DreINT0049954 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000012593 | col5a1
Description
procollagen, type V, alpha 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041105-6]
Coordinates
chr21:6771571-6782791:+
Coord C1 exon
chr21:6771571-6771678
Coord A exon
chr21:6771679-6782737
Coord C2 exon
chr21:6782738-6782791
Length
11059 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTATGG
5' ss Score
3.37
3' ss Seq
CATTCATTCTTCTTCTGCAGGGT
3' ss Score
10.8
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTATTGCTGGACCCTCTGGACCTATCGGACCCATTGGACCTCCTGGACTCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000012593:ENSDART00000139598:57
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(4.9=10.8),PF0139113=Collagen=FE(53.7=100),PF0139113=Collagen=PU(8.1=13.5)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(17.9=66.7),PF0139113=Collagen=PU(30.4=94.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]