DreINT0059720 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076826 | dpp6a
Description
dipeptidyl-peptidase 6a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090918-4]
Coordinates
chr24:6675425-6681371:-
Coord C1 exon
chr24:6681302-6681371
Coord A exon
chr24:6675620-6681301
Coord C2 exon
chr24:6675425-6675619
Length
5682 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTGAGT
5' ss Score
5.84
3' ss Seq
TTTGTTTCTGTCTATTTCAGAGA
3' ss Score
11.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTCAGCGTGCAGATCCTGAAACCTGCAGGCTTCATAGACACATCACACTACCCACTTCTGCTCCTTGT
Seq A exon
GTGAGTAAATGTCCTGAAACATGCTCTTGTTACGCAATAACACACACACCTCATGCTTTATGCAGAAAAGTGTGTCAGGTTCCAGCAGTTTCTCTGAAATCCCCAATGAACTTCCATCTAGGTTGGTCCCTCATTAAAAAAGCCATAATCTACACTTATCTGTTATTATTTCCCCCGAGTCCCACTTATAACTTTAGTCAAGGTTTCTTGCAAGGTTTCTGGAGGTGTAGTTGCAAGCATGCAAGTTTGCAATGCAGTTTCTTGAAACGATGGATTTGGGAAAGGCCAAATCAACGAACTATGTTTGTAACTGTGGAACTTGCGACCTTAGTTGGCAAACCATAGTTTTCAGAAACGCACGCCTGTGCAGCAGCCGCCAATCAACCGCACACTCCAAACGCGCACTACACGCAGGTGACTGATGGACTCGCTCCATATACAGACACTGTTCTCAGATCAGTTTCTGTACATGTGATTTAAAGAGGAGCGGAAGTGTATGCTTTGGTATTTGGGTGGGTTTTTAAACAGATAAATACACTTAATAATATGAAAACATGTCCATCCTGGCGTCTTATATTCATTTTATTTCCGTTTCAGCTGGGTGTTTTCACACTTCTAGTTTGGTAAAAAGTGGGCATGCCCAGCTCTGTTTAGGGGGGAGTGTCGGAGAAGGAAAAGTGCATAAAAATTTGCATATAAATGGGAGTTTCGATTTGAGCTTGATTCACGCTGATTTTCACAGAGGCAAAACAAACATAAAGATGCAGGGGAGAAAGACAGTGACTGTGTTTACATGGACATCAGTAATCAAATTATTTGATAAATTATTAAATGGTGGACTTTAACTACAGTTTGGCTCTTTCATTCAAGAATTTCATTCATGCCCCTCTTGACAAATGAGATATTTGATTTGAGGAACTGCTGTAAGCGTGTATTTTTAATGCAATTTTTGATACAGCACAGCATATGAGAGAAAAAAAAAAAGTTAGATGCACTTATATGCACTAAGCAGGTAGCGTCAGAAAGACCATGTGTGTTATCCCTTTCACAAAATGCGGCAAAAATCCTACACTCGGATAGTAGCATTTATAGCGGATCTTTCAGTCTATAATATTGTAGTCATGATAACATACTGTAAACTTTAGTAACTTAGAAATCATTTGACTAAGGTCTGTCTTTAAACACTGAAAGAGTACTGCTGACATTACAAACTAACTTTGCTATCTGAATAAACAAAGACCACTGATCGCTTACTTACCAAATCTGTAGAGACAGGACAATCAACACCAACTGGAGCCACGTCATTTTTAAAAGGAGACGAGAGGCATTTCCAGATGAGAAAAGCTCTTGGGTAAAAAATGTTCCTTAGACAAGTATTTCTGTCTGTGTCGCATGCACTGTAATCCACACGTGAGTCCAGCTGTGCTCTCATAGCGGGAAAATGAAAACAAAACCTTCACTGCAGCAAATTATAAAAGCAACACTGACGACCTATATCTCCAAACAATTCTTCTCCGACTTGTTTTGGCAACACAACGTGGTGTCTCTCTCTGCCGTCTGAACACTGTATCAGGTACAAACAGTCTTCGAAGCTATCATGCATATTAATAAAGTTGCACCGCATACACAATAGAGCGCGCTGATTGGTTTGAGCCAAGTCTTTCTTATGAATGAATGCAGCACACTCAGAGACGTCACAATGCAGTCTACATGCTGGAATACACGCTAAGATCTCATGGCCGTGACGCAGCTTCAAAAATTAGTTTCAAACCGGAAAAACAAATTTGCTCGCAATAACGCAAAAACAATAAATTTTCACTTTTTAGTGAAATATATGTGTCCTAATAGTGTTTTTAGCAGCGTGGGACACATATACGACTGTCAACAGCTCAAAAAAAATGTGTTTTGGTGTTTCGTGACCCTTTAAACACAAATAATTTTGTCTTAAATGAGCATAGACAATATAAAAGTAATCGAATGCTTTCATTATAGATTTGTGTATGGCTCTCCGTGCAATTAGGCTAATTAAGTAATGACTAAAAAAAAAACACTCAAATTCTTGATCACAGCCTGACCCTTAGTTAGTTGCTGGAAAAATTGGCCGGGCTTGAGCTCAGGCAGAGAATCTAAACTCTACCCTAAATGTGCAATGAGCAAAAACAAAAAGTGTTTCGGCAAGTGTTTTGGAAATTTCAACTATATATTTCCATTATTTAAAGCTATATACATTTTTAGATATTTTAATAGGCCAATAAAATCTTTAAAATGGTCAATCAGTAGGATTAAATGAAAAACAAGGTCATACCAGACTGCTAAATATCAAATAAGTGACATTAATATGTGCACGGAGGTGATTAGTGTTAATGTGCTCATCGAGAGAATTCCTAAATGACTTGTTTTTTACAATTAAGTTTAAATAAATGATCCAGAAAGGAAGCTTTAAAGCACGAACTTTAGACTTTTCCTGTAATGCGATGAGCTCTATTATATCAAAGAGCAAATCCTGTTTTTCATGATATGAGCCCTTTAAAGTGTGCGCTGCAGGTCATCCTATTAACACACAAACAGCAGTCTCTCTCCAGCTCTGTTCCCGCGCTGCGCTTCAGGACTCATCAAGAGTAAGAGTCTTACTCTGAAATAGACTTTAGTCGGTGCTATTAATCTTGTCTTTTCAGCCGTACACTTTCAGCCACTGTAATTACACCACAAATGAGTTCACCTGAAGCCTGCCTTCAATTAACCCACATCATACGTACTGCAGCAGACAATCACCTGTGCTCTATAGAGCCGCCAGTGAATTTAGATTGTGTGTTGGGTCTATAGTTGATATAGAGACGGCGTATCAGATTTCAGTGAACCGCCTGCCTATTCACAGCGGGTGAAAACTTTAGTACACTTTTAAAGGATCCTTAGAATGAATCTCTGGATACACCTAGTCATAGCTGAATAATAAGAGTTCAGTACATGGAATTAACAGCATTGATAGGGCATTCTCATGTAAATGATGTGTGTAAAATTATGGTGAAAAACAGACTAATCGGAGCTTAACTACTATGCATGCCTCAGGCTGCATTTGATTGGTCACAATGTTTCCTAGTGAGATTACAACAATGACTTTTGTCCTTATTTTAAAGTTTATCTAAGCATGTATTAAACATTCTGTACTATGTATGTGGGATTCTTATTTTGAAAACTGGAGAGGCAGAAAGGCAGCAGTTCTGTGAGTCAGGCAGCCATCATTCCCACTGTATATATGCATGCTGAGTTATACAGAATAGTGTATATATGTATAGTTGAAACTAGAAGTTCGCATACACTATAAAACGGCACATAACCATTAAAAAAAAGCCAGATGTTATTGTGACTGAACTTTTTTTTTCTCTTTTATGTAAGTTAGGAATATCAAATTTGTTTCTGTTATGCTTAATAGCAGAATAATGAGAGAGATATTTTTTGAGAAATTGTTATAACTTTTCTTGAAAGTCAAGTTTACATACAATAAGATCATTATGCCTGTAAAAAAGCTCAGATGATTGTGTCAAGGTTTTGGAAGTTTCTGATTGGCTAATTGACAACATTTGAGTTAATTGGAGGCACAAATGTATAACAGTATTTAAGGAAAACCTCAAGCACACGGATTCCTTGTGTGACAACATGGCAAAACCAACAAGCCAGAATCAACAAAAAAGCCAGATCACAATTTGCTAAATTACTCTGGGAAAAAGAATAACTTTGGTTTGCTGCTGCTACTGGTCCACTTCACAGCATAGATGGCATCATGAAGAAAGAACATTATGTAGAATACTGATGCAACATCTCAAGACATCAGCCAGGAAATTAAAACTTGGCCACAAATGGGTCTTCCAAACAGACCATGACTCTAAGCATACTGCCAAATTGGTTCATGTACTTCAAGGACAACAAAGTGAATGTTTTGAAGTGGCCATCACAAAGCCCTGAAGTCAATCCTATAGAAAATTTGTGGGCAGAGTAGAAAAAGCTTGCGAGCAAGACCAATTATGTCAGGAGGAATGGGCCAGAATTCCTTTAAACTATTGTGAGAAGCTTGTGGAAGGATACCCAAAACATTTGACCAAAGTTTTAGTTTTTAAGCAAAGATAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAAATAAAAATACCAAGGAAATGTATATAAACTTTTGACTGTCTAGAAATTAATAAAACATTCTCAAAAAAAAAAATTCTCTCATTATTCTAGCATTTAGGTTGGGTAATCCTAATGGACCTAAATAGTATACGTTTAGTGTGATTTATCATCAGACATTTTTTTTTTAAATGGTTATGTTCCTGTTTTTAGAGTGTACATGTATGTAAAATTCTAGTTTTAACTGTAAATGCCAATAGTAGTTAAATCAAGTGGCTTGCCTAATTTGTACACATTAAAATGGAAAAAGTGCTCTTCTTTACAACATGACAAAAGTTTTAAATGTGACCAAAATTTGCTTTAAAAATTTTTTATTTAACTTAATGTGACTTAAATATGAAACTCTTTCCTGTCACTCAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTATTGCAACTTTTTTTTATAAAATTGTGAGATGTAAATCTGAAACTGAAAATAAATTCTGAGAAAGTTGTAATTCCAAGTTAGAAAGTCATAATTCTAAAAAATAAACTCACAGTTGCATGAATTCTGGCTTTATTTTTTTCAAAATGTGACTTAAAAATTGCAATTTCAAATTCACATCTAACAATTCTGAGGAACAAAAAGTCAGAATTAAGAGTTTGTATCACGCAATTCTGAGATAAAAAGGTTACTATAATCTTTCTTTTTATTCAGTGGTGAGAATGGGATTCTATACTTAAATACTATAAGATAAATAGTCATAAAAGTGTGGTATCTTTAAGTAGACATGTGTAACATTTCATTTGAAGGTGAAATATCCAAATGTCTTTCTGTTTCAATAATTTTCCCATCTATTTGTTGGCAAACTAGCGATTCTCTGACCATCCTAAAGGACCAGACCTTTCTTGGATGCTGCTTTTGTTTCAAATCTTAATTACAATCACTTGTTGACATCACCTGTTTCAAATCACGCCATTATCATTACCACAATTTACCAGATTACCAGCCCTAAATTGCTCTTATTCCAACTTTTCTTGGAATGTGTTGCAGGTCTGAATGTGAGGAAATGATGTATATTTACTAATGAAGTTGACCAGACAAAACGTGACATATTTTAAGTTCATATTGTCAACAGTAAAAAGAATAAAAAATACAAGTCAACGTACATGTAGAAATCACTACTTTTTTTATTTGCGATTTCCATACCGTCTCAACCTTTTCTGATTTAGGGTTGTATATAATATGCATGTATACATATTATACATTTTAAGTAGGCCTAAATTTCACACACTTTTTCACAATGGTAGACAGCATTTTTATTTTTGGACCGGAGATACGCAATCTGATTCAACTGACTGAAAATGCATTAAAATGTGGCCAGTGTGCTTTGGACAACATGCCAGAATATGGCAATAATTGCCAGATATGTTTTCTAGATAGGAAGCTTACTTGAATTTGAGACAGTCAGTATGTTCCAGCACAAATATAATCCTCCTTTTTTTCCTTCTTATTTTTTTTTTTTTAAGAAACCTCAGTGGTTTATCTTTGTTTCTGTCTATTTCAG
Seq C2 exon
AGATGGGACTCCGGGCAGTCAGTCGGTCTCAGAGCAGTTTCACATCGACTGGGCATCAGTGCTGGTCAGCAGTTTTGGGGTGGTTGCAGTGCGCTTTGATGGACGTGGAAGTGGCTTCCAGGGAACTAACTTGCTTCATAAGGTGCAGCGCAGGCTGGGGATGTTCGAGGAGAAAGACCAGCTGGATGTCCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076826:ENSDART00000080766:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0032616=Peptidase_S9=PU(50.0=78.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]