GgaINT0100453 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016083 | ANG-1
Description
angiopoietin-1 precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001186376]
Coordinates
chr2:130988639-131001602:-
Coord C1 exon
chr2:131001501-131001602
Coord A exon
chr2:130988806-131001500
Coord C2 exon
chr2:130988639-130988805
Length
12695 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGG
5' ss Score
9.33
3' ss Seq
TTCTACCAACTTTTCTCTAGGGT
3' ss Score
8.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTTTTGTAATATGGAAGTCAATGGAGGAGGATGGACAGTTATACAGCACCGAGAAGATGGCAGCCTAGATTTCCAGAAAGGCTGGAAAGAATACAAAATG
Seq A exon
GTAAGGCAAAAAATGTGGAATAGCTCTACATTCATAGAAAAGAGATTTCAAATAGTACTTCCCATTGTCTTAAGCAAGTCTTATAATTGTGTGATGTCCAGTAGTCTTTTATGAATTACCTTTTTCACGACTGTTACTATTTAAAGTCATAATATTTTTTACTCAGTGAGCTGAGTATTTTTTTGTATGAATTAAGGTTTTTGTCAGTTCAGTTACTGAGACTAAAATGAGATGATATCCAGGCATACATAGTAAAAAATGTTACTGTCTTGTCTGCCTCTCTGAAGTTTGGAATTGCTGTCACGTTGATGGGTAATGAGGATTGCTGATATTCCTAATGTATGGATGCCTTCCACTAAGGGGAACTCCCTCAGAATTTGGAGCTTCTCAATAGGAATGAAGAGTTTTACTGGGGTTTATCCCAAGCCACACAACACCTCTGCCAATTAAGACAATGTACTGGAAATGTTGATACTTCAAATAGAATTAAAGGACAATAAATAACTTACCAAATTACAGATAACATTACATTAGCTAGTTATATTCCCACTGCCTACTTAAAAAAAAGAATTTATTCCAGTCTAAATAATTTCTGAGAGTCTCACTCACCCCGATCAAACTTCTTCATGGAGTTTCTTTCTTTGAATCCCTGAGAACTGATTTCATTTCCAAGACGTTCTCAGTGAAGTTTTCAGAACTGCATTACAAGCCTGGAAGAGGAAAATCTTTTTTCCAACAGTTTTCAAAAGGTACCATATGGAAAGAGTATTTAAAATGCTTAAAAAATAAAGTCCAGTCAGTAACAATTTAAATGTGAAAAAGTTCTGTTGCAGAAATTAATATTAAAATTAAAATAAATAAGTAAATAAAAGGAACGTTGGATTATTTAAGCAAAATATCATTTTGGATTCTAAGGACTTTTTTTTCAGTATTTTTATATAACTAGAAAATATAGGTTTTAGGGAAAAATTAAACATTTAGGTTCTTGACATCAGACCATGTCTACCGTGGGTTAACAGATGATACAATCTGTCAATTAATATATGTGAAATAAAATTAATATTGAAATGTCAGATATTTTTGAATGGATTTTCAAAATTGGACACAATTTTTTAGGAATCATAAAAATAGAAAATCTGGATGTATGGAGTTTTAATTTAACAGAAAATTTGAAAACTGCTCTACTCTATTTTGATTTGGAGTCAAATATTATGCAAAACATCATTTTGGGTGGGGTGAACCAGAGATTTTAAGACTATACTATTGTTACTTATGAAGAAATTAGAATTTGTGTGTGCATTCTAACTTGCTATTTACACATATTTTGTTTAATTTATACACACCACATGAATTACAGAGATTTACTCTGGTATTTCCTCATTTGCTTTTTCATATACCACTCCTTTTTTATTTTTTATTATTATTTTATTTTTTATTTTCTTTTATTTTCGTAAGAACAGTATGAACCTGTTCAGGATTGGATTATGGGGGTTTTGTCTAGTTCAAGCTATCTGAATTCATTTTCATTTTCTTTATGGGTATTATAATCGTCTAGTAGTTAGCTCACTTTTGTAGTATCAGACTTTTCCGATAAATATCCTATAAATCATGAAAACAGTTGGCATGTAGCTTTTTCTCTGCTTCCACCAAAGTAACTACTGAAGGCCTCTAACTGTGGTTATCTTATCCCATCAAATGTTGGACAATTGAAGTTGGTAGAAGAGACTGGAGATTACTGCTTCAACATAAGAGCACTATTGACTTAATTGCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGTGAGGGTGTGCAGAGATTATTAGATCACTTCACAGCTCCTTTCTGACACATCTATTTATTTTTTTCTTTCAATGAAAGCCAGGTGCTGTGGTAGGAGATGCAGCAGTTCTTAAGATGTGCTCAGACATAGTTTCTAGATTTTCCGACTTTCTTCTTGTGCTTGTATTTCACTAGGGCTTCTAATCTAACAAAAATAAGCATTAGCATGATGATGTAACAGCAATAATAAATCTCTGGGGATTCTTTTGCCTTCAGTGCATTTGGTTCCTATGGGAAAATAATCTCAAAAACAGTGGAAAGATTTGTTGCAAGCAAGTACTGAGTGCCAGCTTCTATGTTGGGCTAAAAATCTCAGGCCACCAGCCTGTAGTACTTCTAGCACCTTCACAAGTTTCTGGTTCTACTAGTTTTATGAAACCTTTGCATATTTTCTCTAACCCTAACTTGACATCCATACGAGAAGTTATTCTGAAAGGATGTACATGGGATGTTCTCTGCAAAGGTGGTTGACAGCACTGCTGGTTACAGGAGTTACCCAGTTACCACAGATTCATCCTGCTGAAAAACCTTGAGGTAATCACTGTCTTCAACTCAGTTTCACACTGGTGCCTCAAGGGTTTATGGAACTCAGTTCCTGTTCAGTGTATTCCACAAACATAAACACATGACATGAATCAGTAGAGAGATAAAGCAGTCATAAACATTTCAAAAGTAGGAAATGCACAACTCAATCCCTACTTTAATCACCACGAAGTTAGTGATAACAGTGCTACAAACTTCTCAGTCTTTTAGCTCCATTTTCACTCGTATCAAATCCCCACTGTGGAAAACAAAGTTAAACTTTCTTTGGTATCTAAAACAGTAGCTGACAAATAAAATTTCTGTTCAGATTTATTCTGTTATCTTCTTTCTTATTGGCATAAGTTCTTACCAGTTCATTTTTTACATCAGTCATATGCTATGCAGTGTAATTTGTGCCTTTGCTCTTAAGAACTCATTTTTGAATGCAAACTCTTGTAGACCATATCAGTTTCAGGTATATAAATTTGAAGAAATTCTGAGGAAGTCCTTTGAATTCAGTCTCCTGTCCTTTTCTTCTTAATATTTACTATAGCTTCTCTTTCATCTTTTGCAGTGGATTTTTCACATTATATTATTTGTATCTTATCAGAAATATTTAAAGACAAGTATCAGATAATTCCTTTAACAGCAGCTAGGATCATCCTAAAGCAGGTTTCTGCCATTTTTCACATTTCCTTGTTTGAAGTGGGAACTAGAGTTTTAACTTCTGGAAAGAGAATGTCTTTAAAAAAATAAAAATAAAAAATTGCTTACCTGAGCAATTTTTCATTTCAGCAGAATTTTCATCTGACTGCTGCTCTGAGCAGTCTTCAGATCAGGTTCTCCTTCCTTCTGTGGCTTAGTAAAACAGATCTGAAGAGAAGAATTGCTGGTTCTGATTAGACCGTCTGTATAATCTATGCATCTTTTTATCTATCTTGTATCTGTCTATCTATCTGTCTACTTGGAGACATATCTTATAACTTCTGCAGGAACGGATTCCATTTTTTCCCTGACAGTAATGTGAAGAACTATACAAATAACACTGTAGTGCAAGCATGATCCTTCATGAAAAAGCAAAGATTTTGAGATTCACAGTGTCATAGAATCATTAAAGATGGAAAAGACCACTAAAATAATAAATTCCAACTGTCAATCCACCACCACCATGCCCACTAACCCATGTACCTCAGTGCCACATTGCCATGTTTCTTGAACATCTCCAGAGACAGCGACTCCCCCATGTTCCTGTCAGTCTGTTCCAATGCTTGACCATTCATTCAGAGCAAAATATTTTTCTAATATACAACCTGAACTTTCCCTTGCAGAGATTGAGTCCACTACCTCTCATTATCTTGCTAGTTACCTGGGAGAAAAGACCGACCTCCACCTTGCCACAACTTCCTTTCAGGTAGCTGTAGAGAGCTATAGGGTCTCCTCTGAAGCTTCACTTCTTCAGAACAAGAATGGACCTGGAAGAAAGAAAGAAAATAGGGAATGCGCATCCTCAGAAAAGACAGAAGGCATGCTGTTTCTTTACTGGGGGAAAAAAAAAAAAACCACAAAAAACAACAAGACGAGTCGGGTGGTGTTATTTGTTAAGTGGATAAGCTCACAAGAGAGGAATGCAAAGAGATAAAAAAGACATGGTTAAGACGCAAATAATTTCATAATACATAGGCACAAATACATTTCTTACAAATAGTGCATTTCAAAGTCATGAGTTATCAACTGTCTGCATCTGAAAAAAATCATTACTTCAAGTGAGTGGAATATATGACATGGAAGTAATTTGTTCATTTCAAACATTAACCAAGTAATTTGGATATAAGGAAATGATTTTTAGTGACAGGAATGTGTATTAAGATATCCTGTGAGTAACGCCTTTCACTGAGACTCACTCATCTTCGATAAAGAATTGCCTATCACCATACTTTATTAAAAAGTCACTTCTGACTGAAACTGCCACTCAGTTAATTGTGATAATAATTGTCATTTTCATCAGTGTTGCAGAAAGAGCCAGCATATTCTCTGCTTCTTCTGAGGTTTAGCATATGCAGTAGAGGCATGTTCTTGAAACTATTTAGTTCTGACCAAGGCTGTGTGCATTTCTACCGTAGGATCTAAGGGGGCAAGAATGAAATAATTTTTGCTTCAGAGAGCTTTGGATCACTGGACTAGGCAACAGACATGCTACCACACAAGAAAGCATCTTTATTTTTTGGAATATTTCCTGATGAAAAATTTAACATAGTATTGAGCAGTTGTGTTTTAACTACGCTATACTGAACATAGTCTTTAACGCTTACTGAAGAAACTTTCTAAGCAAAAGCTGGACATGCTACTTTACAAGATCCAGCGGATATTTTGAGAGGTTTTGTTTGTTTTTTAATAAGGGAGAGAGAGATTCTTAGGTACGCGCTCTGCTGTCCTCCAAATGAAAGTTGTATGCTCTCATCCCAGAACAATTTTCTTTTGAGGGATATACATCTTCTGCCTCATATGTTCCATTTGGGACTCACTGAAGCAGCCCTTCACTTTGGAATTCATGTCAAATTGGTGCTATAATTATCCGACTCTGGTGTTAATCTTCTTCTACTCTCATTCAATTTTTAGTATCCCAGTGAAGCCCAAATAAGA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Seq C2 exon
GGTTTTGGTAGCCCATCAGGTGAACACTGGCTGGGAAATGAATTCATCTTTGCAATTACAAGTCAGAGGCAATATTCTCTAAGAATTGAATTAATGGACTGGGAAGGAAACCGGGCTTATTCACAGTATGACAGGTTTCACATAGGAAATGAAAAGCAAAATTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016083:ENSGALT00000025915:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(15.3=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(25.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]