RnoINT0168294 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013565 | Zfp507
Description
zinc finger protein 507 [Source:RGD Symbol;Acc:1307017]
Coordinates
chr1:92091266-92105035:-
Coord C1 exon
chr1:92104921-92105035
Coord A exon
chr1:92091401-92104920
Coord C2 exon
chr1:92091266-92091400
Length
13520 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
CCTTGGTGCCTATCTTCCAGGTG
3' ss Score
9.71
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGCTCCTTGTGTGGGTATGTGTGCAGCCACCCCCCTTCCTTGAAGTCACACATGTGGAAACATGCAAGTGACCAGAACTACAACTATGAGCAAGTTAACAAGGCCATCAACGATGCAATCTCACAAAGTGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000013565:ENSRNOT00000018153:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.128 A=NA C2=0.120
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(57.7=38.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(38.5=21.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]