HsaINT1000287 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000143322 | ABL2
Description
ABL proto-oncogene 2, non-receptor tyrosine kinase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:77]
Coordinates
chr1:179099327-179110455:-
Coord C1 exon
chr1:179110282-179110455
Coord A exon
chr1:179109442-179110281
Coord C2 exon
chr1:179099327-179109441
Length
840 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGG
5' ss Score
9.99
3' ss Seq
GATCGGCCATTTCTCATCAGGGT
3' ss Score
6.91
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGTAGCTGAGGAGCTTGGGAGAGCCGCCTCCTCGTCATCTGTTGTTCCATACCTGCCCCGGCTACCTATACTTCCTTCCAAGACTCGGACACTGAAGAAACAGGTGGAGAACAAGGAGAACATTGAAGGGGCACAAGATGCCACAGAAAATTCTGCTTCCAGTTTAGCACCAG
Seq A exon
GTATGGGTCCCTTAGCAGGTAGAATCAAAATAGAAACTGCCTTGTTTAAAGAAGCATGGGGTGTGAGGCTTTTATGTCCACTTTCATGCCCGTCCTCCCTGGGGAAAGCATGGCGTCTCTTTTACCCACCCATGAAGCCCTTGGCTATCCATCCAACATACAACTCTGGCTCCAGTTTCATCTCCGTACCCCTGGGTTCCCAAGTATGTATCATCTTTACAGTTCCATCAAAAACTTCGCTGAACCCGATAGAGGAGAAGAGGTTGCGCAGTGGTTTTTAAAGAAAGGATGAGTGTTGAGGTAATAACCAGCAGGTTATCTCCTCCCCCATTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTGTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTTCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCTTTCCGAGTAGCTGGAACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTAGTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCATCGTGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCCTGATCCTCCTGCCTCAGCCCCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCCCCCTATCTTCCCCCATTTTTAACTTACATCACATTTGGAACACCAGTCACTGTGAAATGATAATGTATTTATTATTTGCTTCTGAGTCCTGCCAACACCTGACCTTTGATAAATGCTGACAAAACTCATAATGCAGCCTCGGTAACTCAAATGTAATAGATTCACTTCTTGTCTTTTAAGTTACTGATCGGCCATTTCTCATCAG
Seq C2 exon
GGTTCATCAGAGGTGCACAGGCCTCTAGTGGATCCCCAGCACTGCCTCGAAAGCAAAGAGACAAGTCACCCAGCAGCCTCTTGGAAGATGCCAAAGAGACATGCTTCACCAGGGATAGGAAGGGGGGCTTCTTCAGCTCCTTCATGAAGAAGAGAAATGCTCCTACACCCCCCAAACGCAGCAGCTCCTTCCGAGAAATGGAGAATCAGCCCCATAAGAAATACGAACTCACGGGTAACTTCTCATCTGTTGCTTCTCTACAGCATGCTGATGGGTTCTCTTTCACTCCTGCCCAGCAAGAGGCGAATCTGGTGCCACCCAAGTGCTATGGGGGGAGCTTTGCACAGAGGAACCTCTGTAATGACGACGGTGGTGGGGGTGGGGGCAGTGGCACTGCTGGGGGTGGGTGGTCTGGCATCACAGGCTTCTTTACACCACGCTTAATCAAAAAGACACTGGGCTTACGAGCAGGTAAACCCACAGCCAGTGATGACACTTCCAAGCCTTTTCCAAGGTCAAACTCTACATCTTCCATGTCCTCAGGGCTTCCAGAGCAGGATAGGATGGCAATGACCCTTCCCAGGAACTGCCAGAGGTCCAAACTCCAGCTGGAAAGGACAGTGTCCACCTCTTCTCAGCCAGAAGAGAATGTGGACAGGGCCAATGACATGCTTCCAAAAAAATCAGAGGAAAGTGCTGCTCCAAGCAGGGAGAGACCAAAAGCCAAGTTATTGCCCAGAGGAGCCACAGCTCTTCCTCTCAGAACACCCTCTGGGGATCTAGCCATTACAGAGAAGGACCCTCCAGGGGTGGGAGTGGCTGGAGTGGCAGCTGCCCCCAAGGGTAAAGAGAAGAATGGTGGGGCACGACTTGGGATGGCTGGAGTTCCAGAGGATGGAGAGCAGCCGGGCTGGCCTTCTCCAGCCAAGGCTGCCCCCGTCCTCCCAACCACTCACAACCACAAAGTGCCAGTCCTTATCTCACCCACTCTGAAACACACTCCAGCTGACGTGCAGCTCATTGGCACAGACTCTCAGGGGAATAAATTCAAGCTCTTATCTGAGCATCAGGTCACATCCTCTGGAGACAAGGACCGACCCCGACGGGTAAAACCAAAGTGTGCCCCACCCCCACCACCAGTGATGAGACTACTGCAGCATCCGTCCATCTGCTCAGACCCTACAGAAGAGCCAACTGCCCTAACTGCAGGACAGTCCACATCAGAAACACAGGAAGGAGGAAAGAAGGCAGCTCTGGGCGCAGTGCCCATCAGTGGGAAAGCTGGGAGGCCAGTGATGCCTCCACCTCAAGTGCCTCTGCCCACATCTTCCATCTCGCCAGCCAAAATGGCCAATGGCACAGCAGGTACTAAAGTGGCTCTGAGAAAAACCAAACAGGCCGCTGAGAAAATCTCAGCAGACAAAATCAGCAAAGAGGCCCTGCTGGAATGTGCTGACCTACTGTCCAGTGCACTCACGGAACCTGTGCCCAACAGCCAGCTGGTAGACACTGGACACCAGCTGCTTGACTACTGCTCAGGCTATGTGGACTGCATCCCTCAAACTCGCAACAAATTTGCCTTCCGAGAGGCTGTGAGCAAACTGGAACTCAGCCTGCAGGAGCTACAGGTTTCTTCAGCAGCTGCTGGTGTGCCCGGGACAAACCCTGTCCTTAATAACTTATTGTCATGTGTACAGGAAATCAGTGATGTGGTGCAGAGGTAGCCACTGTTAGCCTGGTGGGAAAATGCACACATTTCTGAGGGGAGAGGGAAAAGGACTTGTTTTCCTGTGTTCTTGTTTTCAGAAAATGAAAGACTCATACTTGAGTGTGTTTATGTGAAGTACCTCAGATCCCTGAGTTCTCACGTTTACAGTTTCATCTCAAAAATAAGAAGCAAACCACATAAGTATAGGAGAGGTAAATTAAGTGGGGGCAAGGCAGTAGTGGACAGGGTTGGAAACTGCACTGGAAAATAGGGAACATGTGTATGTCATAAGGAAGGCAATGCAGCCCATCCCTACCTGGAATGCTGGGAAGTGCTAGGCAGGGCTGCTCTCAGCAAGACTGCAGCAGCTGCACCCAGACCTGGGGCTCTGGTAGGTACTAATGGTGATTATGCTCCAATTTACCTAATGAATTTGGTGGGACAGCAGAAAAGAAAGCTGGGAATGTACCAAGAGAAATTTTTGTTCAGGGCTGTTGGAAGTAGCTGTTAGCCTTGCTTCCACAAGGCCATTGCTGCTGTAATAAGAACTGCAAATCAGAGTGCTACAACATAAAACTGGGAAATATGGCCCTATCTGAATGCCTCTGTCCTATTTTCCGCTGGTGTATCAGTTAGTGCAGGAAGTAAAGAATGCTGGAAAGTTGAATCAGAAATTGAAAACCTTCTAAAATCTTACACAGATTAGCAGAAGTCACTTCTCCCAGTCTGGTATATTATTTCATAATGGACCAGGATCGGCTTCCTGCCTGTTGGTGGCTATCTGTAAACCATAAGTACAGGGGTCTCCCTAGTGGTTCTTCTCTGTCTTTTGCTGGGCAGGCTGTCTTCCTTTATTCCTGGTAGCATTCAGAGCATTAACCAGTGTTGATTTTGAAAATAGTAGTCCCTACAGGTTCTCACAAAGGAATGAATCCTGTTCTGATACAGTTCCCCTGCATACTGACATACTGGCCAAGGACTTGAGCAGCTGTGTATTTTTCTTTATCAACTAAAATACCAGGGAGATGGTCTTTTCTTGAAACCCAGTGGCCTGTATGTGACTGAGAGGAAAAGCTGGCTTGGTCCTAATGGCTGTTTCTCTGTACCTTTCCCTTCCCTTACCACCTTAAGCCCAATCCAGGTAGAGAATAGGGAGAGGCATTCTCCTCTCTATGGATTTGAAGTGAATCACCCCCACATTATTCTCACATGCTTTTCTTCTCTCACATATTCCTCCCTACTCCCCCACCCAATCATTGTGCTTATTTGTACAGATCTTATTGGGAATATTCTTTATTTATTTTGTCATTTCACTTCTATTTTAAGAATGCATAATTGAAGGAGTAGTCATTTTCAGGGAGCACCAGGTAGACCCTGGGAACCTAATGACTTAATCCTTAAATATGTTTTGCCCTTGAAAAATAGGCCTTTTCCTTCCTTCCTTAGTTATAATTGTGGAAGCTAATTAGGATGGCATGGAAGTGAATCTAATGAGTTAGGTATTATTAATGTTCTTGGTATCGGGTCTAATTCCAGTTACTGCTTCATTCTCTTTTTAAAGCTTTATGAATACTTCCCCCATCCTCCCCAAGGAGAGCTCAATACACACATATTTTTATTTTATTCTCTCAAAGGAATATTAGCTTAGGAAGATAGGAATTCAACATTGAGCACTGAGTTTTCTTCTGGCTCTGTCATTGATACACTGTCAAACCACAGCCTCATCTCTTAATCTATTTAATTAAGGTAACAGTACATGTTCTCAAGGGTGTTGCAAGTAAGTGTGCAGCTATCCCTTGGAGAGCCTCTCTGGAAAGCTCTTTTAGTGCAGTGTTGTTATGCTGAATTGTTTTCCATTATCTTATTTGCTGAGTAGAAAATATTAATGAAATTAAGAATTGTTGAGATTATATGAATTGGGCTAGAATACTAAGGGGAAAACTATGTTTTGAATAGAGTTTGGCATTTTTGACCAAGAACAAAATTGAGTTTTCATTGGAAAGAAAGGAAACCTTGATTCTTACCATTGCTGCTCCAAAGGAGGCCCAGGTTAAGAGGATTAGAGGAGACACGCGGTGCTGGGCATTCCTGGCAGGTGTTGGGTGATCCCCGCAGTATGTCACCTGCAGTTGCAGCACAGGCAGCTAGTGATTGGGTTCATCTCCTCCTAGTGGTTGGAAGAGAACTCAGATGTAAAAACCAGCGGTCCTTCTCCCACCTTCTTTCCTGCCATTCTTGCTCATCATACATGTCCGTAAACTTGAAGAACTCGTTTTAGCAGCTAGCCTTTTAAGGTCGAGGATGGGAAAGCTAAAACTGTAGAATATTATTATGCTGCTTTTTAGGTTTATCCCTGTTGTTGTGGGATGCAAGTTAAGGGATTGTAATTGTTTTTCAGGGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTAAGCAAGGGCTCTATTTTCCCTTGAGAGTTCTGGAACTAAGCCTTGGAGAAACACTACTGAGTGTATTTAGGCTCCCTGGTTTTCTTGCCCAACAACAATCTGAAGGGTAGGGGGTGGGGGCTGTGTCTTACTCAGGGGCAGCACCTAGCTGTCTTGCCTACAGTGGGTGCACGATATATAAATGGAATTGATTTTTGTCAACACTGTCAAGAGTGGCATTGACTATTGGAGCATACCCCGTCCACATGATGCTTGAACTATGTAACTTCAGGGGTTGAGGGCTCAAGGTTCAGGTTAAAGAGGCACTGTCAACTTACTATACAAGCATAATTTAGGTTTTTCCTTTTTCTACTTGAAAAGGACCAGCTTAAACACAAACCCTTATGTAAATTAAAAGGTTTGAATCCAAAGCAGAGAGAACTGCTTCTGGAAAAGTGTAGTTTAATTTTAACTATTCTAAAAGCAATGAGCAAAGGCCCTTGTCCAAGGCGTTGACAGTTTTCTAAAGTGGTTATGCTGTATATCTGGATGCATGCCTTTGGGCTGCCACTGCTTGATTCCTTTCATGTACAGATAATATTACTTCAGTTTAGATTTCCCACTTTAAAATGCAGTGATTTGTGTTGAATACATCTTGATTGTGCTTTACCTAAAGTATTTTCTTAAAAGGCTTTGTGTAAAATTTAAATGTATATATTTTCCTGTAGACTTCCATCATGATTTTCAGAGATTAGCCTTAAAAAATTTGGCCCTAAGAAATTCATTCAGTGTTTTTCTAGATGACCTCTGTACATAGAGGTCATTATAGTGGAGACCCTTTACCAGCAGCATTTTAAGATTTAAATTAGATAGAAAGTTTCTTAGGATTCA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ACTTGATGTAAATAAATGAGGCCCTTGAAAGGGACTGCTTTCTCTGTCTTCTCACAAGGTTTGCCAAGTTGTGTTCTGTTTTAAATAAAGGTTGCAATATTTTATTGGCAAAGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143322:ENST00000502732:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.538 A=NA C2=0.745
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF089195=F_actin_bind=WD(100=18.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GGAGAACATTGAAGGGGCACA
R:
GGCAGGAGTGAAAGAGAACCC
Band lengths:
352-1192
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains