GgaINT0036846 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002145 | CAMSAP2
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein family, member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29188]
Coordinates
chr8:1379122-1384240:-
Coord C1 exon
chr8:1384101-1384240
Coord A exon
chr8:1379216-1384100
Coord C2 exon
chr8:1379122-1379215
Length
4885 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TTGCATTCTTTTTCCTGTAGAGT
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTTGTTTGAAAGAGACAATGTCTTTGGCTGACAGCCTTTATAACCTACAGTTGATTCAAGAGTTTTGTCAGGAATACCTTAACCAGTGTTGCCATTTCAGTCTTGAAGATATGCTCTATGCAGCCTCCTCAGTAAAG
Seq A exon
GTAAAAAATTGAAAATTAAATACTTAGAAAATGTAAGCAGTGTCCACAGGGCTGTTTTTTCTAGTAGTATAATCAAGCCTTTTGATGTGCTGCTGTATGGCTGAGTGGTACAACAAGCACTGAATTTCAGCAGGATGTAAAACTGCTTTATTTTGGCAACGATGTTGTAGTAATTTTAAGCTATTTTCAAAAGAATACGTATATGCTAACTTTGATTTGTGCAACATGATTTCACACTTTCTTCTTTCTTACTGTTGGTTAAAATGTGAAGTAGCAGTCTGCATTACTTTTAATTTATAACACACAAAAGCTCAAAATTTTGAGTTCATGCAATTATTGCTCATTCTCCTTATTCATTTGTGTCTACAGTAATTTCACGGGTTTTGAACCTTAAAGATTTTTTTACTTTGGTAAATGTGCTCTGTTCTGTATGTTCTTTGTTGCTTTTCAGGTTTTGCTCTCGAGTTAATTTGAGTGGAAAATACAAGCAGGGACACAGGTCCAAATACCATTTTTTTTTAAACAAGCAACTAAGCATTTTTTGTCGTTCTAAGATTCTTATCTTTTCCAAAGGTTAAAATCATTTGGTTATCCTATCATTTTTAAACAGTGTGGAAAGTCAGAGTAATTGATTGATTTCTTGTCTGATTGTAATTTCAGTTCTTTATCACTGTGTTTTTCTAAGGTAGTTTTTTCTGTATAAATGCTCCTTATTTGCTTAAGATTCCTGTTGGCCTGCCTTTAGGGAAACAAATATTTTTAATGGAGTCAGCATATCCATTGCAGATGGTCTGTAATTGGTTTCTGAGTATCTGGGTCATTTCACTGCTTTTTATGATTTCTGCAGCACTCTGACAAGCTGAGTCACAGAGGCCAGAGTCTGAATACAGACTGCTTTGTTGTCTCCTGTAGGGTTGAACCCAATCCTTTTCAAATAAGTAATAAGCTGCCAGGATGAGTAAGGGCAGCAGGACCAGCCCCTCTAAGTCTAGACTGCTTTGCCATTGCTGTTTTTGTGTATGCAAAGCTGTCTAGTGACTGCTTTCAGTCAGCTTTTGGTGTTTTTAAATTGCATATGAAGTAATTTACCTACATACTTGTAACATGTCTGTTGTATTGCAGCCTCTCTTGTCTCTGGTTTCCCATGTGGTCCTACAGGTACACTGGAAGATACTGGTTTGAATTAGATCACAAACCAGTATAAAGTAAGAAGCTTAGTTTAAATGTTTTGTCAATATCCCAATGCATCATTTTTAACTCTTCTAATATGCTACAGGCTCAGTAATTTTGCTGTTTCTGAACAGTGTTTTCAGAGGGAATTTAGAGTTCCTTCAAAGATTTAGAGTATTTCTAGAACTGAGAAGGGCCTTTTGTGACCATGTTTTTACAAGTTGCTGTGGTGTGCATACTTATTTAGATGTAAATTCTACAGAGTTGGACTGCCAAGTTTTTCTTTTAAACCTTGACATGGAAACTTTGGCTAGTGCTATAAACTGTTTTTCCAGTGTCAAGTATAATTTACTTTCAAAATAAATGCACAGTTCAAGGAGCTCTTTATAAGCTTTCCAGTGCATCTGTTTAGAGGGGGTTTAAAGAAATGTATATATTCCCCAAAGAATTTTATTCTAACTTGGAAAAAATTAGTCACCCAAATAGGTGTTTTAAATAGTACACATTGAATTAAACTGGTCTACAAAATTTATATACTTTGGAGTTTTAGGATTTTTAGCATTGTGCTTTCAGGTGTCAATCAACAAAAATTTCTCTTTATTTTCAGGGTGACTCATAGTGTTCAGTAGGTGGCACTATGACACTTCTTGTGTAAAAGTCTGTTACACTCTTAATGGTGCCAGAAATAACACAAAAGAATCAAACCACTGATATGTTGCTGGAAAAAGCTTCAAGAAAAAAAATTGAGTTCTTGGTACAACAGTGTTTGCCTTAGGGAACTGCACTAGGTGTCCTGACTTGGTGCTATGTGGTCAAGCACAAAGAGCATAGCACGCGCTCTTTGATGGAGTCAGTGTGAGATGCATCACAATACAAGACACCTATGTGAAGTAGTTGGTGACTTTGCTAACAACAGGAGTAGAAGATACCATGAGCACTGCGTCCTCTGTGATATGAAAAGAATGTTGGTTGTATATATTGCATAGGTTAATCCTAGAAATTAAGGACTGGGCTTCATCCAGTAGTGCTGTGCAGCTTTCCCTCCTCTCAAGGCAGCAGTGGAGATCAGGCTGCTGTCCTGTGTAAGCCTATGTAGGTGTGCATCTGGGCTCTGTAAGGACCCAGAAGAGCAGCTGGCTGTGCTTGGTGAGGCACTTGGAGATGGATGGAGAGGGTAGCACAGGGACTACCTTCCCATCGGGCTGGTTTAAAAGGAGTGGCGATGAGGAGTGAAAAGGAAGGTTCAACCAGTGAATGGTTCAAGGGATTTCCCTCCCAGGAGGGACTAAACCCTCCTCAGTCGTTATTTGAAGGGAAGTAGTGGGTGTTAGTTGGCTGGTTGTCCTGCTTCTTTGTTCTAATCTGGAAATAAGGCATACTGGAAACTTCAACTTGAATTGTTGTTGCATTTGTTAACCTGTAGTGGGACATTTGGCAAACATGTAGAACATGGGCTTCATGCAGAAGGGCCTTTTCCACAGAGTTTAAAACAATCCAGTTCTCCTTGGTCCTGATGCATTTGTAATGACACTTTACAACATGCCAACTACAGATTGGAATTTGAGGTAGCAGACTTCTCGTACTTCTGGCCTACAAAGCAGAGATCTTGACGTGCATTGTGATTTGAGTTTTATAGTGTCCTTTTATGTACATTTTGAGAAAATTCCTAATGTATCTATGGCTGCTTTTCCAATCAAATTTATTGGGTTCTAATCAGATTATAAGCAATCTGTGTGCTTTGTGTATATGAACTTGTAGTTGTTCTCCAAATGCGCGTATCCAAAACCTATGAGTATTACAAGGGATGTAGCTTAATTTGAGTGGCAAGATGTACTATTTCTGTTTTCCATAATTTCCATGGTGTATGTTGAGAATTGAGATATGCAAGAGGAAATTTCTTTTTAATGTACATTTTCACAAAACAAGCTGATTTGTCTTCCTTTGCAGAAGCAAGTATTGGCTTTAGACCTTACATTAAAAATAGGGCATCTTTTCAAAAGATCTTCCAATAGCAGAAGATACAGTAGCAAAAACGCAGCTACTAATATATCTTACTGCATGCAGCTAATGCCCAGTCTGCAAACAGGGTGGAAATATAAAACTGAAAAAGTGACATCAGATGGTTGTAGCGTATGTGAAGCTGCGAGTCTACTGTCTGCTGAACAGTGTTGTCAGCCTGTGTTCAGAGCTTAGTTGCGGACGGTTGTTTTAACTACTGAAATAGTTAGAAATAGAAATACTACTATTATGTTTCTGAAAGTTCTGTGTGAAAGCACATGTAGTAATGATATAAGAAGCTAATAAAACTTAAGTTGGCATGATCAAGGCAAAATCTGTAGAAATAATACCTGCGTTCCTTCCAGCACTGGCAAGCAGGGTCATTACAGGCCCACAATTAGTTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAACCACCAAATTAAGCTATTGATCATCTGTCTTATCCATGGATAATGATTAATATAGTTTTCTGACTACAAATAACATGAGGGGGAATGTGTTTTCCATCATGATACTTCATCACAAAACATGAATGTAGCCTGAGTTGTAATTGAGCTGTGCAGCCAACACTTTCACTTTGCTTTGGGAAGTACCACTTTGGGTTATGGGAAAACAAGCTTTATTTCAGCAACTCAGGACTGCATAGAAAATACTTTCAGAAGAAATAACTGAGTCCTTCATAGAACAGCTGTGCTATTCAGTGCAGCATCTCTACATAAAAATAAGAATTAACCTATTGGAATAGAATACTACTTGAGATGGGAACAAAGCTATGATTAGAACATTTTATAATTATTTTCAGAGTAAGAGTTATTTCAAGTTAAAACTGTACAAGTTTGAGGGGAAGGAAGGCTGAAGGTATTAATGGATGGCATAGAAACTGTAACACTGCAGACGTTTTGTCTGAAAAGTAGATATCATTTTTCTGTTTGTATATTCTTTTCTGGTTGTATCAGAATGCTACAGTTAGCATTTAGCTTGCACATAAAAGGTTTTGCTATGCATCTTTTCTCATTCCATTTCTATTGTGCTGAACAATCCGATGTAGTGTTTTTCCTGGTCTGTTCATAGCCTGTCTTTAATAACTGTGGCAACATCTGGCTGATCCCTTCACTGTCTACTAAACTACATGAGCAGCTTTCATTCTGAGAGCATCCCTCCTCTGAAGTGGAGGCTTATCTGTATTAGAAATGTCCAGGAAAAATAAATCTGAATCTAAGTTGTCAGATATTTTAAATTACGTTTTGTAACTCAGTGATACAGAGTTGAGATCATTTCATTTATTATTAAACATTTCTTTTTTAAATCTTAGCTTATTTGATAAAGATATTCTTATGCCTAACGTGTGTAATTTTTTTCTGTAATAAATTGACATTCCATTTAGTGTGTTTGTCAGGTGTTCACTTGCAGTCCAAAACTTGGTTTCTTTCTGCTTTAGAACATAGCTGCTAGCTGGGGGATTGGCAGCAGAAAGCTTACAGACCTTACAGTCATAGATACCCAAACGGTTCTGATCTGGTCGAGTTAGGGTTGTTAGATAGGTGGTACTACAGGTCACCATTACTCACTGTGTTTTTTAAGAAAGTGATAGCTATGTGAATGTAAACTGGATGGAACAGAGATATTCTAAACACTGTTTATTCTCTTTGCTTGCAGTTAAGGGTTGTGTTTTAACATACATTTCTTGCATTCTTTTTCCTGTAG
Seq C2 exon
AGTAACTACATGGTGTTCATGGCAGAACTGTTCTGGTGGTTTGAAGTGGTGAAACCATCATTTGTACAACCTCGTGTTGTTGGGCATCCCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002145:ENSGALT00000003364:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=FE(29.1=100)
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=PD(8.9=43.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]