HsaINT0042919 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000169862 | CTNND2
Description
catenin (cadherin-associated protein), delta 2 (neural plakophilin-related arm-repeat protein) [Source:HGNC Symbol;Acc:2516]
Coordinates
chr5:11384777-11397315:-
Coord C1 exon
chr5:11397143-11397315
Coord A exon
chr5:11385342-11397142
Coord C2 exon
chr5:11384777-11385341
Length
11801 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
CTCTCCTCTCCCGGGCACAGGGC
3' ss Score
8.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCCAGCCTGCTCTCCCAGAGTGCACTTCAGCTCAATTCCAAACCTGAAGGGTCTTTCCAGTATCCGGCCAGCTACCATAGCAACCAGACCCTGGCCCTGGGGGAAACCACCCCTTCACAGCTCCCGGCCCGAGGCACACAAGCCCGAGCTACGGGCCAGAGCTTCAGCCAG
Seq A exon
GTAGGTACCCAGTGCTGTATGGTGTCAGTGGACTCCAAGGGGACAGGTGGGGAATGGGCATGCAGTGGATGTGGAGATTGTGGAGATCCAGCCTGCCTTTTTTGTAGGTGTGTCCCTCAACTTGAGGGAAAATGCCCTTTGGTGCTGTGAATGAAGAAAATAAATAATAAAATACAATTATGGAGTAATGCTAAATTACAGACATTTTCTTTAGAAATATCTATGTATTGTTCACGCTATACCTGTCTTATATATGTTTCCCTGTGTGACTATGTCAGTGTCCATCTAGTTACTCCCTCTATGTCTATATGTGATATAAGTATGATATACATTCTGAATTTGTGAGTGTACTCGGAAAAAATACTGAGTATTGTGTCTCCTAAAAAAAAGCATGGGATTGCTTTGTGGTTTTTGATATCAATATAAAGAAACATACTATAAATGTGTAATCAGGTAAACAGAACTGTTTGGAAAATGATTGTGATGAGTTTAGGCATAGCTGCATTTTGTGAAGTCTGATTTTGAAATTTGCCCTCCATTGTTTCTTTAAGGCAGGTGCTTGATCTTACAGTTTCACTGCACAAATACATTAGCTGCAGTTAAAACCAACTCTTGGTAAAAAGAAGCAGCTACCAATCTGGAAATTTTTTTTTTTCAAGAAAGATGTAAATGTTGTTATTTAGAAGAGAGGAGAGAAGGGATGCTAATATTTTAGTTTTTATAATTTTGAGGTACCCACCAGAGTATAATTTTGATCATCACGCCAGAGTTAATTTATTGGAAGGCTGTCTTGTTTTAAGCTTATTTTCAGCAACATAAGTCCTTCTAACCTCTGTGTTTTTGCTTCTGGAATGAAGAACTGCAAGCCCCACACCACGTTTGCAGCTGACAAAGTTAGTTTCAGCCCTTTTGCATTTATTGGGCACTATCTCTTCCAGGAACCCTTCCTCTGAAATGCTCACTATGCACCACTGGCTCTGTAACCCCCGAGCCCATCTCTTTCACCAATTTATTGATGTTATCCATCCAGGCATTCCTCTAACTAAACTGAAAGCTACTTGAGGTCAGGACTTTTTTCATGTTTGTATCAGGAGCACCTGGCAGGCCACATGGCCCCAAAAAATGAATGCAGAGGTGAGAGGCAAAGAGGGTTAACAGCCTGGTGCAGGCACCACTATGTGTTCATTTATGTGACATTCACATTATTGAAGCAGGAGCTGGAAGTTTTTTGGATTTCCACTACTAACATTAAATTACTGTGCCAGAAACAATTTTTAAAATGTCATTACCTTCTTCAAGCAACATCCTTGTTCATCAGTGGCTTTGTAAGTCTTACCTTCTCACAATGCTGAATGATAGGAATATGGGTAAGAGGAACTGATAAAACATTCCATTGAGATAAAGGGCCTGTCCCTCTACCCACATTCAAAGTTGCTTTAAAGTTTAATCAGAAAGGGTTACTAAGTTATAAAGATATCAAAGCTCTGTATCTGAAGTCATCAGAGTTATAGTTTGAAGACATCGATAAATGTAAATGTTCAAAGATATAACTTAAGTTTGAGGCAAAGGTTACTGGTAGACTCACTTACCTGGCAGTGGGTAGGATGCACAAGTATGAATAATCAAACCAGGAGTTGAAATGTTCTAATTCACTCTACTAACAGAAGGGAAACCATTGTGGAATATCTGAATTCTCATTTATTTAACTCAGTGGTAGATATTGGTATTATAATTTACTTTAGCTGTGTGCTGAAGTATGAAAGGGATGCTTATTGAATATTCTGTAGCGCCTGTGACTTCAATGTAATGTCAGAGAAACGTTCAACAAATAAGCCAGCATTTTCACTCTGCTTTTAGTGTTATACCCTTGAGAGAAGGGAGGCCACATTCCATTCCAATAATGACACTATTGTTCAGATCCCTCTATTTGAGTGGTGTGATACTTTTCTTTTCAAAATTCTGATCCGTGTGAAATCTTACTCCTTCAAGCCGAGGTTAATTTTTACAATATCCTGTAATAATAAATTGCCACAAGGCCTAATATAATTCAAACGATGGCTAACAGATGTCAGACCAAGTGAGTATGGTCAATAATCAATCAAAACAAAAATATTCTATTTTTTTTCTAAAAAACTATGTAGTTCTAAAGTAAAGCAATAATTTTTTATCTGGTTCGTAAATTTAAATGTAATTTCAAAGGAGTATTATAAATGCTCAAAGATTCTAATTTCAGTATTTAAAAATCTCTATTCAGCGTAATAAATGCTTATTCAGTGATCATCACCAGGATCTACAACAGGCCCTGATGATATGTGTGTAACCCACATTGCCCCAACTTATCAGCCCAAAACTCAAACTGTAAGCCACCCAAATTGCCATAAAATATTTGTTCTCTGACATTACTCTTTAAAATCATTCTTCTGAGACTTAGGATGAGTTCATGGAGCTGGTCCAGAGGAGAGAGAGTAGACTACCCTTCCCATCAGACCCCAAGGCCATTCTAGAAAGTGACCTGAACTGATTTACAGATATCCTTTCCCCACTGCCAGCACTCTGCTCAGCTATGCTGCAAGCTCCTGCCCCAGCCTCTAAATAAGTTGTGTAGGTCACCCCTCCACAGACCCCTTCTTCTTCCAGGTCAACCTTCACCTTTGTGTGTCTAGGTTATTCTTTGATGCATTCAAGATGTTTATCATGTGCCAATTGATGCCATGAGCCCATGTGCTTGGGATGGAGAAGTAAAGAAAGTAGACATGATCCCAGTCCTCAAGGAACTTCTATTCTAGCATCAGGGATGGAGACTCAGAAAATCAACACAGCAAATAAGTAAATTGCACAGTACATTAGAAAGTGATGGTTTCTATGGGAAGGAAATGGATACAGACCAGGGTAAGCAAGATCCAAAGTGCATGGGGGAGTGCAGCATGATAGGGACCTCGAGGAGACTTTTGGGCAAAGACATGGAGAAGAGGAAGGAAGCTATATGGCTCCCTCTGCACAGCAAATGCTGTGGCCCCTGGATGGGGCAGCCTGGCATGCTGACAGAGCAGCAAGGATGCCAGAGTGGCTACAGTGGACTGCAGGAGTTGTGAGGTGATGGGAAACCACTCAGTCATTGGTAGGATTCCTTTTTTTACTGGGAGTGAAGTGAGGAGCCAGTAGAGAATTTCAAGCAGAGGAACGACATGATCTACCTTATGTGTTAAAAACATTACTCTGTCATATAATAAGTGATATCCTATAGTTAGTTGCATTTAAGTCTGTTTCTTCCTATTAGATTGCCCTGCTGCAAGAGCGAGAACGATGCAAGACTTACCTTCATATCCCTCATAATTGACCCAGGGTTCACCAGATATCCATCAGGTTCTGCCAAAACCAGACTGATGTTTTATAATTATTCTGTGCTGGTTTGTGGGTGGGCTAGAAGATAAAGAAGTTGGCTTTTTCCACTCACATAAAGTTTCCATTGGATTATATGAAATGCTAAATATAAAACTTCTGGCAAAGAGGAGCCAAAAACCAACTCTAAACATGTTGGTTTCACCCCATGTCCGAATAAAAAATAGTTTCACCAAGCATTTTGTCCCTCAAACAAAAAAACTATGCAAGAAATATAAAAATATACATCTGTAGACAGAGCACTGGCAAAGGAGTACACAAGCCTAAAGATTTCAAAATCTTTGCATATTCTCCAGTAGAATTGAACAGTGTGCACAACCGCAATCTTAGGGAAATGGCCTGCTTGCTGTAAGAGAAATTAAGAATTGTATGATAGTTCTCTAAAATAAAACTGAACAGTGGTAAGTGTTCTAGAAAAGCAATACACTTTTTGAGAAACAAAATTTCCATTTCTTTTTGATCTGGCTTATCTATTTAATGTTGTGCTGACTTCTATGTCTTAAAAGTCCTCATTAATGCTATATCATAATCATAAGTACACCATCTGCTCACTTCTTTCAGAAGGAAGTGTGTTCATTGTGTTTGGAACATTGCTTATTGGTGCACACTCATGCGGGTGGATGTGAAGGCTGAGGGGAAGGGGAAGTTGAAGGAAGAGCAAGTTCCCTGTAAACACCTATGTCTTGAGTGTTGAATAAAAAGGGTGGTAAAGACAGCTAGTATGACTTCACTCCCATTTGCTTAATTATGAAATAAGTTGTTGTTAGGTAAAACCTGCAGAGAAAAGTCACCAATAAATTTGGAAAACACAAAAATTGCAGAGAGATTTTTAACATAAATGTATACACTATGCAACATTTAGAAGAGAATTCATATTGTTTCACATATTTTCCTTGGCCCGTATTTGCAGGAAAGTGGCAGAATATTTGTTTTTAAGATAGTTTTAGGATGACTCTCTGTTGTGAATCCCTATTCCTTGCTTTGCTTTAAAATCTTTTCTCTCCATTTTCTCTTTCCAGGATAAGCAAATTTAGTTTGGCTTCAATAATGGAAACGTTTCTCATGGCAGAGAGGGTGTATATGTGTTTTGCTGTAACATTTTCTCTTCTGAGCAAATATTTGGGCTATTGCAGTTATATTAAATGAGCCTCTTGCTGAAATAAAGTTCTGTGTAGTATATTTTTGCGGGTGCTCATGTAGGTTTTAAGAAAGAGTTGCCATCAAGAAATCTCTCCTTACGTATTCTTCAAGATAAATCTATAAGATACTTACATCATTGCTTTATTTCTTTCTTCTCTATTTTCTTTCCACTGGTAGACCACAGAAATGGCCATATGAAATACTTTTCAGAACATTTACTGATAATGATCCTAATCAGTTTTCTTTAAAGGGAGGTAAAAGGGTAGGAAAAATCAGTACTCAAGGATGCAAAAATCTACGTCACCATGTTTGCACTTGTGACTTAGAGACCTGGGGAAAATGAATCCATTGCCGCCTCCTTCTAACTGCAGTGGCAGAGACAAAATAGTTTGCAAAATTTCTCTCTCTCACTTTCTCTCTTGTTCTTTCTCTCCCCCTCCTCCATAATTTTGGGACCATTGGGCAGAGAGAAAGCAGCGAGGGTGGTTTCTGTTATTATTTCCAGGGATATAGTTGCTTTTATGGTCCTTTTGATTTGGATGTTCCCATCTGAGGAAAGGAATTTCTTCCAAGTACCTTGGGTTTTCCGTTACTTAAGTTCAGTTTGTTGTGGACACCACCTTTCAGTGTCAGTGGGACATCACCACCAGGTAAACCCAGCCCTTCTTTTCTCACCAACAGTAATGATCCCAGTGGTGATGACTTCAGGGAAGGTGTATAAAATGTGCATAGAAGCTATCTCTTCTTTTATGTTACATATTAGCTTTTACCAAAACCAGCACCCCTCAAGAGAATCATCAAACAAGGCCCTGGATGATTTTATTTAGTTATTGACAAAATCAAACTTTTCTCGCAGTACCAGAGTTTTCTTCCTTTGGAATTAAAGAATGGCATTCCTTTGGAAGACGATTTGAAAAGAAAACTTTCCAAATTTTTTGAGCAATGGTGTGCATGCTCAAGCAAATTCATTACATCCCAGGGAGTAAGTTCAAGGCACACAACTTATTTGGGGATGTAGATTTGTTTTACTTGCACTATATTATAGGAACATTTCATATAGTACTAAATATGACTGTAAGCATTTTGGAGTTGGTGATTTCTTCATGTTTCAAAATTGTGAGATCAAATCGCCTTGTCTGTCTTTGTGTGCAAGCCCAAAGCTCTAGACAAACTTAAACTAGGAAAGTGCAACAATTTCTTAAAACTGTTAATCAGCAGCACAGAGCTGATATAACTCAGTTACCTTACCAGAGTGCTCTCAGTAGAAACAGACTTCTTTGAATATGTCATCTTTAAGCCATGCCCTGTTTTTTATTATGCAGGATTGATCCTGCCTTTCTTAACTCACTGAAGGAGTACATTTTGTCATTGCTTTTACTTTCTCATGTCCTTGTCACAACTTAAACCACTCTGCATTGAGACATCTTCCTCACACATGAGCTCCAATGTCTTCCTCCCCCAGTCCGTGGCCACATTCACATTTTGACTCCTCTGTGGCCCTGGCCCTGTGGCCTGTGCCTTCCTTTGAATGTGCTCCCCAGCTGCACCTGTCATAACCCTGTGCTTGCATGGGTACACTGCTCCCTGTGGTGACCTTAGGTGCCACCAGCCAATATTATCTGGAAAAGGAAGACATCATTAGTAACTAGGTTTGCCAGTCTGATTGTAATCCCAGGAAAACAGAAAGGGATGAATACAGTGAATGGGGGAGCAGACTGCTGATCCCGTTAAGCTGGACTCAGGGAAGCCACAAAACGGGGCTCCAGTTCTCCATTCCTGACACTGTTGGCCCGGCTGCCCAGCATCCTGGGCAAATAGGCCTCCTGTCCCAGAACTGGGGGACTTGCTGGCAATTTAAGAAAACTTGGCAGGTCTAAATGCATCTTCACAGGACCGCTCATAAATCATGAGCCTGCTTTATAAAATGTGCTTTTGCTTAGTGACAGGGCTTACTCATGATGAGAAGTCAAGATTCCTTAGAGATTACAGGCTGTCAGGTCTCTTGTTAACTGGATATAAGCATTGGGGGGATTTGTTTTGTTTTGTTTGCACTGCCAGATCCCCAAAGAATGAGGATTGAATAAATTTTCAAGTTCTGAGAATTGTCCCCTTATGACTCCTCTGCCATTCCTACTCCCTCCATAGAAGATTCAGCGTGAAAGAATCTGGAAGCAAATGTGCTTGGCACTAAAACGAGTGCCACTTTCTGGTTTAAGAGTGCCATATTCTTAGGGGCTCCTACTCCCCCAAAGAACAGTGTCTTAATTGTGGCCAGATAGTATTCTGTACAAACAAAAATACTCCATCGATAGATCTCCAAAATAACATCAAAGTAAAATACTCCATATAAGGGAATTGTTGAGAGCTCTTCAAAAACAAACTCCTCATTTGTACATGGTGTAGACAGGTCAAGCATCCCTTGTTTGAAATGCAGGGGATCAGAAGTGTTTTGGATTTCAGATTTTGGCGGGGGGCGATTTTAGAATACTTGCGTATCCATAATGAGATTTCTTGGGATGGGACTCCCCCCCAGTCTAAAGACAAAATTCATTTGTATTTCATACATAACTCATAGCCTGAAGGTAAGTTTATATGACATTTTAAATAATGTTGTACATGAAACAAAGTTTATGTACATTATACCATCAGAAAGCAAAGGTGTCAGGTGTAGAATTTTCTACTGTGACATTCATGTCAGTGCTCAAAATGTTTGGGATTTTTGGATTTCAGATTTTGGATTTTCAGAGTAGGGATTCCCAGACTGTAGTAGGCTCTTCTTAATGGTTTATTGAGTCAGTGAGTAAATTAATGCATCAAACTTGAGTACTGTTCATTAATGGCTGTTGGAATAATGTACATATTCCCTAACTTCCCATTTCAATATTTTTTCTACTATACTTTGTAAATACATCCTCCCCTTAAACAGTTCTATAAAATAGATATCAATGCATCTACAATTACACAAGAGGCCTCAATATACCACTAAGTACACACACACACACCATGTAATGTAAAAATTGTGACACTGAATATATCCTAAATCTGACCCATCTGAAACATATGTATACAGATAAAATAATTTGTAATAGCTTTGATGAGTTAATGTTCCATATTTTTCTTGAAAAATTTCCCATAAGGGAAACAAGAACTGAACTACACTTAATGTGCACCATACTCTACCTATCAGAAACTGTTGAATCAGAACATCTCCTTGATGGGGTTGTTTATCTGTGAACATTCTGCTTCCTTGTCCATTTCTCGTAAATGGGTTCCTCATTTTGAAGGAGTGGGAAAGACAAATAAAGTTGCCCTCGAGGCTGAGACTGATCCAAAGAGCTGAGAATGAAGACAGAGTCAAGAATTGTCTCTGCCAACAGCCTAGATGGTGTGACCAAGGATGGGGCCCAATCTATTCCAAGTATATCTAAATTTGTTATATCATTATTTTTATTTTCAGAGTCACACATCAATAAAAAATTATTTCAACTGTCTTTGCATGTACACACACATTTCCAAATATCTGCAGGGAAGCAGTATGTAGTAATCTTTAGTTTAAAAAAGGAAAATGAAACTTTACTTGAATTCTAACTTTAAAATCAGATTTGCAGCTTTATAGTGCTAACATACTTTTAAGGTAGAATTGAACTCTTGTGACACTAAAGTGAATACAATTCTGTATGTGTTGGAATGTGTTTCGATTATCTCTAATGCAACGATGGGTAGTAATAAACTGTCCTATGATTGTGCAGCTGGCTTGAATGACAGCCTCAGGTAACCTTAACTGACAAAGAGTTACTAAATCAAATTCGGTAGTGAAAGAAAACATAAGCACAAGGGTGAAAAGAGGCTCCCCCAAATTTTGTTTTTATTCAAATGATGCTACAAAACAAATTTCTCTGTTTAACCAAAGAATAGTTCTTAGGCATTTATTACTCTATAAGCCATTGAAATGGAGTATAGCACCCCTGGTTTATTTATTGTAAACTGCAGAGGAGCTTAGACAACTGTGCTGTCCAAGAAGGTGGCCACTAGTCACATGTGGCTGTTTAACTTAATTAAAGTTAAGTATGTACTGAAGTTCCTCAGCTGATTAGCCACATTTCAAGCTGTCAATCAGCCCATGTGTTCAGCGGTGCCATATTGAGCAGTACGGATTGAGAACATTCTCTACGTTGTAGAAAGCATTGCTGGTAACACACCAGTGTAGCTGGTGCTCCTGAGAAGGTGCTCTAGTTGATAATGGCTTCTTATGCAAATGGATTCAGGAGGCTTTTTTGGAAGTGCATTTTAGTACACAGTGGACAATACCACTTACTATGTTAAACAGTATATAAAATTTTATTGTTTATACTTTTCCTTTTTTCATGCCAAAATTATTAGCACAATTTTACCAAGATCCTATAATATCTAAAAGACTTTCAAATTGGTTGCCGTAGCTTGTCAAAATGTCTACAGCTCATGTGGCAGTTGTCAAGACTTCTACAGATTTGGGGTGCATTTAAGAAAACATAGGAGACAGTCGTATTCAGCACTTAGTACACCTGAGACTAGATGTTTTGACAGATTACAAGAAAAATAAAGTATTTGTAAAAAGCATTAAGGTTTTCACAGGATATATGTTCTAATATTTAAATATTAGAATGAATACCGACTTAATATTCTCATTTACATTGGTATGCTTTAGTTAGTATTTATTAAAAATTATGCTATTTGGTAATGGCATCGTTAGTGTACTCTAAGGTTGTTTTATTAATGTTACATAGCCAAGACATAACAAAAAGTTTTTGTTTTGTTGTAAACAGGGAGCAGAGAGTGCTCCTGAAACCTTAGAGAAAGGGTTCTTTCTTCTCATTTTGTTCCTGTGGGAAGGGTTTTCAGAAATTTTTGTCGGATGCTTTTCCATCACTTGCCAGCTGTGTTCTGCATGGCTGAGTGTTGCTCAGGCCCCAGTTGATAGGGAACCCCAGTAGAGCTTCAGAAGAAAAATGTCTGCAGCTTAGTGGTAGTTCTCAGAGCAACAGCATTTGCCTGCTCTGGGAGATTGTTAGAAATGCAGACTCTGGGGCCCACTCCGCACCCTCCAAATCCAAGTGTCTTCTGGAGCAGTGTTGGCAAACTTTGACCAGCACCATAATCACCCAGAGTACTGGTTAAAACCCAGATCCCTCAGCCCCTCCCCCAGAGTTTGTTCAGTTTATGGTGGGGGTATGATTCTGATTGCTCTGATTCCTCTAGAATTTTTTTTTTTTTAATGCTGAAAAGACCATCAGGGACCTCCCTTTGAAAACCACTGCTCTAGCGGGACGTGGGACTCATGCTTGGTTGCACAGTGAAATCACCTGCTGAGCTTCCAAAAAAAACTGATATATGGTCTCACCTTCAGGGATGCTGAATTAAATAGCAATGGTAAGTCATGAGTATTGAGATTTTTTTTAAAAGCACCCTTGGAGATTATAATATA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Seq C2 exon
GGCACGACCAGCCGCGCCGGCCACCTGGCGGGGCCCGAGCCCGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGGGAGCCGTTCGCGCCCAGCCTGGGCAGCGCCTTCCACCTGCCCGACGCGCCGCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGCTCTACTACTCCAGCTCCACGCTGCCCGCGCCGCCGCGCGGGGGCTCCCCGCTGGCCGCGCCCCAGGGCGGTTCGCCCACCAAGCTGCAGCGCGGCGGCTCGGCCCCCGAGGGCGCCACCTACGCCGCGCCGCGCGGCTCCTCGCCCAAGCAGTCGCCCAGCCGCCTGGCCAAGTCCTACAGCACCAGCTCGCCCATCAACATCGTCGTGTCCTCGGCCGGCCTGTCCCCGATCCGCGTGACCTCGCCCCCCACCGTGCAGTCCACCATCTCCTCCTCGCCCATCCACCAGCTGAGCTCCACCATCGGCACGTACGCCACCCTGTCGCCCACCAAGCGCCTGGTCCACGCGTCCGAGCAGTACAGCAAGCACTCGCAGGAGCTGTATGCCACGGCCACCCTCCAGAGGCCGGGCAGCCTGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169862-CTNND2:NM_001332:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.986 A=NA C2=0.833
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)