RnoINT0168508 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014501 | Zfp638
Description
zinc finger protein 638 [Source:RGD Symbol;Acc:1309746]
Coordinates
chr4:115624887-115631257:+
Coord C1 exon
chr4:115624887-115626399
Coord A exon
chr4:115626400-115631195
Coord C2 exon
chr4:115631196-115631257
Length
4796 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTCTCTTTTTTTACAATAGGAC
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTGTGTTATTCTTGGAAAATTTCGCACCACTTGTGAATTCCTTGAGCCTGGGCATTGCAAACCCACTTCTGTTGGGCCCATCTCCTTTGCACTTTGCTCAGATTAAGACTCAGTTGGCGCTTCAGCAGCTGAATGCCGTTGCCTCTCATGGTTCAACACCACCTTATACTTTATTAAATCAGGCATTCTTGAAAGTAGCCATGTCGAGACCCAGGTTTAATCCTCGAGGGACCTTTCCACTTCAAAGGCCACGAGCACCTAATCCTCCTGGGATGAGGCCTCCAGGACCATTTGTGAGGCCTGGATCTATGGGTCTTCCAAGATTTTACCCAGCAGGGAGAGCCCGTGGAATTCCACACAGATTTCCTGGCCACGGATCTTATCAGAACATGGGACCACAGAGAATGAATGTTCAGGTAACTCAACATCGAACTGATCCAAGATTAACCAAAGAGAAATTGGATTTTCCTGAAGCACAACAAAAGAAGGGGAAGCCTCACGGTAGTCGATGGGATGATGAGCCTCATATAACTCCACCAGTAGAAGTGAAACAGAGTTCTGTAACCCAGGTTACAGAGCAGAGTCCTAAAGTACAGAGCCGCTATACAAAAGAAAGTGCTTCAAGTATTTTAGCAAGTTTTGGATTATCAAATGAAGACCTAGAAGAACTAAGTCGTTATCCCGATGAACAGCTAACTCCTGAAAATATGCCATTAATATTGAGGGATATAAGAATGCGAAAAATGGGCCGCCGATTACCTAATTTACCTTCTCACAGCAGAAATAAGGAAACACTTAGTAATGAAACAGTTTCAAGTAATGTGATTGATTATGGGCATGCAAGCAAATATGGTTATACAGAAGATCCACTTGAAGTACGTATTTATGATCCTGAAATTCCAACTGATGAAGTCAAGAATGAATTTCAGTCTCAGCAGAGCATTTCTGCAACTGTTTCCACTCCAAATGTGATATGTAATTCTGTGTTTCCTGGTGAAGATGTATTTCGTCAGATGGACTTCCCTGGTGAGTCCTCCAGTCAGTCTTTTTTCCCAGTTGAGAGTGGAACCAAGATGTCAGGCTTACACATTTCAGGACAGTCAGTCCTTGAACCTGTAAAATCCATCAGCCAGTCTATTAGCCAAACAGTTAGCCAGACAACAAGCCAGTCTCTGAATCGTCCATCTATGAACCAGCCACCCTTTTCATCTGAATTAATTTCAGCTTTAAGCCAACAAGAGCGGATCCCACAGAAGTCTGTGATCAGTTCAGCTGATACACATGGTGGACCTAGAGGAAGTAAAAAGAGTTACCAAACAGAGGCTGACTTGCCTATTCGGTCTCCCTTTGGGATTGTGAAAGCTTCGTGGCTACCAAAGTTTACACAAGCTGGTGCCCAGAAAATGAAGAGACTGCCAACCCCTTCTATGATGAATGATTATTATGCAGCATCTCCAAGAATATTTCCACATTTGTGTTCTCTGTGTAACGTAGAATGTAGTCATTTGAAG
Seq A exon
GTGAGTGTTTTTAAAAGATTGCTGTACAATGATGCTCAGTGCCCAGGTTTTCTCTAAAATCTGTTACGTATGCTGCTGTTAACAAAGCGTTAACAAAGTGCAACCCCAGCACCTACTTGTAATCGTAAGTAACCTTAGTACTGAAATGAATGTTTGGCTTTCTACATCACGTTACTTGGCATACTGTATAGTTTGCCTTTATTTTGAACTTTTAGTTATCCCACTTATATAGCATCCAATTTATTTAATAAATTGTGAACTCATAACAATGTTACATGAAAAAGTATGTTTAAGATTTATTAGAATAAAAATATAAAACTCATTTGTAATATACACTTTTGAAGACTAATATATATTCCAGCCTTGCACATACCTGTTCTAAGATAAAGATCTTAATGTTGCTTTAAGTGTTTCTGATTTTTGTATAGACCAGTGATTTTTTTTTTAGTGTTTCTTGAGAAGGTACTTTTAAAATAATTTCATATAATGATTCAGGATGTAAAGATGATTATGATTATGGAACCAACTGTGGGCTCAGAAAATAGAGTAAAATGCTGGAAATTCAGAGAGAAACATCCAGAATATATGCTTAAGGTACCTTTGTGGTTAGTGTAGACAGAAGGAAAATTTTGCACAGATGCTCAAGAATAGTATTATGTAGTGTATGCTGTTTGATAGTAACTATTGGTAAATTTGAGCAGGAACTACCACATTTCCCCTTTTTTAACATATATGTATAGCAACCACTGATTCTTTTGTTTACTGATGCAGTTTATAAGTAAGGATGGTAGGGAGGAGTGAATGTACCTTAAGAAGCTTTGATTTAAAAGTTTAGCCTGGAATTGGCTAGGTAGCTTGAAGAGGTTTACAAATGTGTAGGTTTTGGTTCTTTTGTTATTTTTTTTCCTGCAAATACTGCCATTTTATTGTCTTTGTATTCATTTATCAGTTTTCAGTCAGTGATCTAAAACCTGAATTGGTTGCTTTTGTCTTAGGTTAACTTTAGCAAGAGAAAACATCATTCTGGGCTGAGCATGTAGTTCAGGGGTAGGGCACATGTTTAACACATACCAGGCCCTGGGTTCAATCAGAAAGCAGCAATCTGTCCATAGAAAAGTATGCTGAATTTTAATACAGTAGTAGTTGCCTTATTCCACCAAAGGAGAATAGATGTCACTTGTCTCTCAGAAAAATCTCAGAATAATTTACTCATTGAGTTTTGTAATTTATAAGTAGCTCTGGACAGAGTATTGGGTGCTCTTTGTTATTTTAACTGGGCATACTAACTCTCCCATATATTTTGAACTGTCTTAATGAGTTGAAGAAAATACATCTTAAAGAACTTGTGTTTTTATTGATATTTTGTATTGTAGAAAGTACAATATTTTTAGTATATTTACCAATTTAGTTTTGTGTGTGATTGTTCAGTAGACAGAAATAAAGAACTGTATAAAATCAAACTGTTTTGTAAAGCAATTTATACAGTCTCATCAATGAAAAAAAAAACCACATACCTGATGAAATTTTAAAAGTTAGAAACAAATAGTTTGGTGATATTTAACCATTTGTACATGCCACAAGGGAAAGATTTTTATTATTTCTACATTGATTTCAGATTTGTAGTGGTCAGTCCAGCTTTACAATACCTGTAGATTAGCTAGCAATTCGCGATGAAAAAGAAAAACGTACATATACTCTTAGTATCAGAAGTCTTTTATAGCCTAGTTAGATAAGACTGAGAGAGTGGTAGTTAGCAGTTGTACTAAGTTGTTTGGAATAGTTTGAAGACAGTTTTGAATGCTGAAAGGGTTAAATATGCCTATCTAAAGAGGAAGTGGCATTCCAGATGGGAACTATAGCATTTGCAAAGTAAAAGGTTCTTAAAAGAGAAGGCCTTGTGGTAGGATGCAGTGAAGAACATACTAGAAATAAATGTGCAGGGCCTTGAAAAGCTGTTGTCAATTTAGTTTCAGGTGGAAGACATTGGGGAGCTAATTAAATTTTTGGTATATGAAGTGACACATTGAAAGTGTTTCAGGGAGATTTCAATGTAGAGGAATAGGAAGAAAGGATATGGGGTGGGCCACTTAAGGAAGCGTTCCCTAGATATTCAAGTCTAAGGTGGACAAGCATTAATAAGATAGAATAAAATTTTGAGAGCAGAGGAAAATCATTTAGTCATTAAAAAACACACCTCTTTTAGATTGTGGAGATGGCTCAGTGAGTAAAAGCACTTGCCACACAAGTGTGAGGACCTGAGTTCAAATCCTCAGGATCCATGTCAAAACCTTACAGCATGAACATCTACAGCAATCCTAGCACTCATATTGGGAGATGGATAAATAGAGACCAAAAACTTCGGAAGCTTGCAGGCCACCTAGCTTGGTGTATGCAGTGACAAAACAGCAGAGACTGTCTCAAGGTGGAAGGTGAGGACTGACTCCAAGGTTGTCCTCTGACTTCCATAAGCTTGCCATAGCTTGTCTTGTATACTGTGAGTTAACATACATTGTACATGTATGCACATGCTTTACTCCCAGTCTTTTTAATCAGCATAACAGATTGGGGCTCATCTAATTATAGAATTCCTCATAGATTGATGGACAGTGTTAGCATGTGAATGTGGATTTAGATGTACAAGTTGCCTCTTGTTTCCATGATATATTTTATTGCCTTGTGTATTTGTATATTTGTGACATTAGAAATATGTAGCCTGTAATTGTGAATTTCTAATTTCAGACTTTTTCTTACCAAGTAAATCCTACAATATCCTTGCTTTCTATTTTTGAGTCTTTCAAACTATAGCCTGAGATGTAATGTGAAAGTGTAATAATAGAATGTAGAATGTGTTTTCTTAGAAACTGGGGTTCAGGTTTTAAAGGAACTTAACTTGATTTCTTATGCCCTTCCGATTGAAATAACTTGAGTCAAAAAAATTCCCCAATTTATCTACTTATTTATATATTTTGTGTGTTTGTTAGTGTGGGCACATGCGTCCATAGTGAGTCTGGAGGTCAAAATATTGTGAGAGTCAGGCGATCTCCTTTCATCATGTGGGTCCAGGTTAGGATTGAACTCTGGCAACATTGGAAACAAACTTTTTATTTATTTTTTTATTTAAAAAATTTTTTTTGAAGCTAATCAGAGGAGGATAAAGAGCAAGCTTTGATAGGAGTCAGTGTTTTCATAGTTTGGTTCAGAGCCAGCCCAAGTCTATAGTTCTTGGACCATCCTTGCTTCTCAGGTAATTATTTTTTCCTATAGAAGTAGTGGTGCTTTTGAACAGATATCTGGGTACTGTCATTATGAAGCCTAGAAATTGGGGTTGCATGGTTATATTTACTGAGGTTTGGGTATCAGTGTGCATGTGTGAATTGAATTAGAATGAGCAGGGCAGTGACCACCTTCAGCTTACATAGATGTGACAAAGAAGCATATTCATTATTATCATCATTTCTTTGTATGTGTTTAAAGCGGAGCTGAAAATGAGATTTGGGGGTGTAATCTGGATTTTAAATGTTGGTAACTATTCAAATAAAACATTTTATGGTGCAAATAAATCATGCCTAATTTCCTGCCTGCCAGTGTGTCTGTTTGGTAAAAACAATACCTCATTTATATCAAAGACATGGGTTGGGCACTGCTATGGATTCTTGATTGCTGGTTTCTTTTAGCTTCCTGGTTGTATCACTAAGGAGGGTAGCAGACATTTTGTTTTCACAGTGTACAATTAATTTAAGAAGTTTAATGAAATCCTTGAGTTGGCCAAAGCTTTTATATATATACACTGTGTTGGAAGTAGCTTGACATTCAGGTAGTTCTTGCCAAGGAGAATTCAGAATTAAAGTCAACCATAGTTTAATTGTGGAGGCTTTGTCTTCAGGAATGATACAAATTAAAGTGTTTTTGAAATGGGAACGAAGTTTTTCTCTGAAAGTTTAACACAAAGCTGTTTAGTGAGGATTTGTTTTTGTCTTTTTTCCCTTTCCAACTGCTGGAGGAACAATAAAGCACTGATAGACTTGATGGTGTGAACTAATTAATTCATTGTTTCACCTTGAGACTATTATATTAAAAAACTGTATTGCCTGCCCTCCCTTCTTTGCCCTCTCTTTTAATCAAACACATCTTCTAGGAGCTAATTATTGTTATAGATTGTAATTTTAGGACATTTATTTGTAAACAGTATATAAGAAAGCATTTTTTTTTGTTAATTATAAAGCTGTGTGTATATATGTAAGGGAATATCATGTCTTTGAAATGGTGTTACTTTCCCTTATAAATCTTGAAATTAGATTTGATCAGTGGCAGGTTTTACTATTTTACCAATCGTTTCCCCAGTATAATGAGTATTTTGTTTGGGATGCCACTAGCTTTTTAGCTCACATGTTTTGGTGCTCAGTGTCATTTGCTTGATTGACCTTAGAGGAGGAAGCCATCGGACTACTTGATAGAATTCTGGTGGTTTTTGAAGTGTTTTTATATTTGAGGTGTTATTTGTTAACTTACGCTTTTCTTCAAATCTAAATATAATCTATGTGCATTTCAAAATGAATGTTTTGATTCTTGATTCAAGAAATATTCATATTAGTATTTGTTAAATGGGTTCAACACAGTATGGGGTTAAATGTATTTGTTTGGAGTACTTTAATTTTTGTGTAAATTCTGTTATATCTAAATGCTATTTATGGTTAGATTTGTAAATTTCTCAAATACTCTTTGTCATTTAAAAAAGTCTTAATTTATATGTCATTGTGAGGATTGTTTTAATTCAGCCTTCTCTTTTTTTACAATAG
Seq C2 exon
GACTGGATTCAGCATCAAAATACTTCCACCCATATTGAGAGCTGTCGGCAGTTACGTCAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014501:ENSRNOT00000019617:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.686 A=NA C2=0.381
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]