DreINT0029698 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074777 | ank1b
Description
ankyrin 1, erythrocytic b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091113-6]
Coordinates
chr21:21002440-21005095:-
Coord C1 exon
chr21:21005011-21005095
Coord A exon
chr21:21002515-21005010
Coord C2 exon
chr21:21002440-21002514
Length
2496 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGA
5' ss Score
8.91
3' ss Seq
TTTCTTTGTCTGTGATTCAGCCG
3' ss Score
6.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGTGGGTAGCGATGATCGGCGGAGGACGTTGACTCCTCTGGCCCTGAGGGAGAGGTACAGCGCCCTGAGTGAACCTGGCCTGG
Seq A exon
GTAAGACATAGCGGCATCATGCCAGTGGTGGAGGAGCAGGGCGGCTTCTGAATGCTCTGCCCATTTCCTTGCTTCTGTTCCTCTCATGCATGGCTGTGACTGGATGCTGAGCACTGCCCTCTTTTATGAGGGTTATGCTGGGATTGCGCTCAGAGGGGCCAATACTAACGCAAACAGACTTGAGAGATAAAACGGGCCCTTGTTTTTACTGAGCGAATGAGCAGAAATGTTGCGCATGGTGCTGGTTTGATGCCAGCAGAAATACTCTTAGCATGGCAAGCTCCAGCTTTGAGAATGAGCTTTGAAAGGGAAGGACTGCTGAAAGACTGCTTGTTTTAGAGATGTTGAAGGGTTGTAGAACGTGGCTGGGAGGTTTGCGAGGTGGCCAAAACATCTTGTATCTGTCTTCATTGTTTTTCGAAGCAGATGAAGCCAGCTAATGTTTGTAGAGTGCAGATTTTGGCCAGTTGTTGGTAAGTGATGAACAATGTTACAGTTTCAGTCACTGGATGGAATCAAACATTATTCTGTTTTGGGGCATTTTAATCATATAGCGGCTGTTATATGACCATTACACAGATGTCATGTCCAGCTTTGAATGAAAATGCATCTATTAGGTACCTGTTATTAGGAGATCTTTAATGAATAGGTTACTGAACAGCTTCATTTTTTACACGCATACCATCATCATATGCAGATGAAGTCAGAATTTTTAACCCCCCTGAATTATTAGGCCCCCTGTTTATTTTCCACAATTTTTGTTTTAACGAAGAGAAGATTTTTTTAGCACATTTCTAAATTATTAGTTTTATTAACACATTTCTAATAGCTGATTTATTTCATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTAACTAGGTATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTCAAAGTAACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGACAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGTCGACTATTGAAAAAATATATAGCTCAAAAGGGGCTAATAATTTAAACCTTAAATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTCCTGTAAAAACTATATTAAAAAAAATTATTATTAAATTTTAAATAATTAATGAACGTTTGGATTTTATTATGTTATTAATGAATAAACATTTACATTTGAGATATTTAGTTTTTAATAAAGTTATTTATTCTCTACCTTTTTGCAATATTTGGTCAAAAATAAATGTAGTTTTTAAAATCTGATATTTTTAATAATGTCACTAATGAACAAAGATAAACAAGTGACTTTTTTAATCTATCAAAATTAAATCTGTCTAAACATTAACTTTCTCATTCACAAATTTGAGTTTAATACAAAGAAATTCAAGAAATGAATACTTCATTCAGCAAGGAGATTTTAAATTGATTAAATGTAGAAGTAAAACAATTACAATCTATTATTGTTATATTATAATATAATCTATTTCAAGTGATTAATTTTATTTTGATCTTTCTAATAAGCATATTAGGATCATTTCTGAAGGAAAATGCGACACTCAAATATAGCTGATGAAAAGTCTACTTTGAATCACAGGAATACATTGCATTTCTGAATATATAAAAATAAAAACACTAGTTTTATATTGTAATAATATTTCCCAATATTTTCTGATTTGATTTTATATCTTTATTAAATAAAACAGAACACAAGATTCAAAATCTAAACAAATCACACTAACCACAAAAAAAGTTAATTTTTATATATGAGGCACAAAACATCATACTGTTGATATCAGAATTATTAGCTTCCCTTTGATTATCCTTTTTTCCCCCCAAATTATGTTTAACAGTGCAAGAAAATTTTCACAGCATGTCTGATAATATTTTTTCTCCTGGAAAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGCTGGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTATAAACCATTTTAAGGTCAAAATTACAGAACAAACTATCGTTATACAATAACTTGTGTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTAACTTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTAAATGTTACAACATGTTACGTATAGTATTAAAAAATAGCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAGTTCAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAATCTTCTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGAATAATAAACAGGGGGTCTAAAAATTCAGGGGTTGTGTAATTTTGACTCTATATCAGCCAACCGTAAGTATATAGTCATATTATTACTATGATCTACACTGTATTAAATTTCTTGTTTTTGTTTTGTTTTTCAGTGAAAGCCACTATCATAAGCTGCTGTGCTATAAAAGCATTTGATCATGTGGTAATAGTGTTTTCTTTGTCTGTGATTCAG
Seq C2 exon
CCGCTGTTAATGCTATGGAGAGAACCGAGCTAAAGATCACAGTTATAGCAGAGCAGCTGGGACTGAGCTGGACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074777:ENSDART00000144361:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.069 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0053117=Death=PU(17.1=53.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]