RnoINT0043174 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010649 | Ctnnd2
Description
catenin delta 2 [Source:RGD Symbol;Acc:620734]
Coordinates
chr2:83697042-83711374:+
Coord C1 exon
chr2:83697042-83697214
Coord A exon
chr2:83697215-83710818
Coord C2 exon
chr2:83710819-83711374
Length
13604 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TCTCTGCTCTCCCGGCACAGGGC
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010649:ENSRNOT00000044871:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.983 A=NA C2=0.833
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]