DreINT0054619 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069484 | dab2ipa
Description
DAB2 interacting protein a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-516]
Coordinates
chr8:12126469-12145586:-
Coord C1 exon
chr8:12145032-12145586
Coord A exon
chr8:12126614-12145031
Coord C2 exon
chr8:12126469-12126613
Length
18418 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
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3' ss Score
10.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GACTTTCTGACTGATCTGATGATGTCTGAGGTGGATCGTTGCGGAGACAATGAGCACCTCATCTTCCGTGAGAACACACTGGCCACTAAAGCTATAGAGGAGTACCTGAAACTAGTGGGACAGAAATACCTGCAGGACGCTTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069484:ENSDART00000135812:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.051 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016825=C2=WD(100=43.8)
A:
NA
C2:
PF0061614=RasGAP=PU(27.3=95.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]