DreINT0013773 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087745 | LRRC38 (2 of 2)
Description
leucine rich repeat containing 38 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27005]
Coordinates
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Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
GTATAGATGGTATGGAGTGCTCTTTGCCCACGGATGGACGCCGCGTGCCTCTAAGCCAACTCTCCCAGGACAGTTTTCGGGAGTGCCAGATCACCCTCACTCTCACCGATTTCCTCATCATCATCTTCTCGGGCATCTCCGTCTCTGTGGCCGCCATCATGGCCAGCTTCTTCCTGGCATCCACCGTCCACTGTTTCCAGCGCTGGAGCAAGGGCACTAAAGGAGATGAGGAGGAAAGTGAAGAATGAGGCATGAGAATGACCTTCAGTGTGATTCAGAGCTGCCAGATCTTGACACGAGTTCAACAAACAGCACGAGTGAACGGACACCAGGTAGAACTTGAGCAGAAATAGCCTGAGTGCTAATAAATATGGACGCGGTTCCCTCACAATCAAAGGATAGCAAGCCTTAGTATGCACAACTTCCAGGGATTTACGTGTTAAAGGAAATTCCTCGAGATCTTGTCCTGCAGTATAGAGTTCTCAGTGTTGTTGTCTGTAGAGTTTCTTCCTTTGTGTAGTCAATATAAAGTTAGCGAATTAAACCGTGCTACTTGTTGATTGTGCCAAATTATCACAGGTAGGCAGCGATGGTTCAGACGAGCGCTGATGATGAAGAACAGCTATATGAAGTCATGCAAGGTGAGTCAGAAGTCAAACGATTCAGCTTTATCCAGCCAAGTGTACGAGACGGAAGCCATTTTCCTTCCATTTTAACAGGAATATGAGCTAAGAGAGATTTCAGAAAGCCTCGCCTGAGATTAAAAGTTTAGAATAGAGCTTCTTGTGAACAGTCGTGTCAAATGCCGCACTTTAAAATGGTCCTACCTAAGTTAGACTGGCCCTCAAACCACTAGGTTACACTGGTTCTGTCCAGATCTGCCAAAGAACGCTTCGACTGAGGGTTTTCAAATATAGATTTATTTTTCTTTAAAGAAAGTCTGTGATCTTAGCAAAGATTGCATTTATTTCGTGTAATTATGGTAATACTCACATATTTACCCTTAATGTGACAAAAGACAATATCTATGAGATGGAAATAACTACATACTACAGATGTCATTGTATTATTCATGTCTTAAAGGTGTATTTGAATAAGATATACAGTAGGCCCAAAATATATTTTGACATTGGAAGTCAAGTGTGCGCATTGCCATTGTCAATACGTAACAAAAAATCAACACATTAAAGGTGCTGTATGTAAGTTTTTGACTCTTGACGCATAAAACGCCACAATATGTTTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087745:ENSDART00000122319:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.098
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0146213=LRRNT=WD(100=13.8),PF138551=LRR_8=WD(100=28.6),PF127992=LRR_4=WD(100=22.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]