DreINT0029672 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074777 | ank1b
Description
ankyrin 1, erythrocytic b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091113-6]
Coordinates
chr21:21046402-21053145:-
Coord C1 exon
chr21:21053008-21053145
Coord A exon
chr21:21046501-21053007
Coord C2 exon
chr21:21046402-21046500
Length
6507 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
GTTTTTTCTTGTACTCGCAGAAT
3' ss Score
9.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GGATTTATGTCCTTTTCTTCTCTCTCTTCCCCTCAGGCGGACGCAACGACCAGTTTCCTCCGTGCTGCACGCTCAGGTAATCTGGAAAAGGCTCTGGACCATATCAAGAATGGAATAGACATCAACATAGCCAATCAG
Seq A exon
GTGAGCAATAAAATCCATCCTGCAATCACCAGCATCCAGTGTGTGTGTGAGTGTTATTCTCATGATTTCATAAGATTAAAGATATTATTATTACTATGATTGCTACAAATATTATAAAGTATTTTTGAAGTAATTTATGTGATGGAAAAAGGGTTTTATTTATATAATTGTAGAGTTTGGGAGTATAAACTTTATGAATTTATTTAGTTTTAACATTTGTAATCTGTATTTAACCTATTAACTGTCATTCTAAATTTAAACATAAATGTGAAAATGCAACTCGACTTAAATATGTGTGATTAATGTACAGTATGCTTTGAAATACAGTCCCAAGTCTTAGAGGGCTAAGGGGTTAAAGACCTATTGCTAATTAGTTTTTAATTAAATGTAAATGGCTTTGTTAAACCCAAATACTCATAATATTTCAATTCATTTGTGGAATTTGTGGCAAAAAACTTTATTGCTAAATGCTAAAAGAGAAAATGCCACCAGTCTGCTTTAATATTTCATATAAGTTTTCGAAAAAGTAGTGTTAATACTTTAAATAGTTTTTAAATAAGTAGTTTAACTGAGTCATTTAATTTGAATAGTTTTTTGTTTTGTTTTTAGTTTAATTATGCAATTTGCAATGTTTTAGGACATTATAGTTACATTTTAAAAAAGGATTTTTGCCTAAATATTTTTAGTTGAATCTATAATGGCCTTTTTTATAGCAATACTGACTAAACATATTAAGTTAAAGTTTGTATAACTAAAAAATGGCTAAACCAGAATAACAGATTTTTTTACAGTATAAATCCCTCACTAAAGGGATCATCTTGTATCATTGTCTTTTTGTCCAACTTTTTCATTTTTTAATTCACCTTATAGCTTGCTGAATTGGTTCATGGCTAAAATGCATCATAAAGAATGAATGAAAACAATCCTTCTGCAACTAATGTGGCTGAAAAAAGTGGATGGGCACTAATTCATTGGGTTTACAGTATGTAGGAGGAAAAAACCTAGCAACCATCCAAAATATCCAAGCAACTCCATAGCAATGTGCTTAAAATAGGTATCCATACATGTGTAGAATGCAGATGCACAGTCAGCTTGCTCTCTTACTGACCTTTCCTGTATAGCTTATACAGTATATTTCATCTACACTATAAGTGTTTCAAGCTAAACTTACGGATATCTTTATAAGAGTTTAGGCTGTTTATGTCACTATGTTAAAACAAGCATTTAGTTGATTCTTAATTAGTGCTTTCTGGAGTGTTTATCACAACGACTTTTATGTTAAAAGATCAAATATAAATTTTGTTCAGCCGAAATATAAAATTCTGCCATCATTTACTGATGCACAACTTGTTCCAAACCTGTTTGAGTTTATTTCTTATGTTGAACACACAATACATACTGAAGCAGTAAAAAATCCCCCCAAAAACCTAAATACTGAATTAATGTTTTAGGCTATAGAAAAAATCTTTATCTAAACTTGTCTACTTAAAGGGTTTATAAGCCAGGTCTGGAGTCCACTGTGTGCCTTCTATTATTTTTTAAACATATAACTAAATAACTTAAATAAATAAATAAGATGACATTAAATAATATATTATGAGGGAATTTTTACAACAGTCAGTCATAACCAGAGTTGGGTGTAATGCGTTTCACAGCGTTGCTTTATTTTAATTACATTTTTGAGGACCGCAAAGTCAGTGTAACTGCGCTAATTGCATTACAAATATAGTTTTTGAAAATAGCTGCTGACGAGAGTGGTTGCTTCTATAAGTGTAAATACAGACATTATTTGGATTTCATTGAGCGTAAAAACAAAAATACTGCTGTGAAATGCAGTCTTTGTCCAGTCTCTAAAGAACTCGACTGCTTTTAACTGCAGCAACTTTTTCAAGCACTTAAATAGAAAGCATTCTACGACAACACCCAAGGAGAACACCACCACCCAAAAACACAGTGACCCAACTTGGCCTAAACAGTATCTAACAGTATCTTTTGAATGTAAAGAGAAGCATAGCTGCTCATAGGGTCGTTAACATGATGCTTCTTTTAGCGCGTGCGCTCATATTGAGAGCACATATTGCTTTCATGCAAGCATGCGCAGTCGAAAACCGCGAGTCACGTGACAAAAACTGACTGTTCAGCTTCATACTTTGTCTGGAACACAACATTTCGGTAGATTACCTCAGACAAACAGAATAACACCCAAACACTGCAGTGCTTTTTTATACTATGGATGTCAGTGGTTACTATTTTTTTTCTAAATGTCTTCTTATGTGTTAAAAAAAAGACAAACAGGATTGGAACAAGTGAATAAAGAGATAATTTTAAGTTTTGGATGAACTCTTCAGTATGAACTCTGCAAATTCTCCAAATTGAAGAGTAAGAAAAAGAAAGCAAGACATCCCTTTACTTGATCTTCCATTAATGCAAATACCATTTACAAAAGTAACCATTAGAGTCATTAGAAAAAAAATCCTTAATGTTTAGCCCTGTATAATTCTAAAATTTCATTCATAATGGTCCTAAAAAGTCTTAAATTTAACCTGAAGAAACCTGCAGAAACCCTGATCATAACATTTAGAACCACTGAATGTAAGTAAATAGTGAGACAGTTTTCGTTTTTAGGGTGAACTATCCCTTTAAACAACACACGACACACATCTCAAATAACTCCTGCAGAATTCAAAGATAACAACTTCTGAAGCGTTTTCCGTTTTGTCTGTTTCGTACATCAGACGTTCAGCCAGCGGTCTGTGGACTCACACCCGTGCCTTAAAAGCCCAGTGTCACTTTGAAGCCCATTAATAATACTGCCTAAATTCAGAAATTGCTATTTAGAGCTATAAATCCATCATCTTGTAGATCAGCATCCGCATCTGTGCATGTATTTGTTTGTCTGTTCCAGTATGTTTTTGTGTCTGTATTAACCCCCCAATGCTCCTGTGCTTGGACACTACAGCTGTGTTTACAGTGTCAATGCAGAGCTGTGTTCAATGCCCTAATCAGTAAATTGCCGTAATTAATCACGCCAGCACAGTCTTCCTCCTCTAACCCCCTCACCGGTCATGCTTTTGCACCCACTTGCATCATAACACACTCGGTGCTGCTGGCTTTAAATAGCATATTGTGGTATTTGCAGACGCGCTATGTTTGGTTTCTCAGAGACGGGTTAGTGAATGGACCTGAGCGCTTGGCTGACTTCCCGCATTGAAAAGCTCTGAAAATGAACACCCACTCTATATACTCACAGCCACACACACACACATTGACTACTACAGCAACCTTCTAACATCATGCACTGACAGAATTCCATCAGGAGTCTGTCTCCGTCTGCGATCTGCAACCCAGACTGGATTTGCGTGCGTTTTTATAGTTACGTGTTTGGGTAAACTGAAGGTATCCTTGCGCTGCGTGATGCTGATATCACAGCGTGAATGTCTCAGTGCTGTCGCAACACATTCTGTGAGGAGCTTAGACCGGGTTTGACAGTGAGACGGATTAAAGCCCTCGGCACGGATGCTTTGGGACTTGAAGTTTCAAGAATCAGCAAAACCTCCGAGCGTGTGCTTAATTTGCACCTTAGCTCAAAGGAGGTAATGGTTAATGAGATTTTTTTAGACAATTGATGGTCTCGTCCTTGTAATTTGTCTTTATTTTACAGGTGACTAACTAACGGCTGTAAACAGCGCTAGTGCTATTAAGTCTTTTCATGTGTTAACATCTAATGATGATATAGCTTATACCAATTAAATTTGATTCTTCTGTCTGCACAATAAATCAAAATAATCTCCTTCTTTTTTGAATACTTTTTTCACATGGTTGTTTCTGTGGAAAAGAATGAAAATGAAGACTGTTCATTGAAAGTCAAATCTACCAAATACATAAATGTGATTAAACAGCAAAAATCAGTCCAAAGCAGTCGAAAAATGTGGGGAAAAATGTCAATAAAGGTCGAATTTTTGCTGTTTATTCTGATGAATCCCTTACCCAAAGAGGACTGACACACTATTTAAGCTACCCTTGAGCACTTTATGTTTGATTTTGGACATAAATGTGGTTATTTTTCTTTTTGAAGCTTGAACACTTCATTGTCTTAGTTTTTTAATGACCAGATTTTCTTCAAAATCTATGTCTCATTAACTGAAAGTAATAAAGCAATGTCCTTCTAGTAAATAAGACCTTTTCTTTGTATTAAATGATAGCAGAATTGGCTATTTTTGAGTTATTTATTTAATATAGCAGTACCTTATGCTATAAATAATAATATATACACTTGTTTGCCTAACAGTACAGTTAAAACAGTAATGATAAGACATATTAATACAATTTAAAATAGCATACTTTAAAAACTGTAATTTTCTGTCTTTATTGTCACATGATCTTTCACCAATAATTTTCAATATTCTGATTTGGTGAAAATGTACGTATTACGGTATCTGTAAATATTGTTTAATCATTTTGTGGAAACCATGATATATGTTTTAATGTTTTTTTTTCATGAACTTTTTATGAAATCAACACAAGCCAACAAGTCCTTCAAAAAATCCCGTTTTGATATAATTAGATGTGTAATACACTTTATATTGTAGACAAACCCTAGAATTAGGTTCATTCTCTTTGTATTTTAGATGAATATTATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTGGCCCCTTTTGATTTTTTTCTTCTTTTTAAAATATTTCTTAAATGATGTTAAACAGACCAAGGAAATTTCCACAGTATGTCTGATAACATTTTTTTCTTCTGGAGAAAGTATTACTTGTTTTATTTTTGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTTAAAAACATTTTAAGGTCAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTTTATATTTTTTTGATAATCTACAGAACAAACCATCGTTATACAATAATTTGCTTAATTAACCTAACCTGCCTTGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCTAATTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAAT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Seq C2 exon
AATGGGCTTAACGGGTTGCATTTGGCCTCCAAAGAAGGCCATGTTAAGATGGTGCTGGAGCTGCTGCACAATGGCATTGACCTGGAGACTACGACGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074777:ENSDART00000144361:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(29.0=79.4)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(34.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]