DreINT0053175 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000003779 | ctnnd2b
Description
catenin (cadherin-associated protein), delta 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-532]
Coordinates
chr2:30630409-30634740:-
Coord C1 exon
chr2:30634574-30634740
Coord A exon
chr2:30630950-30634573
Coord C2 exon
chr2:30630409-30630949
Length
3624 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGG
5' ss Score
6.92
3' ss Seq
TACGTGTCACTTACCTCCAGGTG
3' ss Score
9.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCAGGCATCCTCTCTCAGAGTGCTCTGCAGCTCAATAATCAGGAGGGCACCTTTCCCTATCCAGTCAGTTACCATAGCAACCAGACCCTGGCCCTCGGCGACCTGTCGGCCTCTCAGCCGCCTCGCAGTGGTCAGGTGGGAGGAGCCTTACATAGCTATAATCAG
Seq A exon
GTGGGGATTCATCGCTTTGGAAAAACCTGACACTTTTAAAGGAATAGTTCACCCAAAAATGAAAAATTTACACCATTAATTGACTTGCCCTTTACTTGACTTGCTATTTAAACATAGGCAATTCTTTTTCTGTAGTATAACAGATTTTTAGGTGAATTGGTTATACATATAATGCAAGTTAACACTGTGAGAGTCAAAACTTATAATAAATAAATAAACAAATACATTTATATATAAATAAAATTAATTAATAAAATTTTTGGGTGAACTATCTCTTTGAACCAGAGGTGTCAAACTCAGGTCCTGGAGGGACGCAGCCCTATACAGTTTAGTTCCAACCTTGCTCCAACATGCTTACCTGTAGGTTTCAAACCAGCCTGAAGGACTTAATTAGTTTGATCAGGTATGTTTAATTAGAGTTGGAACTAAACTGTTTAGAGCTGCATCCCTACATGAACTGAGTTTGACACCTGTGTTTTAAACCATATGAACAGAGCCCTGTTTTTCAAGAAGATCCTTTGGGGGAATTCACTAAGAACTGCGTCCACTATTTATGACATTTATGTGCATGAATCTTATTTTTAAGCTATGGTTTTTGTCCTATTCTGAAACAAAAATGTTTTACTTTTCTTTTGAGGACAGAAAAAACTGGTTTAGCCCATTTTCATCAATAGTTCATCATGCTTTATTAAATCTAGTCAGTTTTACTCTAAGTAATTACTCTAAGTAATTTCACAATTTATTTAAATATTTTATATATGAAATGGTTTTATAAATATTTTCTACAGTATTAAATTTAACAAAATAAGAAATGCACTTTTATGTTTATCTTCAAAAGCTCATACAAGATTTTTTGTTCACAAAACATGCAGCAAATAAGCAATATAGACATAAATAAAGAAATTACATTAACTTTAGTTTCTATGTTTCATTGACTTTTATTTGTGGTTATGTTTTATTAATTAGATCTCTGTTTAGTTGAATAATGACAATGTTTTTCTAATCCATTGCATCATTCTAATTGAGATAAATTGTGGGCATGTTGTTTATTAAGATGTAAATTAGTATCACAATTTGCTAGAACTAATACAACAGAACAATCTAATTACAATAATCAAGAAGTTGTGAAGTTGACTCCTTGAATTCTGACACCATCAATTTTAATCATCAATAAATTCATTGTACATATGCAGCCATAGTTATACACATATACAGTTGAAGCCAGAATTATTAGCCCCTTAGATTTTTTTTTTCTGTTTTAAATATTTACCAAATGATGTTTAACAGAGCAAATAAATTTTCACAGTATGTCTGATCATTTTTTTTTCTTCGAAGAAAGTCTCATTTGTTTTATTTCGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTTAAAAAACATTTTGAGGTCAAAATTATTAGCCCATTTAAGTTATATATTTTTTTCGATAGTCTGCAGAACAAATCACAGTATGCAATATACATATACAATAACAATATAAATATACAATAACTTGCTTATTTAACCAACCCTGGGGTGCGTTTCCCAAACATAATTTGCGGCTGAACTATCATAGTACAAATGCAAAGTTTGGGAAAAGAACAATGAAGTGACGAGTGTTTCCCAAAACCCGTAGTTTTTTCTGTCGCAGATCCATAGCTTGAACCACATTAGTTATGGCGTAAAACTCCCATAATGATGGTCTAAACGGGGTGGTAACAACTTTTTTAAAGAAGAACCCCATAATTTCTTATTCTTATTCTTAAGTAGGATATTGTTTATTTTTATTTAATTGTTTTTTTAGAAAAGTCTACTTTTACAACCTGACACATGCAAACCACTGCAGTAATGTTTTAACCAACAGGCCTATGCCATATACAGTACAGATACTTAATAAATAACCTACTATACATTTAAACCGTTAACGTATGTTATATATTTTAGTTTTCACAAGCTTTGGAGACGTAATGTAACTTCCGCTTTTAAATAATAGGTCACCTGTAGCTTTTGTCATAAGCCACGGCTGCGTTCAAAATTACATCTACGAAGGGAGTGCAATTGTAAATATGAAGATCACTAAAACTAAGTGAAGTTTATTCATAAACTAATTTCGAGAGGATCACGTGCTTATGATTTATCACGTCCAGTCTCGCATTTGCTAATCACTAATCTTCCAATCATATGAGCCCTAAGGCACCATAAATAGTCTAAGTTTTCAGTTCACTTTATCTTCGTTTGGAAGAAACCCCCCTCCTCCCCTATTCTCCTCCTTTACCTGCAATTGGGCGGCACGGCGGTCCAGTGGTTAGCACTGTGAACCACACAGCAAGAATACTGCCGGTCCTAGTTCGATAGGACCGGTGAGTGTTTCTGTGGGGAGTTTGTATGTCCTTCCCGTGTCCGCGTGGGTTTTCCCCGGGTTCTCCGGTTTCCTCCCACCATCCAAAGACATTCAACATACTTAACAATCAAGCTTGTCTAATTCCTTACGTTCCCTTAGCTACAGCGGCAGGGGAGTTCTGAGATCCACCGAGCTCAGGCTCCCTTCTTGCTCTGCCAACGGGAGGAAGCCCCGGGCTCGAGGAGCCCTTGAGCTCGGGGCTCTCTCCCGGGACAGCATGCCAAATAAGCTTTGTAAATCATCAGCTAAGTGTGAACTCTTGAAACTGTAAAAATACTTTGGAAACAAATGACACCTAAGGGAGATAACTTTAATGCTTTTTTTGAAAAAATCATTCTAAGTTTAAATCTTAGAATGTTCTAAATTAATAGGGCATGATGAAGATATGTAGGAATAGAACACAGTCAGGAATGTTTCTAATTACAGCTCCAGAGGATGTAGTTGCCAGCATACAAGCTTGCGACGCAGGTTGGAATGTTTGTTGGAACAACGGATTGGGAAATGCCAAATCAACAAACTATGTTTGTAACAACATTACTTGCAACCTTAGTTGGCTAACAATGTTTTTGGTAACGCACCCCTGCCTAGTTAGCCTAATTAGTTAAGCCTTTACATGTCACATTAAGCTGTACAGAAGGGTCTTGAAAAATATCAAGTAAAATATTATTTACTGTCATTATGGCAAAGATAAAGTAAATCAGCTATCAGAGTTAATAAAACTATTATGTTAAGTAATGTGTTAAACAAATGTGTTTTAACTCTGTTAAAAAGACATTGGGAAAAAACAAACACAATTCAGGGGGTTTAATAATTCTGACTTCAACTGTGTATGACAGTATTAAGCCACTTAAGTGATGTCACTAGATGCTAATGTAATTAGGTGAAGGCACTAGCTACTGTAACAACCTTAAAAATAAAAATCAGCACATTTTCACCTGTCAAAAGTTATCTTATGTAGTCAGAAATTTAAGCATGGAAGACGATACAGTGTTGTGGCATCTTTGATCTATGACGATTTGTTGAGCGTTCCAAGAAGGCAGAAGCTACGATGTGTCCCCACACCTAAAAGTGTCTACCAAATGTAAATAAAAGTGACGCAATAGTTTAGCGAATTCACCCCCCCCCCTTCCCCAATTCCCCTTAAAAATATGATGTGGGTCTCCATCACTTAGCTCAAAGCTGGTAGAGTGAGTGAAATGCTAGCTCTTTACGTGTCACTTACCTCCAG
Seq C2 exon
GTGACGTCTAATCGTGTTGCCCAGCTGGCTGCCAGAGAGACAGCCGCCCGGGCCCATTCTCGAGACTCCTATGCCCAGAGTCATGGCAGTGCATTCCACATGCCTGACGATCAGCCAACAGTCCCTGTAAACTATTCCTGCGCCACTCTACCAGCTCAGCGAGTGAGCTCTCCCTTTTCCATGCAGGCTTTGGGCTCCCCCTCCAAACTGCAGAGGCTGGGCTCAGCCTCTGACATGCCCAGCTATGCCACTCTGGCGCGGGTGTCGTCGCCCAAGCAGTCCCCCAGCCGGCTGGCCAAATCCTACAGCACGAGCTCTCCCATCAACATGGCGGCGGGAGGAGGGTCGTCTTCTTCACCACTACACATGGCCGGAGCGGGCAATGTCTCCAACTCGTCTCCGCTGCACCAGCTCAGTGCCGCCGTAGGAAGCTACGCCACTCTGTCACCCACCAAGCGTATGCTGCACACCACCGACCAGTACAAGATCTCTCATGATTTGTACGCCAACGCCACACTTCAGAGACCGGGCAGTCTAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000003779:ENSDART00000090292:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.712 A=NA C2=0.714
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]