DreINT0000918 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059093 | ANK1 (1 of 2)
Description
ankyrin 1, erythrocytic [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:492]
Coordinates
chr5:68213831-68216213:-
Coord C1 exon
chr5:68216114-68216213
Coord A exon
chr5:68213910-68216113
Coord C2 exon
chr5:68213831-68213909
Length
2204 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTACGA
5' ss Score
2.43
3' ss Seq
TCTCTGACTTGTTTTGTTAGGAA
3' ss Score
7.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGAGGAGCTGCTGGGAAACGAGGGCGCCAGGTATTTGATGAAGATGGAGGACATAAAGGACCATGATGAGGATTTCCTTTCCCCCAAGAAAGTTCTAGA
Seq A exon
GTACGAGGGAGAGTTGGAGTAAATCACACTGAAGATGATTCGGATATTTACAGTAACAAACAAGAGAGAAATGGTTAAAGTAGACGGCAGCTAAATTGAGAATCATGTCTGATCATGTCAAATATAAGAGCTGAAACCGAGGAAAGGAAACTCAGTTATGATGGGAGACCATATGATGAAAAATACTACAGTCATGTATTGTACATACTAATGTTTTTGAACCATACTGGAATTAATCTGTTGTGGTAATTTAATTCTACTCATTTTTATTTTTATTTATTTTAGTGAGCTTTATTGGCATCACTTGCACAGTATTGCTAAAACATTGTCTATTACTTGACTAATGAATAAGCTACTCTATAATATAAAAATTTATTTAAGAATAGATCTGTACAATAAGTAATATAAATACATGTCTACTTTATACAAAAGCTAAATAACTAAATATTTAATACATGGTTTAAAATAATAATAAAAATAATGATGACGATAATAATGATGATAATAATGCAAATAATAATAATAATAATAATGATGATGATGAAATAATAATGATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATAATTATAGACATACTATTATTTTCTAATGTATTTATTATTATTTTTATATTTATTATAGTATTATTTGTTATTTGTAAAACAATAATGCAAACAAGTAGATGTGTACTTTATACAAAAACTAAATAAATATATAAACATTTAAAACATTGTTTAAAATTATAATAATATGATGATAAAATAATAATAATAATAATGATAAATAATTGAATTTTTAATAGTATTATTTTCTTATATATTTATTTATTTTTACATGTATATTATTATTATAATTATTAAATATGATCTGTTAAATAACTATGTAAACATTTAGATGTGTACTTTACACAAAAACTAAATAAATATAAACATTTAAAACATTGTTAAAAATTATAATAATATGATGATAAAATAATAATAACAATAATAATAATAATAATAATAAATGATTGAATTTTTAATTCTATTATTTTCTTATATATTTGTTTATTTTTACATGTATATTATTATTATTATAATTATTAAACATGATCTGTTAAATAATTATGTAAACAATTAGATGTGTACTTTACACAAAAACTAAATAAATATAAACATTTAAAACATTGTTTAAAATTATAATAATATGATGATAAAATAATAATAATAATAATAATAAATTATTAAATTTTTAATACTATTATTTTCTTATATATTTGTTTATTTTTACATGTATATTATTATTATTATAATTATTAAACATGATCTGTTAAATAATTATGTAAACAATTAGATGTGTACTTTACACAAAAACTAAATAAATATAAACATTTAAAACATTGTTAAAAATTATAATAATATGATGATAAAATAATAATAATAATAATAATAAATTATTAAATTTTTAATACTATTATTTTCTTATATATTTGTTTATTTTTACATGTATATTATTATTATTATTATTATTATTATTATAATGATTAAATATGATCTGTTAAATAATTATGTAAACAAGTAGATGTGTACTTTGTACAATAACTAAGTAAATATTTAAGGCATCGTTTAAAATAATGATACTGATAATATTAATACATTACTAATGATAATAATAATAAAATAATAATGATAATAATTGCTATAATTAATGCTATAATTTTCTTATATATTTATTTATTATTATATTATTACATGTATAAAATTATTACAAAATATAATCTGTAAAATAATTATGTAAACAAGTAGATGTGTACTTTATAAAAAACTTGCTAAATAAATATTTAAGACATTGTTTTGAAATAATAATAATGATGATAGTAATAATAATAATAATGATAATGATGATGAACATTATTAATAGTAATAATAATAAATTAATTCAAGTTCATTGAATAGTCATCATGGTAACACAACAATAATAGCAATATACAAAATGACCCAGTACTGTAGTTTTCCACAACTATAGAGTATACTACACTGCAATACACCTGTAGTAAAAACTAAACTATACTACGGTATTTATTACAGTATACAATACAATATAGTTTACCATAGTATGGTTCAAAAATATGATAGTATTACTTATAAATTACTTTAGTGTTTTTTCAATCTTTCTGATTTCTTTGTATCAGGCTTATTTCTCTGACTTGTTTTGTTAG
Seq C2 exon
GAATCATTCTCCTGCTATCCCGAGGATCCCGTGTGTGTCTCCTGAGACTGTCATGCTGAAAGAGCATGAGATGGAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059093:ENSDART00000137443:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.328 A=NA C2=0.648
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]