DreINT0024623 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013841 | abl2
Description
c-abl oncogene 2, non-receptor tyrosine kinase [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-020809-2]
Coordinates
chr8:14937501-14945199:+
Coord C1 exon
chr8:14937501-14937662
Coord A exon
chr8:14937663-14941073
Coord C2 exon
chr8:14941074-14945199
Length
3411 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAC
5' ss Score
7.48
3' ss Seq
TGTTGTCTCATTGTGTTTAGGTC
3' ss Score
9.71
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGTAGCTGAAGAGCTGTGTAAAACTGCGTCTGGTGGGCAGAGTGGAGTTGCCCACACCTTCGGCCCTGATATGCCACTCTTGCCCTCAAAGTCTCGTGGGCAGAAGAAACACTCAGAGAACAAAGAGAATATGGAGGAGGCAGGACCCCACGGCCCTGCAG
Seq A exon
GTATACAGGCTCAACTCCGGCTCAGTCGGCTCAGAAAGAAGCTCAAGAGAATGGGAGTGGTGTTCCTTATTGATTAACACAACTACCCAGTATATAACCTCTTTAAATATATTTAATGTGGATTGGGTTAAGAAAGTTATGTGTTGTATTTATATCATTGTCTTTATTCACGTGTATCAATATGAGAAGACTCGCATGTTTATAAACAGTCAACAGTTTTTACTCATGGTTTGTTTTTCTTGCTGTAAATGCATCTGATTTAATTCTGGTTTGACCCAATTTGCTGCATGTTACTAAACCCCAAGTATGCACAAGCACCTCACCCACTGCATGTTCATCTATATTATGACTCAAATCTGTTTAACCCAATGGCCTGTTTCCACTGATTGGTACAGTATGGTACAAGTCGGCAGGGGTCACCTTTATGAGGCTTGCGTTTCCATGGCCAAAAGGGTACCACTGGTACTTTTGGTGGGCATAGTGTACAACAAAGTTTCAGTCAACGAGAAAATGTTCCTCGCTCGAGGAAATGTCAAAGTAAAGCTGTAGAGGTCGTTCATATATCATATGAGAAGCACTTCTCACAAATCAGAGGCTTTATGCACAAAAATACTTCTGTATAAATGTACATGACTAACCTTTCTATGAACAGGAATTGACTATAACTGCAGATCCATGATTAAATAGCCTACTGTAATGTCTGCAAGTTTAAATTACAATTAACGTTATAAATGCAACATATTCTGTATGAACACATACAGCCCCTTACAGTCTCAGAACTGTTACCAAATGAAGAAAAACTACACACAGCAAACATTTAGTTTTTATCTGGCTTCAAAAGCAACACGCAGCATATTGACCTTTTTCTAAAATGCGGAAGTGCGCCTGTTTTCGTGATTGTCTTAGAACTTCCGTTTCAGTCGCCTATGGGAGAAATGACAAGAAATAATAAACGGCAAAAAACGGTCAAACTATTTGCTCTACAAACAAATGTTTGCATGACTATACAGACCAAGTAGAATAATATAACAAGGAAATATCAGTTTGCAACATCAAACAGCGAAACGAGCAGTTTTTAATGTCTAAAAATGAATGAAAGTGAATGAGACCGGAAGTCTCGTGCCAAAAAGATTCAAATGGCAGCGCCCGCTCTTCTGCGGAGAATAAGGTCAATAGCCCAGTCAGGCAAACCCCTCATCTGTGTCTTTATTCTTCACCAGCACATGTAACCTCTTGTTAGAGAGTAATTCCATCATTTAGAGTTCATAATAGTCCAAAAGGTGGTAATAATGGTGAAATATGGCAGTTTGTTCAACTTTTAATTCGCTGAAAGAATCATTTGCTTCTCCTTTCTTTTTTGTTTTTCGGGTTTGTCCGTTTCTGAAACTGTATTATCACCAGCTTAAGAAATTTGTTATTTCAATCATAAATGCGGCAAGTGCAAGCAAGAAAGCGAAACCTCTCATACTTTTAGACGGCCTCGTAAAACAAAAGCAGCAAAAGTGGCTGTTCATTAAGATGACGACAAGATTTTTTTGAGCTCGGGTTGGCCATGGCACGTTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATGTATATATATATGTATATGTATATATATAAAATTTATTATTACAGTGTAATTATTACAGTGTAATGTAAATGACGGTTTCTTTGTTTTCATTCTCCTGGCTTGTTGCAGGAGCGAGTGACTTATCTCTGTAAACCAATAGCGTCCAGTTGTTTGTCTGGCTTCCCCTTTTGGTAGCCTTTTGTTGTGCTAGGTACCCTTTCGAAAGGGTACGCAAAAATGATAGGGTACGGTTCACTTTAAGGTACCTTTTGACAGTGGAAACCACTATAAAAGCATAAAGAACTGAACTGTACCGTACCACTCAGTGGAAATGGGCCATTACTCAAAATAAAAGAAGTTTTGATGTATTGAATTGAATATTGTGCAATATTTTTATTTTTTTTCTACGTAAAAATATTTCTGCTTTATTTATTGAAATTGCATAATGTTTATGCAAAATAAACATTTTATTTTGGGAATGTTAATATGTATATTGGTCTAAATAATCTTTCTGTCGTGTTATCAAACCTTTTAAAGCATGCAAAAATACCCTTTTGTATGGCTGTATCTTAAACCTTGGACGAACTTACTTTTCCCCTTCATATCAATTGATACACTTTTTATTGCAAATACCTACACACCTGTTTGCTACAGGACATATAAAACATACATAAAACACAAATCTTGGCTCACTCATAAAAGGTTTTACCCTATGAATTAGAGAGCCAGCCCTGGCCCAATATCATGTCCTCTTATGTTTGAATTATGAGCAAAAAAAGAATACATAGAAACATTACACGGTTTCTTGTATGAAGGGATATGGCAGGCTAGTTCATAAATTTTACAGTGAGGGTCAGCAGTAGAGTGCTAGAACAGGTGATTTCAAATATAACACTATAGCCTTCATTTACACTTCAGGTGTCAAACCCAGTTCCTGGATCGCCACTGCTCTGCACAGTTTAGCTTTAACCCTGGTAAAACACAACTGATCAAACTAATTGAGTTCTTCAGTCTTGTTTGAAAACCTCCAGGTAAGTGTATTGAAGCAGGGTTGGAACTAAATTGTGCAGGGCTGCAGTGTTCCAGGAACTAAGTTTGACACCCCTGTTTTACACCAGGACGCCAAGACAACTGTAAAAAAAATAAAGGTATCAATGTATTTTGATGGTACTTTTTGAACATTTTGTTGACTTTTTGTTAATATCTGCTGATTCTGCTCCACCAAATAAGCATTCAACTGACTATAAGAAACTTTGCAAGTACTTGTCAACTTACATTAACCCTTACCCTAACCCTAACCTTGCAGTCTAATAATACTTAAATGAGAATTAGTTTGTATGTAGTTGCAAAGTAACTTACAATCAACAAAATGCATTAAACCTATGGTCTTAAACTCAGTTCCTGGAGGGTCTTAGCTCTGCACAGTTTAGCTCCAACTACTCCAACTCACATCTGATTAATAGGGTCTAATAGTCTTGAACACTTTGATTAGTTGGATCAGCTGTGTTTGATTAGGGTTGGAGCAAAACTGTGCAGAGCTGTGGCCCTCCAGGAATCCAGTTTGAGACCAATGCATTAATGGTACCATCAAAATAAAGGGATACCAAAATAAATATTAACTTCATAGTCCAGCATACCACACTCTGACAAGACATGAAATTTGTGCACTCAAGGATGTAAGCAAATGTTGTGTAGTGAGCACATACAACAAGAACTTTAAATAAGAATGCACATAAATGATTAGTTTGTTTGTTTACATTACATAATACATATTTCAACTACTGCCTCTTAATTGCCTTTGGTTTTTGTTGTCTCATTGTGTTTAG
Seq C2 exon
GTCTTGCAACATCCCTTTTTGTTGGTGATGGCCGCTCTAGCAGCTCTCCAGCCTTGCCTCGTAAACAGCGGGATAAGTCTCCCTCTAGCCTGCTGGAGGACTGCCAGGACACCACCTTCACCCGTGATCGGAAGGCTGGCTTCTTCAGTTCATTCATGAAGAAGAAGTCCATGTCCTCCTCTTCTGCTACATCCTCACCTCAGCAGCAGCAGAACCTCCCAATGCCTCCCAAGAGGAGCAGCTCTTTCAGGGAGATGGAGACCCAGCCCCATAAAAAGTATGAGCCCACGGCTGGGTTTTCAGGTCCTCCTCCTCCTCTGCCTCAGACTGATGGATTGAGTTTCTCTCCATCTCACGGAGAGGGAAATCATGTGCAGTCCCGCTGTTGTGGGGCCACATTTGGGCAAAAGCCTTCAAGTTCAAACTCTGGAGCAACTTCTGGTCAAGTGGGAAGCAGCAGTAGCTGGGGAAGCCTAGCGGGCTTTTTCACCCCTCGCCTTATTAAAAAAACTCTAGGATTGCGGACTGGTAAGTCTTCTGGAATAGACGAAGTGAGTGGAGCCAAGCCATTCCCTCGCTCCAACTCAACATCCTCTATGTCTGCTGGGTTGCCAGATTTAGAACGCATGGCATTGACGTTACCAAGAAACCGTAGCAAACCTCCACTAGAACGCACATCTTCTACCACCTCACAACCGGAAAATGGGGCAACACGACCTTCAGATGCAATCCTGAGAAAGCTTGACGAAGGTACAGCTCAGATACGGGATCGTCCCAAAGCCAAACTCTTGCCACGAGGGGTCGCAGGTGGAGTTAGGGCACCAGGTGTAGGGGGAGAGGCAGAATCGGACTCAAACACAAGGGGGAAAGATGGGCAAGATGACAGGCAAGGCTGGTCATCTCCATCCAAAACCTCTACCCTTGGTTCTGTCAATCTGCATAACCACAAAGTTCCAGTGCTGATCTCCCCGACTTTAAAGCACAGCTCGGGTGATGCACACCTAGTCGGCGTGGACTCTCAGGGCAACCGCTTCAAACTACTGTCCGATAGTGGGGATCGTGACCGACCACGTCTGGTGAAGCCAAAATGTGCACCTCCCCCACCGCCCATGCTACGCTCCCTCCAACACGCCTACAGTGCCGATGCAGCTGACGAAGTGGTCAGTGGGAACATGGAGGTCAATGGAGATACCATCAAAAGGTCGGGAAGAGAAGTCAGGGGAGCACGTCCGTCAATACCACCACCACAAGTGCCTCCAGCCCCTGTAGTTCCCTCGAGTAACAACACCACCCAAACCAAGTTGGCTAATGGTGCTTCAAGTGGCGGACCAGGCCCTACTTCAGCTAAACCCACTCTTAGACGGACTCGGCAGCAGACAGAAAGGATCCCTCTTGAGAAGATCAGTAAGGAAGCTCTTCTGGAATGTGCTGAATGTTTGAGTAGTGCTCTTCAAGGTAACTCCGAGCTTTCGTCCAGCAGCCAGGTCCTGGATGTGGGACACCAACTTTTGGACTACTGCTCGGGGTATGTTGATTGCATCCCACAGACACGTAATAAGTTTGCCTTTCGAGAGGCTGTAGGGAAACTGGAGTTGAGTCTACAGGAGCTGCGCGCTTGCTCTACGGGTGGGGGAGTGGGACTTAGTGGACCTGGGACCAGCCCAGCTCTTGACAACTTGCACATGTGCATTAAAGAGATCAGTGATGTTGTTCAAAGGTAGCCACTGTGTTTACCTGTAGCTACACCTTCCAAAACTCCTCCTCCTCCTGTACCCCTTGAGACTTTCTTTTTTTTAACCTCCCAAAATCAATCTAGTTTTATTTAAATGTTGGGGGCAGAGAACATTCTCTAAGAAGTACCTCAGAAAAATACTACAAACACACTCGCTCTATCTCTTTATTGTTTACAGGTGACTTCCTCCTTGAAATTGCCAGTTGGGAACAGAGTTTTTTTTGTATATAAGCTTTTTGTCACAACCAAAATACAATTTTGTTTTTGACAAAATTTTCTTTTTAATCAATATTTGCAGTTTTATCTTGATATGAGAGAATCAGTTTTTACAAAAAGACTGGGGTTACACAGGTTTGGGTCAGCCAACTGCACCATAACTGGTCTACTTAATGGTCCATTTTGTTATGTTAAAGATTTCAATTCAATTTTTGGATATTCAGTGCACATTTAAACAAATTACATTGCATCAAAATGTCAGTGGAAACATACAAATGCCCACAATTAAGAAATCATTCATGGCTTTGTTATAATATTGCTAGTTTAAAAGAAACACTGTGGAATGCAGCAAACACAGCCAATCCAATGCACATCTCATTTTAGCCATTACATGTGCATCTCTCTACATCCCATACTGTCATTTTTAATTTGATCACATTTGTTGAACAATCCAGCTTTTGATATCCCTTGACAGTTTTATAGATCTTTTTGTAACTGGTCCTTATTTCGACATGGTCCATGTGTTATTGTTGCTCATAGTGGTTTGTGTGGCGTAGTTGAAATGGTGTTGGGTCTGTCACCACATGGATCCTATTTGGCCTTCTATATCCGTGGCCTTTCAATAATGCCCCCATCAGCCAGATGGCACAAAACTACATTCAGTCTCTCGAGTTCTCAAGAATTCTCAACTTTTATTGATTTGCTATGGGGGAATTATGATTTGTGGAAAGGAATTTATTTTGGGATGTGAATAGTGTGCCAACATTAGCAGCAACACTACATACACAAGTATTGCCAAGTCTTTTAACACAAACTGCAATTGCTTTAGCACATTGATTTGTAAATTTATTTTGATTTCACTTTATAATGTCGCCATTTGTAAACTTGAATTTTAAATTATTTTTATTCAAAGCACAGGCATTTTTATGATATTGTAGATATTATTTGATACCCACGAACAGGCTGTGGAAGGTCATGCTCACTTGTGTCCTTGTGGTGAGATTTTGGTGTCAGGGTCACCATCTCTGCATCTGCATTATGAATGTATTCATTTGTTAAAAACAGGAATGTTGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGACTGCGTGTGTGTGATTGCGTTTAATTTTTCAGTCTTTTCTCAAATAGAAACAATTAAAAGAGAGATTTCTTCAGGACACAAATGGTTACACATTTTCTGAGTCTTCATAAAAATAATAGATTTCTATCAGAATTTGCATAAATGAGATTTTTGTGGGTACCCTGCAATGTCAATGTTGAAATGTAAAGAGAAAGATTTGTACCGATTACACTGGAGCACATTTTTAAACATAAATGTTTATTGCCTTGCCTTAATTCACTATCTAGGGTATGAAATATGGAATTAATAAAGGAAGAAATATTTTCCCCCTTCTCCATGACGGTTTCACTGCAGCAGGAAAAACATGCATCATGTTTGTTTGGAATTTTTTATTGCCACTCTGAATCATTTGCCAACGCTAACTCCTTTACCCTTTGTTTTTCTGCCATGGGCAATGTTTTCTGATATTACATGGTGCCTTTGTGAGATATTCAATGTCTGTGCACTGCAGAGTCATGTTAAAGTTCTGTTCATGTAAATGTGTTTTGCTCTCAAAAGTTCGATATTGATTTTAAGGTGGCAAATTGGAATTTTTCAAGCCTTTATCATCATTTAGACTGTCCTGGTCAGATATCTCGGGATTTGAGGTGTCCAGCTTGAAAAGGAAAAAGTGCAATGATCTGTCCTTTACTAAAGAAAAACAGTGCTTGAAGTCTGGTCTGATTTTACAGAAAGAGCTCATCATTTGGTCAGGAAAACCTCTCTTGTAATCACATTGGGAAGATTTTTGATTTAAGTTTGTCTTTGAAACACGTGCAGGTCATCTATTCCATTTATTATTATGTCTGGAAATATTTGGTGAGCAAGCTGAGGGGGAAGAGTTTTGTATGTCAGTTTTACATGATTGTCAGGGAGTATTTTGCCTTTTTAAATTCCTTTTTGTAGTGAAACAGCTATTTTTTTCTCCCATTCATTTTCACCTAACATCACAGTTTGTATTTTAATTAGGTCTTTTTAGCCATAATCAGAAGGTTTTGTTTTAAATGTTCTTCCATAAATTAATCAAATTAGCTATGTTTCCATCCAAAAATGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013841:ENSDART00000041697:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.790 A=NA C2=0.787
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF089195=F_actin_bind=WD(100=19.3)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]