HsaINT0007972 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000154188 | ANGPT1
Description
angiopoietin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:484]
Coordinates
chr8:108296910-108306265:-
Coord C1 exon
chr8:108306164-108306265
Coord A exon
chr8:108297077-108306163
Coord C2 exon
chr8:108296910-108297076
Length
9087 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
ATCTCTATATTGTTTCCCAGGGT
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTTTGCAATATGGATGTCAATGGGGGAGGTTGGACTGTAATACAACATCGTGAAGATGGAAGTCTAGATTTCCAAAGAGGCTGGAAGGAATATAAAATG
Seq A exon
GTAAGATGCAAGAATTTATGGTGCTTTTTGGTGTTTTATCTTGAAGTTATCTTCTCCATACTATATGATGAATCTTGGTATTTTTAGGTGGTTTTGAGTTATTTTTGACATAAAATGATACATTAGTATTATTTTCATTAGACACAAAACACTCATAAATCACTTTCAGTAAATGATTTCCACGTGTGCGTCAGAAAGAAAAACGTATTACTGAAATTATTTGGTGAACTGTTGTGTATTGTCTGTATTTGTTCCTAGTTGCATGAGGGTGGGGGAAGCTAGAACTCAGACCTTCGTTGGATACGTGAGCCTGACCAAGGGAGCTGTGCAGGGTTGCAGGTTGTGGAACAGGATGGGTAATAGCAATGGCCTCACCCACATAACTGGCTAATTGTTGCTGGCTGTTGACTGGAAGCTTCTCCATGTGACCTTTCCATGTGGCTAAGCTAAGCTTCTTTCAGTAAAGTGATCCAGGGTTATCAGACTTCTTACGTAGCACTTGTCATCCTCCAAAGACAAAGCAGGAGCTTTCAGCCTTTTTTAGTTTTATTAGACCCAGAAATGAAACAGTGTTACTTCCATTGCATTCTGTTGGTTATGGTTGGTCAAAAGGAAAGTCCAGATTTAAGGCACGAGGAGTACACAAAGGTATGAACTGTGAGCCATGGCTCACTGGGGTCTGCAAAATAACAGCAGGCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCACAGTTCTTCTCTTTTTTAATGCTCAATATGTCTGCCCTATATGTAATTTCTTATCAATTTTTAATATCAGCCCTATTAACTAACACTATGCCCATTTTAAAAGGAAACAGAGATGAGCAAGGGTTGAAATAATCCAAAATCCAGTAATCACATAGTCGGTGCCTACAATATTAACTATTAAAATCTGCTGACAGAATGTAAAGGCATAGTAATGCAGGAGAATCTATATTTATGGATTCTCATTCTTTTGCAGCTGAAACCTCTAGATAATTCTTGTCTTGACTTTTTGACAAATTTTCTCTCACCAGGTAGAGAGAAAGAAATGCTATACTAGCCTCAGTTCTGTCTTGATATTCTTGCAGACAATTTGTAAAAACTATGGTTGATTTGCATCAGAGTTTGCCCATTAATAGGCTCATAGTTGGTCAAATGACAGTAAATAAGGGGTTTTAATAAATGAATGGAGGTTTCTAGTGGTGTCACTGCATCTACATTTTTATCAGATACTCAGTCGAACAGTCTGAAAGCACGTTTAAAAAGTTTGGACTTACACAAAGTTGGAATCCTGATGTCTTTGTTATTTCATAAACTCAAGATGGAAAGGTAGGCTGAAGCCAGCAAGATATAATTCCACAGAGATGATTGTAGAATATTTCACCTAGATAAAAAATACCTAAATTAACTCTGAGAAAACAGGGTAAGGGTGACAAATTGCCTTAAGGACTTAGTATTTGAAAGAGAGGTTTATTTGGTTCTAAGCTCATTTTGAATTAACAAAGATTAATGTACTCAGTGTACATTACTAGTAGTTTAGGGGGTCACATAAAATGCAGAACTCACTGGTGTCTGCCATGTTCTGGTTACATCAAAAACATAGTTTCAATTCTAGAGGTTTTCAAACAAGTGAACTTATCCTAGGGGTTATAAGCAGGATGGGAGGAATTTAGAAATTACATCTGTAACAGGTAAACACCTGGAGAAAAAAAGAATTAGGCATAAACCTGATAGCTATTTTAGTTAACTGGATGGAGGTAGGTGATAGTAGAGCCTGCTTCTCAAAATGTGGTCCAGGGACCAGCAGTATTAGCATCCTCTGGAAACTGAATGGAAACACGAATCTCAAGCTCTGGACCAGATTTACTGAATTAGAATGTGCATTTGAACACTGCCTGAGAGGGGAGTGCAATAATGAATGGAGTAATATTCCAAGAAGGCAAAATTTGACCAAGTATGAACAAAACTCTCTAATGATTAATCCCAACATCAAATAGACTGCCTATTAAGTGGCAAGCCCCCCCCCCCCCCCATCTTCAGTGGAAATAGAAAGTATATCATTATCTTTTGGGATTGGTATGGAGAATTGGAATGCTAGGTCAGATTTGAAGGCCTCTTCCTACCTAGGTGATTCTAAAAATATATGAGGGATAAAAGATTATCTATATTCAAAAACAAAAAGACTTTGAATTATGTTTATATTAACAGTTATAGGCCAGGCACGGTAGCTCAAGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACTAGGTCAGGAGATCGAGACCATCTTGGCCAATATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAACAACAAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGCACGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGGGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTAGCGACCGAGAAAGACTCTGTCTAAAAACAAAACAAAACAAAACACAATTATAGTCTTCACTCTGCCATTTACAAGAGGAGAGATTTTCGACAGATCACCTAACCTGCACCTTAGCTTTCTAACTAGTTAAAATAGGACAATGATAATACTTCACCTGCCTCACAGTGATGTTTCAAGGATTAGAAGTAATGTAAGTAAAGCACTTTGGCACACTGAATTTTCAGTGAACAGTAGTTATTTTTATTATCCAAGATGAAAACATCAAAGCAAAAATTTCACTTAACTATGCCAAAAATACTGTTTTGCAAACCATCTGAATTCATGATTATTTTCACCACTAAAATGTGATGTGAAGAAGTCATCTGAAAATCAGACTGTAGATAGAGACTCAGGCTAATCTGAAATACATTATTATTAAAATTAATGATAACAGAAAAATAAATATAAAGTTGTCATCATGGTGACTTTCCAAAATGGTGAATTCTTAACTGTAAACATCTGCTGCCTTGGCAAGCTAGGCATGTTAAGTAAGAGATACTGACTTGTTAAGTATGGAATCAATTCATGTCTTGTAAGTATTTACCAAATATATCCATTTCTAAGCAATTCTTTTTTCATTATTGGAACAAAACTGAAATTCTTTAATCATCATGTTTTATGGAGTTTACCCCTCCTCCCTTTTTTAAAATAAGAAAGGCTATCATGCTTTATTCAAACTTGAAACATTTATCAGATGAATGTCAATTTTGCATGATCAAAAAATGAGATAAGCTCCAACATTTTGAAATATTCTGGCTAAAAATGAGGCTGAATTTTTTTAATTGAAAATATTCATCATATGTTACAAGATGGTTAAAACACATGGTAGACAGTGTTTCGGTTCTTTCTCTAGAGTTTTTCTTTCACCTAAAGACAAAATAACATGACTCCACCAGGAATGGATATAGACTCCTTATGCCAGTTCTTATCAATCACACCTACTTCTATTTCCTGCATCCAAAGAACTGCCTGCTCACTTCTTCAGCTAAGGGTGTACATCCTTCGGGATAACAAGAACTTGGCATGCCCCAACTCTTCTCCAGTCTTTACCAATCTACTATTATATATACTAGGATGCTACATTTCTTCCTTGGGCAATGAGTGCAGAAATCAAGTTTTCTCTCTCTTTCCTTTCTGCCTTTCCTCTCTCCTTCCTTCCCTTCATAGTGATTGATATCTATGGGCTGCCTCTTGCTTCATAAGATTTCCATCACATGTAATTACAAATATATACTATATATTATCATTATTTTTAAACCTCTGTCAATATGAAAGGTTTACCACTTTTTGGATTCTCGGCATTGGCTTTAAGCCTACAAGTATCTTACCTAAGCTTAGCTGTCACTTAACCTTCCTCATGAGGAGATTCAGCAAAATCTGGTTTATGGATTTGTAAAGATGTTTGTCTGAAAGGAAAGTCTGGAGTAGGCTTTTTAATGAGGCACTTAGGGAAGATATTAGCTCCTTCAAGTCATAAGGATACCCTTTAGTGGCCTCCAGCAGTAACACTTATCAGCAGTACTTTCACATATAAAACGCAATGAGGCTAGGAGTTCCAGATAGTACCCAAAATGGCCTAATTTTATACTGTTGTAGGCAATGACTAATGTCCTGGAGGCAAACTTGCTTTATTTTGAGAACAATTACCCCCATAAACAGAGCTTCCTATCCACTCAAAAATTTCAGTGTGAGCACCATTCCTTCTGGGAGTTCTTTGTTTCTGGAAAGAAGTTGAGAGCACATTTTCAGCTATATTTTAACATCTTCACATTAAAAAGAGAAAAATGCATATGAAATTAAAAATTTTGAAATACAAAATTTGTTTCAGTCTTTCTTGAGTTGCACGTCTCAGCATTTAGAGGAGATGCACAATTTAACTGCATATGAAAGTGCCCTGAAAGCCACAGCGCTGTCTTATCTGTTTTTTATTTTTTAAATAATTTGTGTGAAAAAAGATGCAACCCATGGAATACATGGGCTGTGTCTGGTTTCAATTTTACTTCATCTATAAAAAGTCAACGCTTCCTGAGAGCATTATCAGACAAAACAAATAAAGTATCAGAGACAATTATTTTATTAACTTGGAAAAGCACAAACCAAAATTGAACATTTCTGCAGGTTTTGGCAAAAACTAACAAATGTTGATCTTTCCTTTGCATGTGTTTTTGAGTAATATGTGCCTTTTAAGGCCAATTTTAAGTCAGCATTAGTTCAGATTAAATTTCAGTGTCTTTTTATCCTTTTATTAGAGCGTTAGAGAAGAAATAAAATCAATTAACAATGTATCTGAGTTACTGAATCAAAACCTTTCAGGTGATTGTGTTTGACATCATTAAACATCATTTTTACAAAAGTACATGGCATAGTATCCTTAGATTTTATTCATGAAAAAGAGGAAATTGTATTGTAATTGTTTACTCATTCGTTGCTGCTTTTTCAATATCAGCACAGAATTTCATATATACTTTCATTTTTATTTTTATGGAAGTTACAGGCTATTGGGGGTAAAATAAAGACCTGTGGTAAACTGTTATGTGCCATAATGTGTAAGCCTATTTTGGAGCATATGCATTGGTTGACTCTGTCTTTTAGGCATGAATATGAATTTTTGAAGGACAGTCCCAGACATGTAATCAAAATTTGCCTCCCTATAGGGACCTCAGTATGAAGATGAGATTTTACTCCTGCATTTTCCCTGTATACCACTCAAATAATTTGATTTAATTAATATGTTCTTTTTAGTTTGCACTTGGAATATCTATTCCACATCATATTTATATGGATCTCTACCTTCAGTTCATAGCAGACTTACATGTGCAACCTTTTACATGTATAGCTCTCCCTCTGAGTCCACCCCAGACATACTGAATCAGAATCTTCACGGGGGACCTAACCATCTGTATTTTTTTAAAACCCCCACAGCTGTTTCTGATATGCATTCCTGGTTGAAAGCAATTATTACAAATATTAACTTATTAGCATGGTATAATACCTTAAAAATTACCTCTTGTGTAGCTCCTAAAACTCGTGAGATATGGAAAGAGAGGGCTTGAAAGAGATAGCACTAAGGGAGAGTCGAAGGAAACAGATACTTAAGTACTTGGAAGCAAAGGTAAGAATAAGAAAGTAGTCTGTGCTTTCATTAGTACTATAGTTTAGTCCCAATTGAAATCAGTTGGTTGTAATTTCTTATTTAATAATTAACTTTTTGGATTAAAATGACAATACTCATTTGTATAAACCAACTCTCAATTTAGTAAAATATTACATTAGTCCTCTGAGAGCCTTTTAAATAATTATTTCAGTATCCCTTTATTAATTTTTGGGCTAATACAAGACCCAAGATTATTCTTTTTCCTTTTCTTATACAAAGTAGAAAGGAACTTGTTTCCCCACATATGACTCACAGTCTCATGGAAGAGAAGCAACTAACCAGAAAATTACTGTGTATTATGACATATATTTTAACTATAACAACAGCTAGATTTTTAAGTGTTTTCTGTCTATCAGTGCTCAGTTAAGTGCTTCGGTTATATTATCAATTTTATTCTCAAAACCTTGTATATGAAAATGATGTCTGTAATCCCTGTTTTGCAGACAGAGAAACTGAGGCTCAGAAACAAAGTCGATATTTCTACAGCAAATATGTGGCAGTTCAAGGCTTTAATCTGGAGCCAGAGATAAGGGGTAGAGGTTATTTCATCCAAGCCAAGCCTTTGTCCTACATATCAGATCTGTGGTCATGCCTGGTAAACTATCCAAAAGACAGTTTACTAATGTGGGAACACAATTCCCCTTCTTTCACGTATTTTTCATCTTTATAATGAAACAGTTGTTTCTGGATCACTGCACTTGGCTATTAGAAGGTTTCCTCCCTATATTGCAGCCATTTTGATTCATTGTACTCAAACCTTTTGCTCTCATACTAGAGCATGCTTGGACAGTTTTTTGGGAAGGAGCTCGAAATAAATGTTAGTTTCTAAATGCAAATTATACTGCGTTCTTTTTAGTCACTTCTTCCTGAAAGACAAAAATGCAAACTGTTTAGGAAGGGATATTTATTTCCATTTAGAGGGAAGTACAGGCCTGCATGTGGAGACAGGGATGGAGGCTGTCCTAGGAATGAGGCTAATGCTTGTCCATTTCTAAGGCTCACCCAGGATCACTGCGTGTTTCCCTGGGGAAGTTGGAGAGTTTTATCCACACAGCGCTTTCAACAGCATGGAAATATGTGACCCAAAACTTAACACTTCATCATTCCCAGCCTCTTTATTCACATTGAGTATAAGTGTTGAATCCCTTTTCAATGACTGCACAGAAAAGGGAATCATCAAGTGGCAAGAGGGAGAGTTTTGACATGTCTGAGCTGCAAAAAAATGCAAGGAAAATCCCAGTGGTCTTCTTTTTCTTCCCAGGGGCTGTTGTAATTGATAAAGTGCTAATTCTTTGACTTTCAGCCTCCTGTAACTTTCTGTTTTGTTTATGCTTTGGAGAAGGTAAGCTTTGCTCTTCTCCTTAGTAGGTAGCATTGGCTGCCATAAAAATGTGTAAAATTCTTAGCACACCAGAAATTGCTCTAATATTTCCTGCCACTGTGAAACTTTTACAAAGTGTGACTTGAGCATCTTAGGAACAGAGAAGTAAAGAGCCAATGGAGTACTAACTTCAGTGGTCTTATAGCTTTACTGTGAGCTATGGGTGGATGGTCTTCAGAAGAGTATATACTCAATGCAATCTGGACCAAGCATATTCAGCCTATCAAAAAACTTAGTTAAATTGGGGAATAACTTTAAAAGTGTACACATATGTTAATTTTAACTTTAAATATAACAGTATACATCACATACCCATTAATAAAAAAAAATAAAACGAGGGCCAAAGCCTGGAATTCTGTGTCATCAGTTCTTTCCTAAAACTTTCCCATAGTAGAATGCATCCAATCTCTAGTTTCAGTTTTTTAAAAATAGAACAGTACATGAAGACACATGCAAGGCAATATGTTAAAAATTCTTTAAATTTTTAAAATTTTTCCCAGTCTTTTAGAGTTCCAACAATTCGTAATTTTAAAAAAAGTTTTACTAATTTGCTTTTATTGAGCAAATCCGGATATTTATAAAAAATTAAAACTCTCTTTTCCCACTAATATTTAACTTATTTGCATAACATTTTATAAATATTGCAATAACTGAACTGGCATAAATGGGTTTGGTACCAAACACCTTTGAACTTTGGTAAGTAACTCAGTTGGCAGAGGAGGTAGTGCGCAAGTGACCCAGTTGGGCACTTTAAGAAACATTTCACCAAGACTCAACTGTACTGTCTACAACAAGAATTGTGCTTTAAGGTTACTTTTCCATGTGTTATTGTAAAATGCTGTAATATTTTGTTTTCCTTCCTCCTTACCTCCATTTCTCTCTCCCTTTCTTGCTTCTTTCCTCTATCCTTTCCTTTCTACCTTTTTCTTTGAATTTCAAAACAACCCTATTGGAATGCTCAGTGCATGTCAGCTCTTCACTGGTTTTTGGAAATTCACAAATACAACACAGTTTCTATCATCAGGGAGCTCACAACATGGCCAGTGAAACAAATATGTAGATCAAGAATTACATTGAACTTCAAGCACTGCCAATGAGTATTTTCTGAGGCAATTGTGAATACTCCAAATCTAGAATGCCAGCAAGTTTCTAGGGGTTCTTTCTTTTCCTATCACTAACATCTCCAACATTAAGCGCTGGCTTTCTTTTGGGACCACTTTTTTCTCCCTACAAAGAAACTATTTTGAATACTTAACAACCTTGACTTCCCCCAAAGAGAACAATAAAGTCATGTTGACATTCAGAAGCCAAGCAGTCAGCTAGGTTCACTCAGGAGCACTTACAAATCAGCCTTCTGCCTCAAAATTCCAATGCCAGTGCAGCTTTGTAAATAATTACAGTCATGGATTTACAGGGTTGCTTATTAATATTTAAAAATAAGAAAGTTAAAGCTCCAAAAGTCATGGTTCTAGTAATCTATTAGTTTGGTGCAAAAGTAATTATGGTTTTTACCATTGAAAGTAATGGCAAAAACTGCAATTACTTTTGCACCAACCTAAATATGAAGTTATTGTTGAAACATAATTGCATTTGTGAATAATAATAGTAAAAATAATATTGTTAAATAACTTGTCTAATATCACTCTCATAGTGTTCATTGAAAAATCTTTAAACTCTATTCAAAATATTTTGTTAACTAGTAATTTAGAAACATTTTCAAAAGCAAACCTTGAATTGAGAATTGTTTTCCAGTTAAACCTATTAACTAGATTTATTTTATACAAAATGTCTCATCCACACAGATTTGAATAACAGAGGTTTTATTGTACTAAGTAAGAATTAGACAGAAGCTTTGATGAAGAGACACAGAATTATTGAAATGTCAATCACTGGAGAAAAAGTGTAAAATGTAAAAAACAAAAACCTTTACTTTTTAATAATTTTTAATTATTATTTAGAAAATAGTTAAATGCTGAACATGAAAAGAATTCCTCTCTAAAGTAACAACTGCATCTCTATATTGTTTCCCAG
Seq C2 exon
GGTTTTGGAAATCCCTCCGGTGAATATTGGCTGGGGAATGAGTTTATTTTTGCCATTACCAGTCAGAGGCAGTACATGCTAAGAATTGAGTTAATGGACTGGGAAGGGAACCGAGCCTATTCACAGTATGACAGATTCCACATAGGAAATGAAAAGCAAAACTATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154188-ANGPT1:NM_001146:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.018 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(15.3=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(25.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)