DreINT0043784 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104283 | cdc42bpaa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-120727-12]
Coordinates
chr17:8219223-8252056:+
Coord C1 exon
chr17:8219223-8219371
Coord A exon
chr17:8219372-8251960
Coord C2 exon
chr17:8251961-8252056
Length
32589 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
TTCTGTTTTCTCTCTGACAGAGA
3' ss Score
9.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(31.6=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PD(20.0=93.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]