BtaINT0165864 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009242 | ZNF638
Description
zinc finger protein 638 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17894]
Coordinates
chr11:13229651-13235444:-
Coord C1 exon
chr11:13234131-13235444
Coord A exon
chr11:13229713-13234130
Coord C2 exon
chr11:13229651-13229712
Length
4418 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTTTCTCCTTTTACAATAGGAT
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTCGAGACCCAGGTTTAATCCTCGAGGAAACTTTCCACTTCAGAGGCCACGAGCACCTAACCCTTCTGAGATGAGGCCTCCAGGACCATTTATGAGGCCTGGATCTATGGGTCTTCCAAGATTTTACCCAGCAGGGAGAGCCCGTGGAATTCCACACAGATTTGCCTGCCATGAATCTTATCAGAATATGGAACCACAGAGAATGAATGTTCAGGTAACTCAACACCAAACTGATCCAAGATTGACCAAAGAAAAATTGGATTTTCATGAAGCACAACAAAAGAAGGAGAAGCCTCATGGTAGCCGATGGGATGATGAGCCTCATATATCTGCGTCAGTGGGAGTGAAGCAGAGTTCTGTAACACAGGTTACAGAGCAGAGTCCTAAAGTACAGAGCCGCTATACAAAAGAGAGTGCCTCAAGTATCTTAGCAAGTTTTGGATTATCTAATGAAGACTTAGAAGAACTCAGTCGCTATCCTGATGAACAGCTAACTCCTGAAAATATGCCATTAATCTTGAGGGATATAAGAATGCGAAAAATGGGGCGCCGATTACCTAATTTACCTTCTCGGAGCAGAAATAAAGAAACACTTGGTAATGAGGCAGTTTCGAGTAATGTGATTGATTATGGGCATGCAAGCAAATATGGCTACACAGAAGATCCACTTGAAGTACGTATTTATGATCCTGAAATTCCAACCGATGAGGTCGAGGATGAGTTTCGGTCACAGCCAAGCATTTCTGCATCTGTTCCTGCTCCAAATGTGATGTGTAATTCTATGTTTCCTGTTGAAGATGTGTTTCGACAGATGGACTTCCCCAGTGAGTCCTCCAGTAATCAGTCCTTTTTCCCAGTTGAGAGTGGAAGCAAGATGTCAGGTTTACACATTTCAAGAGGACAGTCAGTCCTTGAACCTGTAAAATCTGTCAGCCAATCCATTAGCCAGACAGTTAATCAGACAATGAGTCAGTCTCTGATTCCTCCTCCTATGAACCAGCAACCTTTTTCATCGGAATTAATTTCAACTGTAAGCCAACAAGAGCGGATCCCGCGTGAACCTGTCATTAATTCGTCTAATGTACATGGATCGGGAGGAAGTAAAAAGAATTACCAGTCAGAGGCTGACATCCCCATTCGGTCTCCCTTTGGGATTGTGAAAGCATCCTGGCTACCAAAGTTTTCGCATGCTGATGCCCAGAAGATGAAGAGACTTCCAACTCCTTCTATGATGAATGATTATTATGCAGCATCTCCAAGAATATTTCCACATTTGTGTTCTCTGTGTAACGTAGAATGTAGTCATTTGAAG
Seq A exon
GTGAGTGTTTTTAAAGATCACTGTATCATGATAACTCAGTGCCCAAGTTTCATCTAAATTCTCATATGTATGCTGGTGTTAACTAGTCATTAAGGAAATGGCAGAAATTGTGATTGCAATGTCAGTGCTTAGTTGTAATCTTAAGTAGCCTGGCCTAAGTATTGAATTGAGTGTTAGGCTTTCTGTATTCCTGTGACTGGGCACACCACATGGATTTTTCCATTTATTTTGAACTTTTGAGAGGTTATCCCAGAGAATGCAACATAAAATTTATATGACACAAACTGTATTTATAAGACAATGTCACATGAGTTACCTTTATCTGAATAAGAGAATCTGTTAGTAAAAAATAAAAATTTGGAATAAAATATTTGTACTGCACACTTTTAAAGAGACAGTATATTTTAGCTTTGCATGTATCTTACCTGTTTTGAGCTAAAGATAGTTAATGTTGATTTAAATATTTTCTGACTCTATGATTCTTATCTGGATTTTTAGTGCTTCATGAGAAGGAGCTTCCTAAGATAACTAAATCCATAGCGTAGCAAAATTGAGTCAGAATGAATTATTGGGACCAGCTGTGGGCTCAGAGCATAGAGTGTAAAATGATCTGTACAGAGAAGAGTTTAAAAAACAAAGGAGCCTTAGGTGTCTTCATGGTTAGGAGAGTTAGAATGAAAGTATTTTACTGAGGTCCTGAGGAATAATGTAGAATATATTGTTTGATAGTAATCACTGGTGGATTTGAGTAGAATTTTCTGAATATGTTTTATTTACTATATATGTTTGGAAACTACTGTTTTTTCTGTTTACTAATGTGATTTGAAGATTTATATTACATGTGACCAGGAAGGAATGTATTGCAGTATTTCCTATGGGAACAAGCTATGATTCAAGGCTGTAGCATTGGTTGTATACTTTAATAGGCTTAAAAGTCTGTAGGTGTTTATTCCCTTGGTTTTTTTTCTCTTTCCAGTATTGTCCTTTTATTGTCTTTCTGTTACCCACTCACCAGGTTTCAGCCAACAAGAATCTGATACCTGGAACTGATGCTTCGGTCAGAAATGTTGTTGAAAGCAAAGGAAATCAGCATTCTACCTCATTTTAGCCAGATTTTCTGAGTGCTAATAATAATTGCCTTGCTCTGTCAAAGGGAATAGCAAAGTCTTTAAAAAATCTCAGCACTTAGTTAAAATCTAGCCCTGGCCCAAGTATTGAATTGAGTGTTAGCCCCTCTATGTTCCATTTATTTTGAACTTTGAGTTAGTCACGATGAATCTAAGAAAAAATAATATCTTAAAAGTTTTAATTTTTATTCTGTTGAATAGAAAATACACACATTCAGTAACTGTTTACTGGTTACTAATTTTGTACATGATGCTACATTAGGTGCTGGAATGAAAATAAACTACGTAAAGTTTACATGTTGTTCTTAAGCAGTTTATACAGTCTCACTGAAGAGAAAAATTACACACCTAAGGAATTTTTTAAAAATTAGAAGGCAACAAATAGTTTGGTGATTGTAATTGACTTGTTTGGATAGGCTGTAGGGAGAGAGAGATTTAATATTTCTATCTTGATTGTAGGCTTATATCAGTTTAGGCCAGCATTATCAATTTACCAATACTTACTGTGTATTTCACAGTGTGTAATTAAAAATCATGCTTTCTGGCATCAGAAGACTTCTATACTCCAGTTAGATAAGACTTGTTGAGTGACTAGGTGCACTAAGTCTGTCTGGATTAAAGTGATCTGGTAGAGAAGACTTCATGGAGTAGGTTGAAGGTGGTTCTTGAATGATTAGTAGGCTTAGATGTACCCAGGGGAAGAGGGATGACATTTCAGATGGGAGTAACAATGATAAGTTTGAGGGGCCTAGAAAAACTAGCCCAGGGAGTTTAGATGTGAAATGAGAGACATTAAGCTAATTAAGATTCTTTGATTCGTGAAATGACACATTAAAAAATATATTTCAGGAAGATAAATCTGACTGCTGTGTGCAAGATGAATAGGAATGAAGAGAGAGAGGGTAGGACGCCTAATTTGAGGCTTCCCTAGTTATTCAAGTGTATGTTGGTGACAGTATGGATTAATATGATAAAAGTACAATAAAAATAAAAATCTTCCTCACCCAGAGATCAAACCTGAGTCTCCTGCACTGCAGACCGATTCTTTACCATCTGAGCCACGAGGGAAGCCTGTAATGTGATAAAAAGACATTAAACATTAAAAGAAATCATTTAATGATTATTAGAGTTCATAGAAATCAATTGCCTTTTTAAATGAACAGATACCTTTTAACAGCCGGAACAGCACAATGGACCTAACTAATGAATTCTTCTCTACTAGATGACAAATGATAGGGATTTGTGAACATGGACTTAGGTAGTATAACCTACCTCTCTTGTTTCTGTGATGTATTTTGTTGCCCTGTAAGTGTGCATGTATTTGACATTATAAATGTGTAACCAATAAATATAAATTATCAACTGCAAATTTTTTTTGCTAAGTAACAGCTAACGATGTTACCTACCCCTGAGTCAAAACTACAGTCTGAAAAAGACAAGAAAAATGAGGAATTTTTTTTTTTTTCTAAATTGAGTTTCAGACATCAGAGAAGTCATGCTTAGTTTAGAAGTTATGTCTTTTTGACTGTCACAGTTGGTTTAGAAGTCTATCCTTGGTTTAAAGCCATGTCTTTCTGACTAAAATAATTCAGTTCAAAAAAATACTGACATAAATGGTTTTTTTAAGTAGTTGGTAGATAAGAGAGTGATATGGGTAGGTATTTTCAAAGTTGGATTCTGGGTCCACTCAAGTCTGCAGTCCTTGCTGCATCTTCTGCCTAGTAGGTAATTATTACTCTCTCTGGAGAGGAGTCCCGCTTTTGGACCCTTGTCTTATTGGAGAGTAGAAATTGGGGTGGTGTAGATATATTTACTGAACCTAAAAGTGAGTAATGTCAGTAAAGTGGATGTGTGTGTGTGTGAACTGGACAGAGTATGCCTTAAATAACTTTTAGCTGTCAGCATTAGCTGATAGTTGCTATGTCAAATGCATATCTAGTATTCTATCTTCATGTTTTTTCAAGAAAAGCTGAAAGTCTGAATTTTTATATATTGGCAACTTATTCAAATAAAACACTTTGTGGTCCGATTAAATCATGCCCATTTTGATACCTGTCAGTGTGTCTAATGTAAACAATATCTAGTTACTATCAAAGATACGGGTTTAGCAGTACTAAAGACTCCTAACTGCCAGTCTCTTCTAGCTTCCTATTTCCCTGAGCAGGATATGCAGACTTTATTTTTTGTAATCCACAGTCAGTTCCATGGCTTAATGAAATACTTTAGGGTTTGTCATAACCTGCTGCTGAGTATTGCAAGTAGCATGCACTTGTTTTCAGATAGTTCTTGACAAGGCAGATTCCAAAATTAGTGTCAACTGTGGTTTTTAACTGGATAGTTCTAGTCTTTGGCAATGACAGACTAAAATGTTTTTGAAATGGAAATGAATAACATTTTCCTCAAGGAATGTTTTAAAATATGGAAGGAACTGTTCAGTAAGTTTTCTACCTGTCCAAATATTGGAGACACAATAAAACATTACTCACACTTTGCTTTTAACTAATTGTTTCACTTGGGGGACTCGCTTTGAAAATTGTAGTGCCTTAAAAAAAAAAATCAGATGTGTCTTCCAGGAGCTTTTTATGGGTACAAAATATAATTTTAGGGCAGCTTGTGAGTGAAGTTAAAGGAGAAAGCATTTTGTTCATTGTCAAGCTCTATATGTAAGGCATATTATGTCTTTGAAATGATACTGCTTTCAACTATATCCTGAAAATAAATGTTTTGATCAGCAGCATTTTTTCATATTTTTACTAATCTTATCCTTTGTCAGTATATAGTGAGTACCTTGTTTGGAATGGTATTGGCCTGAGAGGTAGGATTTTTTGTTGTTAATGTTGTTAGCTTGAAGTTTAGAGTTGTAAGGCATCAAGACTATATTTTGGAGATGCCATTTCAAATACCATTCTATTTATAGAGTTCTTGATACTGTCTGTAGTGCGTGTTTTTTTTTTAATATTTGAGATGAGTTATTTCTGATCCATGCTTTTATTTTCTCCAAGTTTAAATGTATGTTTGACTTCAAAATGAGTATCTATGGGTAGGATTTTTAAAATGTTTGCCATAGCTAAAATGTTTTAAAATGGCAGCAATGAGTTGATATTAAGTGCTTTTATTTAGAGTCCTTTTATTTTTGTTTGTGAAATTTTTATTGAGTAGCCATATGGTATTTATAACTAGGTTTGTTTAATTTTTGAAAAAACAAAGGATGCTGTGTCATGTTAAAAAGCCTAATGTAATTAGTCAAATGAGGAATGTTCTAATTTGTGCACTTTTCTCCTTTTACAATAG
Seq C2 exon
GATTGGATTCAGCATCAAAATACATCTACTCATATTGAGAGTTGCCGACAGTTACGTCAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009242:ENSBTAT00000012184:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.724 A=NA C2=0.429
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development