HsaINT0187948 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000075292 | ZNF638
Description
zinc finger protein 638 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17894]
Coordinates
chr2:71348753-71355780:+
Coord C1 exon
chr2:71348753-71350271
Coord A exon
chr2:71350272-71355718
Coord C2 exon
chr2:71355719-71355780
Length
5447 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTTTCTCCTTTTACAATAGGAT
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTGTGTTATTCTTGGAAAATTTCGCACCACTTGTGAATTCCTTGAACCTGGGCATTGCAAACCCACTTCTGTTGGGCCCATCTCCTTTGCACTTTGCTCAGATTAAGACTCAGTTGGCGCTTCAGCAGCTGAATGCCGTTGCCTCACATGGTTCAACACCACCTTATACTTTATTAAATCAGGCTTTCTTGAAAATAGCCATGTCGAGACCCAGGTTTAATCCTCGAGGAGACTTTCCACTTCAAAGGCCACGAGCACCTAACCCTTCTGGGATGAGGCCTCCAGGACCATTTATGAGGCCTGGATCTATGGGTCTCCCAAGATTTTACCCAGCAGGGAGAGCACGTGGAATTCCACACAGATTTGCTGGCCATGAATCTTATCAGAACATGGGGCCACAGAGAATGAATGTTCAGGTAACTCAACACAGAACTGATCCAAGATTGACCAAAGAAAAACTGGATTTTCATGAAGCACAACAGAAGAAGGGGAAGCCTCATGGTAGCCGGTGGGATGATGAGCCTCATATATCTGCATCAGTGGCAGTGAAACAGAGTTCTGTAACACAGGTTACAGAGCAGAGTCCCAAAGTACAGAGCCGCTATACAAAAGAGAGTGCCTCAAGTATCTTAGCAAGTTTTGGATTATCTAATGAAGACCTAGAAGAACTTAGTCGCTATCCTGATGAACAACTAACTCCTGAAAATATGCCATTAATTTTGAGGGATATAAGAATGCGAAAAATGGGGCGCCGATTACCTAATTTACCTTCTCAGAGCAGAAATAAAGAAACACTTGGTAGTGAAGCAGTTTCAAGTAATGTGATCGATTATGGGCATGCAAGCAAATATGGCTACACAGAAGATCCACTTGAAGTACGTATTTATGATCCTGAAATTCCAACTGATGAGGTCGAGAATGAATTTCAGTCACAGCAGAACATTTCTGCATCTGTTCCCAATCCAAATGTGATATGTAATTCTATGTTTCCTGTTGAAGACGTATTTCGCCAAATGGACTTCCCCGGTGAGTCCTCCAATAATCGGTCCTTTTTCTCAGTTGAGAGTGGAACCAAGATGTCAGGCTTACACATTTCAGGAGGACAGTCAGTCCTTGAACCCATAAAATCCGTCAACCAATCCATTAACCAAACAGTTAGCCAGACAATGAGTCAATCTCTGATTCCTCCATCTATGAACCAGCAACCTTTTTCGTCGGAATTAATTTCATCTGTAAGCCAGCAAGAGCGGATCCCACATGAACCTGTGATTAATTCATCTAACGTACATGTTGGATCAAGAGGAAGTAAAAAGAATTACCAGTCACAGGCTGACATTCCCATTCGGTCTCCCTTTGGTATTGTGAAAGCATCCTGGCTACCAAAGTTTTCACATGCTGATGCCCAGAAGATGAAGAGACTTCCAACTCCTTCTATGATGAATGATTATTATGCAGCATCTCCAAGAATATTTCCACATTTGTGTTCTCTGTGTAACGTAGAATGTAGTCATTTGAAG
Seq A exon
GTGAGTGTTTTTAAAAAAAGATCACTGTATAATGATGCTCAGCGCCAGTTTTCTCTAAATTCTGATATGTATGCTGCTTGTTAACTAGGCGTTAAGGAAATGGCAGAAGGTAATTTTAATTGCAACCTCAATACATAGTTGTAATCTTAAGTAGCCCTGGCCTTAGTACTGAATTGAATTTTAGGCTTACTGTATTCCTATGACCGGGCACACCATATTTTAGTAGTGTGTCCATTTATTTTGAACTTTTAGTTATCCCACTTACGCAACATAAAATTTATGTAACATAAGCTGCGTACTTACAAGACAATGTCACATGGAATCACCTTTCTCTAAAAGGATCTGTTAGTATAAAAATACAAAGAGATGGTATAACCCATTTGTAATGCACACATTTAAGAGACAGTATATTATAGCCTTGCACATATACACCTGTCTTGGGATAAAGACAATTAATGTTGATTTAAATATTTCCTGACTTTATGTAGACTAGTGATTTTTAGTATTTTTTGAGAAGAAGCTTTCTAAAATAACTTCATAGCAAAAATAAGTCAAGGTGCAGTAATTATTCTGGGACCAGCTGTGGACTCAGAAAATAGTGTAAAATGATAGAAATTTGTAGAGAAAAATCTTTAAAAAATAAAGATGATTTAGGTAGTTTGATAGTATAGTTAGAAGGAAGTATTTTGCAGAGGCAGTGAAGTGTACTATAATGTAGAACATACTGTTCAGTCGTAATCATTGGTAGATTTGAGCAGGAATTTCCAAGTAAATTTTATTTACTTACGTATGGTTGGCAATCACTGTTTCTTCTATTTACTAATGTGATTTATAGATTTAGATTGTAAAGGGTCAGAAGAGAATATACTAACATGGGAAAAAGCTTTGATTCAAGGCCATGGCCTGGAATTGGTTGTATACTTAGGCTTAAAAATCTGTGTGTTAACGCTCTTGTTCTTTTCTTCCAGTGCTGCCTTTCGATTTTCTTTTCATTATTTACTCACTAGGTTTTCGTCAACATGAATCTGATAATTAGATCTGTTGGTATTTTCTTAAGGTTAACTCCAGCAAAAGAAAGCAGCATTCTACCCCATTTTAGCCAGATGTGCCAAATTCTATTAAAATAATAGTTGCCTTATTCCATCAGAAGGGATAGCAAAGTCCTTACAAGGGAAAGTCTTAGAATAATTCATATCACCTAATTGTAATCTGTAAGTAGCCCTGGCCTAAGTAGTGAATTGAGTGTTTGTCTGTATTCTTGTGACTGGGCATACCACATAATTTTTTTTAATTGATTTTGAACTTTTAATTAATCATAATGAATCCAAGAAAATACATCTTTAAATAAAGAACTTGAAGTTTTGTATTCTGTAGAGTAGAAAAGGTGTACATTTAATTTAGTATGTACTTATGGATACCAGTTTTGTACTTGACTCCAATTAGGTACTGGGGCAGAAATGAGGAACTGTGTAAAATTTTAGATGTTATTAAGCAGTTTATTCAGTCTTATTGGGGAGAAAAATTATGCTCCCAAGACATTTAAAACAATTAGAAGACAACAAGTGGTTTTGTGATTGATTTAACTTGTTTGGATATGCTGTAGGGGACAGAGATTTCTGTCTTGATTTCAGGCATGTATCACTCAGGCCAGCATCATCAATTTACCAATTTAATCATTACCAATTTGCCAATTTAATTATTTTAACTATTGTATTTGTAACAGTATGTGTTTAAAAATAAGTATAAATATGCATCCTGACATCAAAAGACTTTTATAGCCTAGTTAGACTAATGGAATGTCAGTTACTAAATGCACTAAGTCTGTCTTGACTAGAATGATGTGGGAGAGAAGACTTCATGGAGTAGGTTGAAGATGGGTCTTGAATTGAGGCTTTAGATATGCCTGTATAAAGAGGAGGAGGGGGCCGGGCACAGTGGCTCACTGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGACAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCACCCTTACTGACATGGTGAAATCCTGTCTCTACTAAAAATACAAGAATTAGCCGGGTGTGGTCATGCGCACCTGTAATTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGGAGGGTTGGCGGCAACAACATACAGAGAGGCAGAGGTCCGGAGAGAAGACTACATTTCATTGTGGTAGGAGGCAGTTGGGAAAGAGTGATGAGCGTATTAGAAATAAGTACGAAAGGCTTTGAAGAGCTAGCCTAGGAGTTTAGACTTGAGGTGAGAGGCATTAGAAAGCTAAATAAGTTTGTTGATAAGTGAAGTGACATGTTGGAAGTATATTTTAGGGAGATCTGACTGAAGTATGCAGGGTAAATAGAAATGAGATGATGTGGAGTAGGACTTCCACTTGGAAGCTTCTTTAATTGTTCAAGTATAAGATGGTAAAAACCTGGGTTAATAGGATAAAAGTAAAAATTTGAGAGGAAAGGAAATCATTTAGTCATCATTAGAGCTCACCTAGATAGATTGCCATTAAAAAACAGACACACCTTTTAACAGCACAACAGAATGGGGCTCATCTAAGTAATGAATTTTTCACTACTAAGTGGCCAAATGATAGGGATTTGTGAAGATGGATTTCGATGGTACACACTGCCTCTCGTTTCTGTGATATATTTTGCAGCCTCGTAAGTGTTCCTGTGTGTGTATATATGACATAAATATGAAGCCAATAAATGTAAATTACCAATTGTAAACTTTTTCCTATTGAGTAAATCTGACAATATGTATATTCCCCACCTTCGAGTCTTTGAAACTATAGCTGTGAAGATGTACTTTGAGAACGTGAAATGTATTTGCTTGTTAAATTGGGGTTCAGATTTTAAAGGAGAAACTTCCCTTGGTTTAGGAGCTGTGTCATAATGACTGAAATAATTCAGTTTGAGAAAGTACCGACAATAAAAAATTGTTGAGAATAGTGAGTGAGCCCTGATACGAGTAGTTATATATTTTCAGTTTCATTCTGAGCCTGCCTAATTCTGTGCAGTCCTTGCAGCATCTCCTGCTAGTAGGTAATTATCACTTTTTCTCTGGGGAGGCAGTGCTGCTTTTGGACTATAATGTGGAAACTATTACTAGAGAGTCTAGAAGTTGGGGTGGGATGGGTGTGTTTACTGAGCTTAAAGCAAGTAATGTCAATTTGTGAAGCAAGCCTAAGAATGTGTGTATGTGTGTTGAACTGAGAAGAGTATATCTTAAATAGGGCAGCCATCATCTTCAGGTGATAGTTGCTGTAAGAATGATATCCTGTATTACTGTATCTTCCTATTTTTTCAAGAAAAGCTGGAAATCTGGACTTGCGGGTAAAAATCTCTGGATTATTAAATGTTGGCAACGTATTCAGATAAAACACTTTATGGTTCAAATAAATCATGCCCAACCCACTGCCTGCACCAGTGTGTCTGTTTGATGTAAACAGTGTCCAATTAATATTAAAAATATGGGTTTTAGTACTACTAGAGACTCTTCTTCTAGCTTTCTATTTGTATTATTAAACAGGATGTACAAACATTTCTTTTTTGTAGTCCACAATCAGTTCCATGGCTTAATGAAATAGTTTAGGATTTGTCATACCTTGTTGCTGAGTTTAAATTGATGCTGAGCATTGCAAATCAGTGTACCTTCTTTCAGATAGTTCTTGCCAAGGCAGAATCCAAAATTATTGTCAACCGTGGTTTTAACTGTGGAAACTTCTAATGACCTAAACTAAAATGTATTTCAAATGGAAACAAATAATAACATTTTCCTTAAGCAAAGTGTTGAAATACGAAGTTATTTAGTAAGTTTTCTGCCTTTCCAAATGCTGGAGGAACAGTAAAACATTGAGTAACATACATATTGCTTTTAACTAATTGTTTCACCTTGGAAACTGTATCTTTGTAAACTGTATTGGCTTTTTTTTTTTTTTAACCAGATGTATCTTCCAGAGTTATTTATGGGTACACATTGTAATTTTAGGACAGATTTATTTGTAAATGAAGTAATGTATAAGAAAGCATTTTGGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAACACTTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACAAACATGGTGAAACCCTGTCTCTATTAAAAATACAAAAATTCACCAGGCTTGGTGGCACATGCCTGTTAATTCCAGCTACTAGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGTGGAGAGTGCAGTGATCCGAGATCGCCTCATTGCACTCCAGCCTAGGCAGCAAGAGTGAAACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAGCATTTCGTTAATTGTAAAGCTCAAAGCTCTATATGTAAGGGATATTGTATCTTTGAAATGTTGTTACTTTTAAATTTTGAAAATAGATTTGATCAGTAGCATTTTTCCCCATGTTTTTCCTAATCTTATTTGCCAGTATAGTGAGTACCTTGTATGGAATGGTACTGGTCTATCAGGTAGCATTTTTATTTTATTTTTATTTTTATTTTTATTTTTTTGGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCGTCAGCCTCCTGAGTCGCTGGGGCTACAGGTGCCCGCCACAACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACAGTAGTGTCGATCTCCTGAACTCGTGATCCGCCCTCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCGGCATTTTTTGATTGTT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Seq C2 exon
GATTGGATTCAGCATCAAAATACATCTACTCATATTGAGAGCTGTCGACAGTTACGTCAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000075292:ENST00000264447:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.700 A=NA C2=0.414
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains