BtaINT0166010 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002668 | ZNF711
Description
zinc finger protein 711 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13128]
Coordinates
chrX:74992542-74999240:-
Coord C1 exon
chrX:74999162-74999240
Coord A exon
chrX:74993085-74999161
Coord C2 exon
chrX:74992542-74993084
Length
6077 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAAG
5' ss Score
4.05
3' ss Seq
TTGGATAATTTGTATTGTAGTTG
3' ss Score
3.99
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGATCCAGGTGGTGGAAGTCTTGGATTGCACACATCAGACTCTAGAATGGCCCATACCATGATTATGCAGGATTTTG
Seq A exon
GTAAAGCATTTTCTTTGTTGTATTTTTTATTTGTAACTAAATATCAAAACTCTATTGGGGAAGGGGAGAATTACAATGAAAACTTGTTCCTTTGCCAGGAAAATACATTTGTAGGGCTTATTTAAGTAAATCTATGTGTCAATAGTCTAGTTAAAATCATTCTTATAATTTTGTGGGTAGATTGAAGTAAGCAAACTTGGAATATAGTGGTAATACATCATTGGAAATGAAAAACAGTTTATATAAATACTTACAGTAGTTCTCATGTTAGAAAATGTTAAAATATAAAATACATTTTAAGTTGCATTGTTAATAAAGCTGGAAATGGAAGTACTTTCATCATTTCAAAGAAGTTAGATGCTTATATAGTGATAGAGGAATATCTTGCACTAGATGATTAATTGTATTCTGATGCCATATACTTAGAAAGTTCTCACTGATAGCATTACCTTTTTCTTTTCTTGAAAAAAAAAAAAAAAATCCCTATTTTTGTGACGAGATTTTTCAGTGGCCTCTTAACAGTAGTCATTTTGATGAAAATGATAAGACACCCTCAACAGCAAATAATCTGAATTTGGGCAAGGTCAGTCTGAATGATAGAAGAGAGAGGTATCTGAAGTATAAGTGGCAGTGATAGAGTGGTTAAGACTTACACAAAAGATCAAAGTGAGTGTAGAAGAGACAAATGGTAAATTGGGATAAAATGTAAACAGAAGCATGAGATATTGTGGAATGTTAAAGATACAATTAGAAATGGGAGACTACAAAGAGGATACTTTGCTCAATTAAGAAAAGGCTATACTATTTTTAGATAATATGGTTGAATATGTTATTTTGTCTCATGTTGTAAAGCCCACTGTAATGAGACTCAGAACTAGATTCTAGTCTTGGCAGTCTTATTAATTATCTATGTAAACTTAGGCAAATTACTTAATTCACTTTTATGAGTGGGTTGGGCTAGATAACATTAAATGTCCTCTCCAAATTTAATATGGTAGGAGTTGTAGTTAATTGATGACACAAAAAGGAATCATGGATTTACTCTGCTTAAAGAGTCAGAAGTGAGTTTTTTGATTATAGATGACCTAAAAGTGATTTTAGGTGGAAAAAGTATGTGAATAAACTCTAGAAGAAGGCAAAAGACTGAGGTGTAAGAGATTTTAAAAAGAATTTTGTGAATACCTTGCAAGAGATAAGTTTTTCAAATTATGGAACACTTGAAATTCAGTATAATAAGTTTATAATAATTTTCAGTATATATTATTTTATATACTGAAATATATATTTCAGTATATGTATATATATTTTAAGTATATATTAAGTATAATCTTAACTTTTTACCTTTTAAAAATAAGGTATTTTTTAAACTTTTTCCTTTGGGGTATAGCCAATTAACAATGTTGTGATAGTTTCAGGGGAACAGCAAAGAGAATCAGCCATACATATACATGTTTCCATTCTCCCCCAAACTCCCCTCCCATCCATGCTGCCAAGTGAGCAGAGTTCCATGTGCTTTACAGTAGGTCCTTGTTGGTTATCCATTTTAAATGCAGCAGTGTGTATATGTCCATTCCAAACTCGTCAACTATGCCTTGCCCCCATCCTTCCCCCCTCAGCAGCCATAAGTTCATTCTCTTAAGTGTGTGAGTCTCTGTGACTGAAGTCAGACAGAGAAGGAGAAATATTATATGACATCTTTTATATCTGGAATCTGAAAATAAATGATGCAAAATAAGATTTTTTATGGAAGAAATACAGTATTTTGTCCATTTTATACAAAATATTACTTACCCTATGGCATCTGATACAGTCCCAGAAATCCCTCCCATCCGCACTCCTGAAGAAGTTGCCCATTAGCAAGCAAAGCTTGATTCCTTTCAAAGATTGGAAAAATGTCTGGTGCTGGTGAATTTTTACTTGGTGTTCCTCTTAGCTTTCTTTGCATTTTTCCTCCTCGCTGTCTTGAGGCTTAATTAATCCCTTATATCTAATACTAAGGTTTCCAAATTCTAAAATTTGATTAGAAATTAGATACATTCTCTTTAAATTTTTGCTAGCTTAAAAACTTAGATATCTACAAACCCAGAAATTAATGATACTTGTGAAACATGAGTGTAGCATACATAGATAGAGCTAGCTAAGTAAACACACTATGTGGTATAGAATCTCTAAATTCTCTGTTTTTGGTTGGTATGAAATGGCTACTATATTGAGTCTGAACTATTAATTTAATTCAGAAATTTATTGGACCAGTTTCTTTTCAAGGATACTTTAAATTTTACAATAGTATGCTTTATGTGATAACTTGTGCATGTCTCAGTATAATAGTTGTCCTTGGAATCTGTGCTGTTGAATCTAATTGTTTAAGATTTTATTGCTAAAAAAAGTCCATACTGCTTTGAGCGTGCGTGTGCATGTGTATTCAGTTGCTTAGTTGTGTCCAACTCTGTGACCTCATGGACTATAGACCACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGACTTACCAAGCAAGAATACTGGAGTAGGTTGCCCTTGCCTTCTTGAGGGAATCTTCCCGACACAGGGATCAAATGTGGATTTATTACTACCGATCCACCTAGGAAGCCCATATTGCTTTGAGACTTAGTAGCAAAATAGTGGTATGTGGTGGCCCAAGACATACCCCCAAAATACCAAATATTATGCTTTCTGGTGAAATTCAGCTATTCACATTTAATTTAAGCAACTTTAGTAAGAAGGGAAATGCTTGGAATAATGACTTGTTTCTTAACTGTTATCAAGTCATCTAATTGATTTCACACTTTTAAAAGATTTTTTTTTCATATTGTTTATAGTTTGCTACCTAGCGAGATAAAATTTTAATGCCTTTTAATGCTGCTTACTAAATGCCTTGAATTTTAAATAAGTCACTATATGGTAGGTCTTTTTATTCTTTCTCTTTCAATCTATTCCTTTAGTAGTGACTCACTTGATTAGCCCTATAAATTTCTTAAAAATCAGTCTCTAGAGTAAGTAAATTCTGTTTTCCTCATTTAGGCAAGTTAAAAAAGCCAGTCTAGAGTAAAAAAAAAAAATGCATTCAGTTCCCAGCTTGAACCTTGGGCAAGCTTATTTAATCTCTCTAAACTGTAGTTTGTTTGTGTTTAAAGTGGAGATAATAACACTCCCCTTATTTCATAGTTCTGAGGCTTAAATGAGATATTATATGTAAAATACTGAGTTACTTGGTGCATAATATTCAATAATAAATATAGCTAATGTGTAGCTAAAATAAATAACTTTGTCTAGCAATTCAGTGGAATTTCAAATGAGTTGATAAGAGGAAAGAGCAGAATTTAATGAAAAGCATTTTGGATCATGGTCTGAATTTCTGCCAGTACCCTGTGGGAACTCATCAATTCTTGGTCTAAGATTCTTAAATTATTTAGTTCAGGGTAAACAAGCATGTTTGGATTTTTTTGGTTTATATCTGATTTATTTTAACATGTAAGTTCCTGCTAGAGTAAAAACTAGGTAAACTGAAAAGCACTTATTCCATCTTATTAGAATCCTCCCAAACAGGTTAATCTGAACCCAAGCCAGCACTAGCATTATTCTGTCCTTCCATCCTTCTTTAGTGTCTACCTTTAGGAAACAAACTATTTTCTAGCTGTGTTCTTAAATAAATGGAATTTCCCGCACTTTAAGTCTAATTTATGAAAAAATTTTATACAGTATTAATGTTGTCATTCATATACATAGAATTTCAATACTGTGAATTTTATAGGCTTAGCATTTAATTTTTCCTTGCTAAAAAACACATTTTCAGTCTGGTTGAATACTAAATTTGAACCCTCACTGTCTCCCTGTCTACAAAAATGACCAGTGGAGTAAAAAGTGAGTAGAAAGTTCTTATTCTATACACACTCCCTTTGTCTACTAATTTTCAAGGTTGAGGCTGTGTCCTTTTGGGTAATGTGGTTTCGGTGAGAATTTGAGAATAGTGAGAAAACTTCAGAAGGGTTGAAAAGTAACTTTGCCTTTTCACCTTATTTTTTAATGTGTTCACTGGTCTCCATCCTAATTTACCAGCAATCTTCCATAATGAATTGGTTAATAGTAGTGAACCATGTAACAAATTGCACTCTTTCAGATTATTACTGTATAGAAAGTGATCATTATGTAGAAAAGGCTTTGTACTGGATTCTTGTAGGTAATTTTCTTATAACTTGGTCCATAAACTATTAATTTGTTTACTGCATCACTTCAGAGGCAGAATGTAACAGAATTACTTGTGAAGGAATTTTACGCTCTTATAATATTTACAAGAGGGTAGGAGTTGGCGTTTACCATGCTGCTCAAGATAAATGTTATTTAAAGCTTTATTCCTACAATTTACTAGTTTAGAATTTAATACAATTCAGAGTCTATTTGTGTGTTTTTTTAAAATAAACCAAATATTTATCTAAAATGAGTTTTCTTCTCCCCAAATCAGATGTTAAAAGATGCTTTCCATTTTTAAAATAAAGAAGTCTCTGAACTTCTTTATTTTTAAGTCTCTGAACTTCTTTAAAATAAAGAAGTTCAGAGACTTTCATGTTTATAATACGTATTGTCTAATGTATTAAGCTGTCATATTTTATTAACTCAATTTAATGTATTAGCAACCTTTCATGGTTTTGTGTCCTTTTTAGTTTAACTTTAACTTTTTGAAATGCTAGACTCACAGGAAATAGAAAAACTAGTGTATAGGGTCCTATAAACGCTTTACTCATATGTTTCTGCAATGGTGACATCTTAGTACAATATTAAAAACGGGAAATTAACATTGGTGCATTACTGTTATCTAGACTACAGACCTCATTCAGTTTTCACCACTTGTGTGTGTGTGAGTGTATATGGGTCTGTGCAATTTTGTTCCATATATAAATTTGTATTGGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGACGGAGGAGCCTGGTAGGCTACAGTCCATGGGGTCGC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Seq C2 exon
TTGCTGGAATGACTGGTACTGCGCATATCGATGGAGACCATATTGTTGTTTCAGTTCCTGAAGCTGTATTAGTTTCTGATGTTGTCACAGATGGTGGGATAACTCTTGATCATGGCCTTGCAGCTGAAGTTGTCCATGGGCCTGATATCATCACTGAGACTGATGTAGTAACAGAAGGTGTAATTGTTCCTGAAGCTGTACTTGAGGCTGATGTTGCTATTGAAGAGGACTTAGAGGAAGATGATGGTGATCACATCTTGACGTCTGAGCTAATTACAGAAACTGTTAGAGTACCTGAGCAGGTTTTTGTGGCTGATCTTGTTACTGGTCCTGATGGACACTTGGAACATGTGGTCCAAGATTGTGTTTCAGGAGTTGACTCTCCCACAGTGGTTTCAGAGGAGGTTCTTGTAACTAATTCAGATACAGAAACTGTGATTCAAGCAGCTGGTGGTGTTCCTGGTTCTACAGTTACTATTAAAACTGAAGATGATGATGATGATGATGTCAAGAGCACTTCTGAAGACTACTTAATGATATCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002668:ENSBTAT00000031586:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.444 A=NA C2=0.352
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(47.2=79.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]