GgaINT0100453 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016083 | Q70UN6_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:136989782-137009558:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
19508 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGG
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Seq C2 exon
GGTTTTGGTAGCCCATCAGGTGAACACTGGCTGGGAAATGAATTCATCTTTGCAATTACAAGTCAGAGGCAATATTCTCTAAGAATTGAATTAATGGACTGGGAAGGAAACCGGGCTTATTCACAGTATGACAGGTTTCACATAGGAAATGAAAAGCAAAATTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016083:ENSGALT00000025915:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(20.8=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(34.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]