DreINT0049134 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019601 | col12a1b
Description
collagen, type XII, alpha 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-120215-116]
Coordinates
chr20:49801479-49811472:-
Coord C1 exon
chr20:49811348-49811472
Coord A exon
chr20:49801629-49811347
Coord C2 exon
chr20:49801479-49801628
Length
9719 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTATAA
5' ss Score
4.21
3' ss Seq
TATAACTGTTTTACTCGCAGGTA
3' ss Score
10.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019601:ENSDART00000151248:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.512 A=NA C2=0.039
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0009223=VWA=PU(23.1=78.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]