DreINT0019529 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002771 | SLC4A5 (1 of 2)
Description
solute carrier family 4 (sodium bicarbonate cotransporter), member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18168]
Coordinates
chr5:27490940-27502545:-
Coord C1 exon
chr5:27502318-27502545
Coord A exon
chr5:27491055-27502317
Coord C2 exon
chr5:27490940-27491054
Length
11263 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTGAGT
5' ss Score
8.28
3' ss Seq
TCGTCTTATTCATCTCACAGTGT
3' ss Score
7.79
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCATCAGTCCATCTACATTGGTGTGCCAGTGCCTCGCGGTTACCGTCGCAAACGCAGACGGAGACGTTCATCCATGTCAAGTCGTGATGCAGATGTAGATCGAAGACTTCGACATGATCATCACAGACATGAACACTACGAATGTGATGACAGAGACCGCTATGATCTGGAGGCGGGAGGCCTGGATCAAGCAGAACACAACTTGCCACCAGACATCAACAGAACCA
Seq A exon
GTGAGTGTTTTATCGGCTACAAAATAAGGATTCACATTAATTCCATTCACACATGCGTTATTTATAAACTGAGCTGGGTAGATTACTTGTGAATTCGAATCAGTTACAGATTACATATGACATGACGAAATATGGAATCAGTTATCTAATCTCTTACATTAGATAAACTTTAACTCTGAAATCTGGACTATACTAGATCTGCTAAGCTGCTTTGACGATCTACATAAAAGCGCTATATAAATAAACATGAATTGAATTGTGCATTTATGGTTTTGTAATTGGTTTATTTTGGATTACATTTAGATTACTTTTGTGAAAACCATTGTTTGATGTCCCGCATAGATGTAGTGTAACCTTGTGCTATTTTGACAGATACAAAGAAAAATATTTTCCATTCTTTATCACCAAGAAGTACCTCAACGGCTTCTTTTGAAAATGCAATGTATGGTCAGTATCACAATACTAACACTAATATACCTTGCTGATAGCGACACTGAATACACCACGAAACCAAATCGAAACCAAATCACATCTTATGATTTTGAGGTGTATTCTGAAAAACATTCAGCAAAAACAATCCATTTTGACATGCTACTTTGGCACGTACAAAGAAAGATATTTTTTTAAAGTGGTTTTTAAAGACCTATTGAGCAAAAAACACTTTTATAAGGGGTTTAAACACAGTTGTGTGCTAACAGTGTGTGAATATAACAAGTGTCTAATAGTAAAAAAATATTAATCTTACTTTTTATAATCACACTTAAACCTAATCGCAATTCTATTTTTGTACCCCTACCCCTTCCCCTTGGCCCTTGAAACAGAGTGTAAAGGGGGAGGGCTTCAAATTATACCCCTAAAAAATGGGACAGCATTACAACACCCTTACACGTCATCATACTATTGATATCAGCATTTAAAGGTCACTTTAAGCCAGGGGTCTCAAACTCAAATTAGCCAGGGTCCATTTTAGTGACTGACAAACAATATGAGGGCTGTTGTAACTTCCAGGGTGCGATGCTTATGTTCGCATTGGTGTGGCGACTGTACAGTAGGTGGCCTGCGGGCCAGCAGTTTGAGACCCCTGCTTTAAGCTGTATAGAAATGTCTTAAAAAATATGTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATATCAAAGACAAAATAAATCAGATATTAGAGATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAAATCTCTCCGTTAAACAGAAATTAGGGGAAAAAATAAATAGAGAGGATAATAATTCAGGGGATTTAATAACTCTGACTTCAACATACTCTAGGTACATCAGAGGCTTATATTACATCTTTTAAAAGGGACATAATATGTCATATTTAATACTTGAACCTTGCTTGTAGTAATCTTATGATTTTAAGTTGATTGTAAATGTATTTGAAACAATTTAATTTAGAGAAAAACAAATAAAAACATTATAGTACAACATGACATTCACAGCAATATAAAAACCAATGGTCACACTTCACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGTTAATTAATGCATTTACTAATGGGATTAAACAATGAACAATACATTTACTACTGTATTTGTTCATGTTAGTTAACGTTAGTTAATGAAAATACAGTAGTTCATTGTTAGTTCATGTTAACTCATGGTGCATTAACTAATGTTAACAAGCATAGACTTGGATGTTAATAATGCATTAGTAAATGTTCAATAATGATTAATAAATTCTGTACATGTGTTGTTCATGATAGTGGTTCAAATGAATGAATTAACCAATGAACCTTATTGTAAAGTGCTACCAAACCAATAGAAGTGCATATGACAGATTCAGTGACGAACATTAAATCAACATGTAAATGCAAAGAATCACAAACATATTTAAGCATTGGGTTTATTATGAACAAAATATAAACTTAAAAAAATTGGAGAGTCAATAAATTGTGAACAACTTACAGCCAATGTATAAATAATATTAATAAAACTGAAGTCTAATTGCAAGAATAAAAAAAAAAAAAACTCCAATTACATGTACTTGATTTTTGTAATCTGATTACTTAATGCAAATTACATGTAATCTACTACTACCAAACTTTGTTTGAAAAGCATGTCATGATTCACTTTTGCCATATGATTGAAAAGGATGATAAGATTTGATTTAAGAATATATAACATACTTTTTTAATGCCATTATGGTGACCCTAAAAACTAGTGGTGGGCATCCATTCAGATGTTCTTATTTAGCAAGCTCTATTGCTAATGCTATTAATATTTCTAAAAATGGTCAGTGGATTTTATTTAATGTTGTGCATGGGTACATTAAAGCAGAACCAACACATATGTGAAATAAATAGTCATTATGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATATTAAAATGTTTTATCAAATATACATAAATATAAAAAAGTATGAATATATTCAGCCAAAAGCAGTGAATGTTTTTTTTTCTTTGTTGTTTGATTAATATTAACAGTATAAAAATACTATTAGACTGCTTTGACTTTAAGACCTAGTACGCAGAAAATGTCTCTGAACTGCCTTTAATTAGACATGTTAGACTCTTGACATGAAAACACAAAAAGATGGGCACTTTGACAAATAAGTGACCCTCTCTTTTTTAATGACTCTCCAAAAACGTCCTGCTCTTTCAAGTGTCTGTGTTTCCTTGCTAAACAAATATGTTTACATGTTATCATATCTTACTCAACCCTACTGTGATTTCCCACACTAAAACAGAATATAGAAATATAGATGACTTTTGATAATCAATATCCCCTCTACAAAAATAATCCATTGATAAATCTATTTATTTGTGATAATATAAAAAAAAAGTGAGACTCTATATCATACCAAATCGAGAGGTCTCTGCAGAGCAACATATCCAAGGAAATGTATCTTGAAGTGAGAATGCAAATGGAAGAGGACTATAGGGAGCAATACCACCATATATTTCTGTTTGCGTGTGTGAAATGGAGTTGCACTCAGTTTATGGGATTTATACCCCACATCCTCAATCTCAATATCATGCTGTGCCGAGAGTCGTCACTGCACAATAGAAGACCATGAAAAACAATTATGCTGATGCGTCTCTTAAAGCTTGAGAATAAACAGCCTACGCTGCATCAAAGTTTTGCATTCAGAAACAGTGAAAGAAACAAACATTCAGAGAAAATGCACTTTCATTTATTACTTTTATATGCTAGATTAGCACTCTAAAGATATGTGTGTTTGTGGAGCATAAAATTAATAGATTTTAAGTGAACTTCATACGGGCATTTAAGTGTTCTATGAGTTTTAAGTCTGTTCGATTTTTAATGACTTCTCCATAAAATATTATTAATTAAGTTTTACTTTTTCATACAATTCTATTATTAGGATATTTAATTAGATTTCAGTCATAGTTTTTAGCAGCTTTAGTATATTTCATATTTGGTATAGTACTATTTTGTTTTAGTATATATATATATAAATATATATATATATATATTTCAGCTGTCAATTGCCAGTAATGTATTATTATTATTTAGTAGTAATAGTAGTAGTCATCGTCATCGTAGTCGTATTATTATTATTATTAATATTATTAGTGGTAATCGTAGTCATTGTCATTGTCGTATTATTATTATTATTATTATTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTACTAGTCACAGTCTGCATCATAGTAGTAATAGTTGCATTTTTATTATTTTTATTTTAGTGGTAGTCGTTGTGGTAGTCATAGTTGTCGTCGTAGTATTATTATTTTTATTAGTAGTAGTAGTAGTAATGGTAGTCGTTGTTGTTGTCATATTATTATTATTATTATTATTATTTGTAGTAGTTGCCGTTGTCGTAGACGTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATACTAGAAGTAGTACTAATCGTAGTGTGCGTCGTTGTAGTAATAGTCTTATTATTATTATTAATAGTAATAATAATAATAATATTAAAGTCATTGTCATACTATTATTATTATTAGTCGTAGTAGTAGTGGTAGTCGTCATCGTAGTAGAAGTCTTATTATTATTTATATTATTAGTAGTCGTAGTTGTCATAGTCGTATTATTATTATTATTATTAGTTGTGGTAGTATTAGTCGTCGTAGCAGTTGTATTATTAGTTCTATTATTATTATTATTATTAGTATTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGATCGTTGTAGTAGTAGTTGTATTACTATTATTAATATTTTTATTAGTTGTAGTTGTCATTGTCAAAGTCGTAGTAGTCTTATTATTACTATTATTATTATTATTATTATTATTAGTAGTAGTAGTAGTAGTTGTAGTAGTAGCAGTCATAGTATTTTTATTATTATTATTAGTGTTAGTAGTAGTCGTGGTAGCCATATAATTATTATTATTATTATTAGTAGTAGTAGTAGTTGTAGTATTACTATTATTATTATTATTATTATTAGTGGTATTGTTTTTATCATTATTATTAGTTTTTTAACAAGAACAATAATTCACTGATGATAAAAAATTGCCAGTAGATGATATGGTTCTATGTTTTATTATTGTAATTTCATTATTATTATAAGCTATTATTATCATTTTTCCCTATAACCTTTTTGATTTGCCATTTGAAATCCTCCATTCTAAAAACGATAGGAGATTCCTGAGGGAATCCACTGTAAATTAACCTTCCTGTCATGGCCATGCAGCTAAAAACATCCCACTGTTACACCTCTAAAGCCTGACATGAGCTAAAAAAGGCCATAACCTCTTTTACTGCTGACATGGAACTCGATGTTATTGATCTTTCCTGTCCTAACTTACAGCTGTGAGTAATTACACTTCACCTCTCTGCTGCTTCAGCAGACGTTCCGCCATCTGCAACAATAAATATTTAAAATTGTGTTGAAACCGAAGCAATGACAGATTCTTTTATTTCATATTGTGACG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Seq C2 exon
TGTCCCCGGCGGCTGAGCGGCTGCGCTATATTTTGGGGGACGATGAGGAGACCATGCCCACACCCACTCTCTTTACTGAGATGGACACATTGCAGCATGAGGGAGACGAGCTGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002771:ENSDART00000138140:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.855 A=NA C2=0.538
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]