DreINT0052811 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000038429 | csrnp1b
Description
cysteine-serine-rich nuclear protein 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1515]
Coordinates
chr24:19567011-19573658:-
Coord C1 exon
chr24:19573592-19573658
Coord A exon
chr24:19567214-19573591
Coord C2 exon
chr24:19567011-19567213
Length
6378 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
CTTTGCTTGTTTTTCCACAGATC
3' ss Score
12.97
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTGAAGTAAATTAATATTCTCATTCCACTCGGTTTGTTACAATCTCACGGCATTCCTTTTGTCAG
Seq A exon
GTAATTTTCAATTCCTGACTGTGAGCACATTGAATGTTTGATGGTGGGATTCATTGAGCTTGTTATGTAAATTTTAGTTCAATAATTTCAGTATTTTTTGAAGGCACGAGCGCAGAAGGGTGTGTTATGATGATGATGCTTGTATATTTGTGGCTGTGTCGTAAGTTTGAGTGTGTTTATTTTGCGCGTGCTTCTGTGTGAACGAGCGCGCAGTCGCTGTCACGCGCGACCTCACTCGGATTGTTTGTGGGAACACAAGTCGGATTTTTTCTGGTGTTTTTGTTGACATACCTCACACATTTAGGGGATTTATATTCTTAAAACGAGCTTAGTAAGTCCATTAGCGTTTTATTTCATTTAAAATGCTTTTGCACTACCCTGTGGTAAACTGTTTACAAGTGAGACTTTTTATTCCCATAACCTGCGATGTTGTTTTGAATTCAAGTGCACGTTAAACTAATCAAACAGGACCATAAAAGATTGTATTGTTTACTTACTTCTGGGTTGATGAGGTGTGAACTTGCACGTGTTCCAGAGTCAGTGAAATCACTCAGCTGGTTAAAGTAGCATGTCTGGATAGTTTCCTCCCTCTTCCTATTTAAATCCAGTCATGCTTTGAAAAAATTGAGATGATGCCGTCATAATTGGTGTACATCACAACATGTCATTTTTATTAATCTCCCACCCACAGGCAGGGTGTTTTTATTTGGATAGATATGTGTGTGGCTTTTGTGCAATAGTATTGGGGGGGGTGTTGAAGTCCTGATGTCTCTAAAACCGAGAAGCAGAGGGAACCCATCTGTTTTGTCACTCTCCAACATTCCTCCCAGCTTGTGAGGTACCAGCAAGTGCCCCAGACGTAAGCTGATGACCCCTGGGCTCCCCCCATCCTATAGACGCACACATATACTCTCCCTTGTGAGTCCCGAGAGACTGGTAAAGATGGCTAGTATTTGTTTTTGTCACCATTAAGTTAGTCAGAACAAACTCATACAGATGACTTCTCAAGGAACCTACACTTTGCGGACTGTGTTGGAAGTTTGCATTTCGGATATTGATGCAAATTGCTGCATGTGGAAGTATTTTCTTTCAGTTTTGGCAATTTCCTGAGCAGTCAGAGTTTCTATTCGTTGACATAAACCAGGAGCAGTGATTCTCTCGAAACTGTTAAATAACTTTAGGAGGGTGTTTTGAGATGTTTTTCTTATGGCTCTTAGCATAATTTAGATGACCTTTAGATGGTGATCTTCATAATAATTAATAATCGGTTCATCGTCATGTGAGGGACCCCCATCCTAAAAAGTAAACAACAGTATATGGTCAAACAGATCTGATTCATTTTGTTATTTTATAAAATGTTACATTTCCACCTCTCTGAATTCCAGTGTGAAATATTGTCTAAGTTAGAATTGGTACCCTTTTTGCTTAAATAACTTTTTAATTCAAATTGAAAACATGTCTATGGAAATGCGAAGTTTGATGATGTATTGAATCCATAGTGTAGCATGTGAGAGAAATCTTCATCTCCACCCTAATAACATCATCTCGTCAATATGACAATAACGTCATCATCTCTAATGATTCGCGACTCCATCAGGTGTTTGTGTCGGTGTTTCTGTCTGAGGTGGATCCTCTTGGGCAATAGTGGTCTGGACAATGCAGACACATCTGGGATAGATAGACTATTACAGAACGTGCCGCTATGCCAGAGTAGAATTCCTGTGGGCTGGAGACATCGCATTATTTATTTGTTTAAAGTTCTCGCCCGCTACCCTCCTCCCACATCAGTGCGCTCTCCTATTTGGGATGAATGTGTGCTCTGCATGGGTTGAGGCTCAGGAACAGAATGTCTCTGGCGTAGTTTAACATCTAGAGTGATGATCGGCACAACCACACATCTCCCTCCTCTCGCCTGACTGCAGTTTTTAAAGGCTGACCAGCAGAGGGAGGGTTTCTTATATTCTGCTGGAATTTGAATTCCAATACAATTATTGCAAGTGATTTTTTTTTTTTTTTTCACTAAATATTATTTATACTTGCGCTTTTTAGATAGTTAAGATGAGGTACACCCTGCACATTACTTAATCATCTGGATGGGTGCTGTGAGCTGGAGGGGCAAAGTCAACCCTTGCATAATGTTAGGTCAGGATTCCACTGTTTGAAGGTAGTTTAGACAATCGGCTCAGTGGTGCAAGTTGTTTTTATGCTTTGTAGAAGCAGGAAGGGAAGAAAAAAAGTGTTTCTAAAGTGATAGTTCACCCAAAAATATGACATACTCACCCTCAAATGGTTCCAAACCTTTATGACTTATTTTTTTTCTGTTGAACACCAATGTAGAAATGCTGGAGAAAGCTTAAAAACCTGTAACCATTGACATCCCTACATAGTAAAAATAACAAATACCATGGAAGTCAGTAGCTACAGGCTAACAGCTGTCTGCATTTGCGGGGAAAAAAAAATACTCACAGCGTTGGCTGTTTTCAGTTTTGGGAGAACTATCTGACTTGTGCTGACAACTGATAAATATCAGGCTTTAGCAGTTTGCTCCTTTTGTGGCTTTCTGCACTAGATTTATATCCACCGTCCTTGGTGACAGCAGCATTGAGAATACCTCATCAGAGCACTGCCTTTATTGGAATGGCAAGCTCTGCATAATTTATGCTCCAGTGTGAATGTCTCACCTGCTTGAAGCATCTGGGATACCTTGCCGATAACAGCTTCTGCCTGAATGGGAAATCCAGACTTGCTTAGTAGCGGATTTATGGCTAGACACTAGACAGTATGTTTTGACTGCTCATTTTTTATTTGTGGGGTTTCTTGCTCATATTTCCATTCACCGCTGATGTTGGAGTGCAACAGGACAAGCTCCAGATTGACCTCCAGCTGAGCCCCCCCAACATCCACCCCCTCTTTCTCTTGTTCCTGGGATTAGCTCGTCGTCATTGTTTCTGCCTGTTAAGCAAGATTAACAAATCAATGTGTCAGGTAGGCTGCAGTCAAGAGACAATGACCCACTTCCAACACCCAGGTTTCTCTCTCTCTCTTGCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTTGCTTGTCTTCATCTCTCCTATACTGTCCTCCCCCTCTCCTCACTGTCCAGAGTCCTTAATTAAAACTCCTCTGCTTGGTAGGCATGCATGTTGTCCTCAGGGAATTCTCTTTTTTTTTTTTTCTCTGTTAAATGAGGAGTAGAGATGGTGGTAGAATGTGAGGATAAACTGTGTCTGAGGGTATGTTTACACAACAACAGCATACTGAGAACATTTCTATGATTATTTCAGGTGGCAACTTTGTAAAGGCGATTCCCATTCACACCGATAAGCAAAAGTGGCATAATGCATAGTCCTGTAGTTCTGCAATGTTGTGAAGTGCTTATGCATTCCTAGAGACTGGACGAGTAATATATATGGACATGGCATCACTGTTTTTACAAAATCAATGAGATAGTGATGTATTGTAGTGATTTATGCTAATGTTCTTTAGATCGGTGTTTCTCAACCACATTCCTGGAGGACCAACAGCTCTGCACATTTTCCATTTCTCCTTAACCAAACACACCTGATTCAGATTATCAGCACATTAACAGAGACTGAAAGAACTAATGGGTGTGACAGACAAAGGAGACATCAAAAACACAGTGTTGGTGGTCCTCCAGGAACGTGGTTGAGAAACACGGATGTAGATGATGGTGGTATAGTTTTCAAAAATATGCAATTTGAAACCTGTTAGCATTGTCAGGGATTGGTTAATATATACACACACACACACATACACACACACATATATACATAGGGTTGTCAGACAGATATCCTCTGAGTCAGGTATCACTTCTGATAAACAGCAGAGACTCTTTGTGCAGGTGGTTTTCTTGCGCGAGTAGACTGCATCTGGAAACGTGTCTGTGGGAAACTGCGAAAGACAATTTACTAGTCAAATGAGCAGAGGATGAATTCGAAAAGGTTTTGAAGTCCTCCGTGCACTGAGTCAAGTGTCAGGTTCTCTTGTAATCATGTGCATTATCTAAAAAGATTTTCCTGCTGAGGTCTGTCGGCTTGCGGGTGTGAAAAAGCTGCTTGTTTTCAATCAAGACGTAGCATGTAAGGGTTCACGCTCCCTGCGCTGGCTCTGTTTGCATGCAAATGAGGACAGATCTGGACACATTCTGTTTGCAATAAAAATAGATCATGTTCTCAGCCTGCACTGCTGTTTTTAGGCAAGTCAGCTGTTTTCTGTGTCAATGTCTGTTTAAAACCCTTAACAGCAGCAGGTTCAAGTTTTAGCACATGGCACAAATGATTGCATAACTTTCCGAGTAAAGTTCCTCTAGACAGGGTATTAGTTGCTTTCAGAACTGGTGTTGCACGAGCAGATAAGTCTGACTGCAGGGAAGATCTAGTCGGCTTCAGAGGCAGATAAGACTCACCTTCTGCTTTCTGGCAGCAACATTTGGCAGCCGAGGAGACACGACTGAATGTGCAGACGGCACAGACGTGCTCTCAATGTCTGGCACGTTTGTGACGGCAGCACTAATGTGTGAATTGCACATGCTCAGAGAGAGAGAGAGAAAGATGCTCCACTTGTAAATAAAGCAACCTGTGGGAAAGTCTTGTCTGTCTGAAGATTATGGTTAGTTGGATGTTAAGTATATGTTTACCAGTAGTAATATTACATACTGGTAGTGGTAGTTGGCATGCACATTTAAAATCTGCTTAAATGTGTAGTTTAAATATTAAACATATAATTAATGCACAATATTGTTTGGTACCATTGTGCATTCTGATGGAAGATCAGATTGAATATCAATTAAGCATGATTAGTCACTGTGTTAATGTATTAAATGCTAATGCACTGTTGTAATGGTCAGTTTGAATGACCCTCTTCAATTAACTGAAGTATGTGTACACTTTGATAACGTTAAATGACGTTCCATTGGTTGATTAGACTTCTAGCAGACTATTAGCTTTTTAGTCACATTGCGTTAGT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Seq C2 exon
ATCACCAAACGCTTGCGCCATGAGCGGGGTTCTCAAGAGGAAGTATGAGGAGGTGGCGGAGGACCCGTGCTACTCCTCCTCATCCCCCTCCTCTCTCTCCTCCTCTGCCTACTCAGAGTGGGACTCAGATGGGGAGAGCTGCTACTCGGACACCCTGGATTCGACCCCCAGTAACCCTAGCTCCCCAGCAACATCCTTAAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000038429:ENSDART00000109107:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.387
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]