HsaINT0187948 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000075292 | ZNF638
Description
zinc finger protein 638 [Source:HGNC Symbol;Acc:17894]
Coordinates
chr2:71575883-71582910:+
Coord C1 exon
chr2:71575883-71577401
Coord A exon
chr2:71577402-71582848
Coord C2 exon
chr2:71582849-71582910
Length
5447 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTTTCTCCTTTTACAATAGGAT
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTGTGTTATTCTTGGAAAATTTCGCACCACTTGTGAATTCCTTGAACCTGGGCATTGCAAACCCACTTCTGTTGGGCCCATCTCCTTTGCACTTTGCTCAGATTAAGACTCAGTTGGCGCTTCAGCAGCTGAATGCCGTTGCCTCACATGGTTCAACACCACCTTATACTTTATTAAATCAGGCTTTCTTGAAAATAGCCATGTCGAGACCCAGGTTTAATCCTCGAGGAGACTTTCCACTTCAAAGGCCACGAGCACCTAACCCTTCTGGGATGAGGCCTCCAGGACCATTTATGAGGCCTGGATCTATGGGTCTCCCAAGATTTTACCCAGCAGGGAGAGCACGTGGAATTCCACACAGATTTGCTGGCCATGAATCTTATCAGAACATGGGGCCACAGAGAATGAATGTTCAGGTAACTCAACACAGAACTGATCCAAGATTGACCAAAGAAAAACTGGATTTTCATGAAGCACAACAGAAGAAGGGGAAGCCTCATGGTAGCCGGTGGGATGATGAGCCTCATATATCTGCATCAGTGGCAGTGAAACAGAGTTCTGTAACACAGGTTACAGAGCAGAGTCCCAAAGTACAGAGCCGCTATACAAAAGAGAGTGCCTCAAGTATCTTAGCAAGTTTTGGATTATCTAATGAAGACCTAGAAGAACTTAGTCGCTATCCTGATGAACAACTAACTCCTGAAAATATGCCATTAATTTTGAGGGATATAAGAATGCGAAAAATGGGGCGCCGATTACCTAATTTACCTTCTCAGAGCAGAAATAAAGAAACACTTGGTAGTGAAGCAGTTTCAAGTAATGTGATCGATTATGGGCATGCAAGCAAATATGGCTACACAGAAGATCCACTTGAAGTACGTATTTATGATCCTGAAATTCCAACTGATGAGGTCGAGAATGAATTTCAGTCACAGCAGAACATTTCTGCATCTGTTCCCAATCCAAATGTGATATGTAATTCTATGTTTCCTGTTGAAGACGTATTTCGCCAAATGGACTTCCCCGGTGAGTCCTCCAATAATCGGTCCTTTTTCTCAGTTGAGAGTGGAACCAAGATGTCAGGCTTACACATTTCAGGAGGACAGTCAGTCCTTGAACCCATAAAATCCGTCAACCAATCCATTAACCAAACAGTTAGCCAGACAATGAGTCAATCTCTGATTCCTCCATCTATGAACCAGCAACCTTTTTCGTCGGAATTAATTTCATCTGTAAGCCAGCAAGAGCGGATCCCACATGAACCTGTGATTAATTCATCTAACGTACATGTTGGATCAAGAGGAAGTAAAAAGAATTACCAGTCACAGGCTGACATTCCCATTCGGTCTCCCTTTGGTATTGTGAAAGCATCCTGGCTACCAAAGTTTTCACATGCTGATGCCCAGAAGATGAAGAGACTTCCAACTCCTTCTATGATGAATGATTATTATGCAGCATCTCCAAGAATATTTCCACATTTGTGTTCTCTGTGTAACGTAGAATGTAGTCATTTGAAG
Seq A exon
GTGAGTGTTTTTAAAAAAAGATCACTGTATAATGATGCTCAGCGCCAGTTTTCTCTAAATTCTGATATGTATGCTGCTTGTTAACTAGGCGTTAAGGAAATGGCAGAAGGTAATTTTAATTGCAACCTCAATACATAGTTGTAATCTTAAGTAGCCCTGGCCTTAGTACTGAATTGAATTTTAGGCTTACTGTATTCCTATGACCGGGCACACCATATTTTAGTAGTGTGTCCATTTATTTTGAACTTTTAGTTATCCCACTTACGCAACATAAAATTTATGTAACATAAGCTGCGTACTTACAAGACAATGTCACATGGAATCACCTTTCTCTAAAAGGATCTGTTAGTATAAAAATACAAAGAGATGGTATAACCCATTTGTAATGCACACATTTAAGAGACAGTATATTATAGCCTTGCACATATACACCTGTCTTGGGATAAAGACAATTAATGTTGATTTAAATATTTCCTGACTTTATGTAGACTAGTGATTTTTAGTATTTTTTGAGAAGAAGCTTTCTAAAATAACTTCATAGCAAAAATAAGTCAAGGTGCAGTAATTATTCTGGGACCAGCTGTGGACTCAGAAAATAGTGTAAAATGATAGAAATTTGTAGAGAAAAATCTTTAAAAAATAAAGATGATTTAGGTAGTTTGATAGTATAGTTAGAAGGAAGTATTTTGCAGAGGCAGTGAAGTGTACTATAATGTAGAACATACTGTTCAGTCGTAATCATTGGTAGATTTGAGCAGGAATTTCCAAGTAAATTTTATTTACTTACGTATGGTTGGCAATCACTGTTTCTTCTATTTACTAATGTGATTTATAGATTTAGATTGTAAAGGGTCAGAAGAGAATATACTAACATGGGAAAAAGCTTTGATTCAAGGCCATGGCCTGGAATTGGTTGTATACTTAGGCTTAAAAATCTGTGTGTTAACGCTCTTGTTCTTTTCTTCCAGTGCTGCCTTTCGATTTTCTTTTCATTATTTACTCACTAGGTTTTCGTCAACATGAATCTGATAATTAGATCTGTTGGTATTTTCTTAAGGTTAACTCCAGCAAAAGAAAGCAGCATTCTACCCCATTTTAGCCAGATGTGCCAAATTCTATTAAAATAATAGTTGCCTTATTCCATCAGAAGGGATAGCAAAGTCCTTACAAGGGAAAGTCTTAGAATAATTCATATCACCTAATTGTAATCTGTAAGTAGCCCTGGCCTAAGTAGTGAATTGAGTGTTTGTCTGTATTCTTGTGACTGGGCATACCACATAATTTTTTTTAATTGATTTTGAACTTTTAATTAATCATAATGAATCCAAGAAAATACATCTTTAAATAAAGAACTTGAAGTTTTGTATTCTGTAGAGTAGAAAAGGTGTACATTTAATTTAGTATGTACTTATGGATACCAGTTTTGTACTTGACTCCAATTAGGTACTGGGGCAGAAATGAGGAACTGTGTAAAATTTTAGATGTTATTAAGCAGTTTATTCAGTCTTATTGGGGAGAAAAATTATGCTCCCAAGACATTTAAAACAATTAGAAGACAACAAGTGGTTTTGTGATTGATTTAACTTGTTTGGATATGCTGTAGGGGACAGAGATTTCTGTCTTGATTTCAGGCATGTATCACTCAGGCCAGCATCATCAATTTACCAATTTAATCATTACCAATTTGCCAATTTAATTATTTTAACTATTGTATTTGTAACAGTATGTGTTTAAAAATAAGTATAAATATGCATCCTGACATCAAAAGACTTTTATAGCCTAGTTAGACTAATGGAATGTCAGTTACTAAATGCACTAAGTCTGTCTTGACTAGAATGATGTGGGAGAGAAGACTTCATGGAGTAGGTTGAAGATGGGTCTTGAATTGAGGCTTTAGATATGCCTGTATAAAGAGGAGGAGGGGGCCGGGCACAGTGGCTCACTGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGACAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCACCCTTACTGACATGGTGAAATCCTGTCTCTACTAAAAATACAAGAATTAGCCGGGTGTGGTCATGCGCACCTGTAATTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGGAGGGTTGGCGGCAACAACATACAGAGAGGCAGAGGTCCGGAGAGAAGACTACATTTCATTGTGGTAGGAGGCAGTTGGGAAAGAGTGATGAGCGTATTAGAAATAAGTACGAAAGGCTTTGAAGAGCTAGCCTAGGAGTTTAGACTTGAGGTGAGAGGCATTAGAAAGCTAAATAAGTTTGTTGATAAGTGAAGTGACATGTTGGAAGTATATTTTAGGGAGATCTGACTGAAGTATGCAGGGTAAATAGAAATGAGATGATGTGGAGTAGGACTTCCACTTGGAAGCTTCTTTAATTGTTCAAGTATAAGATGGTAAAAACCTGGGTTAATAGGATAAAAGTAAAAATTTGAGAGGAAAGGAAATCATTTAGTCATCATTAGAGCTCACCTAGATAGATTGCCATTAAAAAACAGACACACCTTTTAACAGCACAACAGAATGGGGCTCATCTAAGTAATGAATTTTTCACTACTAAGTGGCCAAATGATAGGGATTTGTGAAGATGGATTTCGATGGTACACACTGCCTCTCGTTTCTGTGATATATTTTGCAGCCTCGTAAGTGTTCCTGTGTGTGTATATATGACATAAATATGAAGCCAATAAATGTAAATTACCAATTGTAAACTTTTTCCTATTGAGTAAATCTGACAATATGTATATTCCCCACCTTCGAGTCTTTGAAACTATAGCTGTGAAGATGTACTTTGAGAACGTGAAATGTATTTGCTTGTTAAATTGGGGTTCAGATTTTAAAGGAGAAACTTCCCTTGGTTTAGGAGCTGTGTCATAATGACTGAAATAATTCAGTTTGAGAAAGTACCGACAATAAAAAATTGTTGAGAATAGTGAGTGAGCCCTGATACGAGTAGTTATATATTTTCAGTTTCATTCTGAGCCTGCCTAATTCTGTGCAGTCCTTGCAGCATCTCCTGCTAGTAGGTAATTATCACTTTTTCTCTGGGGAGGCAGTGCTGCTTTTGGACTATAATGTGGAAACTATTACTAGAGAGTCTAGAAGTTGGGGTGGGATGGGTGTGTTTACTGAGCTTAAAGCAAGTAATGTCAATTTGTGAAGCAAGCCTAAGAATGTGTGTATGTGTGTTGAACTGAGAAGAGTATATCTTAAATAGGGCAGCCATCATCTTCAGGTGATAGTTGCTGTAAGAATGATATCCTGTATTACTGTATCTTCCTATTTTTTCAAGAAAAGCTGGAAATCTGGACTTGCGGGTAAAAATCTCTGGATTATTAAATGTTGGCAACGTATTCAGATAAAACACTTTATGGTTCAAATAAATCATGCCCAACCCACTGCCTGCACCAGTGTGTCTGTTTGATGTAAACAGTGTCCAATTAATATTAAAAATATGGGTTTTAGTACTACTAGAGACTCTTCTTCTAGCTTTCTATTTGTATTATTAAACAGGATGTACAAACATTTCTTTTTTGTAGTCCACAATCAGTTCCATGGCTTAATGAAATAGTTTAGGATTTGTCATACCTTGTTGCTGAGTTTAAATTGATGCTGAGCATTGCAAATCAGTGTACCTTCTTTCAGATAGTTCTTGCCAAGGCAGAATCCAAAATTATTGTCAACCGTGGTTTTAACTGTGGAAACTTCTAATGACCTAAACTAAAATGTATTTCAAATGGAAACAAATAATAACATTTTCCTTAAGCAAAGTGTTGAAATACGAAGTTATTTAGTAAGTTTTCTGCCTTTCCAAATGCTGGAGGAACAGTAAAACATTGAGTAACATACATATTGCTTTTAACTAATTGTTTCACCTTGGAAACTGTATCTTTGTAAACTGTATTGGCTTTTTTTTTTTTTTAACCAGATGTATCTTCCAGAGTTATTTATGGGTACACATTGTAATTTTAGGACAGATTTATTTGTAAATGAAGTAATGTATAAGAAAGCATTTTGGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAACACTTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACAAACATGGTGAAACCCTGTCTCTATTAAAAATACAAAAATTCACCAGGCTTGGTGGCACATGCCTGTTAATTCCAGCTACTAGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGTGGAGAGTGCAGTGATCCGAGATCGCCTCATTGCACTCCAGCCTAGGCAGCAAGAGTGAAACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAGCATTTCGTTAATTGTAAAGCTCAAAGCTCTATATGTAAGGGATATTGTATCTTTGAAATGTTGTTACTTTTAAATTTTGAAAATAGATTTGATCAGTAGCATTTTTCCCCATGTTTTTCCTAATCTTATTTGCCAGTATAGTGAGTACCTTGTATGGAATGGTACTGGTCTATCAGGTAGCATTTTTATTTTATTTTTATTTTTATTTTTATTTTTTTGGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCGTCAGCCTCCTGAGTCGCTGGGGCTACAGGTGCCCGCCACAACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACAGTAGTGTCGATCTCCTGAACTCGTGATCCGCCCTCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCGGCATTTTTTGATTGTTGATGTTGTTAGCGTGAATTTTAGAGGTATTTGTCATTGAAATATTGTATTTTGAAGATGCTGTTTCACAGATACCGTTTTACTTATAGATTTTTTGGTGTTTTCTGGTGTGTTGTTTTTATATTTGCAGTAAGTTTTTTCTGATCCATGCTTTTATTTTCTCCAAGTTTATATATTGATTTCAAAATGAGCATCCACGGGTATGATTTTGAAAATGTTTTCTGTACTAAAATATTTTCAAATGGGATCAGTGAGGTATGGTATTAAGTGCATTTGTTTCAAGGCCTTTAATTTTTGTTTGTGAAAATTTTACTGAGCAGCCAAATGCTATTTATGAGTACGTTTGTTTAATTTTTGAACAAAATATTATTTGTCTTTTTTAAAAGCCTAATTCATTAGTCAACATGAGGAATATTCTAATTTCAACACTTTTCTCCTTTTACAATAG
Seq C2 exon
GATTGGATTCAGCATCAAAATACATCTACTCATATTGAGAGCTGTCGACAGTTACGTCAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000075292-ZNF638:NM_001014972:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.702 A=NA C2=0.416
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
ENSP00000264447f1109A, ENSP00000264447f1110A, ENSP00000264447f1111A, ENSP00000264447f1113A, ENSP00000264447f1114A, ENSP00000264447f1115A, ENSP00000264447f1116A, ENSP00000348066, ENSP00000367033, ENSP00000367033f1112A, ENSP00000386433, ENSP00000386669, ENSP00000388164, ENSP00000396909, ENSP00000402875, ENSP00000408557, ENSP00000409647, ENSP00000438189
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)