DreINT0016370 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075857 | PGS1
Description
phosphatidylglycerophosphate synthase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30029]
Coordinates
chr12:34108380-34115805:-
Coord C1 exon
chr12:34115730-34115805
Coord A exon
chr12:34108529-34115729
Coord C2 exon
chr12:34108380-34108528
Length
7201 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGT
5' ss Score
10.29
3' ss Seq
TTTGGGTCATTATTTTACAGGTC
3' ss Score
9.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTGTCAGCTTGGCCAACAGAGTCGTGTCCACTTGCATGAATACCATCGCCCTGATTGGACGTTTCATGCAAAAG
Seq A exon
GTAGGTGTTTATATTTTCTTTTCAGCACTGTTTTCTTTTTTAGATCAGCCCAGTTCCCAAAACCTGGGTGTAACAGGAAAGCTCATAATTGAATGCGCAGAGCAGGTTTCCCAGCACCTCTGATTGAATAGCCTCCGAGTTCTTCCTGGACACAGAGGCTGCCAGACACATGTGATGTTTTCACTCTAAACCAGAGGTGTGCTTTGGCCGGGGTTTTTGGCTGTTGTCGGACATATTTCAGCTTCACTGTTTCAGCATGTTATTTAGCAGAAATCAAATGCAGCACTGAGCCAAGAGCAGCTGAATCGACACAATGTTGTTTCTCATCCTGCTGCTGGTGTTTGCAAGAGCGAGTTTGGCTTTCATTTAGAGTGGAGATCTAAATTAGAGAACAGTTTATGACCACTTAACTTCATTCAGAAGTAATAATGTATAATCTTCATTATTTTAAAGTTGGCTACAACTTTACATTTATCCATTTGGCAAATGTTTTTGTCTAAAGCGACTTACAATTGAGGAGACATTCAGCAAATCAACAAGAAGAGGCACTACACACAGAAAGTGCTAATTATAAAAAGAGAGAGATTAAAATGCTAGAGTAAGGGAGTGTTTTTCTTTTGTTAAGTTTTTTTGGGAGGCTGAGTGAAGAGTGTTTTAATTTTGTGCAACCTTTAACACCTCACACCCCAGGAAGATCTGAGGAGATGATCTTGAGAACCACCAAGATAATCGTATTTTGGACATACCTAGGATTGTTGGAAGGTGAGAAATTGTTGAAAATCAGCCTGATTATCTTGTGGTGCCCATAGACTGCATGTTAAACAGGGTTTGTCAAGCAATTAAGGTAGTTATCGCCAGATTTTTACCAGTACTGCAAGAAATCTGAAAGTGTCTCTAAATTTGTTAAGCGTTCTTTCAAATATTTTTTGTACTGTACTGCAGAATATTTGTAACTCATCAAAATATGAAAGAATCTGCTCTTTTTACTTTTCTCTAATTTCGATCTCCACTGTACATTTTTTTGTTGGCTAACATGGCATTAACTGAATGTCCTTATGGACTTTAAAGGAGCAGTATATAAGTTTGACATCCAGTGGTAGAACTTGATATTGCATTGCTGGTTCAAAACGCATGCAAGCGCAGGTTGCCAGATTGACAATACCAACAGATGTGTGCCTACCTGTCGAGCCTAAAGGCTGATATAAACCGTGTTCTAAATAAAAGCAACTGCACACAAGATAGAATATTTTGCATATTAAAATAAGTTTTTGTTCTAACCAACACCTGAAATATATATTTTAGGAACAGCTTCTAGTTCTTGCAGCTGAACATCAATAAACTGACATGTTTCCCTCAGGTACACCTCATGTGCTTTACTCTGTAAAGCAGCATCACTTTTAGAGCTGTGACTCTAAAGTGCAAGACAACAAATTTCAATCATTCAGCATGTACATTTAATAATGTTAAAACAGTTTAATACAAATTAAGTAGGCTATAAACCTTACCATTTTGTTGGAGTGCAGTAAGTGCACCATTCTGTGCTTTCTGAATGGCTGTATTTAACCCTTTAAGACTCAAGTACAGAAAAAAATGAGCAATTTTTTTGACCTATCAGATATTGTTTTATTAGGCCTCAGGATTTTTTTTTTTTACATTTTGGTAAGTTTTAGGAAAATGTTGTAATATTGCAGCGTTAAGCTGGTTGTGAGCAGAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCACTTCGCTTCCTGCCTAAAATACTGTCCTACCCACTTAATAAATGCAAAAATGCCAAAAATCTTAATCTTAAAATAATAATAATAATAATAATGTTAAAGCTGTTTAATATGTATTAATTAGGTTATAAACCTCACCATTTCATTGGAGAGGACTAAGTGCATTATTCTGTGCTTCTAAATGGCTTTATTTAACCCTGTAATACCCAAATACAGAAAGAAATTAGCAAAAAACAAATTGACCCCTCAGATATTGTTTTACGAGGCCTCTGATGTAGGAATTAAACATTTATTTATTTATTTATTTTTACCTTTTTTTACATTTTGGTAATGTGGGGAAACGTAATATTGCAACATTGAACCTAGTTGTGAGCAGAATTTCTGTATCTGTACTCACTGTCTGAACAGGTATACAGTGCATATATGCATTCGTTTGCAGAGTTATTCACTTACTTAGCCCCTTAGCAGTATATGTCACACAACTAGGCAACAATTCAATATGTCATTCAACAATGCAGCAGTCTACCACTCTGACCCAACATTGTAGAATTACAACACAGACCTAATAAGCTCTAAATCAAATTTTATTAATGTTTTTCTAAAATACCTAAACATGTATGTCTTCTAGACATTGTAATAAACACAAAAAAATATTTAAAGAATTGCTGGTAGAGTAAGCTCACGGCAGGATGACCAGACCTATAAACACTTTTTCTATCCAATTTCATTGTGAGGGCACACAATAGGACCCGTGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGAATTGTTAAAAGTGATTTTGTAATTCAGCAACAGTGGACTTTATAGGGTTAAATTTCAGTTTTTTTTTTTTCATCTGGTGCAAACAGAAAATTGCTTATCACCGAGCATCTTATCATGTAGCGTGTTGTTAGGACACTGGATTACAATGTAACCTGCTTACCATATGTTTACGTTCGTAATATTTGTATCATTTTTTAATTAATACCCACCTCATGTGGAACTCTGAATCTGCATCTCATTTCAGAGTCTGCTACTCTCCACCGGATGTCTCATTTTGGTCATGGACAGATACTTTGAGAGCCTTCCTGACTGAATGAATTAAATTCTAAGTTTCTGAAGAATGTTGGAAGTCAATGACTGTTTTCTCCCCCAGCATTCTTCACTGTCTTCCTTTTGTGTTCAAAAGTAAAAATAAATCAAGCCAGTTTGCAACAATTTGACATGATTAAATCTAAATAATGACAGAATTTTCATGTTTTGGGTGAGCTATCTCTTTAAGAAAAAGCCCTTGACCTGAAGGGGACGGAATAAAGTGATGTCTAGAGACAAATAGATGCTTACAAACCTGAGCAGCATCAGTGGAATTCAATTTCATGCTCCTGTTGAGAAGTCTGGCTTATTAGATAAAGCCTTGTCGCGCCGTCATTTCTTGTAAACAGTGGAGCTGAAGTGGGAACAGACAGGGTGCAGAGGTCCCGCTGCTGGCCTACACAGACAATCAATGAGCATTAGCCCACATTCAGACACTGACCTTCAACCTGCAAGAGACCCGCACGCTTCAGGAAACAGACAGATAGCTGGACTCCGTTTCACAAGTGTTTGACATATCAGTCTGTCACCAAAAGACATGTTTTTCTTTTTCATTGGCAGTCATTCAAAGTTTGCAGCAGGTTGTTTACTTTTCTCTTAGAGACATTAAATGTAAAAATGAAATAGACAATCAGGCACATTCATCACATAATATTTATATTATGATTCGTGCTGGGCAAAAATTTTATCGCATCCAAAATAAAAGTTTGTTTTGACATAATTAAAGTGTGTGTACTACATATTTATATAGAGTAGTATATATGGATTATGTATATATAAATACATAGGCATGCATATATATAAAAATATGTATGTGATACAAATTATATATAAATTAAAATATCTATTTAATAAATGATTTTTTAAATAGTTTAGTTTCTATATATGTGTGTATCAACTAAACATAATAAATATATAATACAAACACATTAATTATGTAAAAACATACTTTTATTTTGGATGTGATTAATTATGATATATAATTTACTTTCTATTATATTGTATTATATTCTATACAACAGTTCTGTCTGGTTCTCGAATGTGATTGGCTGATAGTCATGCGATTATTCTGTCAGTAACAGCACTCGTCCAGCCTCTTAACCCTTCACCCTTGTGTATTACTCAGCCCACATAGTGACAAGCAGAGGACACTCTACAGCAGTGGTGGGCAAACTTTTTAGACCTGAGGGCCACATCAAGTTTTTCAAACCAAGTGAAGGGCCACATGTCAAATTCTTCAAAAAAATTACTTTTATTTATAGTGGCAGTATGCATAGAACATGTAATATCGGACAAAAACATGTCACATTAACACAAAACAGATTTTTTTTTAATGTATATATTATTAAGTCAAATTTACAAGTCAAGTTAATTTGCACTGCTATTTTTTTACTTATCAATCATCATAAAACAATAAAATAATCCCTTATAAGATATAATAATAATAATGAAATAATTTTTACAATGGAGAATAGAAAAGATATTGTCTGATAGAAAAGATCTCATATTAAACACATTAAAAATAATTCATGAAGTTTATTATTCAGTCAAATTTACAATAATCTAATTTGCACTGCTTATACGAATATACGGATCAATCATCATACAACTTGATAAAACCACAAATCTTTGATAAAAGAACTTTTTAAAGTGAATGTATGCATGGAAAATATTCTATAACAAAAATCAACACATTTAAACAGCAATTATTATATAATTGGAGTCAAATTCACAACAATCTCATTTGAGCTTGTATTAATATGCTCATATCAATCATTATAAAACTATAAAATAAAACGGAAGAAGAATCTTGGTCTTTGTTATTCCAAGTCATGTTATTATAAGTGTGTTAATGTGAACAATAAGCCTGGTGCCCTCGCAAAACAAAACCCGTGCGGCCGTAGTAAACTATTCAAAAGAGGCACCTCTTATAACTCATAAAGCACGTTCGGTCATTAACTGTCGAGTGCATTTTAATATCCGAGAGCGTGTTCTAATTCTACTGGTTGCACTAGCTGAACCACATGCAATACTGCCATCACATGGCGTTCACTTGTAATTGCATCATTAATTTACTAATTCTAAACCAAACCTTCCCAGAAGCAGCATTTTAAAAACTCTCTCGGGTCATTATGTTGGGCAACATAATGTAAATTTGAG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Seq C2 exon
GTCTGTGGTATTATGTAGGAGGAAGAGACTGCCCCTGCCTCACCCTGATTGGCTCCCCAAATTTCGGCTATCGCTCTGTGCACAGGGATCTGGAGGCTCAGATCGCTATAGTAACAGAGAACGAGGAACTCCAAACGCAACTTCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075857:ENSDART00000109196:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF130911=PLDc_2=FE(16.4=100)
A:
NA
C2:
PF130911=PLDc_2=FE(32.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]