DreINT0023593 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013500 | abca2
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050517-1]
Coordinates
chr5:24662608-24670620:-
Coord C1 exon
chr5:24670527-24670620
Coord A exon
chr5:24662720-24670526
Coord C2 exon
chr5:24662608-24662719
Length
7807 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTTTTCCCGGTTCTGTCCAGCCT
3' ss Score
5.48
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGGTTCTTGCATTTGAGATTTTCATCCCATTGGTGCTCTTCTTCATACTCCTGGGCTTGCGGCAGAAGAAGCCAGCCATTCCAGTCAAAGAAG
Seq A exon
GTATGTTTCATAATGACACAATGAAAAGGGGTAGTTGATGGAAGAAATTAAGGAAGTGGCTCTTACCTCAAATCAGCCCGCTCTCAACCTCCACTGGTCAGATCACTTTTGCTTTTAGCTAAGGTTTTTATGAAGTTCACACACCCACTGTAATGATGTTGAGTGAGTGTGTCAGTAGTTACATTGGGTCCTTTAGCAGTAATTAAGTGGGAAGATTACTCAAACTTGAAAATTTGGTCATTATTTACTCTATGTTGTTTCAAATATGTATTTACTCTGAAGAACAGTAAAGGAAACATGTTCTGGCGGTTCTCTTGTAAAGATCATCATGCCAGCAGTCTCCAAAAATCCCCTGAGAAATTAAAATTCCCCTGACAACTTGATCTGTATTCAATTCAAATCATGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATGTAGACTGTGTCGAAGCAGCTTAACAGAGAAGTTCTAGTAAATTGAGTTTACTAGAAAGTTTTCAGAGTTGAAGTTCAGTTTAGTTCAGTTCAGTGTGATTTAATTTTCACTGCTGAAAGTGCAAATACTGAAGAGTAAATCCATCGATACGTAGCTCCAAAAGAGCCAACCAAGCAAGCCAGTGGCAATTCTGGGTTCCAGTACTAATTGACTTTGTTGAGCACCATCTTAAAAACCACTTGATTGGCTATTGAATTCACATGGTCATCAGATACACCTAGGAATAACTCTGAAGGTTATCGCTTCACCACCCTTTTCCCATGGCTCAAGACAGGAGAAATGAATGTCAGAGAACAGTGCAAAAACAAAAAATGGCAGATAATGACCTATTTGAAGGTAACATAGAAAAGTTCATGTAACTCTTGCAAATGCTGAAGTCAAAGCTGAAAACATTATTAGGCCCAATGCCAATTCTATATATTTTTTACCCCTACCCCCTTCCCCTTGGCCCTTGAAACAGAGTGTGAAGTGGAAGGGCTTAAAATTTTTTCCCTAGGAAATGGTACACCACTAAAACACCTGCACACATCATCATATGTATCAATTCGTCAATACGCTGGCATAGGATATGCGTTGAATTTTGACACAGTGTTTACTTTTCTATAATCCACACAGAACCGGAACGAGTTGCTAATATTCGAGTCTTGGGTACCAGGACAATCGGACTGGCCCAGTCGCTGTGGGATATTTCTACTACACCCAATTTTAACATATTACTCAATTCTTCCTGAATCACTTTTTTCTTGTGTTCAGGTAGGCGATACGGCCGGGTCCTAACAACCACGCCCGGTTTAGTCTCGATATGGTGCTGAATCAAGTTAATAAGACCGGTCAGGGGTGAGAACACGTCAGAATACTCGCGTTGAAGGTGTCGGACGTGAGTGCCCCACACTCAATATGCACAGGCAGTCCGCCCACCTCCATTGGAAATAACAGATTTGTGCGCACAAAAGATTCATTATGTGAACAGCTTATTTCATGGCAGCATCACAGTTTTATGATTTTTGCATGGCAAAACAAATCTATAGACACACACGCAACTACTTCTGTTATTTGGTTAAGCAGAACATTGGAGCCTTACTTGAGTTTGACGGCGTGCGCGAGCACATGTACTGTACACACGTACACACAGTAGTCTATTTATTTGTTTTGCCATAGGTCTGTTCTAAAGGTGATTTTTGTTTTGTTTCAGATTATCACTGTAAAAACACATTCAAACTAAATAGTGATAAAAATCAAATCACAATATTGTTCACGAAAATCATGATAGGCTTTATTTGCCTATATTGCACAGCCCTAATTCACACTTTAGGCATATTCATCTATGCAAACACACGAAAACAACATTAACAGCATAGCAGACACTGTAAAAAGCTAAATCCCAGCCCCTAGAAATTTCTGACAGGGTTTTCGAGTGTTATTAAGTGACAGATGTGAAAGTATGTTGTATTATTATGGATTATAGATAGCGAAATTTAGTGGTTTATTTATTTTTTTAAAACACGAACGCAGATATAAATGTATTAAAATAAATGCTTGTTTGTTGTAAAAATTCATTATAATGACAAAAAAAATATTGATTTATGCATATCCTGGCTTCCATGTGCAGCAATGTTGTCGTTGCAGATGGTGGATTCTGGGGAATTTTCTCAGCCCTTGGTTTCGAGTTTGGTCCTGGAAAATCTCAGTTTCAAGGGCTGTCTATTCCCTCCCCTTTAAGCTAAAGAGAATTCGGACACCCCTACCCCTTCACGTGAATATGCAATATGAGGGGAAAGGGGAAGGGTTAAGGGGTATAACTGGGATTGGGCCTTAGTGTTTGAGAGATTATTTAAATTTTTGTTCTCTGCCTCAGCTCTTAGGTCTTATTCTAATTCACATGCCAAAACTGTAATGTGAACCTTTGTAATATGAAAAAGACAGAATGTGCTGCTTTGTTTGATTCACTGAAGAGAATACAGATTTGAAATGACATGAATGTGAGTTAATAATGACCTGCAGAATTTTAGTTTGGTCTGAATTATTACTTTCAATGTTATTTGTGTTATATGATAGTGTTTGTCCATTTTTCTTTGTTGTTGCATCATACAACTTTGCCAATCTGTCATTGATTGCAAAGGTTGTTTTGCTGTTAGACAGACTTTAGCTGTGTAGTATTATTTTTGTTGTCATTCACAAAACACCCTCATTTATATGTCATCACAATGTCTATTATGTTCGATGCTGAAATCACACCATGTTTTGTTTTATTTTTGCTTCTCTCTGTCATCTGTCCTCAATACTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTACCTCTGTCTTTTATTCTATCTATCTCATGGTGCATGTTCACTGCATGCTGGACCAGTGTGTAAGTCAAAATGGTTGTTTTTTGTATGTTTGTGTGTATCTGAATCCTTAACTCTTTTGGGGGTTTGTGGGATCATTCCACTGTGTGTCTCTAATTGTGAGTGTGTGTTTTTCCTTGAGCTCTAATGTGTTTATTGTGCTGCTATTGTGTATTTGTCATGTCAACTGTTTATGCATCAATCTAATGGTAAAAGGGCCCATATAACTCAAACACTATGTGCTTACTGGAACTCACCTGACATGACGAAACAAATAACATTGCAACATAACCAGGTGTGATGTAATAAAACTGCAGCAACAATACATTTGTGTGTCATAATTGAGAAGTATCATATCGCAAAAAAGGAAAAAAAAACCAAGGAAACTTTTCTATGACTTTTAATATTAAATTAATTTTATTTGGATACTATACTATACTATATGCCTGCAGAACATTTCAAATTGGTGTTATTTATATATAATATTTGCATAAACCCTTAATTTATGACATATCTGCATTACAGTGACTTATTATGGTCATTAAAGACCAGGTAATGCTTTTCATTTAGGGCTGCAACCAACGATTATTTTAATAATTGATTAATCTGTCGAATTATTTCTTCATTAATTAATGAATTATATAAAAAAAAGAAAAGCATTCATTTTCAACCCTTTATTTAAAAAAGCTTATCCCTGAGCTGTTATAATAATAATAATAATAATAAAAGTTTCATCCTGTTTTTAATCCAAATATCTTAAAAAAAATCTTAAATCAAGATACATACTAGACACATGAAGTAGCATAAGAAATTATGTCTTGTTTTCTGAAAAACACCACAAATTGTTGTCTTGTTTTCTAAAAAAAAACGAATATTAATTGTTTGCTTAAAACAAGCAAAATTATTTGCCAATGGGGTAAGAAAAATAAAGAACCCCGTAAGGGACGTAGTGGAGGAGAAAAAAATTGGCTGGGTGAAAGAAAAAAATGGGTGGGAGGAAAATTTTTTTTGCGTTCTCTCGCAAAGTTTTGCGTTCCCTCGCAAAGATGTTTTGCGTTCCCTCGCAAAGTTTTGCGTTATCTCGCAAAGATGTTTTGCGTTCCCTCGCAAAGATGTTTTGCGTTATCTCGCAAAGATGTTTTGCGTTCCCTCGCAAAACTGTTTCTCCACAAACACTTCCTGTTCACTTCACTCCTGTAAACCCTCCCGTTTTTGCTGAAATTCTCCCATATTTTACCATTCTATCCCATTTTCTTTACCATTCTGTCCTTTTTTCAAACCATTAGATGAGGACTTTCATGATTTACATCCAATGAGAAGAGGGAATCCAGATTTCAGAGACTAGGATTATAATATAGCTTTTAACGCTTGCTGTTTTATTACGTCACGCCTGGTCTAAGAGGTTTAGGTGTTGGGCCCCCATATGTCTGCGTGAACACTAACATAATCCACAATCCACTATGAGCGAAGGATATGTCTTACAATGTTATTCAAATACCTTGTCCAGATAATGACACATCTGTGCTTTTTCAACCAATGAGCTGAGACTCTAATTGTCAAACACTCACACAAACACACACACACTGACTGAATTCATCCACTTACTGAGCCATCAGGTTATTTCCCCAGACTGATCTTTGCTCTTTTAATCCTCAGCTGTGTTTGCGAAGTGGGAGCAGATGTCAGATATAAGCGTTAGGAAAAGCGAGGCAGTAAACACAGCTACCTCTCGTGAGCAGACAACCTGTCACTGGAACAGCAGAAATATAACACGCTTCAGTGTTAACGTCAATCGAGGAATTTTTTTTGTGCAGAGTTGTCGGGTGCCGATGGTGAACTCGGTTTAGCTAACGCTGCTGCTTTTGGTTGAATGCATTTATTTATTTATTTTTTTCTGGAACAGGCGGCATTGGACATGGATGCCAACTCCACAGGCCACACGCTGCAGTGACAAAACACTTAGGGCAGGAAAAAGAGTCAGCACTTACCATTAAGTAACCTTCTAGATCTCTCCATCAGTGCCAACCGCCTCATGTTTGCATTTCAGGCAGGACTGCCAAAGTGAGCGAAGGAGAAAGCTGAATCTGAATTGACTGAGCCGTTCATTAATTAAGGCTTCATTAAATAA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Seq C2 exon
CCTTCTATAGCGCGGCGCCGCTCACCTCGGCGGGCATCATTCCCATCATGCAGTCGTTGTGTCCGGATGGTCAGCGGGATGAGTTTGGCTTCCTGCAGTATAAAAACTCCAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013500:ENSDART00000141554:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]