DreINT0033631 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000068148 | arrdc1a
Description
arrestin domain containing 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030925-15]
Coordinates
chr5:28925287-28931795:-
Coord C1 exon
chr5:28931592-28931795
Coord A exon
chr5:28925398-28931591
Coord C2 exon
chr5:28925287-28925397
Length
6194 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACTTTTTACATCATAATCAGCCA
3' ss Score
2.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCGGCCACAGGACAGGTAGGCATTTCCTTTATGCCTTGTGGATCAGTTTCGCTAACCCACCTGTTCGTGGTGGAAAAGGGACATAATGGGAAAGCTTCAGGAATTCGAAATAACTTTTGATAACAACAAAACGGTTTATAGTCCTGGTGAATCTCTCACGGGGACTCTGAAAATCTCAATCGCGCAGTCCATACAATGTAAAG
Seq A exon
GTAAGACAAAAAGATCCTAATCAACGCACACCGCTGACACCCATGTTGCTTTTGTAGATTTGTTTGTTGTTCTTGCTTATAAGTTTCTAAATGAGTTAAAAGTGTTGCCCTATTTAGTTTGAGATAAATATTAGTCGTGTTGTATTAGTAACGTTAGCGTGCACGTTTAGAGGTTTTATCTTTGGCCGAGAGCTGACTGAAACTGTCGAGCGAAACTGGTGGATGTTTTATTGACATGCCAACGAGGAATACGACATAAACCACACAGAAAAAAAAACTTTAGTTTCTGCTTGAGTAACGTTAGCCTACTTCTCTTAAATTGTCCATTCAAAACATAAGCTGAGTGTACTTAAGGTCACTCACAATAATATGTTTATGATTATGTGTAACATTTAGGTTGTTTGATACAGGTGAACGAATAGTTTCGGATAACCAGGTTCCGTTGTTTAAAATACTTACTGAAAACAAAACAAGCAAGTAACTAAGGCCTAAAACCGTGTTGGAAACTGTAACGCATGGTGAGTTTTGGTGTTTATTGTTTTTCCGAAAGGCTCATTTGCATATTTATTATTTAAGCCTTTGGCAGACATTTAAACGTCTTTTAAATTGTTCAACGAAACCTTTTCATAATTTTTGGGATACTAAACATAAACACATTTTTTCTGGAACACTGGTCAGACTATTTGTTACAAAAATAAAGGTAGTAGGCCTATTTTAATCTTCTCCCAACCTGTTCATACCTGCAACTTTAACTACTATTTCAATGCTTTTCAGTAGGTTACACTTAAACCTAACATAAAAAAAAAAAAATTTCCTATACATTATTTTAATACGACAATACAAATCTGGCTCATGTAAATTGTTCAATAGGCAAAATTGAGCTTTAAAAAATCAACAAGGACTATAGGAATATTCCTATTTAAATATAAGGAATATATTTAAATAGGCCTAAAATGTGCAAGAAAATCATACAAGTACATTCAAGATGGGACGAGTTTAATTTAAGTTTAATGCATCTGTGAACTTTATAAAATTTGTAATGTTTTGTACTTTGTTCTGTTATCAAATTTATATATCTTAAAAATGAGCAGCGAGGGAGTTTTGAGGGACCATCAGCCCACATTTAATGCATTTAGATATATTGATCTATAAATAATTAGTTTTAAATAAATTGTGCATATGAACTGGCTTGTGCATACACCCATTAACCTAATATGTCCATGGTAATAAGGTGTGAGTTCGTCTAAATACATGCATGTGTAACACTATGAGTTGACATCTTTTTGTGTGTGTGTGTATATATATATAAAAGAATAACAATCAATGCGAAAGATTATATGTAATTTAAATGACATGTTTTTCACACATGCTGTGGGTTGGGCAAATATGATAAGACTCAAAATGAGTCAGAGTGCAGTCAGAATAAAAAAGAAAAAAAATTCAATAAAATCTATGAGCAGAAGTTTTGATCAGTATCTAGTGGTGTAAGTCATGTGGTTTGGGGCTGGTCTGTTGTTTGAGCTGAGATGTAGCTGAAGGAAATACTAACCCGACTGGTTTGCTGACATTTCGGAGAATAACAATTGCACGCAGCCTACAGCGTTTACAACAATAACAATTCTGTCTTGATTAAAAAATGCATTGTTTATATAACTAGTTTTTTTAACTGAGCATTTTTTACTTTCTTTTCAGGTGTATTATTCAATAGCATATTCTTTTAAATGATTAAGAAACCAGTCACTGATTGCACCCGTTTCTTTTAATATTAGTTTAGTTCAGCACCACTCATATTTTATTCAATAAGTCAGAGTTAATGATTATGATATCTTCAAATTCAGATGTTGTTGTTGCTTACTAGTTTGAAGCTAGGGTCTCTTCAGACATAATTCCCATGGTTGCTTGTGTATCTGTGGTAACATCTCTGTCTGCTAACACTGAAAGTGTGTCTACAGGGGAAACAGAGAAAGACAGAAAGTGGTGGGAAATTAAAGAACAAAAAGATCATGTATTAGTCATTATTATTCGGTTATATTTCTGTTATAGGTACGCCTAATCGAAATGTGCATATCGTGTGTGATATGCATGCCCATTTAGTATTGGGAACACTTTTAAATGCAGGACACATTTATTAATGTAATTGTAACCATAAACACACTATGAACAATGGTTGTACAGCATTTTTAAATAATAGTTCAACATTTTTACTAATGCATTATTAAAAACCAATGCCACGCTTGCTAACATTAGTTAATACACGTAAGGGAACATTAGCTAACAATGAACAACTGTGTTTTCATTTACTAACTCTAACATACATAATTTAATTCTTTATTAAAAGTATTGTTCATTGTTTGTTCATGGTAGTAAATACATTAACTAACATTAAGTGTCAACAAATGAACAGTCAACAATTGAACACAAGGCAACTGAATTCACTCAAGGACAATTGTCTACATATTTTTTTCTTTTTTTTTTTTAAATAAACAGCACATACACTACTTTATTGCTTTTTTAATTTAAGTTTTCAGAGAAATACACAGTATTAGTAGACTTGTCACTTTTACAGCTTTTCCAGTTTAAATTAGTCATTCAGGAATCAAAGAGGTACACAAATTTTTTCATGACAGTGACAGAACAACATATGCTTTTGCCTTACTGTATTTTACATCATCCATATCAAAATTATACGCAGAAGAAAACGGTGGGAATGAAAGCAATATTATTCGTAAAAATAGATATTAAAATTATATAGTAAAAATAAATTAGGTTGAATGGGAGTAATGTACTCCATGCATTTAAACCACAAGTCAACAAATGAATTTTGACTACTGCGCACTGTATGTATTTTTCTCCATAATAAATAAATTTTTCAAAACATCAATCAAATCTTGCATTTGTGCTGGATTAGATTTATACCAGCATCTAGTAATGGCTTTTATCTACTTGAAGGATGACTCTATAGATGTTTGTTTTTTCTTTCTAAAAAATTCATTGACAGCATACCTAAATTCAATGCAGTTCAATTCATCTTAATTTTTATAGCGCTTTTACAATGTAGTTTGTGTCAAAGCAGCTTAACGTAGAAGATTATAATAAATTGTAACAGTCAGTCAAATCCATTGATGCGCAGGTCCACAATAAAGTACCTCAAAGCTGAAATCAATTGGAGTATTTAAGATATTTTCTAAAATGTGATGTATCCCTTTACAAAAACTTGTAATATTAGGACATCCCTAAAATATGTGAAAATGGTTGGCGTCTTGTGATCTGCAAGGCCTCCAACAATTTTAATCTATTCGTAATAGTCTTTTTAAATTTCAGCACAGAACATTAAATGGACAAATCTGCTCTGATGTTACTCTTGGGCAAAAACACATGAAATGACACTTAACTCTCATGTAACTGTCTGAAACAAAGCATTCTGAGAACTAGAAATCCATTAGTCATTCTGTTTGCGTAATCTAATCAGTTATTGAGATTACATAACATTTGTCTTTTAAAAAGAAAGTTCACCCAAAAATGAAAATTTATTCCCCATCGATTTGGTTATAAGAGATTTAAAGAGATTATACATATATTACAGTTGAATTCAGAATTATTAGCCCCCTGAATTATTCACCCCCTGTTTATTTTTTCTCCAATTTTTGTTTAACAGTGAGAAGATTTTTTTCAACACATTTCTTAACATAATAGTTTTAACAACTCATCTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATCATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAATGCCTAATAAGGATATTAAGGTGAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGTTATTGTATAACGATGGTTTGTTTTTTAGACAATCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTTAAAGGTGCTAATAATATTGATCTTAAAATTGGTTTTAAAAAATGAAAAACTGCATTTATTCTAGCTGTAATAAAACAAATAATACCTTCTCTGGAAGATAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAAGTCCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATAATAAAAAAAATTAATAAAAATTCAAAGGGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTTACAGGAAGAAGGTCGCAGGTTCGAGCTAATAATTCTGACTTTAACTGTATATTTTGAAGAAATATTTTTGAAAAAACTGTACTGACATCCATAGTATAGAAAAAACAAATACTTTGGAAGTCAATGGTCACAGGTTTTCTAGTTTCTTCAAAATATCTTCATTTGGTTCAACAGAAGAAAGAAAATCTAACAGATTTAGTACAAGTGAAGAGTGAGTAAATGTTTTATTTTTGGGTGAACTATCCCTTCAAGTACAATGAACTTATTAAACAATATTTGAATGAAGCATTCTTGTTTCATTTAGTAAATATGACTTAGACAGTGAATTAATCTAGTCTAAATGCCGTGGCTGATGTTTCCATAATGTCTAACATGCAGAAAATAAAGCTTGTCGTGTTAAGAAGATGCGAAATAACAGCTTTTACAAACAAACCATCAATGCCTGTGATGTGTAACTAAATACTCAACGTAATGAATGCTAGTAGTCACCCATGAGGCATTTTTTTACTTGGGTGCATGGTTTTACCATTTAGTTTGACGTTTTTGTATGGCATTAATATGAAGAAATATCTCTGTAACTTAAAATTATTCCAGTTTTAGATACAATTCTAAAAAAAAAAATCTAAAACATTATTTTTTAATATTAGCAATTGTAAACAGCATTTGATGTTAAATATAATTAGAAATGAATAGTTCAGCAATCTAGTTTAAATGTTATGTCAAATTTCCGGTTTAATTCTAACATGTAAACAATGAAAAGCTTATGGTAAGTTCATACAAACCTTTATAAGGCCAGTGTTGCGCTTGAGGAAAATTATGTTGCAACATTTCTTCTGTGCACTGATGCAAATTTTGTCCTGCAGTTTGTAT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Seq C2 exon
CCATCAAAGTGAACTGCCAGGGCTTCTGTGGCGTTACCAGCAAATCAAATGACACCGATTGGACAGATGAGGAGCAGTACTTCAGCAGCTCTGTCTCAATAGCTGATAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000068148:ENSDART00000098360:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0033924=Arrestin_N=PU(24.8=82.5)
A:
NA
C2:
PF0033924=Arrestin_N=FE(27.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]