DreINT0049098 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019601 | col12a1b
Description
collagen, type XII, alpha 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-120215-116]
Coordinates
chr20:49788958-49795015:-
Coord C1 exon
chr20:49794876-49795015
Coord A exon
chr20:49789088-49794875
Coord C2 exon
chr20:49788958-49789087
Length
5788 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGC
5' ss Score
6.64
3' ss Seq
TCTCTGATGATGTTTTGCAGCTG
3' ss Score
7.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGGCCAGGGACACCCACTGACCTGGAGACTTCTGAGGTCACACACTACTCCTTCCGTGCTACCTGGATGCCCCCTGACGAGCCAGTGGAGAGATTTCGTATTGAATATGTCCCTGCCGCTGGAGGAAAGACTGAAGTG
Seq A exon
GTGAGCATTGTTTCAAGCTTATAGTCAAATGGACCAGCATTGGAGATAATTAAGACTGTAACTACAAGAATTACCACACTTAAAAAATATGTTTACTGTTTATTCCACTTATTTAAAATGAACTAAAACAACATTTCTTGAAGGTTTTTACATTTATTTTTGCATTTAATCCAATTAAATTTGTACAAATTAATAAGTTAATTCCTTTATGTTCTCCCAACACAAATGATTAAAGTGAAACGCATCATTTTTTTTACTTGTCGTACTTGTCATTCTGATCATTCTCAAACAAGATGCCATGTTAGCTGCGTCTCAATTCAAAGGCTGCATCCTCCGAAGGATGCATTCCAAGGGTGCTGCGTTACTGTGGCATGACGAAGACTCATTTTTAAAAAATTTGAAGGCTCCTTCAAATGTAGCCTCCAAATGTGTCCTTCGTTTCCCAGGTAATGAAGGACTCAACCGGTGGATGCTTCACAGCCTCGAACATCCCAAGATTCATTGCGAGCTGATAATGGCAGGACGTTTTTCAAAAAAAACTCCGGAATAAATGTATGAATTTAGGTTTGTTTACTCGGATATCTAAGCACGTGTTAAAAATAGTATAGTAAAGTATAAAATAGTATAAAATAGTATGACATGTCTTACTAAAGAGTGATTTTATAAACAGTGTATGTTTTTATGTGTACATGTATGGGTTATAGGAAATCTTTTTCCAGCTTCTGTAAACCTTGTTTTGCCTTTGGATCACTTAAAATAAGTTATAAAATCAGTCTGAGAAAAAGTCATTACAAATTTTATTATGGCTTATTAACGGCAGCTGCTATAGTTGCCTGCTGATGAGATCCGTACTCTGTAGGCTAGATCTTCTCATTTTAAAACGCTCGCTTCGGCCTGTGAGGACTTCAATGGACTCACCTCTGAAGAGCCTCTGAAATGAGACACAGCTATAGTCATGTCATGTTTACATTCAAAGCTTCTCTTGAGATATTAGAATTAATCTTTGAATGTTTGTCTGCAAGTAATTATTTAAAAAATAGAATTATCAAAAGTTTTTTTCCCCATATATATATATATTTTTTTTTTTAAAAGAAAATTATTCTGTTCATCAAGGCGGAATTTATTAAATGTAAAAATTCAAAATCATTTTAAATTGTTAAAAATGTTTACAATTTTAAATAACTGATTTCTTATAATATGTACTTCAGATGAAATTATTACTCCAGTCCTTGTTGCTTTTACTACTAATACCAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATCTTAATAATAATATTAATTTTAATAATACTAATACTACTACTACTACTACTACTACTACTTCTACTACTACTACTACTACTAATGATAATGATAATGATAATGATAATGATAATGATAATGATAATAATAATGATAATAATAGTAATAATAATAATTCTAATAATACTAATAATATTACTACTACTACTAATAATAATAACGATAATAATAGTAATAATAAAATTAATAATAATAATAGTAATAATAATAACAACAACAACAACACAATAATAATAATAATACTAATAATAATAATAATAATAATAATTAATAACAGAGTGATTTCTGAAGGATCATGTTACTCTGAAGACTAGAGTAATGTAGCTGAAAACTCATCTTTAAAATCACTGGAATAAATTATTAAATTAAATTATGAGCTACTTTTTAACAATTATTTTATAGTGCCATAACATTTCACAATTGAATCCCAATTGTGAAAAATCACACTGACCCCAAACCGGTAGTCTATGCTATAATTGTGTATTAGAGTATTGTGTATTGATTGTGTAAAACCTGTAACCATTGCCTCTCATAATAAAAATGTACTATGGAAGTAAATCAGCACCATTCAGGTTTTCAGCAATTTTCTAAAAATCAGAAACAGAAAGCTGATTAAATAATGACTGACTTTTCAGTTTTGGGTGAACTTCTTGAACTTCTGTGTAACAGTCATTTATTACGTAATTAATAAATTAATAAAGCATTAAAAATGCTTTTCTTACTTAGATTTTTTGTCTTGTTTCTAGTCCGAATATCAAATAATTCTTATATCAAGAATTTTCTCGACAAGCAAAAGATATTGTCTTGATTTAAGAAATAATTTTTTCAGTGTAGCCAGTTCACACTGCACTTCCAGACACCAACCAATGCAGAAAATCTCCAGATTACAGTACATGACCTCTCAGACATTCCTCGACCTAACAAGCACTCACTCGGTCTGATCATTTGGCAAAAACAGGCTCTGACACACGCTGACAGATGCAGACAGCAGTAACATTCTGATCAGACAAAACTTGGCAAAGTGTCTGGTGTCGTCTGTTTATGTAGTGCGAGTTGGCCTTTAGCCTACAGGCTTCTGCATTCTGTGCAAAACTTTCAAGTGTAGCTCTGTTCCAAAACCTAGTGAGCTGCCTTTTGGCACATGCTGCAGACTTAGGGAGAAGCCCATTAAGGGAACTTCCTAACTATCCTGAAACCACACAAAAACAGTTTGACATTAGTATGTTGTCAATGGAGTTTGCATGTTCTCCTTGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTTCGGTTGCTCCGGATACAGGTGAACTGGGTAGGCTAAATTGTCCCAAGTGTGTGAATGGGTGTGTGTTGATGTTTCCCATGGATGGGTTGCGGCTGGAAGGACATCCGCTGTTTAAAAGTGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCTGCTGTGGCAACCCTGAATTAATAAAGTCGAAAAGTAAATGAATGAATGAACATGTTGTCAATGACACAAGAATACTACATTCATTCAATAATTTTCCTTCTGCGTAGTCCCCGTATTTATCAGGGGTCGTCACAGCAAAATGAAATGCCAACATATCCAGCATATGTTTTAAACAGCAGATGCCCTTCTAGCCGCAACACAGTACTGGGAAACACCCATACTCACTCATTCACTACAGCTGATTTACTTCATCCAATTCACCTACAGTATAGCTCATGTGTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCAGAGAAAACCCACACTAACATGGGAAAACATGCAAACATGCAACCAGCAGTGCTAACCACTGAGCCACCGTGCCGCCCTAAGAATGCTATATTTCATGTAAAAATGTGTAGAACAACAGATGTAAAGTTGACCAAAAAGTGTATCGAACCAAATGTTACATGCTATTTTTTAAATTATATTATTAAAAAATATATAGTTTTTAAAAAGAAAGGCTAATTAATTGAATATTAAAAAAGTTATGTAATTGAATATGCAGCACAGCTTCACAGCAATTCGGAATTTTTATGAATTCGTGGCTAATTCCTATGACTTCATTTGTAAAATTAAGTACAGTTTGTTTATCCCCAATCAGGGCTTTACATTCACTTTTTTAATCACCGGCCACTGTGGCTAGTAGTTTTCCAATGTTACTAGCCACTGAGCATTTTCACTAGCCACAATTTTGTTGTTGGGAAAATATATTTTATAAGCATAAATTTGACGTCGACATGCTAAAATGACTTGATTTAAATCGTGTGTTTTGTCCACATGCGTCCTCATTCATTTCACTTTTTGTGTGTCGAGTATGAGTTAGCTCAATGAGCATGAGCAGGTCATGGTTTCATAGTGTTATATTGCAATTAGTTTTTATTTCACATGACTTTTTTTAGGGCTCAGAATTAATGATGTACCAAATTTATCTCTATAACCACACTTGACAATATTTATTTCTTCGCCACAAATTTTTAATGTGTCAAAACAAGCTAAATATAGCTGTATACTAAACTTTTTATTTAACAAAACATTTCTTAAAAAATAAAGAAAAGCAGCTGACTTTTAAAAAATAACTATTGTCATGTATCAAAAATATGCTTGATTGGCTCCCTCCCATTTGCAAGTCAAGAGGAGAGTTTGAGCTCAGGTGGATCTCAAACTCCTCTGCTGTAGTAGGTAATGAACAGATAGTGATTGCTCTTAAGAGATATCTACTTACTAGGAGCATGTCTATGGTGCTGATTTGGATTAATCAATTAACTTAAGTTTCGTGTTTTTGAACGATGGGAGGAAACCGGGGAACCCGGGAAAAACCCATGTGAGCACGGGGAATACGTGTAAACTCCGCACCGAAATGTCAGCTGGCCTGGTAAAGACTAGAACCAGTGACATTCTTGCTGTGAGGCAACAGTGCTAAACACTGGGCCACCGTGCCACCCATCTAAAAAAGGAGGAGGAGTTGGGGTAGAAGGAGGGATTCTTCAAAACAAAGATGGCTGTTATATGGAGGTATTTAGGGTATTTATAGTGGCTTAGGAATCGTCTGATTGGTGAATCAGAACTTGAACTGCAGGGCTGGCCGCAAGCAATTATAAGCACATGATCCTCTCGAAATTAGTTCATAGATAAACTTAATTAATATTTTAATTAGGCTGTCTGATATATTTATTTACAGCCAAATAATCTGAGCACTTTTTAATTTTTTTCTGCCTTGAAAAATTCCAAAATGATGTGTCTTTGAAAGTCTATATTTAAGGTTTTTAGCTCATTTTGGGTCAAGGATGCTTTAAAATATTGTCTAGGTGGACAGCTCACCAACGTTCACAGGATCTATATGTGCATATCATTTATTTATTATTGTGCCCTTTGGATGGTTGCTATAAAAGTCAAGTTAGATAAAGAGGAACGTCTCACATTTAATTTCCACACATTTAATTTCCACATATATATATTTATATGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTTTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTATATGTATGTATGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG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Seq C2 exon
CTGTTCGTTGACGGTGAGGAAAACACACTTGTCCTGGTCAACCTGAACCCCATGACCGAGTATATCGTCAGGGTCTATGGAGTGATCGGGGAGGAGAGCAGCGAACCTTTGAAAGGAACCGAAACCACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019601:ENSDART00000151248:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.283 A=NA C2=0.182
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PU(53.8=89.6)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PD(43.8=79.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]