTTGGTGTAAAAGCCTTCCTACAGCGACAACATCTTTGCTTGCTTTTGACCTTTCTCTGATATGGTTCCAGCCCGTCCTAGCCTGCCTGTATGATCGGCAGGTACCTGTCGTATGTGAGCTCTGCCTGTGCCAGCAGTTAGTCCAGGGCTTCAGTCTGAACCCTCCTACTTAACAGGGCTTGGGCTAAAGTCTGAGACCCTGCCTAACATAGCAGATGCTCAGTAAAGGCTGACAGTTTCTAATACACCTCAGTTCTGCTCATTTATAAAATGGCTCTGGTTCACTATGCAACTTTTATCGAAAATAAATGCATGTCAATATTACTATGCTTTTTAAAGAACTGCTTGAAACATATATGCTAATTTGTATACTACCCTATCAAAAAAAAAAGGATAGATTTTCTTTCCCATAAACATTAGTTTGCTCATAGCAGGAACCTTACAAGATCTAAACACTAAGTTTGATTGTTAGGTTCCCTCACCCTCCCTGTCTCTCTAATATGTATTATTTATTATTATATCTACATTTATATCTGTGCACCATATAAGTTTAGTGTCCATGGAGGCCAGAGTAGGGAATCCAATCCCCTGGGGCTAGAATTACAAAGGTTTGAGCAGCCACGTGGGTGCTGAGAACTGAACTCAGACCTATGCAAGAACAGCCAGTGCTTTTAACTGTGAACCATCTCTAGCACATTTGCTTATGTTTCATATCTCTCTGTCTCCCTCTCCTCCCTCACTCTTCTTTTCCCTCAACTTATCTCCCCATCCCTCCTTTTCTCTTTCCCAAATGTCTTAAATCAACTTTTTAATTGAACATAATAGACATACATCCTAGAAATGATACAGATCCTAAGTTCACACTTGACAGATAATCACAAATTCTTGTCTAGCTTTTGACAGCACGCCCTTCTTGGTCCTCCTGTCATCAAGTGCCCTTGGCTCCTTTTTCCACGAGCACCGTCTTGACGTAGAATCATAAATTTGTTTTGTGGGTTTCAGATTTAATAGAAATAGAACCATATGGTACATAGAATTTTGTGTCTTTTTACTCTTGACTCTGTGTGTGCTGATAAATTTCATTTCTATATTATATTCTATTGTAAGACCATCATACATAGCTAGGGGTGTACTTCAGAGGTAGGGTGCTTGCCTGTGTGAATAAAACCCTGAGTTTGACCCCTTGAGCTACCAAAAAACGATTATTTACTCATTCTGTTTATGGTAGTTTGTATGTGCTCGGCCCAGGGAGTGGCACAACTAGGAGGTAGAGTCTTGTTGGAGTAGATGTGGCCTTGTTGGAGAAATGTGTCATTTTGGGCATGGGTGGGCTTTAAGTCCCTCATCCTTGCTGCCTTCAGAACATAAGGTAGAACTGTCAGCTCTTCCAGCACCATGTCTACCTAGATGCTGTCATGCTTCCTGCCATAATGATAATGAACTAAACTTCAGCCTATAAGCAAGCCCCAATTAAATGTCCGTTATAACAGTTGCCATGGTCATGGTGTCTTTTCACAACAATGAAACCCTAACTAAGACACTATTATTGTAGACTTTGGATTGTTACCAGATTTCTTTTTTCCTGTTAAGAATTTAACTCCATCTTAAACATTCCTTCACTTGCTTGGGGTGCACATAAGCCCATTTCAAGTGTCAGCAGCTGCCAGGAGTGGTGAGCTCCTGCCCTCTTTAGTGCTGTGCAGGTGGGGAAGTGCACTGGTCCCTGGTATGAGAGATGCTGTCTATTAGTGTGGTGGGTTGTTTGCCTTTTCTTGGTCGTATGCAGTACTTCATTTTTATTCTGTGTGGAAGTCCTTTGCTTTGCACTGCTGACACTGTCCTGTGCAATGGCTTCCCTGATATCTGATGTACAGAAGTTTCTAGTTCTCTATGGACAGGTTTGTTCATTTGTATCTAGGGCTCTTATGTAGTTAACTCTGAAAGTGGCTTTGATTTTCTC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Seq C2 exon
GTGCTCCTTGTGTGGGTATGTGTGCAGCCACCCCCCTTCCTTGAAGTCACACATGTGGAAACATGCAAGTGACCAGAACTACAACTACGAGCAAGTTAACAAGGCCATCAATGATGCAATCTCACAAAGCGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000044452:ENSMUST00000061586:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.128 A=NA C2=0.056
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(57.7=38.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(38.5=21.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types