DreINT0017540 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000077174 | QSOX2
Description
quiescin Q6 sulfhydryl oxidase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30249]
Coordinates
chr5:63620646-63624095:+
Coord C1 exon
chr5:63620646-63620768
Coord A exon
chr5:63620769-63623944
Coord C2 exon
chr5:63623945-63624095
Length
3176 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
3' ss Seq
GCTGTTTGTTTTATTCTCAGATC
3' ss Score
8.71
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGTTTCCAGGCCACCAGTCGGTGGTGAAACTTTTGGAGACATTGCTGGAATGGCTAGTCAGTTTACCTTTGGAGAAGATCCCCTATGATGCCATCCTCGATCTAGTTAACAACAAGATGAGG
Seq A exon
GTAAGACTGTCCCCCAGTTAACAACATGTTCGTTTTCAGATCATAGATGATAAATAGAACACATCTCTGTTTAAAAGAACTAGTATCTTGAAAGCAAGTCAACACTTTCACAATTTAAAGATGTAACGGTACATGCCTTCCTGTAGCATTAGTCTGGTGGGTATTTGTGTGAGCACTCTGTGAAGAGCATCAAAGGTTTCTGTGTACAATGTTTTTTTTTTTCCCTGTTAAACATTTTAGCCAATTACGGCCATGTTTGTTGAGCGTTTTAGTTGCACTTAAGCCCTATTGTTCACTGATGTATGAAGAACAGCTCACACAGAGCTCTTTTCAAAGCTTGAGGTCTACGTTTTCTTATAACCAGCAAGGTATAAAAACCTATTTTTCTGTGTATATTATAAGGGTTTGCAATTACACTGCAAAAAAATCCTTTTCTTATCAAGAGTTTTTGCCTTATTTCTTGCCCAAATATATAAAACTTCTTTAACATTTTTTAAATGAGCAAACAATATTGTCTTGTTTCAGAAATAATATGTAAAAAAATAATAATAATAAGTGAGTTATAAAACAATCAGAGTAATCTGCCAATGGGGTAAGATGAATAATCTAGCTTGCGCTCTGAAATGAGATTGTTTTTCTTACCCTATTGGCAGATTATTTTGCTTGTTTTAAGGATAAACAAGACAATATTTTTAGCTTGTCTAAAAAATACTTCTTTGTTTTAGAATCTTTAGATATTTGGCCCAAAAAACTGACAAAAACTTTAACTAAAGTGATATCTGCTTCATTGATTATAGAGGCAAAACTGTTCGATCACTTTCTGTATATTACCTATTCATATTTTTTTACAGTTTTATTTATCATTCTACAAAGTACACTCTGTAAAGTTTTGGGAGTGAGCTGATTAGCGTAACATAATCCATCTACTATTTGATTATTTGCTCCTTTAACTCTTTTACTGCATGGTTTAAAATTTTCATTTGGGTGTAGTTTATTGGCCAAATTTAAGATATTAATGATAACACCAAAATTTGACAGATAATACTAAAATACAATTGACAATAAGTCGATAATACCAAGATGGATTGATAATACCAAAATCGATCAATAATACCAAAAGCCGATCAATAGTAAGTCAATAATACCAAAAATGTATTGATAATACCACAAATCAATTGATAGTAAGTTAGACGGTAATATAAAAAATTGATTAATAATAAGTCAGCGATAATACAAAAAATTATTGATAACAAGTCTGTCGATAATACCAAAATCAATCAATAATACCAAAATCAATCATTAATACCAAAAGTCGATTAATAATAAGTCAGACGATAATACCAAAAATCGATTGAAAATAAGTCAGACAATAATACCTAAATTAATCAATAATACCAAAAATCAATTGATAGTAAGTTAGACGGTAATATAAAAAATTTATTGGTAATAAGTCAGCGATAATACAAAAAATTATTGATAACAAGTCTGTCGATAATACCAAAATCAATCAATAATACCAAAATCAATCAATAATACCAAAAGTCGATTAATAATAAGTCAGACGATAATACCAAAAATCGATTGAAAATAAGTCAGACAATAATACCTAAATTAATCAATAATACCAAAAATCAATTGCTAATAAGTCAGTCGACAATACCAAAATCGATCGAAAATGCCAAAATTGATTGAGAATAAGTCAGTCGATAAAACCAAAATCGATCAATAATACCAAAATCGATCGATAATACCAAAAAATTTTTGATAAGTCGATAATATCAACTATTTAGTCTCCACTTCACTTCCTAATCTGCAATTGCCTATTTGAATATCACACTAACTGTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTACTAACACTTCCCTTCTTAGACTTTACAGACCTGAAACTTGCCTTTAGAACTTATTCATTGTTGCTCTTAGTGGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAAATGTAAAATGTAATATCAGAAATCAATCAATAATACCAAAAATCAATTGATTATATGTCAGTCGATAATACCAAAATTTTGCGATAATACCAAAAATTGATTGATAATAAGTCAGTTGATAATAACAAAATCGATCAATATTATCACAAATCAATTGATAAGTCAGTCGATAATACCAAACTCAATCAAAAATTCCAAAAATTGATTGATAACAAGTCAGCCGATAACAACAAAATCAATCATTAATACTAAAAATTGATTGATAATAAGTCGATAATACCAAAAATCAATCAATAATACCAAAATCAATCAATAATAAGAAAAATCAATTGATAATAAGTCAGTCGATAATACCAAAATTTAGCGATAATACCAAAAATATATTGAAAATAAGTCAGACGATAATACCAAAATCGATCGATAATATCAAAAATCGATTGATAAGTCAGTCGATAATACCAAAAGCGATCAATAACTCCAAAATTTGATTTATAACAACTCAGTCGATAATACCACAATTGATCATTAATACTAAAAATTGATTGACAACAAGTCAGTCGATAATACCAAAATCATTCAATGATACCAAAAATCGATTGATAAGTCAGTCGATGATACCAAAATCGATCAATAATTCCAAAAATTTATTGATAACAAGTCAGTCAATAATACCAAAATCAATCAATAATACCAAAAAACGATAGATAAGTCAGACGATAATTCCAAAAATCGTATAATAATAAGTCGATAATACCAAAAATCGATTGATAATAAGTCAGTCAATCATTCCAAAATCAATCAAAAATTCTAAAAATCGATTGATAGTAAGTCAGTAGATAATACCAAAATAGATCGATAATACGAAAAATTCATCGATAATACCAAAAATCAATTGATAATGCCAAAAATCGATTGATCAATAGAAAGTCAGGCAGCCGATAATACCAAAAATGTCAGTAGAAGGAATACAACAGTAATACGGCTGTAAATAATACAAATATGGGGAAAAAATCCTATAAAACTATTTTTGTTATGGTGCAAAAATTGGTGTTAAAATGTTTCAAACTACTGAATGACTACTAATCAAGACAATACAATTCAGAAGCTTAAATCAGCGTGTTGGTGGTTTTAAAGTGCTGTTTGTTTTATTCTCAG
Seq C2 exon
ATCTCGGGACTGTACCTGAGTGAACAAGTGCAGTGGGTTGGATGCCAGGGTAGCAGTGTGGCACTAAGAGGATATCCATGCTCCCTCTGGACTCTCTTTCACGTTTTGACTGTGCAAGCTGCCAACCGGCCTGATGCTCTGGCCAACACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000077174:ENSDART00000111282:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF047778=Evr1_Alr=PU(23.3=47.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]