Special

HsaINT0096858 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000162494 | LRRC38
Description
leucine rich repeat containing 38 [Source:HGNC Symbol;Acc:27005]
Coordinates
chr1:13801445-13840242:-
Coord C1 exon
chr1:13839458-13840242
Coord A exon
chr1:13802568-13839457
Coord C2 exon
chr1:13801445-13802567
Length
36890 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
CTCTGCCTGCCTTTTCTCAGGCC
3' ss Score
9.65
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCGCCCCCGCACGCCCGGGCGCACGCCCTCCCCGCCCGGGCCGCCCTCTGGCTCCCCGCGCCCGGCAGCCAGTGCCTCACCGCGCCGTCCCGCGCCAGGGCTCGCTCCGAGAGCCGCTTCCTTCTCGCCGCGGCCGGCGCGGGCCCCCCGGCCATGCGCCCCCGAGCCCCAGCCTGCGCCGCCGCGGCGCTCGGGCTCTGCAGCCTTCTGCTGCTGCTCGCGCCCGGGCACGCGTGCCCCGCGGGCTGCGCCTGCACCGACCCGCACACCGTGGACTGCCGCGACCGCGGGCTGCCCAGCGTGCCAGACCCTTTCCCCCTGGACGTGCGCAAGCTGCTGGTGGCCGGCAACCGCATCCAGCGGATCCCCGAGGACTTCTTCATCTTCTACGGCGACCTGGTCTACCTGGACTTCAGGAACAACTCGCTGCGCTCGCTGGAGGAGGGCACGTTCAGCGGCTCGGCCAAGCTCGTGTTCCTCGACCTCAGCTACAACAACTTGACCCAGCTGGGCGCCGGCGCCTTCCGCTCGGCCGGGAGGCTGGTGAAGCTTAGCCTGGCTAACAACAACCTGGTGGGCGTGCACGAGGACGCCTTCGAGACCCTGGAGTCGCTGCAGGTGCTGGAGCTCAACGACAACAACCTGCGCAGCCTCAGCGTGGCCGCCCTGGCCGCGCTGCCCGCGCTGCGCTCCCTGCGTCTGGACGGGAACCCCTGGCTGTGCGACTGTGACTTCGCCCACCTCTTCTCCTGGATCCAGGAGAACGCATCCAAACTGCCCAAAG
Seq A exon
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GCTCTGTTCATAATATTTATTCAGAGAACTTAACCATCAGGGACTTTATCTCAACACATGGTGTGTTTCTCACCTAAGCTGATGCTAAATTCTCCTATGTTCACTCAGCTACCCCTGGCTACATTGTGTTCCCTGAATGCTGAGCTCTTTCCCAACATTTCTTTTTGACACAGGGTCTCTGTTTTCTGGGCTAGAGTGCAGTGGCGTGATCATAGCCTCAGTTTCCCAGGCTCAAATGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTTGAACTACAGGTGTGTACCACCACACCTGGCTAATTTTTAAAAATTTTGTAGAGACAGGGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGAGCTCAAGTAAGTCTCTCATCTTGGCCTCCCAAGGTGTTGGGATTATAGACATGAGCCACCACACCCGGCCTTTTTCCCAGCTTCTTGTCTCTGCCTAGAATGTTCTTCTCATGGCTAGTTTCAGCTCATCCTTTTGACCTTAGCTGAAATAATACCTCCTGACCACCCCTGTTAAAGACAATTCTTTGTCCCAGACTTTCTTTATCTTTCTACCCTGACGTTTCATCCTAAACATTTTACATGTCTTGAACTATTCATTTATTGTCTAAAATGTAAGCTAAATGAAGGCAAAGGCTTTGTTTTGTTTCCTGCTGTATCCCCAGGGCCTTGTACATGGCAAATACTAAAAAATATCTGTGGCATAAATGAATGTCTATATTCTCGCACTAGAATTTAAACTCTCTGAGAGTAGAGGACTTAGTTGCCTTGTATATCACCAACCCGGTTGTTGGCCCAGGAGAAGTACAAGTTCAAGTCTGGGCAACATGGCGAAATCCATCTTCAATACATTCTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGTCTAGAGTGCAGTGGGGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTTGTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGAATTACAGGAACACACCACCATGCCCGGCTAATTTTGTATTTTGTATTTTTAGTAGAAACAGGATTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCCCGAACTCCTGACCATGCTAACCCTCTTTTCATTTCCACTCAGAGGACAGTGAAGAGGAGGATAGTATCTAAGTTGGAAAGTGGCACTACCAAGTGGAGGGTCTGTCCGCTAGTTGGCACTGACCCATCCCACTGCATCTGCCCCAACCTCCACTCCCTGCTACTAGTCGGGTCTGGATTAGGGTCTACAGATGTCCTAAACCCGAAACAGATAATGATGCCCTTCCATCCCCGCTCTGAGTAATTCAAAATCAAAAGAGTAATAAACCTGGCTGGGTGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTCAGAGGCCGAGGTGAGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGATCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACTAAAATTAGTCAGGTGTGGCGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGTAGAGGCTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCATGTTGCCTAGGCAACAGAGACTCCGTCTCAAAAACAAAAAACAAAAAACAAACACCTGAAAATAGGTCAGTGAAGACCAGCACGTTCCAACTTTTCCCATGGTGATCACTCTAAGGCTTTTTTTTTTTTTTCAAGTTTAAATTCCATTTAAATTAGCCTTTTCCCCCCTTTTATTTTTGGGAGGATGCTTGCACATTGCTGGCTTTGTAAGCACCTGCCTTGTCAACTTTTAGGCAACCTTGAGCTGCAGTCTAAATCTCTCTCTCCTCTGCCTGCCTTTTCTCAG
Seq C2 exon
GCCTTGATGAAATCCAGTGCTCCCTGCCCATGGAGAGCAGGAGGATATCCCTGCGTGAGCTGTCGGAGGCCAGCTTCAGCGAGTGTAGGTTCAGCCTGTCACTCACAGACCTCTGCATCATCATTTTCTCCGGTGTGGCCGTGTCCATTGCGGCCATCATCTCCAGCTTCTTCCTGGCCACTGTGGTGCAGTGCCTCCAGAGGTGCGCACCCAACAAAGATGCGGAGGATGAAGACGAGGACAAGGATGACTGAGCCACCTCCTCCCTCCTGCCTCTTACTCTCCAGCACCGAACCAGAAGCTCTCTCCAAGACGAGAGGGAAATGCTGAAAATGGAAAAGCACTGGCCACCATCTGTGAACTGAACAGAGCCTGTTCCGTGTCTTGGCCCCTGGGTACACCTGCTGGGACCACTGATCTCAGAGTTTAGAATCAGCAGAGCACAGAAGCCCAGGAAGGATGGAGGGAATTATTCCTGGAGCATAACCTGCCTCTCAGATCGAGGTGTGTGTTGGGGGAGAAGATGACCGAGTCAGGCTTCATAGCTGATGACTAAAAGCCTCCCCCAGGAAATGTGAAGACTGGCAGCTTTCAATGGCAAAGATGATTTTACGCCATTCTTTTTCTGACCTGTACTGGGAGATCATGAAACATCTGCCTTCCTCCCAAGAAACAGCAGCTCAAACAGTGGAGATTCAAATTCGGATCATTCACCACAAGAACGAGAACTTTGATCCTTATATAATAGGCCTCAGCAACCTTGGGATGTTATACTGGGAACTAATAAACTCGTGTGCAATAGACTCAATGTTTATGTTCCCCCAGATTTTATATGTTGAAACCTAATCCCCAATGTGATGGTATTTGGAGGTGGGGCTTTTGGGAGGTGATTAGGTTTAGATCATATCATGAGGATGGGGCCCAAATGATGGGATTAGTGCCCTCATGAAAGGTGGCCCCAGAGAGCTCCTTCACCCCTTCAATGCTTGAGGATGCAGCAAGAAATCAGCTGCCCATGAACCGAGAAGCAGGCCCTCACCAGAACCCAGCCATGCTGGCACCCAGATCTCAGACTTCCAGCCTCCAGAACTGGGAGAAATAAATAAATGTCTGTTGTTTGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162494-LRRC38:NM_001010847:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.011 A=NA C2=0.107
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0146213=LRRNT=WD(100=13.7),PF138551=LRR_8=WD(100=28.4),PF138551=LRR_8=WD(100=28.4)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development