DreINT0181633 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000071868 | znf711
Description
zinc finger protein 711 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081107-49]
Coordinates
chr14:11697100-11703987:-
Coord C1 exon
chr14:11703890-11703987
Coord A exon
chr14:11697568-11703889
Coord C2 exon
chr14:11697100-11697567
Length
6322 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGG
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
TCATTTTGATATTATTGCAGGCA
3' ss Score
7
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTGTAGAACTGTCACAGATTATGGATCAAGGTGGAGGGATCCTGGAGCTTCACAAGGACTTGAAGATGCCCCATACAATGATAATGCCAGATTTTG
Seq A exon
GTAAGGAACTATAAATACAAATCTACTGCTTGCAAGATATTTGACCATTTTTTGGTTATTTTTCTTTAAAAACTGAAAAGGCTTTAACACTGTCTGATCACATAGATTATTAAGAGTAAGGATGTCAAAATAAATCTGATTTAGAATTTTTTATAAAGTTTATAAAAAAAAAAATAAAAAAAACATATTTGAATGCAAAAACCTGCACTCTTAATTTTTGGTGAGTCAAGAGGTGCGAGACAGGATGTAACCTGTTATTTTATTTATTTTTTTATTATTTTTTTATTTTATTTTTTTTATAAACATGCTGCATTTCAGCGTCTAGAATGGTGCTAGACCCCAAACTCTGTGAGATGTGTCATTTCACATCACTTCTCAAATGATGGCTAGTTCTGCATCAGCAAGATAAGCCCGGTGCTATGTGAAACAATATCAGTAATCTAATGCTGCATTTCAGAGACAGAGGTGGGAATTTCATCAGTAAACTGTCCCAATTCCAACTTTAATGTGCTGTAGTCAATTGTACTTTGCAGTTGCATTTTCACCAGGTGTGATGTGAATATTTCATAAAATTTTGTGTTATTGGGTCAGGGCTTGACAGTGCGACCATTCTGCTCGCATTTGCAGCAAAAAATATATGAGCGCAAGCTGGAAAGTTTTAGTCGTACAAGTGCAATTAATATTTATTTTTCTTTTTTTTTTTAAATATTCATTTATTATTATTATTTTAAAAAAATTAATAAGCTTGATTGAGGACTTCATTCACTTTTGGCTATCTCAAGTGCTCTTCACACCAAGTTATGCTATATAATGTTGGAAATCTATTGTGACTGTTGCACATGCTGACGCTATCAGCAACGGCACAAACTGGTTTATTTACTTCATGTCAGTCGGTCTTTATGTTGTTTTGAATAAGTTGCCAAGCAACGCATGGCACTGAACGGTGGCATGTCGCACATCATGCAAGCTTCAGAAAACGTCTACTATTCGGCCATGGATGGCATATCGTGGCACATCCAGTGTAAGACCTAATTCAACACACAGTCTTTACCTGGGCAGCCCGGTTATGTGTTTACGAGAAACTAAGAACACTCAGCCACAGACTCACATGCTCTGCATGCAGACCGACAGAGACGCGCTGGATTCAGAACTGCTGTTCTGACTTTGGATGTAGCTTTGAGAAGAGCGCAAGGACACGAAGAACAAAAAAGCCTTTTACTAAATAGACTGACCCAGTTCATTACTTGAGGTGACAATACATCCTCTTTTTCCCGGACATGTCTGAAATTCTGCTTTCGCTTTCAATACTAATTAATATAATTATCATTATTAGTTTTTGCATTACTTTATACGCAAGCTTTGGCCGGTGCGTCTCAGTCTCTCAGCAGCACCAACACTACAGCAGAGAGAGAGAGCAGATTTGACCTGGATAGTAAGATTTTTTTACTTAAAGGTGCAGTAGGTGATCTTCCACAGTGCTAACAACTTAGCACAAATTTCCGAATCACAGTCCCTCCCCTGCCATCTAGATCCACGCCTCCTTGAACACGAGCACAGCAAAAGAACCCTCTCTCATGTGTTAAAAGCAACTAGTGCTTGTCCGGTAGCGTGCAAGCCAAACTGACATGCTATTTTAGAGTGAATATTTTGAGTTGCACGGTAAACAATAGGGCTGTAACGATACACGATATAAAATCGAAATCGCGACACTCAGATCTACGATCCTGTGTCGCGGTGTAATAAGGAAGGATCGCGACACACCCACCCCGTGATACCTTTCCAATAACGTCACGCGTGCCTGCAAAAGTTGAGCTAATTAACACTTTTTTTCGTTCGACATTACAAGCACTGCTCCGTTTAAGCCCTCGCAATATTTAGCCGGGAGAGCTCGCACGGAGCTCTTAGTAAGGGACCGTCTGAATGTGTCAGGAATATCAAAAACAAAACCAACTTAACCCAGCTTGACAACCGACAACGCCAGAAACATTGCCAATGCTGTCAAAGCGGCCGGATTTTCAGCTCATATACGTTGATTTGCTCACACTGTTAATGTGGCTGCGCAGAGAGGGATGGGCGTTCACCAGATGTCAGGTAACAGCCAAACTTTTCTGTAACCGTGCTGTGCGCTTTCTGTTTGAACCTTTGGGAGTGCTTACTGACAGGTGCGTGAGGTCAGAAAACACGACGAAGCTTTCAGTTAAAATAAACACAGTTTCTATAGTTATAGCCCACTTTATTTAGAGATAAAGGTATATGGCTCTGCATATAATCAGTCTATCTTGCTGGAGTTTATAGCCGTTTCGCTTTACTTCAGGACGCATTAACACCGCTCTGAAGGTCTAATCGTTGTTTTAAGTTATCCAGAGCTGTATGAATATACAAATCTTGAATATCACAATAGTATTAAATATTACAATTGTAACAACACAGACAGCAACACTTTTGCACAATCGATACCCAGCTGATTCAGTCGTTTCATAAGAGGACCAGCCTCTTCTTTTTTCCTTGTCAACATAAAGGCAGTAAGGTGCGCCTTGTTTTCGGCCACTTGTTTAAGTGCAAGGCATACTTAATTTGCGGGATGATAACGTATAACCCGTGCCTACAGACACATTTGCTAAAGAAGCAAAATGGAAGAAGAATATTGCTGTTTGATACAGACCTGTTGATACTAAACCAGCGCTTATGTTGACCTGGATCTGCGTAATAAACGCAACAAATAGGCTTTACTTTTTATTTTACAGCTTAAAGCATGTACGCAGATTAATGCAATATCATATTTAAACAAACTGTTTACAAAAAGTCTACATATGCGCGCGTGTTGTTGTCTTTTCATCAGGCAGCGCGCGCACTTGAACCGCAAGGGAGAGAGAGGAAAGCATAGGCTATATCAGGACATATTCTTTAAAATAAGGATTTCTATTAAAATGTAAAAGGTTTTGTGATTATAATAATAACAGCGGGGCATTAAATAAATGCATATTTTCCGTGGAGCAAGCAATTTGAGGAAGTCTGCGATTTTTATTTGACGGAAGAAATAAACATATGATTGGAAAAAAAGCCTATGCCGGTTATTAAAAAGAATCAGTCAGTATTTTCGTTTTGTAAAATAAATTAATTATTTAAGTGAAAATAATTTAGGGCATTCCTATTTATTTTATTCATTTTATTTAGATTATTCTGCTCTTCTGTGCTAAACACTGCAGGTGCATGAAGATGTTGTTCTGTTCCGCTATTAATATATAAAAATAAATCAGTATTTTAAAATGCAATAATAAAAATAGACACGTCAATTTGTTTAATATAAAATTAATAGTAATCTGACCAGTTAACCGTTAATAACCGATTAATGAGCGGCGGTTGTCGGTTAGCAAAATTAACGAAATGAGCATCCCTAGCTATTTAATTTACTTTTTCTATGCAAGACAACTTGATTGAAAAATAATTTTCAACATACTTGAACCATCTAAACAATGGAGTTTAGTTTGGTTTTTCAACAGTATTTTGTTACAAAGAAAACAGAAGTGATATAGCTTTGGCTATTTATTTATTTTATATATGGCTATTTATATTGTTAATAATTTGCATAGTTAATATTGTTCTTTTATGTTTAGTTTATAAAGATTTTTCAAATGTTATTTAATTAAAAATAGTTTTAAAAATCTTTTTTTTTCCCACCCCACACGAAAAAAATAAAATAAAAAATCGTGATACGAATCGAATCGTAGGTCAAAAATCGTGATACGAACCGAATCGTGGGTTTGGTGTATCGTTACAGCCCTAGTAAACAATATTGTCCCTTATAAAACTGAAAATAGCCTTAGCTACTAAAATCTTCCGATTAAAAATTGATGAGCAACTCTTCTGTAAAGATTTAACCCATTTGTAACAACAACATCTAACGTTACATCAGCTTTGCATGAAGCTAGAACAGTTTTAAAACAGAACATTACCTGTCTAAGAGAAATCCGTCAGCCATTGTGTCATCCTTTCTCCAGCGTGCAAAGGTAACTTAAATATTGATTAAGGTTTTTAAAAAGTTTTGATTCAGCAGGTTTTTACCGATCGCGTGCACGTGCTCTCTTTCTCGTGAATGCGCAGCACAAACAGCGATCGGCGGTGCTGCGTACAAACAGCTGCACAGTTGTTCAAATCTGCATTTGCTGACAGACAATTTGACCTACTTATCTGAATTATGAGAGATGTCAGCCTGACTTTATTTAATTGGATGAACATTTTTTAGTTTTATACCTTACCCAAAATATAAAAATACATATAAACACATTTAGATCATTTACTTTAATCATTACTATTGGACTGTGAAGAGACTTTCAACCAGCACAACAAAAAATGCTTCTGAGCACAATCAACTATTGCACCTTTAAACACACTGAAAAGAAACACAGTGTCTTGTAAAAGGTGTTAAATGCTAAGATTTTTTTATTTATTTATTTGTCTGTTAAATAAGAATAAGAAGTCAGTAAGAAAATCTACTGTTGCTGAGGGCCATTAAAAGTTTAATAGAAAAGATAGTATTGCTTTGGGGCTCAAGGAAACTTTAATTCATTGAGGCATTCCCATATTCAGCTCTTCTTTAAAAAGCCCAGAAAGATAAAGTGCTCAGATAAACAGTGTCAGCTTTGCACATAAGTGTGTCGTTGTGTCTTTCTTTACATTGTCGTACTTTTCCCATGTGGGAAGTAGGGTGGAATCGGTGGGATATATTATACAAATAAATTAATTTTGATAATTCAAATTATTCTTGTCACATTATTTTATGTGCTGTGGAGAAAAGGCGTGTTTCAATCCAGCTACTGCAAGTATATTTTATAGTATATTAAAGGCCATATGTACAATATATTTTATTCTAAAATTCTAAAAGCTAAATTTTATAAAGCTTAAATTATAAATAATTATCAAACGCTTTTTAAGCTGTTGTTACAGTAAAATAAAACCATTTGTACCTATTGTATTCAAATGAATGAAACTGCTTTGCTTCT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Seq C2 exon
GCATGAGTGGCATAGCCCACCTTGATGGTGAGCACATTGTGGTGTCGGTGCCAGAGGCTGTGATGGTGTCAGATGTGGTGACAGATGAAGAAGGCATCATGTTGGAGACTGCCCTAGAAGCTGAAGTTGTAGAAGAGCCTGACATCTGTCAAGAGGACGTCATCACCACAGAGGGAGTGATCATGTCGGAGTCGATCCTTGGAGCTGAAGTGGCCATCCAAGAGGCTCTGAGTGGCACTGCGGATCTGATTGAAGAAACCGTGCCTGATCAGGTGTTTGTGGCTGAGCTCATGTCACCTCACATTCAAAGCCCACTGGACCACAACCTGGTGTCTGCAGAAGTCATGGTGACAGACGCGGACACGGTCATTGACTCGCACGACACCCTGCAGTCTGATGTCACCATTAAAGCAGATGATGATGAGGAGGATGTGAAAAGCACTTCAGAAGACTACCTTATGATTTCCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000071868:ENSDART00000106654:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.236
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PU(39.1=76.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]