DreINT0029642 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076787 | angpt4
Description
angiopoietin 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110104-1]
Coordinates
chr6:52020247-52024537:+
Coord C1 exon
chr6:52020247-52020348
Coord A exon
chr6:52020349-52024370
Coord C2 exon
chr6:52024371-52024537
Length
4022 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
GTTATATGTTGTCCTCACAGGGA
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTTCTGTGATATGGTGACAAGTGGAGGTGGCTGGACTGTATTCCAGCACAGAGCCAATGGAAGTGTGAACTTCCAGAAAGGCTGGAAAGACTACAAGCTG
Seq A exon
GTGAGTGGATATATTACATTCTAATGTGTATTATAGAGCTTCATTGCAACCATCTAGTATTGAATAGCAACATCCTACAATACCTTGGCAACCTTACAGAATAGCCTAGAAACCACACACAACACCATAGCAACCATCCAAAAAACCCATTGCAACCATCCAGAACACCTTAGCAGCCATTTCCAATCCCTTAGTAACCAGTTTCTCAGGCCTAGAAACTGGCCTAGCAACCACCCAGAATGCATTAGCTACTCCTTAGTAACCATTCAGAATACTCCAGAAGCCCCTTAGTAACCATTCAGAACAGCTTAGCAACCACTTAGAATATCTTAACAACAACTTATAACTCCTTAGTAACCATTTAGAACAGCCCACCAAGCACCCACAATCCCTTTGTAACAACCCAGAACATCCTAGAAATCACCCCAAACTCCTAAGCAACCACTCAACAACCCCTTAATAACAACTCAGAACATCATAGCAACACCTTAGTAACCAACATTTTAGCATTATTCCTGAATATTGTACCTTTACAACTACCCACAACCCTTTTGTAACAACCCAGAACAGTCTAGCAACCACCCAAAAGTCTTAGCAACCACTCAGCAACACCTTAGTAACCACCCAGAACACCCTAGCAACACCTTAGTTACCAACACCTTAGCATTATTCTTGAATACTGTACCTTAACAACTACCCACAACCCCTTTGTAACCACCCTGAACACTGTAGCAACCACCCAAAACCTCTTAGTAAACACTCAACAACCCCTTGTTAACCATTTATAACACCCTAGCAACGCCTTAGTAACCAACACCTTATCCCTGAATACTGTACCTTAACAATTACCCACGATCCCTTATTATCAAGCCAGAACATACTAGAAACTGCCCAAAAATCCTAAGGAACTACTCAACAACCCCTTAGTAACCATCCAGAACACCCTAGCAACACCTTAGTAACCAACACCTTAGCATTATTCCTGAATACTGTACCTTAACAACTACCCACAGCCCCTTAATAACAACCCAGAACACTCTAGCAACCACCCAAAACCCTTTAGCAACCACTCAACAACCTTGTAGTAACCATTCAGAACATCCTAGCAGCACCTTAGTTTCCAACATCGTATCCTTATTCCTGAATACCTTAACAACTACCTGCAACCCTTTAGTAACCATTCAGAATACCCTAGCAACCAACACACCTACAACCTACAACACCTTGTAAACTCATTAAATACCTTAGCAACCACATAACCCATTTATATAGATTCAGAACACCCCAACAACACCTTTATAAATAAACACCTTAATATTATATCTGAATACTGTACCTTAACAACTACCCACAACCCCATAGTGACAACCCCGAACAACCTAGCAACACCTTAGCAACATCTTAGCATTATTTCTGAATACCTTAACAACTTCCAACAACCTCTTAGTAATTATCCAGAACACCCTAGCAACACCATAATAACCTACACCTTAGCATTATTCCTGAATACTATACCTTATCAACTTAGTAACCACCTAAAACACATTGGAAACTAACGAAATACCCTAGCAACCATCATTAATCCTTTGGAATCATCCATTATGCCCTAGCAACAACTCAGAACAGCCTAGCAACCATCCACACTCCCATAGAGCACTTTATCATGCCACTTTCTAGACAAATACCACTCTTTACTTTTGTAGATGGTAATAAAAATTTATTGATTATGTTTAGAGAATATGTTTATATATTTTTTGTAGTATAGATTTTGCACAACTCTGATGACATAAGCTCCAAATCCAGCCAAAGCACAATGAAGCAGCGAGGCTAAAATTGTACATGACAGATTGGCATCATTGGCAGTTGCTTGTACAATCTGTATTAAATAGCGCCACTTTTTGCTGATTTTTTCAGAGCTGAAATATGCAGAATTGGAGCAGCAAGCAGTAAAAATCAATAGTGCAATTTTCAGCCTTTTGTTCATCTTGCCAAAAGTCATTGTGAGCCTTTCTTTCTCTAAAACACTATAAAGGATGAGACCCTTTTCTGGGAAACAAATAATAAAAGACTAACAATGTGCCTATTTATTTTAAGAAATCCAAACAGCTGTCTTGCATCTACTTTTGTGTTTCAGTCATAGCTGAGTAAGCTAAATTCCCCCTTAATATCGAAAAATACCCATACATTGCCTCTGTTTTTAAATAAATGACATTTTCTTAAGGATAACAACAACCTCAGTCAATGCTAAAAACTATAGACAGCACTATTATTGTAATAATAAAGGTTCTTCAACAAACTCAGTACTATTTGCACAATCTTTTAGTATGAATGTGCACTGTTACACCCTTAAAATGGTAGTTTACCCAAAACTAACAATTCAGTCATCATTTACTCACTGTTTACTTCGGTAACACTTTTTAATGACTACACACTATAAATCATTTATTAAGCATTAACAAATAGTGGATTCATTATCTGTTAAGCATTAACTCTACATCAGTAAGCGTTAGTAAGCAGTTTATAAATGCAGCTACAAATGCTGCATTCTTGACTAACAAACATATTTAAAATGTGCTTAATAATTGTGTTTTCATACTTAGTTAATGATTTATTTTTCATTACTAAATTAAGTATCGCATTATTTACAAACCAGTTGTATTTAAGAGTAGTTGAGGGTTTTTAGGATCATTCAGAATGAGCTATTAAATGATTAATAAACTGTTGAAATCAACGTTTATATGTCTTATTATTTAGGCATATATTAATGGTCACTATGTATGTTAATAAATGCTTTATTAACTCAACTTCATGCAGTTTTGTGACCTAATCTAAAATGATAACTATTTATCCTTTATAAATCCCTTATAAATGACTATTAAAGGCTCAGTTAAACTCTAAACAGGTAAAATGTCATTATTCATTCCAATTCATTTAAAGATACACAAATGAAACTGTACTACAAATGAAAAATAAATCTTTGCAACCTGATCTAAAATAAAATCACTGTAGAGTTTAAACATTGCATCTTACTATATTGTTAAATTATTATATTGTTGTTATTGTTGTTTTATCCAGTTTTATGTTGTATTTTGACAATTCTGTAATTTGGCCCTGTTTAAACTTTACAGTAATTTTACTTTTTAGAAAAGATTGCAAAGATTATAGTTCATTTGATTCTAAGCCTTTAATAGTCATTTATAAGGGATTTATAAAGCATGAATAGTCCTCACGTTAGATTAGGTCACAAAACTGCATGAAGTTGAGTTAATCAAACATTTATTAGCATATTAGTTAACTATTAGAATATGCTTGAATAATAAGATATATAAATATTGTTTTCAATAGTTTATTAATCATTTTTTGACTCTAATTTAACTACTCTTAAATACAAACGGTTTGTAAATAATATGATACTTAATTTAGTAATGAAATATAAATCATTAACTAAGTATGAAAATACAATTATTAATCACATTTTATAGGTGCTAATGTCAAGAATAGAGCATTTGTAGCTGCAGTTTTAAACTGCTTACTAACATTTATTAATGTAGAGTTAATGCATAACAAATAATGAATTCACTAGATGCTAATGCTTAGTAAATGAATCATAGTGTGTAGTTATTATAAAGTGTTACCTTTACTTCTTACAAACCTGTTTGACTTTTTGTCATATGTTTACACACACATACACACACATACACGATGGCCAATTTAGTTTATCCAGTTGAACCGCCTCTGGCCACGCCCCTTCGCTGCGTGTGGTGAATGCGCGTAACCTGAAGCTAGTGATCTCACTAGCCCGGATGTATTTTTTTTTGTAGTCCCCAAACTTTGTTCGCTGTAAGCTTTGCTAAGCTAGCTTTGTAAAAGCCAGTGTCTCTCTTTACGTTGAACTTTGAGCGTCTTGCATTCAGAGATGTTGTTTATGTTCACACAGCTACATTGCACACCAACTAAAGTTTAAAATATGATATCGAAGTGGACCAAACCTTTAAAAGTGTTGTTATATGTTGTCCTCACAG
Seq C2 exon
GGATTTGGTGATCCTAGTGGAGAGCACTGGTTAGGTAATGAGGCCATTCACCTGATCACCAGTCAAGGCCAGTACTCCCTTCGAGTGGAACTGAAGGACTGGGAGGAGAACGGAGCATATGCACTGTATGACAAATTCCAGCTGACCAGTGAAAAACAGCAGTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076787:ENSDART00000156256:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(15.3=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(25.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]