DreINT0063289 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005565 | entpd8
Description
ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 8 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040724-142]
Coordinates
chr6:41050478-41054875:+
Coord C1 exon
chr6:41050478-41050637
Coord A exon
chr6:41050638-41054644
Coord C2 exon
chr6:41054645-41054875
Length
4007 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TTAATGGCTTTTTCCTGTAGCAC
3' ss Score
7.99
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTACAGAACCAAACTCAATCAGACAGCATCCTTGCAGAGGTCGCCAAAACAATTCAAACTTACCCATTTGATTTCCGAGGAGCCAGAATACTCACAGGGATGGAGGAGGGAGCTTATGGCTGGATCACCACCAACTACCTCTTGGAGAGCTTTATTAAG
Seq A exon
GTAAGGTGCACTTTACAATGCTGATAATAATAGGATGATATAATAATATGCTAATATATGGCTATTTTGCTAGATACTGTATATACAGTACACGTCTATCATCAGAGGGATTGCTTGTTGTTATATATATATATAAGGGGTTTTATACTTTTAAGTTTGACAGGACAGTAATGAGTGTAGACAGGAAAGCATGGGGCAGATATAGGGGAAGAGACAGCGAGTTCAAAATTGAACTTGGTATGCAGCAAGCACCTTGATATTACTGGCACACATTAATATTATTTAGAGAGGGGTCTGGATGTAGACTGGGTGCAGTTGCAAGGTTAGATGCATGCAATGCTTTTCATGTGCACACCTAACCCCGCCCACAGAAATGGGCAAAAATACCTAGAAATGTATTAAAAAAATACAAAATATATAAATTTTAAATGTATCAAAATAAACTACTAAATACAGCAACCATAAATGTATCAAAATAAAATACTGTATTTTATGACTTCAAAATACTTCCATCAATAGACCTATTGGATCAATTCCTACACCATGAAGCTGACTTAGTAAAATACTCAATGATTGATCGAAACAACTTTTCTCTGCCACTTTGTTCCCCTGTAGGGTAAGTTGTGGCCTAATGGTTAATGAGTTGGACTTGTAATCCAAGGTAACTTGTGTTTCTTTTTGAGTTACAAATTACAATCCATCCAGTTCTTCTTTAACTGGAAGATTACTCTCCTAAAAACACCAGTAGACCATATTTAAGTGTTTTTATATTTTTAAAGTTCCTCTGCATTTCCAACTGCAGCACCAAGACTGAGATTGATGAAGCTCCTCGTCCTGTTCTTCAGGACTGATGTTTTATTCCATTTAATTTCTTAAACAAAGATTCTAAATTGTACACTATACAGCCATTATATTCATGCTATTAGCATTGAATAGTTGTTGACCTGATCCTGAATATACCTTCACCATTTGTCTGTTACTTTCTTTAAACAGAATTTTCATCCATACTCCTATCATTGATCAACTTAAAAATAAATCAGTTCTCTGTTCTGATCTCAAGCTTGGGCAAATAACTGAGAAAGCACTAATCAGAGGGCTCGTTTCTGAAGACGTCATCATGTACTGTAGACTTATTGCAAAGACTTTTAAAACTACAAAAATACAAGACACTGAAGTATTTTGATACAAAGTATTAAGTGATTTTCATCAACCCTATCAAATACAAATTACTATTTTGTATTTAAAATATGTATTTGAAATGCATGTATCATAAATACTACCCGCTCCTAACCCTACCCCGCCCTCACAGTGATGTCACTAGCTCCATTGAGTGCATTGTGTCTCACATTGCATATCTGAAATACGCAGTCTCAGCTTGCAAATCCAAGTCTGCATCCAGACACTATTGATTATTGTACTTTTTAAAATAATGGCTTTTTGTCTACACTTTATGTGGTAATTCAGTCCATTAAAGATGTGGAATAAAACTACTAATGCAACAAAATTCATTATGTTCTCATCCCAGATAACTTTACTTATTTGTTACTCTGTGAAAGCCAGTGACGACATATACAATAGATTCTGTAATACTGTTATAGTCTTGCTTTTCATGTTGTTTTGCCAACACTGAGTCAGATAAGCCACTCAATCAAAAATAGAAATGATTCTAAATCCCTCATAATTGCTGCTTTTGTTAGAACACCCTGTTTTTTAATACACTTAAAGGTGCAGCGAGTGATCTCTAAGAAACACTGTTTATAAATGATTGTGCTAATAATTGCTAGCAGTCTGTTCTGTGTGCACGGAAGAAGATAATGTTTGAATATTTTTTACCAGCTTTGTAAATTATGAAAATTTAAGCCATCAGACTGAGCACCACAACATCTTTCTAGCCAATCACCAAGATATGTGCGTTTAGTGTCATTAGCTGGATTTCCATCCTAACGTGAAGCAAGTCTTTACAAAGTTAGCAAAAAAAGCCCAAATGTGAATTAGATGTGCTTCCATCAAGTTCTTAAAGAGGCCAACTGTAGTATTGGTAGCCTAGTAACTAACAGTAAACATGGCAAGCATAATGGAGTCAGTATCCCCTTTCACACATACAGACCTTTGAAAACATACAGAATTGCGGGTAATTTTCCAGAAAGGGATCATATGTGAACAGGCCCTTTTTGAAAATACCGTTAAATTAGTTTTGGCAATTTTCCGGAAAGAGAAGTTGTAACATTAAAGGTAATTTGCCGAAATGCTGCTCTGTGTGAATGCAGAAGAAAAAATACCGGAAAGAGTGTGTTCATGTTTAGAAAGCACTGACATAAGACATCTACTCCAGCCAATCAGAACATTCAGACACATTCAAATCCACGCTCTTAATAAAAATAAAAACCTTCAAATACTTTTCCAGACACATTTAGCTGCTAGATGTTAGTCAGATAACCTTTCTATATTCCTTCTTAATGCCAACTATGGAAAAAAATATTGTTAAACGCTTATAATAAACAACGGAGCACACATGAAGGAGTGCTCCGGTGAGGGGCAGCATAATACGCACATATATTACGTACATCTCAACATGTGTAAGTGTTCCTCCATGTTTTTATCGACGTTGTTACTTATCCATTCACAGAATTTGTAATGTAGTGAAGTGTGTAAACATTTAGCTGCAGTTACAGGGGCGCCCCCAAGGGGCCACCCCAATATGATAGTTGCTGATATTAATAAATAAATGAATAAATAAAATGCAGCCACTGAATTATTGTGGATTGATCAGCGCCACTGACACAGCTGATTCACTGAGATTGCACACTTTTTATTAAGAAATTATTATTTTTGAAATAATTTGTGTTTCATCTGATTGAAAACCACAAATCCAAAATAAATAACTAGATGCATTTTGAAATCTGCTTTTCAAAATTTTGTTGGGTTTTGTTTGGTTTATTAATTCATTCATTAATCATATTCATTATTCATAATTCATTAATGTTGGACATGGCATATATTGTATGTTGTACAAGAAATAACTTACCTGAAAGAGGTTTTAGACTAAATATTGATTTTTATTTGGTTTGCACTTGTATTTGCGGAATAAATTACAATATTTCAAGAGTAATTATTGGAATTCATTAAAACTTCATTATTTATTTTACCAAAAACAAAAATATAACATTACTCCTTATTCACAATATATACACAATTCATAATATTTTGTGTGCCACCCCAAGATTTGTTGTGGCCTTACTTGGCCACCCCTAAGAAAATTTTCTGGGGACGCCACTGGCAGTTAGCACTTTTGCCTTTGGATGTATTTGGGAAAAAGCAGCTGCATGAATGCTAAACCTTTTGAAAAAGTGAAACTATCAGCCAAAGCCTGACCTTTTCCATATTTACAAATACAAACACAGCCGTTTAGAGATCATTTCTGGTTAATGATGTCAGAATTTACCTATATTTTGAAATGGATGTGTGAACAGTCTTTTCCAGAAGAATTCCTGAACGTCCTTGCTTGTGTGAACAGCGCTATTTTTGATTTTATCAGAGTCACTGAGTGAAATGGGCTAGTGGGTGTAATGTTTGCTGCATCTGTTTATCCAGCAAATGTGTTTCCATATTTCCAATAATATTATTCGCAGTCACAATCCACCACCACTTTTGTTTTTTAAATATGTAGTTTTTCTTTTAGGAATTTAGTTTTTGAAAATGTGTGCTAGTGACTAACCTTGACCTCTTTTTTTCACATACTTCTGTGTCGTATCCACTTTTTCGTTCATTTGCGTTGATATTTTACCTGTTGATATCAATAAGACACATCCACTTCCACACCTTATAAGCTGATTAATATTCACTTGCGTGAGCTAAATGATACGTCAGCGGTTAGTTGCACAGTGTGTTCATGAACTTGGGGTGGATCAATAAAGGGAGGGAGTGTGTTTGTTTGGGTGTCAGTTTCAAAAATCAACAGTGATTTCTCACAAAATGTTCACCACACCTTTAATGGCTTTTTCCTGTAG
Seq C2 exon
CACACATTTGAGGGCTCCTGGATCCACCCTAAAGCCGGAAAGATCATTGGAGCTCTCGATCTCGGTGGTGCATCAACACAGATCTCCTTTACCCCAAAAGACCCAGTCAGAGACCCAAATTCAGCATTTAATCTCCAACTTTATGGGTATAAATATGAGTTGTACACTTACAGCTACTTGTGTTACGGCAAAGACCAGGCTTTGAAGAAACTCCAAGCCTACCTTCACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005565:ENSDART00000011245:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0115012=GDA1_CD39=PD(36.9=93.5)
A:
NA
C2:
PF0115012=GDA1_CD39=FE(17.7=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]