HsaINT0187445 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000168813 | ZNF507
Description
zinc finger protein 507 [Source:HGNC Symbol;Acc:23783]
Coordinates
chr19:32851410-32873507:+
Coord C1 exon
chr19:32851410-32851524
Coord A exon
chr19:32851525-32873372
Coord C2 exon
chr19:32873373-32873507
Length
21848 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
CTTGCCTGCCTGTCTTCCAGATG
3' ss Score
11.51
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGCTCTCTGTGTGGGTATGTGTGTAGCCATCCTCCTTCTTTGAAGTCTCATATGTGGAAACATGCAAGTGACCAAAATTACAACTACGAACAAGTAAACAAGGCTATTAACGACGCGATTTCACAAAGTGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168813-ZNF507:NM_014910:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.145 A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(57.7=38.5)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(38.5=21.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)