DreINT0057255 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062154 | dip2ca
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog Ca (Drosophila) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-031118-39]
Coordinates
chr24:27051787-27054883:+
Coord C1 exon
chr24:27051787-27051912
Coord A exon
chr24:27051913-27054637
Coord C2 exon
chr24:27054638-27054883
Length
2725 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
GTCTGAGTGACTCTCACTAGGCC
3' ss Score
5.05
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTCCACACAGAAGCAGTACAGGCAGCTCTAGCCAAACACAAGGAGAGGAAGATGGCTGTTCCTATGCCGTCCAAACGCCGATCTCTAGTGGTCCAGACCTCTATGGATGCTTACACCCCCCCAG
Seq A exon
GTGAGCTTCACACCTGATTCTAGACCAGCATTTACTTAAAGTCAACATGAAAGCAAATTACAGTTATTGAATGGATAGTTCTCAATTTTTTATGCAAACAGTGAAGTTCAACAGCGTATGATTTTGAAGTGACTTTTTTTTTTTTTGATTGTTGTGATATAGGCTTTGTAAGCGGGGGAAATATCAATAATCTTAGTGAAAGAACTGTATTAGGCTACTCTTTTAAGAAATTCAGGCCTCCAAAAAGATTTCATTGTTGATGATCGGAATATTGAAAGATTAATCTATGTTTGTCTTAACAGCCATAGAGCATTTCAATGTATTGATGTCATTGGCCCATGAACATTTCCTGCTTGTTATTAAACTATTTCATAACTGTAACAAGAGGCAGTTCAATCATAACTTAATGTTAAAACAGCTATCATAACATTATTTATTAATATGTGGCTGTTTTTTGGTTTCTCAAAAACTATAGAAATTAAAAATGTAAAACAGGGAATTCATTGGGACCATTGTTTTTGTTTACATCCCTCAAAATTGTTTTTATATGATTAAAATCACAATCAAGTTTAAGCTATTGTTTTCCAGAGTGAATCTGTTAAATGGTTTATTGCTGCCAGGGAGTTATAGTTTATAGTTTATAGTTATTGTTGATTAAAACCTGAATATTACTAATGTTTTACTAATAATTTTATTTTGATTTAAATGTTATTTCAGTTATAATAATGATGTTGTTTAATATATACATGGTATGACATTTTTTATTTGACACAGACATTGAGATTACTCTTAATAGAGCAAAAAATAAATAAAAAATACAGAATAAACACTACCTGTCACAAGTTTGGGGTCAGTAGGATTTTTAAATGTTTTAAAATAAGCGTCTCCTGCTCCATAACTGTATTAATTTAATCAATAATACAGTCAAATTTGTAAAATTGTGAAATGTTATTGCACTATAAAATAACTGTTCAAAAGTAGTATATAATTAAATTTAATAATTTATTCCTTTGATTTTAATGATTAATTTTCAGCTTCATTACTCCAGTCTTCAGAGTCACATGCTCCTTCAGAAATGACTCTAGTATTAATTATTATTGTTATAAATATTATTATTATTAATTTTATTATTGTTTATGTTAATAGAAATAAAAGCAACAATGAATGGAGCAATAATTTCATTAGAAAATGTATACAATAAGTAATAAATAAATATTTAATAAATAAGGATTTAACATTTTTTTTACAATTAATAAATGCTGCCTAAATGAACAGAATAATTTTCTTTCCAAAACTTCAAACTCCAAAAATCCAAACTTTTGACCGGTAGTGTACGTTTAGTATATACAGATATGCATATATAAGTACTTAATTAATAATAATGTTTTATTGTAATATTTATTGCGATATATATGAAGATTAATATGTTTTTTAACCAATATTGTACAATATAATAATAATAAATAATGTAAATAGAATGTGTAAATAGAATGTATTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCGTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTTCGCAGCGGATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCTTTGGGAAACATCCACACACACAATCACACACACACACACACACACACACACTCATACACTACGGACAATTTAGCCTACCTGCTGCGCCACTGCTTCGCCCAGAATGTATTATTAATAATTATAATTATTTTTCTTTTAATAATGTAACCACTGGCAACTTAAAAAATATATAAAAATGACTAAAAATGACTAAAAATGCCTTTCTAATACACAAAAATCTAACACCACATATTTATAAACACACATATAAAAGACCTTTTTATAGTCATTGTTTCATGACCTAATAAGTTTGTTATGGACACAATTACATCACATAACTCATTTTTGGCTCTAATTTACTTGTACAACAGGATGAAATTCATGTTAGTGCTTCACAAAATATTATTTGAGCATCGGTGTCCCAATGTACAGTATGTATCCGTAACAGTCAAATTGCAGAATTAGATTATTTATCAAAGACAAAAGATAAAGACAATAATAAAAAGTGTTATTTACAATGATAAATAAATAAATAAATACAATGATAAACATGTCATTTTATGCTTTTATTATTCGGGTACAAGAATTGAATACTTTAGACTCTCCAGAAAATTAGAATGTTTATTTCACTATTATCTTTGCTCTGTTGTGTTTAAACATGGTTGTAATTGATTATAATTGATGTAAACACACTGTATAGAAAAATATTTAATTGAAACGTGCTTTTTACCAGCTCAGCAATAAAACAGACAAGCAAAAAAGTTAAGTCAAATTATAAATGTCTAAAATCTCTCTCTTTTTTTTAAATAAATGTAAAATCTCTTTTAAAGGCAACCAACCAACCTTTGCCGTCATTCTCAAACGCAGATGGGATGGTGGGTCAAATCAAAGGTTACAAAGGGCCAGTCTCTGATCTAAATGAATGAAATCTTTCCAAGTAAAGCTATTCAATTCATGCAGTAAAATTATATTTATATCGCAATATATGTATCACAGAAAAACTAAATATGGCAATGTCCAATTTTTCTAATATCATGCATCCCCAATTCCCATTTCATGTTGACTTTAAGTGCTCTTGTCCACTTTCTGGGCTGAGTGTTGAGTGGGTCTGAGTGACTCTCACTAG
Seq C2 exon
GCCTCTCCCCCCTTTCCTCTCTGCCACCCCTGACAGACACCTCGTCCGGCTCGGAGGAGGAGGGCGGCCAGGGTGAGGGAACCCCCACCTCCAGCCAGGGCAGCGTCAGCATGGAGCACTGGATCAGTCGGGCCATCCATCAGGGATCCACCACCTCCTCCTCCTCTTCATCCACACAGAGTGGGGGCAGCGGGGCCGCCGGACGCCTGGCTGACGTTCTGGCTCAAACGCACATGGGCAAATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062154:ENSDART00000137212:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=PD(26.3=69.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]