HsaINT0042919 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000169862 | CTNND2
Description
catenin delta 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2516]
Coordinates
chr5:11384665-11397203:-
Coord C1 exon
chr5:11397031-11397203
Coord A exon
chr5:11385230-11397030
Coord C2 exon
chr5:11384665-11385229
Length
11801 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
CTCTCCTCTCCCGGGCACAGGGC
3' ss Score
8.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCCAGCCTGCTCTCCCAGAGTGCACTTCAGCTCAATTCCAAACCTGAAGGGTCTTTCCAGTATCCGGCCAGCTACCATAGCAACCAGACCCTGGCCCTGGGGGAAACCACCCCTTCACAGCTCCCGGCCCGAGGCACACAAGCCCGAGCTACGGGCCAGAGCTTCAGCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCACGACCAGCCGCGCCGGCCACCTGGCGGGGCCCGAGCCCGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGGGAGCCGTTCGCGCCCAGCCTGGGCAGCGCCTTCCACCTGCCCGACGCGCCGCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGCTCTACTACTCCAGCTCCACGCTGCCCGCGCCGCCGCGCGGGGGCTCCCCGCTGGCCGCGCCCCAGGGCGGTTCGCCCACCAAGCTGCAGCGCGGCGGCTCGGCCCCCGAGGGCGCCACCTACGCCGCGCCGCGCGGCTCCTCGCCCAAGCAGTCGCCCAGCCGCCTGGCCAAGTCCTACAGCACCAGCTCGCCCATCAACATCGTCGTGTCCTCGGCCGGCCTGTCCCCGATCCGCGTGACCTCGCCCCCCACCGTGCAGTCCACCATCTCCTCCTCGCCCATCCACCAGCTGAGCTCCACCATCGGCACGTACGCCACCCTGTCGCCCACCAAGCGCCTGGTCCACGCGTCCGAGCAGTACAGCAAGCACTCGCAGGAGCTGTATGCCACGGCCACCCTCCAGAGGCCGGGCAGCCTGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169862:ENST00000304623:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.988 A=NA C2=0.832
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development