GgaINT0036846 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002145 | CAMSAP2
Description
NA
Coordinates
chr8:1390112-1395230:-
Coord C1 exon
chr8:1395091-1395230
Coord A exon
chr8:1390206-1395090
Coord C2 exon
chr8:1390112-1390205
Length
4885 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TTGCATTCTTTTTCCTGTAGAGT
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTTGTTTGAAAGAGACAATGTCTTTGGCTGACAGCCTTTATAACCTACAGTTGATTCAAGAGTTTTGTCAGGAATACCTTAACCAGTGTTGCCATTTCAGTCTTGAAGATATGCTCTATGCAGCCTCCTCAGTAAAG
Seq A exon
GTAAAAAATTGAAAATTAAATACTTAGAAAATGTAAGCAGTGTCCACAGGGCTGTTTTTTCTAGTAGTATAATCAAGCCTTTTGATGTGCTGCTGTATGGCTGAGTGGTACAACAAGCACTGAATTTCAGCAGGATGTAAAACTGCTTTATTTTGGCAACGATGTTGTAGTAATTTTAAGCTATTTTCAAAAGAATACGTATATGCTAACTTTGATTTGTGCAACATGATTTCACACTTTCTTCTTTCTTACTGTTGGTTAAAATGTGAAGTAGCAGTCTGCATTACTTTTAATTTATAACACACAAAAGCTCAAAATTTTGAGTTCATGCAATTATTGCTCATTCTCCTTATTCATTTGTGTCTACAGTAATTTCACGGGTTTTGAACCTTAAAGATTTTTTTACTTTGGTAAATGTGCTCTGTTCTGTATGTTCTTTGTTGCTTTTCAGGTTTTGCTCTCGAGTTAATTTGAGTGGAAAATACAAGCAGGGACACAGGTCCAAATACCATTTTTTTTTAAACAAGCAACTAAGCATTTTTTGTCGTTCTAAGATTCTTATCTTTTCCAAAGGTTAAAATCATTTGGTTATCCTATCATTTTTAAACAGTGTGGAAAGTCAGAGTAATTGATTGATTTCTTGTCTGATTGTAATTTCAGTTCTTTATCACTGTGTTTTTCTAAGGTAGTTTTTTCTGTATAAATGCTCCTTATTTGCTTAAGATTCCTGTTGGCCTGCCTTTAGGGAAACAAATATTTTTAATGGAGTCAGCATATCCATTGCAGATGGTCTGTAATTGGTTTCTGAGTATCTGGGTCATTTCACTGCTTTTTATGATTTCTGCAGCACTCTGACAAGCTGAGTCACAGAGGCCAGAGTCTGAATACAGACTGCTTTGTTGTCTCCTGTAGGGTTGAACCCAATCCTTTTCAAATAAGTAATAAGCTGCCAGGATGAGTAAGGGCAGCAGGACCAGCCCCTCTAAGTCTAGACTGCTTTGCCATTGCTGTTTTTGTGTATGCAAAGCTGTCTAGTGACTGCTTTCAGTCAGCTTTTGGTGTTTTTAAATTGCATATGAAGTAATTTACCTACATACTTGTAACATGTCTGTTGTATTGCAGCCTCTCTTGTCTCTGGTTTCCCATGTGGTCCTACAGGTACACTGGAAGATACTGGTTTGAATTAGATCACAAACCAGTATAAAGTAAGAAGCTTAGTTTAAATGTTTTGTCAATATCCCAATGCATCATTTTTAACTCTTCTAATATGCTACAGGCTCAGTAATTTTGCTGTTTCTGAACAGTGTTTTCAGAGGGAATTTAGAGTTCCTTCAAAGATTTAGAGTATTTCTAGAACTGAGAAGGGCCTTTTGTGACCATGTTTTTACAAGTTGCTGTGGTGTGCATACTTATTTAGATGTAAATTCTACAGAGTTGGACTGCCAAGTTTTTCTTTTAAACCTTGACATGGAAACTTTGGCTAGTGCTATAAACTGTTTTTCCAGTGTCAAGTATAATTTACTTTCAAAATAAATGCACAGTTCAAGGAGCTCTTTATAAGCTTTCCAGTGCATCTGTTTAGAGGGGGTTTAAAGAAATGTATATATTCCCCAAAGAATTTTATTCTAACTTGGAAAAAATTAGTCACCCAAATAGGTGTTTTAAATAGTACACATTGAATTAAACTGGTCTACAAAATTTATATACTTTGGAGTTTTAGGATTTTTAGCATTGTGCTTTCAGGTGTCAATCAACAAAAATTTCTCTTTATTTTCAGGGTGACTCATAGTGTTCAGTAGGTGGCACTATGACACTTCTTGTGTAAAAGTCTGTTACACTCTTAATGGTGCCAGAAATAACACAAAAGAATCAAACCACTGATATGTTGCTGGAAAAAGCTTCAAGAAAAAAAATTGAGTTCTTGGTACAACAGTGTTTGCCTTAGGGAACTGCACTAGGTGTCCTGACTTGGTGCTATGTGGTCAAGCACAAAGAGCATAGCACGCGCTCTTTGATGGAGTCAGTGTGAGATGCATCACAATACAAGACACCTATGTGAAGTAGTTGGTGACTTTGCTAACAACAGGAGTAGAAGATACCATGAGCACTGCGTCCTCTGTGATATGAAAAGAATGTTGGTTGTATATATTGCATAGGTTAATCCTAGAAATTAAGGACTGGGCTTCATCCAGTAGTGCTGTGCAGCTTTCCCTCCTCTCAAGGCAGCAGTGGAGATCAGGCTGCTGTCCTGTGTAAGCCTATGTAGGTGTGCATCTGGGCTCTGTAAGGACCCAGAAGAGCAGCTGGCTGTGCTTGGTGAGGCACTTGGAGATGGATGGAGAGGGTAGCACAGGGACTACCTTCCCATCGGGCTGGTTTAAAAGGAGTGGCGATGAGGAGTGAAAAGGAAGGTTCAACCAGTGAATGGTTCAAGGGATTTCCCTCCCAGGAGGGACTAAACCCTCCTCAGTCGTTATTTGAAGGGAAGTAGTGGGTGTTAGTTGGCTGGTTGTCCTGCTTCTTTGTTCTAATCTGGAAATAAGGCATACTGGAAACTTCAACTTGAATTGTTGTTGCATTTGTTAACCTGTAGTGGGACATTTGGCAAACATGTAGAACATGGGCTTCATGCAGAAGGGCCTTTTCCACAGAGTTTAAAACAATCCAGTTCTCCTTGGTCCTGATGCATTTGTAATGACACTTTACAACATGCCAACTACAGATTGGAATTTGAGGTAGCAGACTTCTCGTACTTCTGGCCTACAAAGCAGAGATCTTGACGTGCATTGTGATTTGAGTTTTATAGTGTCCTTTTATGTACATTTTGAGAAAATTCCTAATGTATCTATGGCTGCTTTTCCAATCAAATTTATTGGGTTCTAATCAGATTATAAGCAATCTGTGTGCTTTGTGTATATGAACTTGTAGTTGTTCTCCAAATGCGCGTATCCAAAACCTATGAGTATTACAAGGGATGTAGCTTAATTTGAGTGGCAAGATGTACTATTTCTGTTTTCCATAATTTCCATGGTGTATGTTGAGAATTGAGATATGCAAGAGGAAATTTCTTTTTAATGTACATTTTCACAAAACAAGCTGATTTGTCTTCCTTTGCAGAAGCAAGTATTGGCTTTAGACCTTACATTAAAAATAGGGCATCTTTTCAAAAGATCTTCCAATAGCAGAAGATACAGTAGCAAAAACGCAGCTACTAATATATCTTACTGCATGCAGCTAATGCCCAGTCTGCAAACAGGGTGGAAATATAAAACTGAAAAAGTGACATCAGATGGTTGTAGCGTATGTGAAGCTGCGAGTCTACTGTCTGCTGAACAGTGTTGTCAGCCTGTGTTCAGAGCTTAGTTGCGGACGGTTGTTTTAACTACTGAAATAGTTAGAAATAGAAATACTACTATTATGTTTCTGAAAGTTCTGTGTGAAAGCACATGTAGTAATGATATAAGAAGCTAATAAAACTTAAGTTGGCATGATCAAGGCAAAATCTGTAGAAATAATACCTGCGTTCCTTCCAGCACTGGCAAGCAGGGTCATTACAGGCCCACAATTAGTTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAACCACCAAATTAAGCTATTGATCATCTGTCTTATCCATGGATAATGATTAATATAGTTTTCTGACTACAAATAACATGAGGGGGAATGTGTTTTCCATCATGATACTTCATCACAAAACATGAATGTAGCCTGAGTTGTAATTGAGCTGTGCAGCCAACACTTTCACTTTGCTTTGGGAAGTACCACTTTGGGTTATGGGAAAACAAGCTTTATTTCAGCAACTCAGGACTGCATAGAAAATACTTTCAGAAGAAATAACTGAGTCCTTCATAGAACAGCTGTGCTATTCAGTGCAGCATCTCTACATAAAAATAAGAATTAACCTATTGGAATAGAATACTACTTGAGATGGGAACAAAGCTATGATTAGAACATTTTATAATTATTTTCAGAGTAAGAGTTATTTCAAGTTAAAACTGTACAAGTTTGAGGGGAAGGAAGGCTGAAGGTATTAATGGATGGCATAGAAACTGTAACACTGCAGACGTTTTGTCTGAAAAGTAGATATCATTTTTCTGTTTGTATATTCTTTTCTGGTTGTATCAGAATGCTACAGTTAGCATTTAGCTTGCACATAAAAGGTTTTGCTATGCATCTTTTCTCATTCCATTTCTATTGTGCTGAACAATCCGATGTAGTGTTTTTCCTGGTCTGTTCATAGCCTGTCTTTAATAACTGTGGCAACATCTGGCTGATCCCTTCACTGTCTACTAAACTACATGAGCAGCTTTCATTCTGAGAGCATCCCTCCTCTGAAGTGGAGGCTTATCTGTATTAGAAATGTCCAGGAAAAATAAATCTGAATCTAAGTTGTCAGATATTTTAAATTACGTTTTGTAACTCAGTGATACAGAGTTGAGATCATTTCATTTATTATTAAACATTTCTTTTTTAAATCTTAGCTTATTTGATAAAGATATTCTTATGCCTAACGTGTGTAATTTTTTTCTGTAATAAATTGACATTCCATTTAGTGTGTTTGTCAGGTGTTCACTTGCAGTCCAAAACTTGGTTTCTTTCTGCTTTAGAACATAGCTGCTAGCTGGGGGATTGGCAGCAGAAAGCTTACAGACCTTACAGTCATAGATACCCAAACGGTTCTGATCTGGTCGAGTTAGGGTTGTTAGATAGGTGGTACTACAGGTCACCATTACTCACTGTGTTTTTTAAGAAAGTGATAGCTATGTGAATGTAAACTGGATGGAACAGAGATATTCTAAACACTGTTTATTCTCTTTGCTTGCAGTTAAGGGTTGTGTTTTAACATACATTTCTTGCATTCTTTTTCCTGTAG
Seq C2 exon
AGTAACTACATGGTGTTCATGGCAGAACTGTTCTGGTGGTTTGAAGTGGTGAAACCATCATTTGTACAACCTCGTGTTGTTGGGCATCCCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002145:ENSGALT00000003364:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=FE(29.1=100)
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=PD(8.9=43.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]