DreINT0043813 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019383 | cdc42bpb
Description
CDC42 binding protein kinase beta (DMPK-like) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3647]
Coordinates
chr20:18492277-18495997:-
Coord C1 exon
chr20:18495927-18495997
Coord A exon
chr20:18493929-18495926
Coord C2 exon
chr20:18492277-18493928
Length
1998 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGG
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
ACCTGGTCTTTCCTCTGTAGCCC
3' ss Score
9.79
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGGGGAGACTTCGGAGGAGCAGGGTCGTCCCGCAGTATTTCTGATCAGGATCAAGACTACGAGCGAGAG
Seq A exon
GTAAGGACGCCCCTCAGGATATCAAATATAGATTCTTTTATTCGTCCTACTTTCTGAAAGCTGTCTGAGATGCATGATGGATGGTGAGAGGAGACTTGAGGTGCTTTGGATACTCTGTTTTCTTGTGTCCTGATTTTCGTGCTCTGTTATAACTGCTCCAGTTCTCACAGTGATGCAGACTACAGCTTTAGAGCTGAGCGATTAATCAAGGGATTAAGTGATTGAAATCGACATTCAGAACCTATAATCGATCAAATTTGTCCGGGACGATTTTTTCAATTACTTTCTCTATCGCGTGTGGAGTCACGTGACCCCGCTCTGTTAAACTTTTTTTATACTTCTGCAGCCACATCTGATCTCTGGTCTAATTGGACGATGGGCCCATTCCTTAATGTTTACTTTGCACTACTTTGACGCTGTGCCAGAGATGCCTTAAGAAGGCAAATTATCCATTACATTAAAATTATTATTTACATGAAAATTTTTGCTTACAGAAGATGCAGGAAATGCACTGTTTAAAATATCATTTACAGGGTATACAGGAGTTATTTTATATTTTAAGAGATGCTGCTTATTTTCTACTTTTAATATGAAACACACTCAGAATAATTAAGTTTATTTTCAAAAGTGCAATTTATTTATCTTCAGAAAAAAATGACAGTGGGTATTTAGGCAATGTGTTTTTAATTTCAGTTGTTCAATGTTGATGTAAATAATCATAGATGGTAGATGTGTTTTACCTTCAATTATTTTAAAATGAAGTGATGCACCTTTTACTTAAAAGTCTCTCACTTGTAAAATGTGAACATATTTGCGGTACAAACCTTTTAGTGAACTATGAGGGCAAAAAAATGTATGAATAATTAAATAATTGTTTGTTAATCGTAATCAGGTTAAAAATTTCAATTTTAAATTTCAAGATTTTTATTTTAGGCCGAATCGCCCAACCCTGTTAAGCAGTCTTTAAGTACTATTTACGTACTTTTATAGTAACGTTTTTGGTTTTATCTTTTATGCTTCCATTTTCTAAGATTTAATAATTATAAATGATAAATTAGTTGCGTTTGAATTTCAACACTTCTGTTTGTCGCAATTTTTTCCGTTTTATGCAGTATTTGACCTCATGTAGCTTCATTTTTGTTGTTTCCTTGGGTTTTTTTCTTTTTGCAATCAAACTTATTTTTATTAATTGTTCAGGTTAATTCTGGGATCCATTCATCAGCTAATGTTGTTTATATTTCTATTTTATTAATTTTCATTTTAAATATTTTTTTTTATAGTTTTGTTAAATTTAATACTCATAATATTTCAACTTAAAGGGCACCTGTGATGAAGATTATATATTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTGTGTGTAGGTATAGTGTGTCCACAGTCTTATTGGGGTGAAATAAACACAATAAGTCTCTCTTTAATTTGCTGACATTAAAATAGGATCCAAATCCCTCCCATTTTTTTTAGCGTTAAACACTTTTGTTCTTACTGAAGTATTTCTTACAGTCGTTACTTAAGATCTGCTTCCTTCATGTCTGTCACTGTGCTGTTTATCGGAGGAAGCCGAGGTGGCGATTGAGGCATACTCTGACAGGCACATGGGAACGGTGGGCGGGGAGAACTAGCATTAAAGGCACAGGCAACAAAAACAGCTACACAGTGTTCAGAGCAGAAAATGCAGTATTCTGAAAGCTACAATAAATGATCTGATGGGGGTTTTGAGCTGAAACTCTACACAAACACATTCTGGAGACAAAAAAAAAGACTTTTCTTAAACCTTAAAAAGGGGTGAAATAGGTGCCTTTTAATTTTAGTTAAAGATTTAGTCATTTCGAATCTATTCTAATCTAGTCCATTCTAATAGCTAATAATGATCATTTTATTTCAACCACATAAAGTTAATGATAACAACACAAATGTAAACACCTACCCGGACCCAAGTGTGTTTTTTTCTAATTTTGTTTCTTTACCTGGTCTTTCCTCTGTAG
Seq C2 exon
CCCGACTCAGACTCGACCAAGCATTCCACCCCCTCGAACAGCTCCAACCCCAGCAGCCCACCGAGCCCCAACTCTCCCCACCGCAGTCAGCTGACTCTGGACAGCCTGGATCAGTCCCTGGATGGTTGAAAGAAAGAGGACGCGACCCTTCATAAGCGTCCCACACACACACACACACCCTGCATATCCACCTTCTCTGCAAGGACTTGCTCAAGAAGTGCCAAGACCCTTCCAGCTCACGGGCCCAAAGGTTTAAACGATAAAAAGAAGCCTCAATCGCCACAAGCAGAGAGTGTCAGGTGTGTGTGTGTCCGAAAAAGAGAAAACAAATCATCAGAGCCACCAAAATAAGAGGTAAAAGCCCCCCTCTGGTGGAAATTTCACGGTATTACACTACCCGGCTCAGATTAGCAGCATGACAGACTTTTATTTTATTTTATTTTAAACCTAATTTCACGCCATGCTCCTGCAAGTTGTTTTTTTTAATTGTTATTTACTTTAGTAAGTGAAAATGCATCACATCTGCTGTGTCGGAATTGCTTCTGGATGATTATTAGCTTCCCTTCAAATCGCTCAATTGAGTGAGGGGAAGAGACTGCTGTTTTTAAATGTATATTATCAGGATCACTCATCAAAGCGGCCGAAGAGAGGAGCGTTTTGGGATTAGAAACAAATGATCAGAGGATGATAAAGGACTGGGACATTCTTGTATAAACCAGTTGGACCAGTAACAGGTTCATCACAGGATCGTCTCATCTCATACGAGCAATAGATCACCGCCAGAGACTTTAAAGCCAAACCAGAGGGCACTTTTATTGTCATGTAACTCCTCTCTCTCTCTTTCAGTTGTGCATTTAAACCAGCCTTTATAAATATTCATGTTTTAACGTAGATGTTTCCCACAAAGATATCTAATTCAGCTTCAGAGGCGAACAAAAGCGACGAAAATGAAACTTTACGTATAGATAAGTGTTTTAATATTATTAATAATAATAATGAAAACAGAAGAGAACGGCACACGGCTACAACTATTCATAGGATTTCAGTAGTTCCTCTTAAGCTGCTACTGCTGCTTCGTGTGCTCTATTTAAAATAAAAGCGAGAAAAAAAAAAAAGAAATGTATATGTGATATGGTTATCTCATCATAGCCGTGCTCTGGTTCCCGATGTTGACACGCGCGATCCGTCACTCGTATCAGAAAGCTGCTATGTGTTTTTGTCTGTGTGTTAACATCGTGCAGGCGTGGCTGGCATATCCATTATCACTCAAGTGTGCCTTCAGTGCCAACTTTCGTTTCAGTAATAAACTGCGCTAAAGCATTTCAGTGGTGTGGACGAGGCCGACGGTGATGTGTTATGTTTTCCCCCCCGCCCTTCTGAAACACTGTAAGACACTTGCACACGTTTTTAGTACAAGGAAATGATTTTGTGTGAATGTTCTAATTTTTTTCCTCCTCCCTTCTTTATTTCCCCGTATTTCACTTGTCTGCTTCATCAGATGGACGTTTATCCTCAGAACACTACTGCTTTTACTTTAAAAGAAGAAGAAAAAAAACGAATCACAGGTTGAAATCTTTGTAATTATTGACTTGTTAGCCACATAAATTTGAACAAACAATAAAAGAGTACCTGTTGTGCTTTTTTGTTGAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019383:ENSDART00000049437:35
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GGTCGTCCCGCAGTATTTCTG
R:
ACACACCTGACACTCTCTGCT
Band lengths:
352-2350
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]