DreINT0063286 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005565 | entpd8
Description
ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 8 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040724-142]
Coordinates
chr6:41042499-41049095:+
Coord C1 exon
chr6:41042499-41042630
Coord A exon
chr6:41042631-41048977
Coord C2 exon
chr6:41048978-41049095
Length
6347 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGA
5' ss Score
7.75
3' ss Seq
TCTTTGTCTGACTTCCTCAGTTC
3' ss Score
8
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGCAGAAATGGTTCATATGAAGGCTATTTTGCTGGGTGCTGCAATGGCAGCCGTGGCTGTGACAACCATCATCGCTTTGATTCTGGCTCTTGCAAACCGGCAGACTTTGGATCAGCCATACTCAACACAG
Seq A exon
GTGCGAAGACGTTTAAGTTTAACTGTCACTTACAGTGTGGTTTTGTGAAGATTTTTTAACAGCAGTTGTGTGTCAAGAAAATTAGCATTGTTGTTAAAGTAGGCATTTACAAGGTAATTGTGTGCAAAGTAAATTTTTGTTACTAGCACTGCTTGCTGTTTATTAAATGTAGATCATCCTAAACTGATGTCAACATTAGTCAATGTTTTTATTATAATATGTGCATGGCAGCTAATGACAATATAAGCATAATTAAATAATAACCAAAAACAAAACAGCCATGGTGTTGCATGATTTATATGCATAAGTGTCGCATAATATACGTTGATAATATTCATTTATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTACGTTGATAATATATTAAAATTATTTGATATTTTCTTTTATTATAAATGCATTTGAATCATTTAAAATATATTTCAGATAAAGTGATGATTATTAGAGCATTTTTCACAGTTTTTCCTATTATATTTTTTATTCTGGAGAAAGTGTTATTTCTTTTAGTTTGGCTGGAAAGAGAGCATTTTTATTTTAGTCAATATTATTACCCCTTAAAATATATATTTTAAATATATTTTAATGGCTACAGAACAAACCACTTATCCAATGACTTGCCTATTTAACCAAGCATGCCAAGAAAACCAAGTAAACCTAGTTATGCCTTTAAACTGTACTTTAAGTTGAAAACTAGTATCTTTCAAAACCAAGCCCGGCTCCACGAGGTAGGGGGGGTGATTGGGGGGTCTGGGTTGCCCACCCAATCAGAAGCTTGGCCCACCCTGGCCCTACATCAGATAACAACAATTTTTTTTTCCTGATGCGTTTCATAACTGAGAAAGCAGAATAAGAGGTGGCCGTGCAGCTTCAGAAAACATGCTTTGGCAAGCCAAACTCCTTTACTATCTTGATTAAAGTATTATGTTTGAATAATTATAAACAATTTTGGCTGCAAAAGATGAAAGAGAAACTATTCAGGACAGAGTGCAGGTTTCTGTGCGCATCACGCGTCTGAGCGCGCATTACCAAATCGCACTTTCCTTTAATATCATTTTATGCAGTCGTAATTCATACAATAGGAAGTCTTAAAGAACACAAACAGTTCAAAACTGAGTGGGATATTCGGGAGATGTATTGGACCCGCTTAAATATTATAGCATTTTTCTCACGGAAAGAGCAAATATTAAGTTCACTTCTGTTATATCTGTTAATGACGCACAGAAACGGACAAATCACTGGCAGTTTTAGTTGTAAAGTTCATGCAAAGTGTAACATACAAAATTCACACACGAGTGCAAAGCACTTTACTGCAGTGTGTGTCTAAAACATCAATATTTCTCGAAACATATCCACGCATAATGTTGCTTTCGCTTTGCTCTCTCCAAACGCGCGCTCTTCTCTTGACGCGCGCTGCTGCGTCCCTCATCTGTATAAACAATTTGGAGAGGTTAGTGACTATCTTCATTTCAATATCACTGACTCGATTAATTAAATACGAAAGCCCTGTAAAGTGCTGTCGATTGAGGTGTTGTCCTTTTTCCCTTTAAATCTCTCTAATTATCATAGTCGCTCTGTTATTGGGCTATTTAACTCAAATTCTTAATTCAAGGGGGCAAAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACACCAAGAAGGTCGCTGGTTCGATCGGCTCAGTTGACATTTCTATGAGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCTGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTGAATTGTCCATAGTGTATGTGTGGATGTCCCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCTGCTGCGTAAAAACGTGGTGGATGAGTTGGCGGTTCATTGTGCTGTGGCGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGTCGACAAGAAAATGAATGAAACTCAGAAAAAAAAATGTTTTTTGATAGGCTATAAATGGTGATGTATTATCTACCACTAACAAGTATAGGCTAAAATGCAAAGTTATTCAAAAATTTGTTTATTTTAGTTATAAAAAAATACAAATGTCCATATTGGTTCTTGTGCAATAAATAATAATTAATAATAACATTAAGATTTTTTAAAATCACAAAATATAGAAAATGGTATGGAATGTTGATATTTTTTGAAGGTATCATCTCAAAGTTGTAAATTCCAGCATAGTGACAACAAGAACACAGCTATTGTAAAGATTATTATATGTATTAAAAGCAAGATGGGTGATTCTGTTGCATGTATATTTTACATTTTAAAAAAGTTAAGGAATATAACTCTTTTAAAGCAATTATTTCCAGTATCTTGTAGAGCAAATTTATCTTTTATAATTCAGCTTTTGCTGAACATAAATTATTAAATGTTTTAACTTTAGGGAGTAAAAGTTTTTTTTATTGTTTGTCAACTCTGTCATGGATAATTTTAGTAATGTTTAGAAATGATAATAAATCATAGCCAGAAAAATCTTAATGGTGGTAGGTACTAAATTGGAACTGAATCGACAGTAACAATTTAGTTTTACAAGTTTGTAGCCAAACATTCTACTTGCTATAACTGCAAAAATCACATGATACTAATGAAATCGGGATTAAAATATTTTTAAATTGTCCAATATGTGATTAATGAAATAATCAGTTTTCCTTTTGTAATTGTGGTAATAGTATTCACAATTTACAGTTTAAACATTTAAAATTAAAATATTGGTGATTTTCTTTTTTTGTTTAAAGAAAAGCAAAATAAAATATTTTTGCACAATGATGGAAAAATACACTGACTCATTCAAACATTAAAAAATTATGATTTTTGGTAATATGATCTTTGAAAATGATGAACACATTTTATAAATAATCAAAAATGTCACAATGTAAGATGTAACAATTTTTTAAAAGCTAAAAAAAGGATGGCCTTGGTCACTAAATGTACCTGCAATAGAATCACCCATATAGTTCATGGAGAGCAACATGTTTTCTGGAGTTTTCTTGCAAAACTTGGCAAACATTACTTAAGCAAGCAAAGACTGAGATAAATATAATCTGGAGTACAAATAATAGTTTTTAAATAAAAAGTTAGCTTGCTCTTATTAAAATGACAGTGCACATTTAAAAAGATAAATACATTTCTTTTAAAATGCTTTAAATTATTTTATTACCTTTAAAATAATTGTTGTCTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTATTATTTTATTTTTATTTTATTTATTTTTTTTTTTTTGGCCCATCCAAAATGTCACTTGGCCCACCCTAAAGTTCCAAGCTGGAGCTGGGCCTGTTTAAAACAACAAGTAAATACAGTTATATGTACTGTCATCATGACATAAACAAAATTTATTATGAGTTACATAGAAATTAGTTATTAGAAACTGGTTATTAAAACTGTTATGCTTAAATATGTTTTTAAAAAATCTTCTCTATTAAACGGCAGTCAGGATTCTGCGTCTTCCTGTGTGTCCCATGTGTTTTTCACACCTTGTGTTCTGTGTTTGTTTCTCCACAGTGTTGATTATGATCACTTGGTTCAAGTGTATCTTGTCTTTTACTTCTTTGTTACCCTCCTGCCTATATTAGTGTTTTTCATCTCTCACCTGTGTTTGATCCTCGGCGCCCGTCTCCGCTTGATTAGGTTTTAGCCGGATTCTTGTATCCGTCTGGTCTGATTAGTCTATTCCTAGGCACAATGTCCGACTGTGTCTAGTTGGATGTGTATGTACTCTGTGCTTATCTATTAAATATGACAATAGTTTCATTTTCATCTGCTCCTCGTTTCGTTTTCCAATAGATCCGTTACAGAAGACCGGACCTTGACAGTTTGTAACATTTGTTTACCACACTTCATTTCCATGTGTTTTCCCAGAGTTTTTGTTTATGTTATTATTTGACCCCTTCCTTTGTCCTGTTTTGCCCTACTCCTGTTGAATGAGACATTGTGTTTAACGGATCATAAAAGACCAGCCTGATCTCACGAGAAAACGTAAGTATTAAGTATTTTACGTTTTGGCAGTTTAGTGGCTAATTCAGTCGTAAGAAAATGTACCATTTTAAAAAGGAGGCGTGGCACCTAACCCCACCCCTAAACCCAACCGTCATTGGGGGATACGCAAATCGTACTAAAATATACAAATTAGATCGTACGAATTTGTACGAATTAGCCACTAAATGAAAAAGTTACGAATTGCCGTGAGATTGTGTTGAAAAGACAGGTCCTGTCATTCAGTAACTCCACCAGCTACCCAGACGACACACTCTGTGCATTTTAAACATTATTATCCTGAACACTGTGTGCACCATTCTGTCTTTGTGGAGTGGATATTTAGCAAGGTCCCAGATGGTGAACAGGGATCTATGCCTCACCAGTGCCTCTCCAGACCCAGCACTCAGCCCATCATTTCCCTGCTGCACTGTGTGGAAATCTTAAGCCAGTAGCTGAAGCCTCAAAGGAAAGCTCTTGCCCACTGCAACACAGCGAAGGGCGAGTTGACTGGAACAACTGGGGCAGGTTAACATGCAGGTGGTCTGTGAAACCCAGAATCGACTTTCTGCAGCCATTGTTTGTCAGGCCCAAATCTAGATCCTGTAGCCCCAAAGGATTATGCCGATTCCCCACCAGTCTTCATCCTTTCTAGTTTCCCACTGGTCTCCTATCCTGTTGAATGTCCTCTGGGTACCAGTTCAGTTGACCATGCCCCAGTTCTACCAGTCAGCCTCCACCACTTACCTTTCCAGCATACGTCCCCTTAAAATTGTCAGCTCTGTCTCTTCCATGGCTTCTCCCAGTTATATTAATGGCTGTGATCTGGTTACCTCCAGCTCCATCTCCTCCAAATTCCTCCAGTCATCTCCCTGGCTTCTCTTTCCATCTGGTCCACCCTGTGCAGTCTGTAGCACAATGACAAACTTGATCAGGTCCTATACGTAGTGGACATTGTGTACGCTCACTATGGTAATGCTCATGCTACTTTGACAGTAGAGTTTAGAGCATGTAGTGTAGTGTAGAGCATGGGGTGTTCCTGTTCCTGGAGATATATGTTCTTGCATTGTTCAGCTGCAATTTTGATAACAAGTGCTCCATTAGATCTGACGTTGTTGGTTTAGTTGTGTTTGATCAGTGTTGGCATTAAATTCTGTAGGAAAGCAGATCTTCAGGAACCCCTGGTGTAGACGTTAATAACTGTGAGGGTTGCGTTTAGGGCTGGGGTAGTTGTAGACGTCAATAGTACACAATGTGTTGAGTAATTTAATAATTGATATGAATAATTATTGTTTCTAGAAACAACCGATCGAGCGCATATCCATAATGTATAAAACCTGATCAAGTACGTCATCAAGCTGCAGGTTACAGCGAGGACACACTCTGTCAGTTCCCTCCTGGTTTCGCCCTCTGTGATTTCCACCATGGCTTTCCTCCAGAACCCCCCCAACTCTCAGAGGGGGTGCATTATCAGGACTGTTTCCTTTTGTGTCCCATGTCTTTTTATGTTTTTCACCCTTGTAGTTTGTGACCCAGTTTCTCCCCAGTGTTGATTTGGTTCAGGTGTGACTTCTCTTGTACTCCTTTGTTCCTCGTCCTGTCTCACACGTGTTTGATCCTGTGTGCCTCCGTCAGTTTGATTAGTCTGTGTATTTAAGTACCTGTTCTCCCCATGTTGCCTGTTGTTCTGATTATCCTTCCCTACATGTCTGTTCCTATAGTCGGCTGTGTATCTGAACACAAATGTGCGATAACATTATCATAAAGTCCAATAAAAAGATAGAGAAAGCCTTATGAAAATGAATTATATTGTAATTAAATTGTTATTCATGATCATTTAATGTCATAGAATAGTAGATGAGCTAAAACAAAACCAGCTAGCTGACAAGGAAACATATTTGCTGTGATCAATCTGGCAAAAAACGAATTGAAAAATGCGAAGAATTCAAAAACTAATAAAATGTCAAACACAAAAATGCTAAAACTTTAAATAGAAAATAAATTAAATAAAAACATAAATTAATAGAAACTACAACAGTACCTTAACTGTACTAAAATAACACTTACTTGTACTAGCTTAACAACAACTGCTATGCTTAAAGTTGTTTGAAAACTTGATGAATTTGCCAAGGTGGTATAGTGAGAATGTGAGAGTTAGTGTCAAATGTTCTCTCTCACAATGTGTGTGTGCTATTTCTCTAAAGAAAGTAATCATACTCAATAAACATTCCACATTTATGAAGCTCTTTGTCTGACTTCCTCAG
Seq C2 exon
TTCGGGATTGTTTTTGATGCCGGCTCCAGCCACACTGCCCTTTTCCTGTACCAGTGGCAGGGAAACAAAGAAAACAACACTGGAATCGTGTCGCAGAAACAGAGCTGCGATGTGGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005565:ENSDART00000011245:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.075
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0115012=GDA1_CD39=PU(1.9=19.5)
A:
NA
C2:
PF0115012=GDA1_CD39=FE(24.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]