DreINT0040942 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062173 | camsap2a
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein family, member 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3016]
Coordinates
chr22:22329843-22337304:-
Coord C1 exon
chr22:22337168-22337304
Coord A exon
chr22:22329934-22337167
Coord C2 exon
chr22:22329843-22329933
Length
7234 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATCAAAGTA
5' ss Score
-25.24
3' ss Seq
TTATTTATTTATTTTACCAGAAT
3' ss Score
7.51
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATTTGCCTGAACGAGACCATGTCGCTGGCAGACAGTCTGTACAATCTCCAGCTCATCCAGGACTTCTGCAGGGAACAGCTGAACCACTGCTGCCACTTCAGTCTGGAAGACATGCTCTACGCTCACTCTTCCATC
Seq A exon
AAAGTAAGCCTGCGCATTAAACTTTGCTTTAGATTTGGTTTTAGTTGGGAGAGTTATACATCTATAGGAGAACATTAATGGGATTGTTCACCTAAAAATGTAAATTTGGTTGTAATTAACTCATCCTTGGGCCATCCAAAAAGAATGGCGGTTGATAACTGTCACTTTATGAGTCAAAAATATGTGTACAGGCAACACAAAATTAATACACATGGCTTAGGATGATACATTAAGATCTTATGGAAAAAACTAAATCGATCTGTGCAAGAAATTTAACTTTATTTATTTCTTGCACAGGCTGATTTCACTTTAAAGGACTTAAAAATGTATCATCATGAGCCATGGGTATTAATTTTGTGTTGCCTATATGTATATGTTTAAGTGAGGGGAAACTTCACTTTTCTTGGAAATTGTACAACTCATCTAGTGTTGAACAATTGTGTTTTAATTTACTTAAAAATTATCAAATTTTAAGTTACAAATGGTCTAATCTGATTCAATGATCAAAGCTAAGCTAGCCATTGACCTAAATTTTATAATCACCAAGAACCACAGTTTTAGTAAAAATCTTTAATGTTTAAGTGAAGATATAAAAAATCTTAGATTGTTCCTGTTCCTTGAAAATTTCCTGTTTTGTCTTCCATTTTTTGCTTTTAAATGACTAAAACATTAAATTCTTTTTTTTTCTGTACACATCCTTGTGTTCCAACCTAATAAACTAAATAAGGTATTTTAATGAAACCTGACATGTTTTATCTTATTAAAATACTTTTAAAACAAAATTAGAAACAACATGGAGTTGAGTAAATGATGAAAAACGGCTCGTGTTTAGTGAACTAACCCTTTAAATAACCTTTATTCATTGCCTTCGAATTGTTGTATGTACCATTCGTTGACACATTTTTCTCACATAAACTCTTATGAAAGTATGCATTTTGGATAATAGAAAGCGAAGAGCATGAGGCTTGCTTTTAAACACTGTTTTTAGAGTCTCCCAATGGAAACAGATCCTCCATAGACTGACAGTTGACTAAAACATTCTGAGAATCACCCAGAAAATATTTCAGTATAGTAATCAAGGTTTGTGAGATAAGCCAGTGTGTAGGATCTAGGGTTGTTAAAAGTATTGACTTGGTTACCCATGTAGAGGGATGGGCAAAAATACATTAAAATGTATATTAAAATAAAATACAAAATACCTCAATTTTAAGTGTATCAAAATAAACTACAAAATACAGCAGCCACAACATGTATGAAAAATAAAATACTGTGTTTTTGTATTTTGAAAATAATGTAAATGCAACTTGTGTTTCTCTTTAATTTTAATATAGTTTTTTTGTACAATTTTCATACAGAAAATATGAAGATGTTGAAGATGATCCCTTTAATCACTGTAAAAGTCATTTAGTGCAGATAATGAGTTGGAATATTATACTATATCACTTGATTGTGAAAATTGCCACCATGTCTTAAAAGTCTTTTAAAGCACTTGACATCTTCAATACTCAAAAAAAAAATCACGATTTCTGAAAACTACGAAAATCTCCAGTTTTAGTCATTCTATATTGTTTTGCAATTGTACTGTTCAATGCACAATATAAAATATACACTGTACTGTACATGAAATATACAAAAAGACATTTACAACACTATCATAGATGTAATTATAACGTTATAACAATGTAATTATAATGCTATAACATGTAAAATACAGTGTTATTACATATTAATTATAATGTAGTTACATCCAAATTAAAAATTTTGTAATTACATATTCACTGCGTATATATACATATAAATACACAAATACTGTACATGAAACATACAAAGCAACATTTAAAGTTATAAACATTATCTAGGATGTAATAACATGTAATTGCAATGTACAGACAGAGTAATTTCACTCTAGATAAACGTTTGTTATTACATGTGTGCTGTGTATATTTACATATAGAGATATAAATAACCAAATGCTACACGTGCAATATGCAAAGAAATATTTACATTTATAAATATTATCTCAGACGTAACAACAATTTAACGACATAGTAATTACATCCAAACTAAAAGTTTGTAATTACATGTTACATGTGTACTGTGTATATTTATGTATAACTTTAATTTACAAATACTGTACATGAAATATACAAAAACACGTTTACATTTTTATAAATTGTCTTGGATGTAACAGCAAGAGTAGTTACAATGTAACAACACAGTAATTACATACAAGATAAAAGTTTATAATTACATATTACATATATGTGTACTGTGTACATTTAATAATAAACTATAAATACACACTGTACTTGAAATATTCAAAGAAACACATTGATATTATTACCTGAAATGTAATTACAATGTAACATGTATGCAAATCCAAATATGGATTGTGAGTCCCACTTTTAATTAAGTGTCCTAAACTACTATGTACTTGCATAATGTACTTAATGTGTTCATAATGTATTTGAGGACACCTGTGCTGCTCTTGAGTTGGGATAGGGGTTGGGTTATGGACTGGTTTTGTGGTGTGGGTAGGTTTAAGGGTGGGTTAAGGTGTAGGGAATGGTCAGCAGTGTATTTACAAATGTAATTAAAGAATTTAATTACAGATGTAGTTACATACAGGTATTTAATCAAGCACAAGTACACAATAAATACATGTATTTACACAATAAGTACATTGTAACAAACTATTAATTCCTTTGTGAGAACATATTAGTTAAGGCCACTTAATATAAAGTGAGACCGGATTGTGTATATATACATAAATAACTATAAATACACAAATACAGTGCATGAAATATGCAAAGAAACATTTACATTTATAAATATTAGCTTAGATGTAACTACAATATATTTACAATGTAATGACAATAATTACACACACGTACAAACATGTTTATAAATCAAAATTAAAGTTTGTAATTGCATATTACATGTACATATGTATGTATATAAGTATAAATACATACTGTACATGAAATATACAAACATGTTTGTAAATCTTGTAATTTACAATGTAATCACAATGTAAAGACATAGTGGATACATCCTAAATAAAAGTTTGTAATTACATACGTACTGTGTGTGTGTACATACATACATACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGAGCAATGTAATTACAATGTATTGACATAATAAAGTTTATAATTACAAGTGTGCTGTAAATATTTACGTATACAACTATAAATTACCAAATACTGCACATGTAATATAAAAAAATAAACAGTTACATTTATAAATATTATCTTGGATGTAACTAATATGTAATTGCAATGTAATGATACAGCAGTTGCACACAAGATAAAAGTTTGTAATTTTGTATTACATCTCTGATGTATTTACAATGTAATTACAATGTCATTACATCCAAAACCAAAGATTGTACTTACATATCATCACCTTAGAAATATAAGGTTCTATCTGTGTTCTAAATGATTTTGAGATGTTGAGCTTCAAAGATTTGCATTCCATATAGCAAACACTATGCGCATAACAGTTCTCTTTCATACATTAACATGACAGAGACCATAAATGTCCTCTAAATGTAAATTTTCTAAACTTTCTTCCATTTGGGAGCAAACAGGGAGCAAAATGCAGATGCTTGGAAATTCTTAAAATGTAAATAACTTATACAGAAATATCACATAATGTAAATAAGTTTATATAAATAAAAATAAGTCATTTAATAAGAATATGTCAATAACTCAATTTTGAAAAAAATGTCCGATAGAACCTTATAGTATTAAGGTGATGATATCTAAAAAATAAATAAATAAAACTTGAGTTGGATGTTTTGACCAGTCTGTAGACTGGACTATTCAATATTTTTGTCTCATAATGATTACTGTCAAAGTTAAGTGCACCTGCAGAACAGCTACTGGCATTTGAGACAATCAATGAAGTATTGTGGTTTATCTTATTTTCCTGTGTTATTTTGATTTACTCCTGAATCTACTTCTACTATCTGTCTGTTACTTTCTTTATATGTGATGCAAAATTTCCATCCATACTCCAAGCACTGATCAACTTCTTCAGTATTCTTCAATTTTCTAGTCTTATCTTAAGCCTTGGCAAATAACTGAGAAAGCACCAATGTAGACTTCTTACAATGTATTTTACAGTATTTAAAAAAATAAACACACAACACTAAGTTTATTTTTTCTGTATCTATTTTATAGCTAGTGCATCAAAGGGTTAAAATACATATTTGAAATACATGCATCACTGCCCATCCCTGCCCATGTAGACGTGGCTTTCAAATGCTTCAGTGTCCATGTAAATATGTTTGCGCTTGGTGAACAGTGGTGAAGCAATATCCTTTAGAGCCAATCTCAGTCCTCTCAGCGCTCAAAGGTTAGCAGGAAATTGACATTTTTTTGCATTTCATTATTGAATGGTAGTAAAGTCAATACTATTGACAACCCTAGGATCTCGATAGAATTGCTTTACCAAGAAGCCTAAATGGTTCTATTAAAAAGGAATTGACTTGTTTTGTGAAATATCTCTCAAGGCCATCAAATATTTTTTTGGTTTTATAAAAACTTTTGTGTGCTACATGCTGTCAAACTGGAGCACTTTATTGCTTCTCTAGTTATTAAATGACTCCATTGATTGAGATCAGATGGAAGAGAACACTGTTTTTTCTTTTTTTCTGAATGTTATGTCGTGATGCCTTTGATCTCAAACCTCTCTGGATTGTATAGAAAGAACATCTGCTGCAAAAAATTCAGTCGTGAAGATGTTCTTGAAAGACAGGAACTGCATAAGATGGAAAGGTTTGGTTCATTGGCAGGACAATGTTGTGATGTAGTTGCCAGTCACAGCAGATTTGGAAACTTTGCCACACTTGTAAACCACAAAGAGGCCACAGT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Seq C2 exon
AATAACTATCTTGTGTTTATGGCTGAGCTCTTCTGGTGGTTCGAGGTTGTTAAGCCGCCATTCGTTCAGCCTCAGGTGTTGGACACTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062173:ENSDART00000142947:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.032
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF119713=CAMSAP_CH=PD(51.2=91.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]