HsaINT0188215 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000147180 | ZNF711
Description
zinc finger protein 711 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13128]
Coordinates
chrX:85247547-85255801:+
Coord C1 exon
chrX:85247547-85247651
Coord A exon
chrX:85247652-85255258
Coord C2 exon
chrX:85255259-85255801
Length
7607 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAAG
5' ss Score
4.05
3' ss Seq
GATAATTGTTTGTATTATAGTGG
3' ss Score
4.59
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTGGTGAATGAACTTTGCTAAGTATGGATTCAGGCGGTGGAAGTCTTGGATTGCACACGCCAGACTCTAGAATGGCCCATACCATGATTATGCAAGATTTTG
Seq A exon
GTAAAGCATTTTCTTTGTTGTATTTTTTTCTTTTTTAGAAGTAAGGGGATAATAAAAATCAAAAATAAGTTGAGGAAGGGGAGAATTACAATGAAAACTTGTTCTTTTACTAGGAAAATATATTTGTAGAGCTTATTCTCATAAAGCTGTGTGTCAGTGGTCTACTTAACATCACTTTTACAATTTAGGGGAAGGTTGTGTTAGGGACACTTGAAATATGGTGGTAATATGTTACTGGAAATGAAAAACTCAATTTACATAAATAACTGCATAATTATATCACATTCTGTTCTGATAGTATATATCAGCTCTCACGTGTAGGAAATGTTAAACTGACTTTCTAAAACACATTTTAAGTTGCATTGTTAATAAAATTGGAAAAAGAAGTGCTTACATCAACTAAAAAAAAGATGCTTATATAGTGATATGCAGAATCATGCACTAGGTGATTATTATTGTGATGCTATTTCCTCAGAAAGTTGTTACCATTAGAATACATTTTTCTTTCTCTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAGAGGCCGGGCTTCGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCAAAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAAGAGATTGAAATCATTCTGGCCAGCATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAGTACAAAAGATTAGCTGAGCGTGGTGGAGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGCCCATGAGGCGGAGGTTGCAACGAGCTGAGCTGAGATGGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGTGACAGAATGAGACTCAGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACTCCTTACTCTTGTGGCCAGGTTTGTAAGTAGCCTCTTGACAGTAGTCATTTTGATGAGGATGCCAAGACTCCATTGACATTCAACAAATAAACTGAATTTGGCCAGGGATGATCTGAATTACAGAGGAGATAGAGCTATTTGAAGTATAAAAGGCAGGGATGAGATCAAAAGAATTGAAGATAAGATTGGAGTGAAAGCAGAAAAGACAAATGGTGAACTGCGATAAAAGAACAGGGAACGAGGTAATATGGAATTGTTGAAGCTGAAATTAGTGATGAGGGAATAGAACTGTGATACTTTGCTAAGTTAAGAAAATGCTACTATTGTTCGTTGATAATATGGTTGAATGTATCATTTGGTCCCCTGTAGTAAATCCCACAGTAACGGAAGTCAGTAAAGCCGTATTCTAGTCATGGCAGTGCTGTTAACTAGCTGTGTAAACTTGGATAAATTACTGAATTCCCTTTTATAATGATTGCACTAGATAACATTTAAGGTCCTCTCCAGTTATAGAATTCTTTGACGTTTCTTTCTGATGAATAAAGTTGAGTAGTACAATATTGGATGTGAGTTAATTGATGAAATATAAAGAAATCGTGGATGTATTCTTCTGAAAGCTAAGTGAATTGTGTTGACTATGGATGATTTAGAAATGACTTTGGGTGAAAAAAACTCATCAATAAATTCTAGAGGAAGGATAATAGGGCCAAAGAGTAAGAGATTAAAGATATTCCCATGAATTCTTTAGTAGAGAGTTGATAGTTTTTAGAATAATGGAACACTGGAATTTCAGTATGGTAAATAAATTTTGGTTGAAATGTCAACTTTAATTTTTTACCTTTTAAAATAAGATATTTTTAAAATGGAAGTATTATAGTAGTTTCTCCATTTAATACAAAATATTACCTCTCCTATAGCATTTGATAAAGTGCCAAAACTCACTTCATTCCTGAAGAGGTTGGCTATTAGCTAGTAAAGTGTGATTCCTTTCAAAAGATGAAAAAAAAATCTGATTGGTGCTGGTGAATATTTACATAATGTTCCTTTTAACCTTCCTTTCCATTGTTTATCCTCAATGTCTTTAGAATTAATTACTCCTTTATTACATCTACTACTTTTTTTCTTTTAGTTGTTAGGGGAATAGAATATGCATATTGAAATATTTAACATATATGTTTTTTCTTCTTTACTTTTTATTCAGATACATTCACATACCATTCCATTCATCCATTTTTATAAAGTATACAATTCAATGGTTTTTAGCATATTCACAAAATTGTATAACCATCACTAGTACCTAGTTTTAGAACATTTTCATATCCTAAAAAAAGACACCTCATACCCATTAGCAGTCATTCCCCATTCTGCCTCTCCCCACCAGCCCTAGGCAGCCACTAATCTTTGTCTGTGGATTTAATTATTCTGAACATTTTATATAAGTGGAATCATATATGGTCGTTGTGTCTGGCTTCTTTCACTTAGCATGTTTTTAAGTGTCATCCATGTTATAGCATGTATCAGTACATACTTCATTCGTTTTCACTGCCAATGATATTCCATTGTATGAGTACACCACATTTGGTTTATTTGTTTATCAGTTGATAGATATTTGGGTTGTTGAAATATTTTTAATCCACTAGAAATATTATGTGTTTGACAAAATAAGCTTTGCATCTTAGATTGAAGTATGAGTGCCTTTGGAGGCGTGTGACAGTATGCCAAGGCATACCTGAAACCACAGAATAAATAGCAGAGCCTCTTGGAATTTTTTTTTCATTTGAATTGAGGAGAATATATATACACACATATACCTATACACAATTATAGCTGCATAAATATGTAGAAAGTAAGATTTTCGTTCACTATCCCCTCCCTTTTTAGAAATAATAAAATTGAAAGGTTTGTGAACTACTTCTAATTTTTAATTAGTATTTTCATATTATCATTTAAAGCCCTCTCTAAAATGAATTTAATTGAGTAAACTGATTTGTATCAGAAAAATGTTTAAAGGCACTTATTGTTGTTTTTGTTGTTATATACCTGTTTATGATTTAACTGGTAGTATTTTGAGTTAGTGGTTTTTTCAAATGATGCATTCTTTTTAAATTTCATTTTTATGCTCTCTTAAATCAAGGTATATAAATCAATGGCAGTTAAATTACTTTTGCATTTTTGGTGAGACTGTTTTTCTGAATTTGCTATTAGATCAAGAGTAACTAATATGGGTAATGCTCACTCATTTGTGCCTAGGGATAATGTTGACTTGAAATATGTTAAGTTTCCATTTGTCCTTGGTAAATTCTGAACTCGTAAAAGGCAGTAACTCACTCTATTTTTGATATGCAGTTCCCAGCACAATTTCATTTATAGGCATTTTCATTTTTGTATGATATTTTGTGAAATGCAAAGGTTGTCAAACAGACCTAAACCTAAAAAGACCTTTATTAGGGGACTTCTGGAAATTTTAGCCCTGATAACTTAGATTTCTTCTGAAAGCAGCCCCCCCATGCTTATTTTACCTCCCTGTTAAAATTTCTAAATTCTAAAATTTCATTAGAAATTAGATACATTCTCTTTAAATTCTGTTAGCGTCAAAACTTAGATATTTGCAGCCCCATAAATTATTGACATTTGTGAAACTTAGAGTTTAACATACACAGAGCTAACCAAATAAGAACACTGTGGCACAAGATCTCCAAATTCTGTAAGGTTCTTGGTTGATACAATACAGAAAATCTGAAACATTAATTTAATGCATAATTCATTGGACCAATTTATTTTGAAGAATATTTGAGACTTAGAAATTTACAACTTTGTTCAATAACCTTGCTGGTGTCTCAGTATAATAGCTGTCCTTGAAGTATGAGATTGAATTTAATAGTTGTTTAAGATTTTAATGCTACAAAAAGTCTGTGTTGTTTTAGGATATAAATAGCAAAACACCCTTAGATAGTGGCCCAAGACAGACCTGACACGTAACAGATTTTATGCTGTCATTCTGGTGATGTTCCAAGTATTCATATTTAAATGGAATAACTTTAATAAAATGGGAAATACTGGAAATCAGGACATGTTTCTTACTGTTGCCTGATTATTTAATTTTATACTTTTTAAATGATTTTTTCTTATTGTTTATAATTTTCTAAGCTAGTAAGATGAATTATTAACGCAATTTAATGCTGTTTACGAAATGATTTAAAATTTAAATGAGCTACCACGTGATAGGCCATTTTACTGTTTATCTCAAGCTGTTCCTCTAGCTGTGCCTCACTTAGTTAATCTTACACCTCTCTTTAAAAAACAGTATCTAGGGTAAATATACTCTAACCTCTTCCCAGGCAAGTAGAAAAAAGGCAGTCTGGAGTCAAACAGTGAGTTCAGTTTCCAGCTAGGACCTTGTGGCAACCTTATATAACATCTGTAAACCATAGTTCCTCCTTATTTAAAATGAGGATAATCGCACTCACCTTATACAGTTGTTCTGAGGATTAAATGAGATGATACTTGTATTAGCAGGTTGCTTGTTGGATAGTCAGTGCTTAATAAATATAGCTAATCTATAGCTAAGTGACTTTGTTTAGAAAGTCAGTGGAATCTAACAGATGAACTGGTAAGAAGAACAAGCAAAATTTAATAAGAGATATCTTGGATCTTGGTCTAAGTAATCTGCTGCTACCCTGTGAGGGACTTACCAATTCTTGGTCTAGGATCCTTGAGAGCATTTGGTTCAGGATAAACAAACATATTTGGATTTATTTATTTAGTTTTTTAGATCTGATCTATTTTGACTTGTAAGTTCCTGCTAGAGGCTAAGTGAACTAGCACTGTTCCTTCAGTCTATCCTCTTAGAATCCACCCAACCAGGTTGATCTGAAACCAAGTCCCCACTAGCATTATTCTACCCTTCTTTCCTTCCCTATGGTCTACTTTCAAGAACCAGACTAATCTTCAGCAGTGTTCTAAAATAAATGGAATTTCCCATATTTTAAATCTTTGGTTTGTGAAAAGATTTTTGTGAATTAGTAATTTTATTGTTTAGATATATAGAATTCCAGTACAGTTAATTTTACAGGATTAATATTTTAATTTTTTCCTTGCTAAAAAACCACATTTCTAGTCTGATTAAATGCTAAATTTGAACCCCCACCTC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Seq C2 exon
TGGCTGGAATGGCTGGTACTGCACATATCGATGGAGACCATATTGTTGTTTCAGTTCCTGAAGCTGTTTTAGTTTCTGATGTTGTCACAGATGATGGGATAACTCTTGATCATGGCCTTGCAGCTGAAGTTGTCCATGGACCTGATATCATCACAGAGACTGATGTAGTAACAGAAGGTGTGATTGTTCCTGAAGCGGTACTTGAAGCTGATGTTGCCATTGAAGAGGATTTAGAGGAAGATGATGGTGATCACATCTTGACTTCTGAACTAATTACAGAAACCGTTAGGGTACCAGAGCAGGTTTTCGTGGCTGACCTTGTTACTGGTCCTAATGGACACTTAGAACATGTGGTCCAAGATTGTGTTTCAGGAGTCGACTCTCCCACAATGGTATCAGAGGAGGTTCTTGTAACTAATTCAGATACAGAAACTGTGATTCAAGCAGCTGGAGGTGTTCCTGGTTCTACAGTTACTATAAAAACCGAAGATGATGATGATGATGATGTCAAGAGCACTTCTGAAGACTACTTAATGATATCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000147180:ENST00000373165:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.484 A=NA C2=0.379
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(47.2=79.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains