DreINT0029627 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000030364 | angpt1
Description
angiopoietin 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010817-1]
Coordinates
chr19:47257688-47264860:-
Coord C1 exon
chr19:47264759-47264860
Coord A exon
chr19:47257855-47264758
Coord C2 exon
chr19:47257688-47257854
Length
6904 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTACGT
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TCTCTCTCACTGTGTTGCAGGGT
3' ss Score
10.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTACTGTGTGATGGAGTCTGCTGGCGGAGGCTGGACGGTGATCCAGAAGCGTGAAGACGGCACTGTGGATTTCCAGAAAACATGGAAAGAATATAAGATG
Seq A exon
GTACGTTTCCAGAATCCTGCATAATGCAGCTATAAAACATACACCGAGCATTCTGTGTGCTTTTGGTGCATTAAAACTACGTATTGAACTGTGGCTTGCTGAACTAATTGCAATTTCAATTGAATGCAATTATATATACAATTATTTTATGGATAAACAATCCACAGCTCATTCTGTCAAGTACATCGAAAAAAAAAATGAAATTATTAGACATAATTTAACTTTATTTTTCTCTCCTTAATTTATTACTGAAATCTTAAGTTGAAAGAATGACATTTGTTTAGATGTAATTAAGTTTTCACTTTTGACTGTATATATAGGGATTTCTATTACATTGCTTTAATTATAAATGCAGCAATTAACAATGGAGCCCCAAACTATTACATGCAATTGCTGTTTATTTGAATAGATTCTCAACTCTGATTGACTCTTTTTGTAATAGAAGAAGTGTAAAAGAAGTGTATTTTAGATAAAGGATTGTTCATCTGTTTCTCAGAATGAATGATAACCCTGGCAGACTCTAGAGCAGGAAACAGATGCTTATAAAGGAGATAATATGACACATAATGGAGTTCTGGAGCTAAAATCTCTATTCATTTTCTCCATAGGGAGACTAACTTACAGCAGTAACTGATGAAGCTTTGAAAACAGGCCTGTTTTAAGCTCTGAGGTAGTTCATTGACTGTGTGTCCTTTTGTTCTGTTCACATTCCTGATAAAGCGATAATGATTTATAGCAGATTATATTGCATTACCAATGATGCACAACTGGAATGAATAGTTAAATGTTTAGTTTATGTCTAGTGTGTGTCATATTTTTGTTTTTTAAATTGCACATTGGAGTATGGGAGAAACGCAATTTCAGTCTGCTGTGTAATGTACTGTTGCATGGTTTGATTGACAATAAAGTTGACTTGACTTGACTTGAAATCCACCAATCAGAGAGTTACAGTAAGGAAAGAATAGAGATTTAGCTCCGCCTACTCACATTAAGTGCTTTAAATAATATTATTTAGTCCTGCTATGCTTTTAAAATAATGAAATATTTGTATATATGGGTATTTCGCAGTAAACTAGATATAGATTTGTGTGCTTAAAAATCTATATTGGTAATTTTCCATGTGGACGATTGATTTGGTTCATGGCTTGCAACACTTTAATGAACCTAGTAGGACAAATGAATTTAAAACCAATAGTTTATTCAGCTTGTGTTCATTTTATTTCAGTAATAAGAGTAATTCAATTTAATGTTTTCACTGTATTTCAGTGTATTTAATTTAATAGGGCACTTTTATTTGATTTCAGCTTTGAGTTCATGACAGCAGTTTTCATGCTCGTCTGTTTTCTCACTGAACCTTGATATTCTGCAGCAGCAGTTTCTTGCAAACACAAAATAGATTCGATTTAAAAGGAATCACACAGCTGGTGAAACCACAAATCAAATGTGCTCATTCTGAACAGTCATCTGTGTTGGGTTAAAATAGCACAGATTTAACTCTAACCCAATACTTATTTAAATACTTTAAAAGAAGTAGTCAGGGTATATAATTTCACTTGCTTTAATGCTGGATGACATGCCAAACACTTGTTACCATGCAAATTTCAAAATTACCCATAATATTTAAAAACAATAGGAATAATTACCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACGTGTTTTTGTGACATATCAGGACACAAATCTGTATAATGACATAGGTATGACACAGGTATTACAAAAAGGAGGTGAAATATGAGGACATTGCTGACGTCCTCACTTCTCAAAATGCTTATAAATCCTACAGGATGAGTTTAATCAGAGAGTAAAGCTGCACACAGTCTCCTGTGATGGTTGGGTTTAGGGGTGGGGTGGGGTGAGGGCAATATAATCTACGGTTTGGACTGTATAAAATGAATGGAAACCTATGTAATGTCCCCACTTTTCACAAAAACAAACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTTTGTGCTTGTGTTTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTGCAAATTTTAATTTTTCCTTATTTATTTTTTATTTAATTTATGTAATTTAAATGTTGTTGTGTTATTTTTATTGCTACTTTTTCTATTTGTTGTTTTTATTTATTTGTTTATTTTTACATTTATTTAAGATTTTAAGTCATTCATTTTTTATTGTTATTTATTTTTACTTAATTTTTTTATTTATTTACAGACAAAAGTCAGCACCGAATCTCATTTTTATAAAACGAAATAATCTCTGAACTTATTATTATTATTTTACTATTATTTTTTTTCCTACATTGAATTAAATTCATTTATTAATTTTCCTTCAGCTTAGTACTTTATTCATCAGGGATTGCCACAATGGAATGAACCGTCAACTATAGCAGCATATGTTTTACACAATGAATACCCTTCTAAAAAATAAATACCCTTCTAGCTGCAACCCAGTACTGGGAAACACCCATACACACTCATTCTCACACACTCATACACTACACCCAGTTTAATTAATCAATTCCCCTATAGTGCATGTGTTTGAACTGTATAGGGGAAACTCGGAGGAAACTCACGCCAGCATGGGGAGAACATACAAACTCCATAAAGAAATGCCAACTGACACAGCCGGGACTCAAACCAGCAACCTTCTTGCTGTCACCACCACTGAGCCACTGTGTCGCATTATACAAATAATTATATTTAATTTTAAATTAATAAATTCTCATATATTCTCATAGAAATTTAACATAACATAATATTTGTTTGTGACTGAAATAATCCCGGCCTGAACTGCTTTTTATATTTAAATTTTAGTTTTGTTTATTTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAATTACTTTTTCGCCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATTAATCAACGAACTAAGCTAAAAAGAAAATGAATGAATGAATGAATTACTTATTCATATAATAAATATGAAGCATTTTATTATGAATCTATTTGTTATTATTAATTTATTTTTGTTTTCTAATATTATTTTAATTTAATTTTTTTTATTTAAGTAGATTTTTTTGTTTTTAAATTTTCCCACATTATTATTTATATGTATTTTTTATTTATTTTTATTTGTGTTTATATTATTACTTCTGTTTATTTTTATGATATTTCATTATTTTATTTATTACTTTATTTTATTTAGTTTTAGAATATTTTATTTTATTTTGGGCTTTACAGACATAAAGTCAGCCCTCAATCTCATCATTAAAAAGAAAAATAGCCAGCACAGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTGGCCTTACAGCAAGAAGACCGCTGGTTCGAGCCTTGGCTGGGTCAGTTGGCATTTGTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGTTGGTGTGGGTTTCCTCCAGGTGCTCTAGTTTCCCCCACAGTCCAAACACATGTGGTATTGGGGAATTGATTAACTAAATTGGCCAAAGTGTATGAGTGTGAATATACAGGTGTTTTTCAGTAGTTAAAATAGTTGGCGGTTCATCACTCTGTGGCGACCTCTGAAATAGAGACTAACCCAAACGAAAAATAATAAATAAAAAAAGCAAAAAATCTGTGCACTTTTATTATAGTTTTCCTCTTCATTGGATGAAATTAAATCTTGCAATAGCTTCACCTCATTTAAGCATCCGGCCAATCACTATCAGCTCCATCAACATTTTACATCCCTCATTCCCCAAAGCAATACTTCATACACTCTTCATCAGAATTGAATCAAACATCTAGCCCATGGAAACAATTGTTCCTGCGTTTTTGGCAGAATAAATCTAACATTTGCTCTGCAGGAAAGGGCTTTTGAATGCATGCTAATGGAACGATGCATAGCAACCTAGAGAGTTTATTAACACACCAATGTTGTGTTACAGAGAAAACCACACACCCAGGAGAACTCAGTGCTTTAGCAGAAAAATAACAACCGATCCTAGTTTTTCCTCAGCATTACTCATAAGGAATGATACTTTTTTTTTTTTCGTGTGAATCGAAAAAGCTTCTCAGGGATGATCAGTTGCATGAAAAGCGATCAGAACGAACACCTTTGGACCATATAAACAGATGCAGCTCACAGAAAAACATCAGTTTTAGGTGCTGCGGGCTCATATTTACAGTACAAACTGCTACTCATCAATCATTTTCTCCCACGAGCACATTATTAATAAGGTTTATGCCGGTCTGTAATGCAATATGAGCTGAACAATCACCACTTTGACTGTTTGTGTGCTTCGTTTTAGTTGCATGTAAACGAGGAGTGGGATGTTTGGTTCGGACATTTGTGTTTGTTTTAGTGAACTGATATGCTTTCTTAAATCCCAAGGAGGTTTTAACCCTGCTGATCTTTGATTTTTCCCTTTCAGACTGAAATATCTGTCCCACAAATTGCTTTATTGAATGTTTCTTCAATGTTAGGGCGTTAGTTTTGCCAAATGTATTGATGTTGTCTTTTGATAATGCTGTTCTGTAATGGAGAAACTGCTGTGTGTTGCCATATGGCAGATTTATAGGCACTGGCTTTGATTATTTTACATTTAATCATTTATCTGGAAGTGTTTACTGTACTATTACTCAATTGCATTTGTACATAAATAACACAACTATGATACATGTTGCTATTTTATATGCAAAGAGAATACATTGTTTTTAATAATAATAATAATGATAATAAAAAAACGATAATGGTATTTATAACTAATTATTATTAGTAGTATAAAATAATACATATGATTATAATAATAATTATAATCATTAATAATAATTAATGATAAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATGGTAATGATAAATTATAATTATTATTAATAAATATTTAAATAGTAGTAGTAGTAATAATAATAATAATA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Seq C2 exon
GGTTTTGGAAGCGTGTCGGGCGAACACTGGCTGGGGAACGAATTTGTCCACGTTCTGACCAATCAGAGGCAGCACGGCCTCCGCGTGGAGCTGAGTGACTGGGACGGACACCAGGCCTTCTCTCAGTACGACAGCTTCCACATCGACAGCGAGAAACAGAAATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000030364:ENSDART00000043713:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(15.4=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(25.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]