DreINT0051880 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104609 | crebbpa
Description
CREB binding protein a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-439]
Coordinates
chr22:26914137-26916168:+
Coord C1 exon
chr22:26914137-26914376
Coord A exon
chr22:26914377-26916079
Coord C2 exon
chr22:26916080-26916168
Length
1703 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGA
5' ss Score
6.8
3' ss Seq
CCTGTCTTTCTCTCCCACAGTAC
3' ss Score
11.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTATTTTGATATCGTGAAGAACCCCATAGACCTGTCCACTATCAAGCGTAAGCTGGACACGGGTCAGTACCAGGAGCCCTGGCAGTACGTGGATGATGTGTGGCTGATGTTCAACAACGCCTGGCTATACAACAGGAAGACGTCACGCGTCTACAAGTACTGCTCCAAATTGGCGGAGGTGTTTGAACAGGAGATTGACCCCGTCATGCAGGGACTCGGGTACTGCTGCGGGCGGAAG
Seq A exon
GTCAGATCAACATTTATATTCACATGATATGCTGGCAAATTAAGTTCACCTAGCTAATGTATAATCAGGGTGTCCGCGGGCTCTTAAAAAGTATTGAAAAGTTTTAAATGCTGTTTTGCAAGGTATTGCATATTATGGAATTTTGGATTATGCAATGTGTGGCTGTATGCTAAAGAAGTTAGCCTGAATTAAATCTGCGAACATCAGGATGCTGTGTGGTTTATGAAATCAATAAAATTCTCCTAGATTTGACATCATGCTGCTTTGTTTACTGCAGTAATAGAGTCAACACCATTATTTCTGCAGTTCTATAGGTGCCAAACTGCTGAATTAGCTAGATTTAATAGACGTATATACAGTATATGCATAATGTTTTAGTTTTGGATTATTTTCTCATTTTAATGTTTAGTATACATACTGTAAGTTAAAATCTCCCCAGTGTTTCCAGTTGAAATATAAAGTGGTTATAAGGTCTTAAAATAAATGGAAAGAGTCTTAAAAATGGTCTTAAAAGTTATTAAATTTCACTTTATAACTTGATAATGTATGTTTGAAATGTAAAAATCGTAATCATGATAATCTTGATGATGATGATGATGATAATAATAATAATATTTATAATAATTATAATGTTCAAAAAGATGGATTTTAAAATTGTTATTGTGTAATAAATAGTTGCAATGATACAATAATAACAATTAAATATAATAATAAAAGTTATTATAATAAAACATAGTTTTACTAGTTATGATAAATTATGATATAATAATAGTTATAATAATAACAAAATAATTACAATAACTATAATATAATAATAATTTATACTATTATAATATAAATATTATTGTATACTATCTGGTTAAATAATTTTGCGCCACAAAGTACTACTTCTAATAAAAAATACTAATGAACAAATGAATGTATATTTTAAATGTTCCTGAATGACAAATGGTTTTACTGCAGTATTTACACACAAGTAATAATGATAATGAAGTGTAAGTCCATTCTCAGACATTGAATAATATTGTCATTACAAAGCAATTATAATAATGTGTTTTTCATGTAGTGTTCACATGATGGTGTAAATATAGTTCTAAAATATTAATAACCGTCAGCATCATGATAATGTGCAAGTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATTTATAGTTAATATAAATATATTTCCTTTAATAAATAATAATAATAAATTGTTGTCGTAATAATGTGCAAATAAATATATTATTATATTCTAAGTGGTTATATAACATCACTCCATAATAATAATAATATTATTATTATTATAAAAATTTTTACAAATAAATGTATGAAAAATAATGTAAAATGTTAAATATTAAAAATGTCTGTCCCTAAAGATTAATTCGAATTTTTTATAATATAATGTATTAAAAGTGCAGTTAAATGCATGTAAATTAAATACAAATCCTAACAATATCTGTCCACAAAGATTTATAGTAATAATAAGAAGAATATTAATAATAATAATGTTGAGGATGGAAAAAGATACTTTCAGCAGCCTCATGTTTTCAGTGCTACTATTAAAGAACCTTCATTTGTTGGCAAACTTTTGTACTTCTGTACACAAACTAGCCATAATGTATTTCCTAGTCATATTTCATACACCACTGACCTCTCCTGTCTTTCTCTCCCACAG
Seq C2 exon
TACGAGTTTTCTCCTCAGACGCTGTGCTGTTACGGCAAGCAGCTCTGCACAATACCCCGAGACGGCACTTACTACAGTTATCAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104609:ENSDART00000158756:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043920=Bromodomain=PD(64.4=70.0),PF060018=DUF902=PU(28.6=15.0)
A:
NA
C2:
PF060018=DUF902=PD(66.7=93.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TTATTTTGATATCGTGAAGAACCCCA
R:
TGTTCTGATAACTGTAGTAAGTGCCG
Band lengths:
326-2029
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]