MmuINT0179776 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025529 | Zfp711
Description
zinc finger protein 711 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3045342]
Coordinates
chrX:109717877-109729044:+
Coord C1 exon
chrX:109717877-109717981
Coord A exon
chrX:109717982-109728501
Coord C2 exon
chrX:109728502-109729044
Length
10520 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAAG
5' ss Score
4.05
3' ss Seq
AATAATTGTTTGTATTGTAGTGG
3' ss Score
5.29
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACATGTGAATGAGCTTTGCTAAGGATGGAGTCAGGTGGTGGAAGTCTTGGATTGCACACTTCAGATGCTAGAATGGCTCATACCATGATTATGCAGGATTTTG
Seq A exon
GTAAAGCATTTTCTTTGTTGTACTTTCTTATTGCAAAATAAGAACATATTAAAAATAAACCAAGGAATTATAATTACAATGAATTTTTAACTCGGAAAATAAACTGTACGGCTTATTTTCTTAACGGCATATATAAACAACCTATTTAAGGTTATATACTTTGTGAAAATGTTGAAATAAAGACTTTGAATATAAAAGTAGTATTTTAGTAGAAGTGAAAAACTATGCATAAGGGCTTAATTGTATCATGTGATAGTATACGTTAGTTTTCAGATGTAGAAAATGTTAAATCATACTAAGTTACATTGTTCACAAAACTAAAAAGTTGTGCTCTGTCAATACAAAAATTTAGGATTAGAAAATGATAAAAGTGAATCGTATACTTAGAAATCATATTCAGATATCATTTCCTCAAGGTTATTACCAATAGAATACACTTCTTTTTAAAAAGAATTTCTGTTCTTATTTATGTATGTATGTGTGTGTGTATGTATCTGTGTCTGTCTGTCTGTATGCATGTATGTATGTCTGTGTCACACTTGTGTAGCTATCCAAACAGTCCATAAGCAGTCATTGAATCTCTTGGGGCCAGGGTTATGGATTTCTGTGAACTGTCTGACATGGGTGCTTAGAACTGAACTCAGGTCCTCCATTCTTATCGACTGAGCAATTTCTCCAGCCCACTTTTTTATTTTTCACCTAATAAAAGATTCCTTACTTTTATGCTCATTTTTAGTAGCCTTAAGAGACTAAACATTTGATGAATATATTAAGACTACGTTAATAGTTTTTTTTTTAAGAAGATAAACTAAATTTTGGGAAGCTTGGTGTGAGTTTTAGAGGAGATAGAGGTATCCAAATTAAAAGAGGCAGGGATGGGATATTAAGAATTGAAGACAAGATAGGAATAAATGAAAATAGAAATGATAAATTGGTGTAAGAAGGACACAGGTTGATGTGGTGAAGCTGAAATCAATGATGGGGGACTAGAACTAGTAATACTTGGATCAATTAAGAAAATGATGCTACTGTTCTCAGTGTGGTATAATATGCCATTTGCTGCACTGTTTTAAGGTTCACAGTAATAAGAATTAGAGGAAGCATATTCTCGTCTTGACAGTGATGTTGTTGGCTGTAGTACTAATAAAATGTTATATTGAAGAGGTTGAGCTAACATTTAAGGTCCTCTTCTATGATTAACATTTGTCAGATTAATACAGTTGGGTACCTTTAAGGTTGAACTTAGTAAGGATTGAGATGATTTTTCAGGTGTTATATGAAGGAGTTGTGGATTTATTCTCCTAAAAGATGAGTGAGTTTTGTTGTTTGTGAATGGTTTAGAAATGCTTTGGGGTGGGTTAGAAGACTACAGGATTGTGATAATTAATCTTTGTTGGTGACGTGCCAGGTTTGAGAGGAGTTTTAGAGGTTATCAAAGCACACGCTTGTGTATATCTGTTAGTGTGTTTTTACAGAGGATTGGGTGGGATGAAAGATCCAGCTTACACATGAGCATCACCATCCAACACGGGGCCTTAGGACATGCAATAAAATAGGAAGAATGGAGAATGCCTGCTACCATGGGCATAGTTTCCTTCTGCTTCCTTTTCTCCATGAGGTTAGCTGCTTTGCTCTGCTTCCTGCTCCCTGCCATGGCATTCAGCCTCACATGTCAGGCACAGAGCAATGGAAACAGGCTGAAATCTCTGAGACTGTGAGCTAAAATTAATCCTTTAAATTCTTCTATCATGTTTAAATCACAGGAATGAGAAAGGGTGACAGGAAGAATTACAGGATTAAGACAATTTTTGTTGGTTTTTTTTTTAAATTCTTGGCTGGAGAGTTGATAGGGTTTAGACTGTTAGAGCCAGTTAGGTTTCTACGTAGGTTTTAGAATAGACAGACACTTGAATTTTAATATAGTAAAGGTTTTATTTTAAATGTCAAATTTGAGACCTCCTCAATACATTGAGGTTTCCCTTTATGTAATATTTTATTTCCTTTTACTTGCTACATATTGCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATGTGTGTGTATATTTCTTTTTCTTTTTTAAAGCATTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCCAAAGCCCCCTAATTCCCTCCCCTGCCTTGCTCCCCAACCCACCCACTCCCTCTTCCTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATGATCTTTGTGAGACCAAGGGCCTCTCCTACCACTGATGGCCGACTAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTAGAGTCACCACAGCTCTAGGGGGTATTTCTTTTCATTGAGATATAATTCAGTTGCCATACTATTCACTCCTTTTAAAGTTTGTTTTTAAGGAAGTTATTTTAATTTACGTGTGTGTGTGTGTATACGTGTGCCACATTTATGCTGATATATGTGAAAGCCAGAAAAGAGGGTGTTAGATCCCTTGGAGCTGAAGTTACAGGTAGAAAAAAAGCCACCTAAAGTAGATTCTGAAACTGAACTCAGATTCTATGGAAGAGCAGCAGGCATTCTAAACCACTGAGTCATCTCTCCAGACCCTATTTTAAAGTTTATAATTCCAGATTTTGGTACAATTAGATAATTATGCAGTCATATTTTACAAAAACATCTTATAATAAAAGTTATAATTTAAAAAAGTATGAAATAAAGTCTCATATATATTATTAGTTATTAACCCATCTTTTTTTCAACCAGTCCTTAATAACCAGTAATTCAATTTATAGATTCACCTATTCTAAACAATTCTTATAAGTACAATCATGTAATATATGGCTTTTCATGCATAGCTTTTACTTTAACACAGTTTCATGGTTTATAATCATATTTTGTTTACTACCCTATTGGTAAATATTTGAGTTGTTGAAATATTTCAGTGTTTTAGATCAATTTTGTGTTTGACTTAAAACTTTTTTTTTAGGCTTATTCCCTTTGAGGCATGTGTCAGTATGCCAAGGCATACTTGAAACTATCAGAGCTTGCGGGTCATTTTCATATATTTACATGTGATTTAGCTATATAATGTTTTAGATAGCTATGTAATGTCTATAAATACATATAATATGTTATGGAAAATTCATTTTCTGTATCTACTGTTGTTTAAGGAAGGAATAAGAAGATGAGAAAGTTTGAGAACTACTAATTTTGGTTGGCATTGTCATAGTTATTTGAAGTTTTCTTTTAAAGTGAATTAATGGAGTAAATAAATCTCTTTATGTCAGTAAAAAGTAGAGAGGTACTTTTTGTTGTTGTTAGATGCCTATTCAAGACTGAATTACTTAGTTGTGTTTTTGAAATGATTTTTTTTTTAGGATCCATTTTGTGATTTCTTAAATCGAGGTATATAAATCAGTGCAAACTGAATTTTTATACTGTGATAAGATTGTTTTTCTTAATTATAGTGAAATCAAGAATTGCTAATAGAGCAAAGTTTACTCTTGGATTTGGTTTGTGCTGGTGCTTTCCTAAAATATGCTAGGTTTCCATCTGTCCTCAGTAAATAGATTTTTAAATCTTTGAAGTTATAAATTATAGAAGTTTGGGTACACAGCCATGTAAATAGACTGTGTTATAAGGTCTCCAAATTCTGTAAGGTTCCCAATTGATACAATGGGATTAATATTTTATAGAAAATTAGAAGAACTAATTTAGAGGTTATTAGATCAATTTCTTTAGAAGGATGGTTGAGATTTAAAGTTTTTAAATTTTATGTCTCATACAATTTTTGCTGATGTTTGAGTAAAGTGATTGTACTTGCAGTCAGTGGCACTGAGTTTTGCAGTTGTTTGGGATTTTAGTGTTGCAAAGCAGTGTTGGTTTGAAACTTAAATAGCAAAATGGCTTTAGATAGTGGTCCAAGAAAACAGTGTTAAGAAGGACATTTTTTGCTATCACTCTAGTGGAGTGCCAGATAACATTTGAACAAATACTTTTCATAAAATGGAAAATACTTGAAGTCAGGATTTCGTCTTTGTTGCTACGTTTATCTCATTGGCTCACATTTGAAAGATGAATGTTTATCATTTGTAATTTTCTAACAGTAAGATAAATTCTTTATGCCATTAGGTGTTGCTTAATAAATTTTTAAAAATATTTAAATACGTTTTTAATAATATTTAATACGTTTTATGTGATAGGTTTTTTAAATTCTTCACAAAATATTATTATACTAATACTGTATTTGCTTAATTTTATGAAGTCTCTCTTTTAAAACTTATCTAGGGTAAGAAACGAAACTTTATGCTCCTAGGTGAGTAGAAGAAGAAGAAGGAAAAAAAAAAACCCTACAGCTCCGAGTCAAAGAATGAATACAGCTAACTTCTCTAAAATGTAGTTTCTGGGGGCTAGCGAGATGGTATAGCAGGTGAAGTACTTGCCTAACAACAGCCTGACTTCAATTGCTGGAATTCACATAAAGGCTGAAGGAAACAACAAACTCCAAAAAGTTATCCTCTGGGGTTTCCCCAATTTTATATACACAACAATAATACATACATTTTTAAAGGAAAATATGTTTTCTTCATATAGAAAATGGAGGAGACACTCACACTTATTTTGAGGATTAAATGAGGATTAAATATTAAATATAATATGTGTATATGTATATATGTGCTCCCTCACATACACAGCATAAGGTTGCTTGTTCATTATTAGTGCATAATAAATATTACTCATATCTGAATAAATGACATTTTAAAGGAATTACAGCTCATATACAACTGAATTTGTTTTGGAATTTAATAAAGTAAAACAGTTTAACTGATAAAAATAAAAATTATGGATTTTTTTAAGTCTGATTAATTTGATAATATTCTGCTGTACTCGTTAGTTCTTGGTCTAGGTTCTTTAAGATGATTTGTCTCAGCTTTAAGAAATATTCTCAGGGTAAAAAAGAATATTGATGGTTCATTTTGCTTTAGGTTTGATTGATTTTGACCTA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Seq C2 exon
TGGCTGGAATGGCTGGTACTGCACATATCGATGGAGACCATATTGTAGTTTCAGTTCCTGAAGCTGTATTAGTTTCTGATGTTGTCACAGATGATGGGATAACTCTCGATCATGGCCTTGCAGCTGAAGTTGTCCATGGGCCTGATATTATTACAGAGACTGATGTGGTAACAGAAGGGGTGATTGTTCCTGAAGCTGTGCTTGAAGCCGATGTTGCCATTGAAGAAGATTTGGAAGAAGATGATGGAGATCATATCTTAACTTCTGAGCTTATTACAGAAACCGTTAGGGTACCTGAGCAGGTTTTTGTGGCTGATCTTGTTTCTGGTCCTGATGGACATTTGGAACATGTGGTCCAAGATTGTGTTTCAGGTGTGGACTCTCCCACAATGGTGTCAGAAGAAGTTCTTGTAACTAATTCAGATACAGAAACTGTGATTCAAGCAGGTGGTGGTGTTCCTGGTTCTACTGTTACCATAAAAACGGAAGAAGATGATGATGATGATGTCAAGAGCACTTCCGAAGACTACTTAATGATATCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025529-Zfp711:NM_177747:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.370 A=NA C2=0.405
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(47.4=79.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: