DreINT0021618 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000088631 | TRERF1
Description
transcriptional regulating factor 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18273]
Coordinates
chr17:6075826-6085256:+
Coord C1 exon
chr17:6075826-6075973
Coord A exon
chr17:6075974-6085067
Coord C2 exon
chr17:6085068-6085256
Length
9094 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTACGA
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
TATTTTTTTTTTTTTAACAGAGA
3' ss Score
9.26
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCAGACGCAGGCCTGTCGAGAGATGAGGGATCATATGCCAAGATGAAATGCACTGTTTGTCTGAGGGAGTTTAAGAGTCTTCCAGCTCTGAACGGACACATGCGCTCACATGGAGGCCTGCGAACACACCCTGCCAACCTCAAAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGAGACGGGCAAATGAATATGTGTGCTGAAGTTCCTCAGGGGAACCCCATCATCTTACCCGTTTCAGTCCCAGTCAAGAATTACCAAACCCAGACCAAACTCACACTCCTGTGCCAGCAGAAAGATGATGGTTTAATAAAGTCTTGTGCGCAGACCCCCCTCCCACCGCTCCGAAACCACCCTTCCTGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000088631:ENSDART00000129100:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.520 A=NA C2=0.349
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139121=zf-C2H2_6=WD(100=48.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]