MmuINT0179776 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025529 | Zfp711
Description
zinc finger protein 711 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3045342]
Coordinates
chrX:112604268-112615435:+
Coord C1 exon
chrX:112604268-112604372
Coord A exon
chrX:112604373-112614892
Coord C2 exon
chrX:112614893-112615435
Length
10520 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAAG
5' ss Score
4.05
3' ss Seq
AATAATTGTTTGTATTGTAGTGG
3' ss Score
5.29
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACATGTGAATGAGCTTTGCTAAGGATGGAGTCAGGTGGTGGAAGTCTTGGATTGCACACTTCAGATGCTAGAATGGCTCATACCATGATTATGCAGGATTTTG
Seq A exon
GTAAAGCATTTTCTTTGTTGTACTTTCTTATTGCAAAATAAGAACATATTAAAAATAAACCAAGGAATTATAATTACAATGAATTTTTAACTCGGAAAATAAACTGTACGGCTTATTTTCTTAACGGCATATATAAACAACCTATTTAAGGTTATATACTTTGTGAAAATGTTGAAATAAAGACTTTGAATATAAAAGTAGTATTTTAGTAGAAGTGAAAAACTATGCATAAGGGCTTAATTGTATCATGTGATAGTATACGTTAGTTTTCAGATGTAGAAAATGTTAAATCATACTAAGTTACATTGTTCACAAAACTAAAAAGTTGTGCTCTGTCAATACAAAAATTTAGGATTAGAAAATGATAAAAGTGAATCGTATACTTAGAAATCATATTCAGATATCATTTCCTCAAGGTTATTACCAATAGAATACACTTCTTTTTAAAAAGAATTTCTGTTCTTATTTATGTATGTATGTGTGTGTGTATGTATCTGTGTCTGTCTGTCTGTATGCATGTATGTATGTCTGTGTCACACTTGTGTAGCTATCCAAACAGTCCATAAGCAGTCATTGAATCTCTTGGGGCCAGGGTTATGGATTTCTGTGAACTGTCTGACATGGGTGCTTAGAACTGAACTCAGGTCCTCCATTCTTATCGACTGAGCAATTTCTCCAGCCCACTTTTTTATTTTTCACCTAATAAAAGATTCCTTACTTTTATGCTCATTTTTAGTAGCCTTAAGAGACTAAACATTTGATGAATATATTAAGACTACGTTAATAGTTTTTTTTTTAAGAAGATAAACTAAATTTTGGGAAGCTTGGTGTGAGTTTTAGAGGAGATAGAGGTATCCAAATTAAAAGAGGCAGGGATGGGATATTAAGAATTGAAGACAAGATAGGAATAAATGAAAATAGAAATGATAAATTGGTGTAAGAAGGACACAGGTTGATGTGGTGAAGCTGAAATCAATGATGGGGGACTAGAACTAGTAATACTTGGATCAATTAAGAAAATGATGCTACTGTTCTCAGTGTGGTATAATATGCCATTTGCTGCACTGTTTTAAGGTTCACAGTAATAAGAATTAGAGGAAGCATATTCTCGTCTTGACAGTGATGTTGTTGGCTGTAGTACTAATAAAATGTTATATTGAAGAGGTTGAGCTAACATTTAAGGTCCTCTTCTATGATTAACATTTGTCAGATTAATACAGTTGGGTACCTTTAAGGTTGAACTTAGTAAGGATTGAGATGATTTTTCAGGTGTTATATGAAGGAGTTGTGGATTTATTCTCCTAAAAGATGAGTGAGTTTTGTTGTTTGTGAATGGTTTAGAAATGCTTTGGGGTGGGTTAGAAGACTACAGGATTGTGATAATTAATCTTTGTTGGTGACGTGCCAGGTTTGAGAGGAGTTTTAGAGGTTATCAAAGCACACGCTTGTGTATATCTGTTAGTGTGTTTTTACAGAGGATTGGGTGGGATGAAAGATCCAGCTTACACATGAGCATCACCATCCAACACGGGGCCTTAGGACATGCAATAAAATAGGAAGAATGGAGAATGCCTGCTACCATGGGCATAGTTTCCTTCTGCTTCCTTTTCTCCATGAGGTTAGCTGCTTTGCTCTGCTTCCTGCTCCCTGCCATGGCATTCAGCCTCACATGTCAGGCACAGAGCAATGGAAACAGGCTGAAATCTCTGAGACTGTGAGCTAAAATTAATCCTTTAAATTCTTCTATCATGTTTAAATCACAGGAATGAGAAAGGGTGACAGGAAGAATTACAGGATTAAGACAATTTTTGTTGGTTTTTTTTTTAAATTCTTGGCTGGAGAGTTGATAGGGTTTAGACTGTTAGAGCCAGTTAGGTTTCTACGTAGGTTTTAGAATAGACAGACACTTGAATTTTAATATAGTAAAGGTTTTATTTTAAATGTCAAATTTGAGACCTCCTCAATACATTGAGGTTTCCCTTTATGTAATATTTTATTTCCTTTTACTTGCTACATATTGCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATGTGTGTGTATATTTCTTTTTCTTTTTTAAAGCATTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCCAAAGCCCCCTAATTCCCTCCCCTGCCTTGCTCCCCAACCCACCCACTCCCTCTTCCTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATGATCTTTGTGAGACCAAGGGCCTCTCCTACCACTGATGGCCGACTAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTAGAGTCACCACAGCTCTAGGGGGTATTTCTTTTCATTGAGATATAATTCAGTTGCCATACTATTCACTCCTTTTAAAGTTTGTTTTTAAGGAAGTTATTTTAATTTACGTGTGTGTGTGTGTATACGTGTGCCACATTTATGCTGATATATGTGAAAGCCAGAAAAGAGGGTGTTAGATCCCTTGGAGCTGAAGTTACAGGTAGAAAAAAAGCCACCTAAAGTAGATTCTGAAACTGAACTCAGATTCTATGGAAGAGCAGCAGGCATTCTAAACCACTGAGTCATCTCTCCAGACCCTATTTTAAAGTTTATAATTCCAGATTTTGGTACAATTAGATAATTATGCAGTCATATTTTACAAAAACATCTTATAATAAAAGTTATAATTTAAAAAAGTATGAAATAAAGTCTCATATATATTATTAGTTATTAACCCATCTTTTTTTCAACCAGTCCTTAATAACCAGTAATTCAATTTATAGATTCACCTATTCTAAACAATTCTTATAAGTACAATCATGTAATATATGGCTTTTCATGCATAGCTTTTACTTTAACACAGTTTCATGGTTTATAATCATATTTTGTTTACTACCCTATTGGTAAATATTTGAGTTGTTGAAATATTTCAGTGTTTTAGATCAATTTTGTGTTTGACTTAAAACTTTTTTTTTAGGCTTATTCCCTTTGAGGCATGTGTCAGTATGCCAAGGCATACTTGAAACTATCAGAGCTTGCGGGTCATTTTCATATATTTACATGTGATTTAGCTATATAATGTTTTAGATAGCTATGTAATGTCTATAAATACATATAATATGTTATGGAAAATTCATTTTCTGTATCTACTGTTGTTTAAGGAAGGAATAAGAAGATGAGAAAGTTTGAGAACTACTAATTTTGGTTGGCATTGTCATAGTTATTTGAAGTTTTCTTTTAAAGTGAATTAATGGAGTAAATAAATCTCTTTATGTCAGTAAAAAGTAGAGAGGTACTTTTTGTTGTTGTTAGATGCCTATTCAAGACTGAATTACTTAGTTGTGTTTTTGAAATGATTTTTTTTTTAGGATCCATTTTGTGATTTCTTAAATCGAGGTATATAAATCAGTGCAAACTGAATTTTTATACTGTGATAAGATTGTTTTTCTTAATTATAGTGAAATCAAGAATTGCTAATAGAGCAAAGTTTACTCTTGGATTTGGTTTGTGCTGGTGCTTTCCTAAAATATGCTAGGTTTCCATCTGTCCTCAGTAAATAGATTTTTAAATCTTTGAAGTTATAAATTATAGAAGTTTGGGTACACAGCCATGTAAATAGACTGTGTTATAAGGTCTCCAAATTCTGTAAGGTTCCCAATTGATACAATGGGATTAATATTTTATAGAAAATTAGAAGAACTAATTTAGAGGTTATTAGATCAATTTCTTTAGAAGGATGGTTGAGATTTAAAGTTTTTAAATTTTATGTCTCATACAATTTTTGCTGATGTTTGAGTAAAGTGATTGTACTTGCAGTCAGTGGCACTGAGTTTTGCAGTTGTTTGGGATTTTAGTGTTGCAAAGCAGTGTTGGTTTGAAACTTAAATAGCAAAATGGCTTTAGATAGTGGTCCAAGAAAACAGTGTTAAGAAGGACATTTTTTGCTATCACTCTAGTGGAGTGCCAGATAACATTTGAACAAATACTTTTCATAAAATGGAAAATACTTGAAGTCAGGATTTCGTCTTTGTTGCTACGTTTATCTCATTGGCTCACATTTGAAAGATGAATGTTTATCATTTGTAATTTTCTAACAGTAAGATAAATTCTTTATGCCATTAGGTGTTGCTTAATAAATTTTTAAAAATATTTAAATACGTTTTTAATAATATTTAATACGTTTTATGTGATAGGTTTTTTAAATTCTTCACAAAATATTATTATACTAATACTGTATTTGCTTAATTTTATGAAGTCTCTCTTTTAAAACTTATCTAGGGTAAGAAACGAAACTTTATGCTCCTAGGTGAGTAGAAGAAGAAGAAGGAAAAAAAAAAACCCTACAGCTCCGAGTCAAAGAATGAATACAGCTAACTTCTCTAAAATGTAGTTTCTGGGGGCTAGCGAGATGGTATAGCAGGTGAAGTACTTGCCTAACAACAGCCTGACTTCAATTGCTGGAATTCACATAAAGGCTGAAGGAAACAACAAACTCCAAAAAGTTATCCTCTGGGGTTTCCCCAATTTTATATACACAACAATAATACATACATTTTTAAAGGAAAATATGTTTTCTTCATATAGAAAATGGAGGAGACACTCACACTTATTTTGAGGATTAAATGAGGATTAAATATTAAATATAATATGTGTATATGTATATATGTGCTCCCTCACATACACAGCATAAGGTTGCTTGTTCATTATTAGTGCATAATAAATATTACTCATATCTGAATAAATGACATTTTAAAGGAATTACAGCTCATATACAACTGAATTTGTTTTGGAATTTAATAAAGTAAAACAGTTTAACTGATAAAAATAAAAATTATGGATTTTTTTAAGTCTGATTAATTTGATAATATTCTGCTGTACTCGTTAGTTCTTGGTCTAGGTTCTTTAAGATGATTTGTCTCAGCTTTAAGAAATATTCTCAGGGTAAAAAAGAATATTGATGGTTCATTTTGCTTTAGGTTTGATTGATTTTGACCTA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Seq C2 exon
TGGCTGGAATGGCTGGTACTGCACATATCGATGGAGACCATATTGTAGTTTCAGTTCCTGAAGCTGTATTAGTTTCTGATGTTGTCACAGATGATGGGATAACTCTCGATCATGGCCTTGCAGCTGAAGTTGTCCATGGGCCTGATATTATTACAGAGACTGATGTGGTAACAGAAGGGGTGATTGTTCCTGAAGCTGTGCTTGAAGCCGATGTTGCCATTGAAGAAGATTTGGAAGAAGATGATGGAGATCATATCTTAACTTCTGAGCTTATTACAGAAACCGTTAGGGTACCTGAGCAGGTTTTTGTGGCTGATCTTGTTTCTGGTCCTGATGGACATTTGGAACATGTGGTCCAAGATTGTGTTTCAGGTGTGGACTCTCCCACAATGGTGTCAGAAGAAGTTCTTGTAACTAATTCAGATACAGAAACTGTGATTCAAGCAGGTGGTGGTGTTCCTGGTTCTACTGTTACCATAAAAACGGAAGAAGATGATGATGATGATGTCAAGAGCACTTCCGAAGACTACTTAATGATATCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025529:ENSMUST00000151972:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.370 A=NA C2=0.399
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(47.4=79.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types